Archive 4 checkpoints (1-4)
Browse files- paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1_scsemi5rt/per_donor.csv +144 -0
- paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1_scsemi5rt/summary.json +1007 -0
- paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw2_scsemi5nt/README.md +73 -0
- paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw2_scsemi5nt/contrast.csv +14 -0
paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1_scsemi5rt/per_donor.csv
ADDED
|
@@ -0,0 +1,144 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
arm,donor,group,n_generated_cells,n_observed_cells,n_reference_cells,gen_T cell,obs_T cell,gen_B cell,obs_B cell,gen_Monocyte,obs_Monocyte,gen_NK cell,obs_NK cell,gen_DC,obs_DC,gen_Other,obs_Other,comp_l1,comp_l1_obs_loo_null,pb_r,pb_own_rank,pb_top1,precision,coverage,precision_depth_matched,coverage_depth_matched,mono_pct_gen,mono_pct_obs,median_umi_gen,median_umi_obs
|
| 2 |
+
scsemi5rt,C20_1004,covid_positive,1500,1810,150,0.6673333333333333,0.43425414364640885,0.034,0.3994475138121547,0.15133333333333332,0.03867403314917127,0.07933333333333334,0.07790055248618785,0.034,0.04751381215469613,0.034,0.0022099447513812156,0.7579226519337016,0.6004913294178431,0.7536718511556328,102,False,0.3933333333333333,0.013333333333333334,0.23333333333333334,0.07333333333333333,15.133333333333333,3.867403314917127,1477.0,1373.5
|
| 3 |
+
scsemi5rt,C20_1404,covid_positive,1500,5836,150,0.6713333333333333,0.4885195339273475,0.028666666666666667,0.2705620287868403,0.14666666666666667,0.015421521590130226,0.07933333333333334,0.204592186429061,0.042,0.016620973269362578,0.032,0.004283755997258396,0.7343084304318027,0.3642782187326007,0.6918921878146678,57,False,0.42,0.013333333333333334,0.19333333333333333,0.14666666666666667,14.666666666666666,1.5421521590130227,1477.0,1473.0
|
| 4 |
+
scsemi5rt,C21_1004,covid_positive,1500,5552,150,0.9706666666666667,0.8982348703170029,0.005333333333333333,0.08609510086455331,0.017333333333333333,0.0,0.0,0.0111671469740634,0.0,0.0005403458213256485,0.006666666666666667,0.003962536023054755,0.18493852065321809,0.8290754320960301,0.4792849818185043,56,False,0.26666666666666666,0.04,0.86,0.04,1.7333333333333332,0.0,1478.0,1563.5
|
| 5 |
+
scsemi5rt,C21_1704,covid_positive,1500,4570,150,0.8146666666666667,0.7275711159737418,0.108,0.2214442013129103,0.030666666666666665,0.004814004376367615,0.017333333333333333,0.022319474835886213,0.002,0.011816192560175055,0.027333333333333334,0.012035010940919038,0.2564930707512764,0.6926414033893676,0.5538306005525977,49,False,0.5333333333333333,0.006666666666666667,0.7133333333333334,0.15333333333333332,3.0666666666666664,0.48140043763676155,1480.0,2131.0
|
| 6 |
+
scsemi5rt,C21_2504,covid_positive,1500,5048,150,0.8973333333333333,0.7567353407290016,0.0,0.12361331220285261,0.02266666666666667,0.06220285261489699,0.002,0.039619651347068144,0.0,0.011687797147385102,0.078,0.006141045958795562,0.4249138932910723,0.555308074679772,0.4899836133349758,3,False,0.5,0.0,0.92,0.17333333333333334,2.2666666666666666,6.220285261489699,1480.0,2692.5
|
| 7 |
+
scsemi5rt,C23_2204,covid_positive,1500,3088,150,0.606,0.685880829015544,0.10466666666666667,0.10362694300518134,0.15133333333333332,0.06703367875647669,0.10266666666666667,0.11269430051813471,0.034666666666666665,0.025906735751295335,0.0006666666666666666,0.0048575129533678756,0.18819861830742662,0.39409599471189793,0.598166414783381,19,False,0.3,0.006666666666666667,0.47333333333333333,0.2,15.133333333333333,6.703367875647668,1475.0,1936.5
