DrugOps — Module 3 Protein Preparation

session —

target — · pdb —

ENGINE A

全自動清理層

Stage 10 / 11 / 12 / 13 / 14 → cleaned.pdb

10蛋白家族分類—

11結構態確認—

12污染鏈移除—

13缺失環評估—

14去結晶水—

狀態：待執行（全自動）

cleaned.pdb

ENGINE B

人機決策層

Stage 15 / 17 + Flag 16 / 18 → prep_decisions.json

15輔因子／金屬—

16PROPKA 滴定態占位跳過SKIPPED

17關鍵殘基 Override—

18鹽橋分析占位跳過SKIPPED

等待 Engine A 完成

prep_decisions.json

ENGINE C

Receptor 準備 · 預估 4～8 分鐘

Stage 19 / 20 → receptor.pdbqt

19apo PDB → PDBQT—

20幾何 QC—

auto obabel meeko

狀態：等待 Engine B 完成

MODULE 3 COMPLETE ✓

cleaned.pdb

—

chains 保留

—

水分子移除

—

receptor.pdbqt

—

引擎

—

Flags

—

🔬 看 3D 結構（CreaDrug）