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Delete official_data/GUE/.DS_Store
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Delete official_data/README.md
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Upload README.md
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Upload 129 files
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Uploading HG38 pretraining data
Pre-training data for the opticalDNA HG38 version (https://arxiv.org/abs/2602.02014). -
Update README.md
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Uploading rice pretraining data
Translate Chinese into English. -
Uploading rice pretraining data
Pre-training data for the opticalDNA rice version (https://arxiv.org/abs/2602.02014).
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Upload nucleotide_transformer_downstream_tasks
The directories are as follows:
```
./
├── enhancers
│ └── raw
│ ├── enhancers.csv
│ └── statistic.txt
├── enhancers_types
│ └── raw
│ ├── enhancers_types.csv
│ └── statistic.txt
├── H3
│ └── raw
│ ├── H3.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K14ac
│ └── raw
│ ├── H3K14ac.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K36me3
│ └── raw
│ ├── H3K36me3.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K4me1
│ └── raw
│ ├── H3K4me1.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K4me2
│ └── raw
│ ├── H3K4me2.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K4me3
│ └── raw
│ ├── H3K4me3.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K79me3
│ └── raw
│ ├── H3K79me3.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K9ac
│ └── raw
│ ├── H3K9ac.csv
│ └── statistic.txt
├── H4
│ └── raw
│ ├── H4.csv
│ └── statistic.txt
├── H4ac
│ └── raw
│ ├── H4ac.csv
│ └── statistic.txt
├── promoter_all
│ └── raw
│ ├── promoter_all.csv
│ └── statistic.txt
├── promoter_no_tata
│ └── raw
│ ├── promoter_no_tata.csv
│ └── statistic.txt
├── promoter_…
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Delete raw_data/nucleotide_transformer_downstream_tasks
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Upload nucleotide_transformer_downstream_tasks
unzip 18_tasks.zip, you can get:
```
./
├── enhancers
│ └── raw
│ ├── enhancers.csv
│ └── statistic.txt
├── enhancers_types
│ └── raw
│ ├── enhancers_types.csv
│ └── statistic.txt
├── H3
│ └── raw
│ ├── H3.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K14ac
│ └── raw
│ ├── H3K14ac.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K36me3
│ └── raw
│ ├── H3K36me3.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K4me1
│ └── raw
│ ├── H3K4me1.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K4me2
│ └── raw
│ ├── H3K4me2.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K4me3
│ └── raw
│ ├── H3K4me3.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K79me3
│ └── raw
│ ├── H3K79me3.csv
│ └── statistic.txt
├── H3K9ac
│ └── raw
│ ├── H3K9ac.csv
│ └── statistic.txt
├── H4
│ └── raw
│ ├── H4.csv
│ └── statistic.txt
├── H4ac
│ └── raw
│ ├── H4ac.csv
│ └── statistic.txt
├── promoter_all
│ └── raw
│ ├── promoter_all.csv
│ └── statis…
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Upload eqtl.zip
We can unzip `eqtl.zip` and get the following directory structure:
```
eqtl
├── Adipose_Subcutaneous
│ └── raw
│ ├── Adipose_Subcutaneous.csv
│ └── statistic.txt
├── Artery_Tibial
│ └── raw
│ ├── Artery_Tibial.csv
│ └── statistic.txt
├── Cells_Cultured_fibroblasts