|
| 8 |
+
scsemi5rt,C33_1401,covid_positive,1500,3983,150,0.646,0.38890283705749434,0.022,0.016570424303288978,0.14666666666666667,0.11172483052975145,0.15133333333333332,0.464474014561888,0.009333333333333334,0.014310820989204118,0.024666666666666667,0.004017072558373086,0.636236337768851,0.5896374394294868,0.6749822775996861,38,False,0.37333333333333335,0.16,0.15333333333333332,0.10666666666666667,14.666666666666666,11.172483052975144,1479.0,909.0
|
| 9 |
+
scsemi5rt,C33_1601,covid_positive,1500,395,150,0.6153333333333333,0.14430379746835442,0.050666666666666665,0.11645569620253164,0.030666666666666665,0.2,0.29333333333333333,0.5240506329113924,0.008666666666666666,0.007594936708860759,0.0013333333333333333,0.007594936708860759,0.9442025316455696,0.7677029781484593,0.5010580858334506,121,False,0.22,0.14666666666666667,0.3333333333333333,0.07333333333333333,3.0666666666666664,20.0,1477.0,644.0
|
| 10 |
+
scsemi5rt,C33_1901,covid_positive,1500,1947,150,0.27266666666666667,0.3754494093477144,0.038,0.042116076014381096,0.44333333333333336,0.12223934257832562,0.09866666666666667,0.43656908063687727,0.12266666666666666,0.01078582434514638,0.024666666666666667,0.012840267077555213,0.889602465331279,0.5338275715794653,0.7509556293890686,3,False,0.2866666666666667,0.12666666666666668,0.24,0.18666666666666668,44.333333333333336,12.223934257832562,1477.0,897.0
|
| 11 |
+
scsemi5rt,C34_1404,covid_positive,1500,2483,150,0.7086666666666667,0.8771647200966572,0.034666666666666665,0.01973419250906162,0.14533333333333334,0.016915022150624244,0.048666666666666664,0.07047925896093435,0.03333333333333333,0.011679420056383408,0.029333333333333333,0.004027386226339106,0.3806212914485166,0.7866841890640882,0.7028874854321717,99,False,0.36,0.006666666666666667,0.32666666666666666,0.17333333333333334,14.533333333333335,1.6915022150624244,1476.5,1720.0
|
| 12 |
+
scsemi5rt,C34_2104,covid_positive,1500,2808,150,0.7253333333333334,0.7916666666666666,0.059333333333333335,0.024216524216524215,0.09533333333333334,0.041666666666666664,0.066,0.12428774928774929,0.051333333333333335,0.013888888888888888,0.0026666666666666666,0.004273504273504274,0.25245584045584035,0.6156880822041072,0.6581178090135237,27,False,0.3466666666666667,0.013333333333333334,0.49333333333333335,0.25333333333333335,9.533333333333333,4.166666666666666,1479.0,2067.5
|
| 13 |
+
scsemi5rt,C34_2504,covid_positive,1500,1945,150,0.6386666666666667,0.6961439588688946,0.09533333333333334,0.024678663239074552,0.14,0.12544987146529563,0.08466666666666667,0.12904884318766066,0.038,0.02416452442159383,0.0033333333333333335,0.0005141388174807198,0.20371893744644382,0.4246426666085629,0.6287767141022739,19,False,0.18,0.006666666666666667,0.4266666666666667,0.18,14.000000000000002,12.544987146529563,1478.0,2111.0
|
| 14 |
+
scsemi5rt,C36_1504,covid_positive,1500,4765,150,0.5186666666666667,0.7643231899265478,0.204,0.14144805876180483,0.20133333333333334,0.03546694648478489,0.027333333333333334,0.030640083945435468,0.042,0.01951731374606506,0.006666666666666667,0.008604407135362015,0.5018020286813571,0.6043398820157845,0.6581229959183044,55,False,0.5066666666666667,0.013333333333333334,0.4066666666666667,0.3333333333333333,20.133333333333333,3.546694648478489,1477.0,1747.0
|
| 15 |
+
