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@@ -48,32 +48,32 @@ echo "source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC" >> ~/.bashrc
 
 ## MD流程搭建
 
-# Generate topology and initial structure（CHARMM36m）
+### Generate topology and initial structure（CHARMM36m）
 yes 9 | gmx pdb2gmx -f "$pdb" -o "${base}_processed.gro" -water tip3p -ignh -missing
 
-# Define simulation box
+### Define simulation box
 gmx editconf -f "${base}_processed.gro" -o "${base}_newbox.gro" -c -d 1.0 -bt cubic
 
-# Solvate system
+### Solvate system
 gmx solvate -cp "${base}_newbox.gro" -cs spc216.gro -o "${base}_solv.gro" -p topol.top
 
-# Add ions
+### Add ions
 gmx grompp -f ions.mdp -c "${base}_solv.gro" -p topol.top -o ions.tpr
 echo "SOL" | gmx genion -s ions.tpr -o "${base}_solv_ions.gro" -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral -conc 0.15
 
-# Energy minimization
+### Energy minimization
 gmx grompp -f minim.mdp -c "${base}_solv_ions.gro" -p topol.top -o em.tpr
 gmx mdrun -deffnm em -ntomp 15 -nb gpu -gpu_id 0
 
-# NVT equilibration
+### NVT equilibration
 gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
 gmx mdrun -deffnm nvt -ntomp 15 -nb gpu -gpu_id 0
 
-# NPT equilibration
+### NPT equilibration
 gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
 gmx mdrun -deffnm npt -ntomp 15 -nb gpu -gpu_id 0
 
-# Production MD
+### Production MD
 gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr
 gmx mdrun -deffnm md_0_1 -ntomp 15 -nb gpu -gpu_id 0