│ └── raw
│ ├── Cells_Cultured_fibroblasts.csv
│ └── statistic.txt
├── Muscle_Skeletal
│ └── raw
│ ├── Muscle_Skeletal.csv
│ └── statistic.txt
├── Nerve_Tibial
│ └── raw
│ ├── Nerve_Tibial.csv
│ └── statistic.txt
├── Skin_Not_Sun_Exposed_Suprapubic
│ └── raw
│ ├── Skin_Not_Sun_Exposed_Suprapubic.csv
│ └── statistic.txt
├── Skin_Sun_Exposed_Lower_leg
│ └── raw
│ ├── Skin_Sun_Exposed_Lower_leg.csv
│ └── statistic.txt
├── Thyroid
│ └── raw
│ ├── statistic.txt
│ └── Thyroid.csv
└── Whole_Blood
└── raw
├── statistic.txt
└── Whole_Blood.csv
``` -
Uploading genomic benchmarks
Uploading genomic benchmarks and the data directories are as follows:
```
genomic_benchmarks/
├── demo_coding_vs_intergenomic_seqs
│ └── raw
│ ├── demo_coding_vs_intergenomic_seqs.csv
│ └── statistic.txt
├── demo_human_or_worm
│ └── raw
│ ├── demo_human_or_worm.csv
│ └── statistic.txt
├── drosophila_enhancers_stark
│ └── raw
│ ├── drosophila_enhancers_stark.csv
│ └── statistic.txt
├── dummy_mouse_enhancers_ensembl
│ └── raw
│ ├── dummy_mouse_enhancers_ensembl.csv
│ └── statistic.txt
├── human_enhancers_cohn
│ └── raw
│ ├── human_enhancers_cohn.csv
│ └── statistic.txt
├── human_enhancers_ensembl
│ └── raw
│ ├── human_enhancers_ensembl.csv
│ └── statistic.txt
├── human_ensembl_regulatory
│ └── raw
│ ├── human_ensembl_regulatory.csv
│ └── statistic.txt
├── human_nontata_promoters
│ └── raw
│ ├── human_nontata_promoters.csv
│ └── statistic.txt
└── human_ocr_ensembl
└── raw
… -
Upload eQTL.zip
Adding eQTL data. By unzip the eQTL.zip, we can get the directories:
```
eQTL/
├── blacklist
│ ├── Adipose_Subcutaneous.blacklist.bed.gz
│ ├── Adipose_Subcutaneous.blacklist.bed.gz.tbi
│ ├── Artery_Tibial.blacklist.bed.gz
│ ├── Artery_Tibial.blacklist.bed.gz.tbi
│ ├── Cells_Cultured_fibroblasts.blacklist.bed.gz
│ ├── Cells_Cultured_fibroblasts.blacklist.bed.gz.tbi
│ ├── combined_blacklist.bed.gz
│ ├── combined_blacklist.bed.gz.tbi
│ ├── Muscle_Skeletal.blacklist.bed.gz
│ ├── Muscle_Skeletal.blacklist.bed.gz.tbi
│ ├── Nerve_Tibial.blacklist.bed.gz
│ ├── Nerve_Tibial.blacklist.bed.gz.tbi
│ ├── Skin_Not_Sun_Exposed_Suprapubic.blacklist.bed.gz
│ ├── Skin_Not_Sun_Exposed_Suprapubic.blacklist.bed.gz.tbi
│ ├── Skin_Sun_Exposed_Lower_leg.blacklist.bed.gz
│ ├── Skin_Sun_Exposed_Lower_leg.blacklist.bed.gz.tbi
│ ├── Thyroid.blacklist.bed.gz
│ ├── Thyroid.blacklist.bed.gz.tbi
│ ├── Whole_Blood.blacklist.bed.gz
│ └── Whole_Blood.blacklist.bed.gz.tbi
├── confi… -
Upload README.md
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Adding genomic_benchmarks
# Adding genomic_benchmarks
The directories are as follows:
```
.
├── demo_coding_vs_intergenomic_seqs
│ ├── test
│ │ ├── coding_seqs
│ │ └── intergenomic_seqs
│ └── train
│ ├── coding_seqs
│ └── intergenomic_seqs
├── demo_human_or_worm
│ ├── test
│ │ ├── human
│ │ └── worm
│ └── train
│ ├── human
│ └── worm
├── drosophila_enhancers_stark
│ ├── test
│ │ ├── negative
│ │ └── positive
│ └── train
│ ├── negative
│ └── positive
├── dummy_mouse_enhancers_ensembl
│ ├── test
│ │ ├── negative
│ │ └── positive
│ └── train
│ ├── negative
│ └── positive
├── human_enhancers_cohn
│ ├── test
│ │ ├── negative
│ │ └── positive
│ └── train
│ ├── negative
│ └── positive
├── human_enhancers_ensembl
│ ├── test
│ │ ├── negative
│ │ └── positive
│ └── train
│ ├── negative
│ └── positive
├── human_ensembl_regulatory
│ ├── test
│ │ ├── enhancer
│ │ ├── ocr
│… -
initial commit