scsemi5rt,C36_1704,covid_positive,1500,1554,150,0.532,0.842985842985843,0.20133333333333334,0.07335907335907337,0.17933333333333334,0.014800514800514801,0.015333333333333332,0.0546975546975547,0.06266666666666666,0.010296010296010296,0.009333333333333334,0.003861003861003861,0.7007001287001287,0.7184734275336759,0.6343512383836524,35,False,0.41333333333333333,0.006666666666666667,0.32,0.35333333333333333,17.933333333333334,1.4800514800514801,1478.0,2044.5
|
| 16 |
+
scsemi5rt,C36_2104,covid_positive,1500,1086,150,0.6273333333333333,0.7679558011049724,0.10666666666666667,0.09668508287292818,0.13866666666666666,0.05432780847145488,0.094,0.06353591160220995,0.032,0.011970534069981584,0.0013333333333333333,0.0055248618784530384,0.2896279926335176,0.5684133437719349,0.6117624912695523,34,False,0.17333333333333334,0.0,0.4666666666666667,0.20666666666666667,13.866666666666665,5.432780847145488,1478.0,1851.0
|
| 17 |
+
scsemi5rt,C40_1504,covid_positive,1500,5482,150,0.6826666666666666,0.7433418460415907,0.03333333333333333,0.09649762860269974,0.14733333333333334,0.05600145932141554,0.06866666666666667,0.09157241882524626,0.036,0.009668004377964246,0.032,0.002918642831083546,0.2934904536057401,0.5118608780184215,0.7491259801548098,17,False,0.36666666666666664,0.013333333333333334,0.18666666666666668,0.32,14.733333333333334,5.6001459321415545,1479.5,1253.5
|
| 18 |
+
scsemi5rt,C40_2204,covid_positive,1500,975,150,0.676,0.6933333333333334,0.11466666666666667,0.13538461538461538,0.034666666666666665,0.028717948717948718,0.15533333333333332,0.12923076923076923,0.002,0.010256410256410256,0.017333333333333333,0.003076923076923077,0.09261538461538457,0.4422968437931516,0.6946431785349383,45,False,0.36666666666666664,0.0,0.5866666666666667,0.11333333333333333,3.4666666666666663,2.871794871794872,1477.5,1808.0
|
| 19 |
+
scsemi5rt,C40_0105,covid_positive,1500,8728,150,0.5093333333333333,0.42587076076993585,0.188,0.036778185151237396,0.21933333333333332,0.4643675527039413,0.034,0.05728689275893675,0.03933333333333333,0.013175985334555454,0.01,0.0025206232813932174,0.5366422242590895,0.5892920186797782,0.7519728492397277,4,False,0.5533333333333333,0.006666666666666667,0.38,0.16666666666666666,21.933333333333334,46.43675527039413,1480.0,1862.0
|
| 20 |
+
scsemi5rt,C42_1504,covid_positive,1500,2762,150,0.7426666666666667,0.7320782041998551,0.06,0.13613323678493844,0.026,0.020275162925416364,0.16533333333333333,0.0894279507603186,0.0006666666666666666,0.013758146270818247,0.005333333333333333,0.00832729905865315,0.18443736422881976,0.5291558868111794,0.554807035039963,44,False,0.13333333333333333,0.02666666666666667,0.18,0.08,2.6,2.0275162925416366,1478.0,1302.0
|
| 21 |
+
scsemi5rt,C42_2204,covid_positive,1500,4970,150,0.8,0.8511066398390342,0.09933333333333333,0.06317907444668008,0.006666666666666667,0.035211267605633804,0.07,0.035211267605633804,0.02266666666666667,0.012072434607645875,0.0013333333333333333,0.0032193158953722333,0.16307444668008045,0.7355932300783182,0.7547559968253004,9,False,0.26666666666666666,0.0,0.6,0.05333333333333334,0.6666666666666667,3.5211267605633805,1478.0,1462.0
|
| 22 |
+
scsemi5rt,C42_2704,covid_positive,1500,8918,150,0.784,0.8535546086566494,0.10666666666666667,0.04619869925992375,0.006666666666666667,0.036891679748822605,0.076,0.054047992823503026,0.023333333333333334,0.006391567616057412,0.0033333333333333335,0.0029154518950437317,0.1995592434776108,0.7404891677135488,0.6897906567979641,26,False,0.3333333333333333,0.02,0.6533333333333333,0.08666666666666667,0.6666666666666667,3.6891679748822606,1480.0,1489.0
