Upload 2 files

README.md

@@ -1,3 +1,147 @@
 ---
-license: mit
+license: cc-by-nc-4.0
+language:
+- en
+- tr
+pretty_name: Whole-Brain Virtual Twins from Open Connectome Data
+size_categories:
+- n<1K
+tags:
+- neuroscience
+- neuroinformatics
+- digital-twin
+- connectome
+- whole-brain-model
+- fmri
+- diffusion-mri
+- computational-neuroscience
+- bibliometrics
+- openalex
+configs:
+- config_name: main_results
+  data_files: ciktilar/tablo0_ana_sonuclar.csv
+- config_name: calibration
+  data_files: ciktilar/tablo2_kalibrasyon.csv
+- config_name: cross_validation
+  data_files: ciktilar/tablo3_capraz_dogrulama.csv
+- config_name: specificity
+  data_files: ciktilar/tablo4_kisiye_ozgululuk.csv
+- config_name: virtual_lesions
+  data_files: ciktilar/tablo5_sanal_lezyon.csv
 ---
+
+<!-- [DECISION / KARAR] Check the licence in the YAML header above (cc-by-nc-4.0 is suggested for figures and tables), the repository type (this card is written for a *dataset* repository), and replace USERNAME/REPOSITORY links. -->
+
+# Whole-Brain Virtual Twins from Open Connectome Data
+### Tüm-Beyin Sanal İkizleri: Açık Bağlantıom Verisinden
+
+[English](#english) · [Türkçe](#türkçe)
+
+---
+
+## English
+
+This repository holds the **notebook, result tables and bilingual figures** of the study
+
+**"Are Whole-Brain Virtual Twins Personal? Evidence from Open Connectome Data and a Bibliometric Review including Türkiye"** *(submitted to the Journal of Computational Bioengineering and Clinical Medicine)*.
+
+Source code and issue tracking: **[GitHub repository](https://github.com/USERNAME/REPOSITORY)** · Run it: [![Open In Colab](https://colab.research.google.com/assets/colab-badge.svg)](https://colab.research.google.com/github/USERNAME/REPOSITORY/blob/main/sanal_ikiz_noroinformatik.ipynb)
+
+### Summary
+
+Subject-specific whole-brain models were built for seven healthy adults from the Human Connectome Project: 80 cortical Stuart–Landau (Hopf) oscillators coupled through each participant's own diffusion-MRI connectome and tuned to regional frequencies measured from the participant's own resting-state fMRI. One global coupling parameter was calibrated per participant.
+
+| Measure | Result |
+|---|---|
+| Direct structure–function correlation | r = 0.263 ± 0.042 |
+| Virtual twin vs. empirical functional connectivity | **r = 0.471 ± 0.115** (7/7 participants, p = 0.016) |
+| Prediction of unseen data (second half of the recording) | r = 0.455 (69% of the test–retest ceiling) |
+| Shuffled-connectome twin (null model) | r = 0.065 |
+| Own twin vs. other participants' twins | Δr = −0.007, permutation p = 0.78 → not personal |
+| Virtual lesion maps: reliability / link to node strength | ρ = 0.85 / ρ = 0.79 |
+| OpenAlex brain/neuro digital twin publications, 2015–2026 | 1,164 (precision 96%); Türkiye 19th with 12 |
+
+**Take-home message:** the twins capture the *shared* architecture of the human connectome and generalise over time, but personalisation has to be demonstrated rather than assumed.
+
+### Contents
+
+| Path | Description |
+|---|---|
+| `sanal_ikiz_noroinformatik.ipynb` | Complete analysis, Turkish commentary; runs end-to-end in Google Colab (~40–50 min) |
+| `ciktilar/tablo*.csv` | Result tables: data summary, calibration, cross-validation, specificity, virtual lesions, literature table |
+| `ciktilar/openalex_*.csv` | OpenAlex query results (accessed 1 November 2026) |
+| `sekiller/en/`, `sekiller/tr/` | 16 figures each in English and Turkish, 300 dpi JPEG |
+
+CSV column headers are in Turkish (e.g., *Denek* = participant, *Ortalama bozulma* = mean disruption, *Düğüm gücü* = node strength).
+
+### Data provenance
+
+The neuroimaging data are **not** redistributed here. They are loaded at run time from the open-source [neurolib](https://github.com/neurolib-dev/neurolib) library. *Data were provided by the Human Connectome Project, WU-Minn Consortium (Principal Investigators: David Van Essen and Kamil Ugurbil; 1U54MH091657), funded by the 16 NIH Institutes and Centers that support the NIH Blueprint for Neuroscience Research, and by the McDonnell Center for Systems Neuroscience at Washington University.* HCP data use is subject to the HCP Open Access Data Use Terms. Bibliometric records come from [OpenAlex](https://openalex.org) (CC0).
+
+### Intended use and limitations
+
+Intended for teaching and reproducing whole-brain modelling, and as a template for testing personalisation in digital twin pipelines. Not intended for clinical decisions. Limitations: small sample (n = 7), one resting-state run per participant, a deliberately minimal model, cortical regions only, virtual lesions on healthy connectomes, and bibliometric counts that depend on query and access date.
