# RFD4ProteinaAutoencoder

[RFD4-Proteína](../pipelines/rfd4_proteina)의 오토인코더입니다. `encode`는 atom37 좌표를 토큰별 로컬 잠재 변수로 매핑하고, `decode`는 잠재 변수와 백본 위치를 다시 atom37 구조와 잔기 신원으로 변환합니다. 파이프라인에서는 `vae`로 등록됩니다.

```py
from diffusers import RFD4ProteinaAutoencoder

vae = RFD4ProteinaAutoencoder.from_pretrained("nvidia/RFD4-Proteina-Diffusers", subfolder="vae")
```

## RFD4ProteinaAutoencoder[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder]]

#### diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder]]

```python
diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder(atom37_mask: Sequence, allowed_residue_types: Sequence, latent_dim: int = 32, n_residue_types: int = 147, num_token_types: int = 7, nlayers: int = 12, token_dim: int = 768, nheads: int = 12, dim_cond: int = 128, pair_repr_dim: int = 256, token_type_emb_dim: int = 32, encoder_feats_seq: tuple = ('token_type', 'x1_a37coors_nm', 'x1_a37coors_nm_rel', 'chain_idx_seq', 'incident_bond_type_counts', 'atom37_element_charge_embedding'), decoder_feats_seq: tuple = ('ca_coors_nm', 'z_latent_seq', 'token_type', 'cond_residue_type'))
```

[소스](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L500)

**매개변수:**

latent_dim (`int`, 기본값 `32`) : 토큰별 로컬 잠재 변수의 폭.

n_residue_types (`int`, 기본값 `147`) : 잔기 어휘 크기.

num_token_types (`int`, 기본값 `7`) : 토큰 유형 어휘의 크기: 단백질, RNA, DNA, 원자화, 미지, 당류 및 비정형 아미노산.

allowed_residue_types (`list[list[bool]]`) : 각 토큰 유형이 디코딩할 수 있는 잔류 클래스를 나타내는 `(num_token_types, n_residue_types)` 테이블.

nlayers (`int`, 기본값 `12`) : 인코더와 디코더 각각의 트렁크 레이어 수.

token_dim (`int`, 기본값 `768`) : 토큰 표현의 폭입니다.

nheads (`int`, 기본값 `12`) : 레이어당 어텐션 헤드 수.

dim_cond (`int`, 기본값 `128`) : (사용되지 않는, 0인) 조건 벡터의 너비.

pair_repr_dim (`int`, 기본값 `256`) : trunk 레이어를 구성할 때 사용되는 pair width입니다. 공개된 autoencoder는 pair bias를 사용하지 않으므로 이 매개변수는 파라미터를 보유하지 않습니다.

token_type_emb_dim (`int`, 기본값 `32`) : 토큰 유형 임베딩 폭.

encoder_feats_seq, decoder_feats_seq (`list[str]`) : 인코더와 디코더 입력으로 투영된 특징.

atom37_mask (`list[list[bool]]`) : 각 잔기 유형에 대한 유효한 atom37 슬롯, 모양은 `(n_residue_types, 37)`.

Paired molecular encoder와 atom37 decoder.

이 모델에 공급되고 반환되는 좌표는 나노미터(nm) 단위입니다.

#### encode[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.encode]]

```python
encode(coords_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, generator: typing.Union[torch.Generator, list[torch.Generator], NoneType] = None, return_dict: bool = True)
```

[소스](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L583)

**매개변수:**

coords_nm (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 37, 3)` 나노미터 단위 atom37 좌표.

padding_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)`, 토큰이 패딩이 아닌 실제 토큰인 위치가 true인 값.

token_type (`torch.Tensor`, *선택 사항*) : `(batch, tokens)` 토큰 유형 코드.

atom37_mask (`torch.Tensor`, *선택 사항*) : `(batch, tokens, 37)`, 원자 슬롯이 사용된 위치에서 true입니다.

conditioning (`dict[str, Any]`, *선택 사항*) : preprocessor가 출력하는 키 아래에 있는 나머지 topology 및 conditioning 텐서입니다.

generator (`torch.Generator` 또는 `list[torch.Generator]`, *선택 사항*) : 독립적인 확률적 잠재 샘플을 위해 배치 행별로 하나의 생성기를 사용합니다. 생성기가 없으면 전역 스트림에서 샘플링을 수행합니다.

return_dict (`bool`, 기본값 `True`) : 타입이 지정된 출력 또는 해당 필드의 튜플을 반환합니다.