|
| 23 |
+
scsemi5rt,C58_1604,covid_negative,1500,265,132,0.502,0.7018867924528301,0.16333333333333333,0.04150943396226415,0.202,0.0037735849056603774,0.04533333333333334,0.2188679245283019,0.07733333333333334,0.01509433962264151,0.01,0.018867924528301886,0.7645786163522014,0.5210170745594213,0.6416906618335695,142,False,0.38636363636363635,0.06060606060606061,0.18181818181818182,0.045454545454545456,20.200000000000003,0.37735849056603776,1477.5,1285.0
|
| 24 |
+
scsemi5rt,C58_2501,covid_positive,1500,1671,150,0.508,0.42848593656493117,0.184,0.0353081986834231,0.216,0.31717534410532616,0.035333333333333335,0.15320167564332735,0.04733333333333333,0.05326152004787552,0.009333333333333334,0.012567324955116697,0.4564117295032914,0.34585136457201227,0.7115866933457224,32,False,0.5,0.24666666666666667,0.43333333333333335,0.12666666666666668,21.6,31.717534410532615,1478.0,700.0
|
| 25 |
+
scsemi5rt,C58_2901,covid_positive,1500,1615,150,0.7446666666666667,0.6179566563467492,0.04133333333333333,0.03653250773993808,0.13866666666666666,0.17956656346749225,0.020666666666666667,0.10835913312693499,0.04066666666666666,0.03219814241486068,0.014,0.025386996904024767,0.2799587203302374,0.31199109328144964,0.49610143397133005,63,False,0.19333333333333333,0.18666666666666668,0.5933333333333334,0.24,13.866666666666665,17.956656346749224,1479.0,882.0
|
| 26 |
+
scsemi5rt,C58_0102,covid_positive,1500,972,150,0.608,0.5339506172839507,0.1,0.027777777777777776,0.144,0.2880658436213992,0.10066666666666667,0.11316872427983539,0.04733333333333333,0.03292181069958848,0.0,0.00411522633744856,0.3213662551440329,0.3396485470698924,0.5802600593547329,86,False,0.24666666666666667,0.13333333333333333,0.48,0.07333333333333333,14.399999999999999,28.80658436213992,1479.0,749.0
|
| 27 |
+
scsemi5rt,C58_0402,covid_positive,1500,9254,150,0.5826666666666667,0.4245731575534904,0.13066666666666665,0.01988329371082775,0.132,0.4091203803760536,0.11733333333333333,0.11681435055111303,0.03666666666666667,0.02485411713853469,0.0006666666666666666,0.004754700669980549,0.5624168287587349,0.48330314244449224,0.5835208612474333,54,False,0.32,0.09333333333333334,0.4866666666666667,0.11333333333333333,13.200000000000001,40.912038037605356,1480.0,1006.0
|
| 28 |
+
scsemi5rt,C58_1003,recovery,1500,4918,150,0.564,0.5917039446929646,0.13733333333333334,0.02745018300122001,0.12866666666666668,0.1691744611630744,0.0,0.14721431476209842,0.16733333333333333,0.05612037413582757,0.0026666666666666666,0.008336722244814965,0.44219221905923817,0.26376956384374894,0.4927033047875308,60,False,0.15333333333333332,0.24,0.5066666666666667,0.14666666666666667,12.866666666666667,16.917446116307442,1479.0,745.5
|
| 29 |
+
scsemi5rt,C60_2504,covid_positive,1500,1837,150,0.7273333333333334,0.8911268372346217,0.11133333333333334,0.05443658138268917,0.03133333333333333,0.00979858464888405,0.11066666666666666,0.032117583015786606,0.0026666666666666666,0.009254218835057159,0.016666666666666666,0.00326619488296135,0.3407621121393576,0.8074787999982093,0.6702299086123987,58,False,0.32666666666666666,0.013333333333333334,0.49333333333333335,0.07333333333333333,3.1333333333333333,0.979858464888405,1479.0,1187.0
|
| 30 |
+