+
+### Citation
+
+<!-- [DECISION / KARAR] Update after publication. -->
+```bibtex
+@article{AUTHOR2026virtualtwins,
+  title   = {Are Whole-Brain Virtual Twins Personal? Evidence from Open Connectome Data and a Bibliometric Review including T{\"u}rkiye},
+  author  = {AUTHOR, A. and AUTHOR, B.},
+  journal = {Journal of Computational Bioengineering and Clinical Medicine},
+  year    = {2026},
+  note    = {Submitted}
+}
+```
+
+Generative AI (Claude, Anthropic) assisted with code, figures and text drafting; all content was reviewed and verified by the authors.
+
+---
+
+## Türkçe
+
+Bu depo, aşağıdaki çalışmanın **notebook'unu, sonuç tablolarını ve iki dilli şekillerini** içerir:
+
+**"Tüm-Beyin Sanal İkizleri Kişiye Özgü mü? Açık Bağlantıom Verisinden Kanıtlar ve Türkiye'yi Kapsayan Bibliyometrik Bir Derleme"** *(Journal of Computational Bioengineering and Clinical Medicine dergisine gönderilmiştir)*.
+
+Kaynak kod ve sorun bildirimi: **[GitHub deposu](https://github.com/USERNAME/REPOSITORY)** · Çalıştırmak için: [![Colab'da Aç](https://colab.research.google.com/assets/colab-badge.svg)](https://colab.research.google.com/github/USERNAME/REPOSITORY/blob/main/sanal_ikiz_noroinformatik.ipynb)
+
+### Özet
+
+Human Connectome Project'ten yedi sağlıklı yetişkin için kişiye özel tüm-beyin modelleri kurulmuştur: Her katılımcının kendi difüzyon MR bağlantıomu üzerinden bağlanan ve kendi dinlenim-hali fMR verisinden ölçülen bölgesel frekanslara ayarlanan 80 kortikal Stuart–Landau (Hopf) osilatörü. Her katılımcı için tek bir global bağlaşım parametresi kalibre edilmiştir.
+
+| Ölçü | Sonuç |
+|---|---|
+| Doğrudan yapı–işlev korelasyonu | r = 0,263 ± 0,042 |
+| Sanal ikiz ile ampirik fonksiyonel bağlantı | **r = 0,471 ± 0,115** (7/7 katılımcı, p = 0,016) |
+| Görülmemiş verinin öngörülmesi (kaydın ikinci yarısı) | r = 0,455 (test-tekrar tavanının %69'u) |
+| Karıştırılmış bağlantıom ikizi (sıfır modeli) | r = 0,065 |
+| Kendi ikizi ile başkalarının ikizleri | Δr = −0,007, permütasyon p = 0,78 → kişiye özgü değil |
+| Sanal lezyon haritaları: güvenilirlik / düğüm gücüyle ilişki | ρ = 0,85 / ρ = 0,79 |
+| OpenAlex beyin/nöro dijital ikiz yayınları, 2015–2026 | 1.164 (kesinlik %96); Türkiye 12 yayınla 19. sırada |
+
+**Ana mesaj:** İkizler insan bağlantıomunun *ortak* mimarisini yakalar ve zaman içinde genellenir; ancak kişiselleştirme varsayılmamalı, gösterilmelidir.
+
+### İçerik
+
+| Yol | Açıklama |
+|---|---|
+| `sanal_ikiz_noroinformatik.ipynb` | Analizin tamamı, Türkçe açıklamalı; Google Colab'da baştan sona çalışır (~40–50 dk) |
+| `ciktilar/tablo*.csv` | Sonuç tabloları: veri özeti, kalibrasyon, çapraz doğrulama, özgüllük, sanal lezyon, literatür tablosu |
+| `ciktilar/openalex_*.csv` | OpenAlex sorgu sonuçları (erişim tarihi 1 Kasım 2026) |
+| `sekiller/en/`, `sekiller/tr/` | İngilizce ve Türkçe 16'şar şekil, 300 dpi JPEG |
+
+### Verinin kaynağı
+
+Nörogörüntüleme verileri burada **yeniden dağıtılmaz**; çalışma sırasında açık kaynak [neurolib](https://github.com/neurolib-dev/neurolib) kütüphanesinden yüklenir. Veriler Human Connectome Project, WU-Minn Konsorsiyumu (Yürütücüler: David Van Essen ve Kamil Ugurbil; 1U54MH091657) tarafından sağlanmıştır; kullanımı HCP Açık Erişim Veri Kullanım Koşullarına tabidir. Bibliyometrik kayıtlar [OpenAlex](https://openalex.org) kaynaklıdır (CC0).
+
+### Kullanım amacı ve kısıtlılıklar
+
+Tüm-beyin modellemeyi öğretmek ve tekrarlamak, ayrıca dijital ikiz iş akışlarında kişiselleştirmeyi sınamak için bir şablon olarak tasarlanmıştır. Klinik karar için kullanılmamalıdır. Kısıtlılıklar: küçük örneklem (n = 7), katılımcı başına tek dinlenim-hali oturumu, bilinçli olarak sade tutulmuş model, yalnızca kortikal bölgeler, sağlıklı bağlantıomlarda sanal lezyonlar ve sorguya ile erişim tarihine bağlı bibliyometrik sayılar.
+
+### Atıf
+
+Atıf bilgisi için yukarıdaki İngilizce bölümdeki BibTeX kaydını kullanın.
+
+Kod, şekil ve metin taslağında üretken yapay zekâdan (Claude, Anthropic) yararlanılmış; tüm içerik yazarlar tarafından incelenmiş ve doğrulanmıştır.