**반환값:** `RFD4ProteinaEncoderOutput` 또는 `tuple`

`(batch, tokens, latent_dim)` 모양의 Latent, mean, log-scale 텐서.

준비된 좌표와 조건을 샘플링된 토큰별 로컬 잠재 변수로 인코딩합니다.

#### decode[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.decode]]

```python
decode(z_latent: Tensor, ca_coors_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, return_dict: bool = True)
```

[소스](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L624)

**매개변수:**

z_latent (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, latent_dim)` 토큰별 로컬 라텐트.

ca_coors_nm (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 3)` 나노미터 단위인 backbone CA 좌표.

padding_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)`, 토큰이 패딩이 아닌 실제 토큰인 위치가 true인 값.

token_type (`torch.Tensor`, *선택 사항*) : `(batch, tokens)` 토큰 유형 코드.

atom37_mask (`torch.Tensor`, *선택 사항*) : `(batch, tokens, 37)`, 원자 슬롯이 사용된 위치에서 true입니다.

conditioning (`dict[str, Any]`, *선택 사항*) : 전처리자가 출력하는 키 아래에 있는 나머지 토폴로지 및 조건 텐서입니다. 시퀀스 조건은 여기서 읽힙니다.

return_dict (`bool`, 기본값 `True`) : 타입이 지정된 출력 또는 해당 필드의 튜플을 반환합니다.

**반환값:** `RFD4ProteinaDecoderOutput` 또는 `tuple`

나노미터 단위의 좌표 `(batch, tokens, 37, 3)`, 잔기 유형 `(batch, tokens)`, 방출 마스크 `(batch, tokens)` 및 원자 마스크 `(batch, tokens, 37)`입니다. 방출되지 않은 원자의 좌표는 0입니다.

토큰별 잠재 변수(latents)와 백본(backbone) 위치를 atom37 구조로 디코딩합니다.

#### forward[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.forward]]

```python
forward(z_latent: Tensor, ca_coors_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, return_dict: bool = True)
```

[소스](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L666)

**매개변수:**

z_latent (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, latent_dim)` 토큰별 로컬 라텐트.

ca_coors_nm (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 3)` 나노미터 단위인 backbone CA 좌표.

padding_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)`, 토큰이 패딩이 아닌 실제 토큰인 위치가 true인 값.

token_type (`torch.Tensor`, *선택 사항*) : `(batch, tokens)` 토큰 유형 코드.

atom37_mask (`torch.Tensor`, *선택 사항*) : `(batch, tokens, 37)`, 원자 슬롯이 사용된 위치에서 true입니다.

conditioning (`dict[str, Any]`, *선택 사항*) : 나머지 토폴로지 및 조건 텐서입니다.

return_dict (`bool`, 기본값 `True`) : 타입이 지정된 출력 또는 해당 필드의 튜플을 반환합니다.

**반환값:** `RFD4ProteinaDecoderOutput` 또는 `tuple`

디코딩된 좌표, 잔기 유형 및 원자/발생 마스크.

토큰별 latents와 backbone 위치를 디코딩합니다. [decode()](/docs/diffusers/main/ko/api/models/rfd4_proteina_autoencoder#diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.decode)를 호출하는 것과 동일합니다.

## RFD4ProteinaEncoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput]]

#### diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput]]

```python
diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput(latent: Tensor, mean: typing.Optional[torch.Tensor] = None, log_scale: typing.Optional[torch.Tensor] = None)
```

[소스](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L469)

**매개변수:**

latent (`torch.Tensor`) : `mean + noise * exp(log_scale)`을 샘플링하며, 출력된 잠재 토큰 외부의 값은 0입니다.

mean (`torch.Tensor`) : 가우시안 평균, 출력된 잠재 토큰 바깥쪽은 0.

log_scale (`torch.Tensor`) : 로그 표준 편차. 출력된 잠재 토큰 외부의 값은 0입니다.

각각 `(batch, tokens, latent_dim)` 모양인 샘플링된 잠재 변수와 가우시안 매개변수입니다.

## RFD4ProteinaDecoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput]]

#### diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput]]

```python
diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput(coordinates: Tensor, residue_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, emit_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None)
```

[소스](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L484)

**매개변수:**

coordinates (`torch.Tensor`) : 나노미터 단위의 좌표 `(batch, tokens, 37, 3)`; 출력되지 않는 원자는 0입니다.

residue_type (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)` 모양의 잔류 어휘 인덱스.

emit_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)` 모양의 Boolean emitted-token mask.

atom_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 37)` 모양의 Boolean 유효 원자 마스크.

디코딩된 분자 좌표 및 이산 atom37 위상.