scsemi5rt,C63_1704,covid_positive,1500,3305,150,0.6713333333333333,0.7718608169440242,0.096,0.11981845688350984,0.03333333333333333,0.013010590015128594,0.18733333333333332,0.08199697428139183,0.005333333333333333,0.006959152798789713,0.006666666666666667,0.006354009077155824,0.25194351991931413,0.5745797776085927,0.6387551442998667,45,False,0.42,0.006666666666666667,0.44666666666666666,0.04666666666666667,3.3333333333333335,1.3010590015128594,1476.0,1364.0
|
| 31 |
+
scsemi5rt,C63_2404,covid_positive,1500,2143,150,0.506,0.6971535230984601,0.20266666666666666,0.1675221651889874,0.2,0.0377974801679888,0.043333333333333335,0.08726084927671489,0.035333333333333335,0.007932804479701353,0.012666666666666666,0.0023331777881474567,0.4701620780836834,0.5205726065284196,0.719414034045822,83,False,0.48,0.02666666666666667,0.38,0.32,20.0,3.7797480167988797,1477.0,1596.0
|
| 32 |
+
scsemi5rt,C63_2904,covid_positive,1500,1684,150,0.5993333333333334,0.6775534441805225,0.102,0.14251781472684086,0.14466666666666667,0.08491686460807601,0.114,0.0855106888361045,0.03266666666666666,0.007719714964370546,0.007333333333333333,0.0017814726840855108,0.2374758511480601,0.4313637477682515,0.5904014855515486,31,False,0.3,0.006666666666666667,0.47333333333333333,0.17333333333333334,14.466666666666667,8.491686460807601,1477.0,1647.5
|
| 33 |
+
scsemi5rt,C69_1804,covid_negative,1500,6901,150,0.552,0.819591363570497,0.17066666666666666,0.028546587451094046,0.212,0.0585422402550355,0.008666666666666666,0.04637009129111723,0.04666666666666667,0.03231415736849732,0.01,0.014635560063758875,0.6198606965174128,0.6689170397382014,0.5887340131183282,32,False,0.4266666666666667,0.006666666666666667,0.38666666666666666,0.2866666666666667,21.2,5.85422402550355,1478.0,1211.0
|
| 34 |
+
scsemi5rt,C82_2504,covid_positive,1500,7154,150,0.5233333333333333,0.8433044450656975,0.18866666666666668,0.03228962818003914,0.22,0.047246295778585405,0.024,0.037042214145932346,0.03266666666666666,0.030192899077439196,0.011333333333333334,0.009924517752306402,0.6660266517565929,0.7111604608410802,0.6210657708169078,95,False,0.4266666666666667,0.03333333333333333,0.4,0.16666666666666666,22.0,4.724629577858541,1478.0,1210.0
|
| 35 |
+
scsemi5rt,C85_2004,covid_negative,1500,3618,150,0.5193333333333333,0.6199557766721946,0.17466666666666666,0.026810392482034272,0.22133333333333333,0.15201768933112217,0.04,0.12493090105030404,0.035333333333333335,0.039524599226091764,0.009333333333333334,0.03676064123825318,0.4343438363736871,0.32591831955695433,0.7126415471134265,1,True,0.24666666666666667,0.18666666666666668,0.3333333333333333,0.5733333333333334,22.133333333333333,15.201768933112216,1476.0,1463.5
|
| 36 |
+
scsemi5rt,C93_2104,covid_positive,1500,5003,150,0.49466666666666664,0.5098940635618628,0.17666666666666667,0.06516090345792525,0.218,0.15790525684589246,0.04133333333333333,0.23246052368578854,0.06066666666666667,0.029982010793523885,0.008666666666666666,0.004597241655006996,0.41270917449530287,0.15497546364007836,0.727306217349219,10,False,0.4266666666666667,0.06,0.3333333333333333,0.2866666666666667,21.8,15.790525684589246,1479.0,1416.0
|
| 37 |
+
scsemi5rt,C93_2704,covid_positive,1500,6623,150,0.5373333333333333,0.4635361618601842,0.10466666666666667,0.031103729427751775,0.15933333333333333,0.22044390759474558,0.15933333333333333,0.26256983240223464,0.03933333333333333,0.018873622225577532,0.0,0.003472746489506266,0.3356396396396396,0.2782062958630936,0.6356890518420488,10,False,0.13333333333333333,0.0,0.3933333333333333,0.17333333333333334,15.933333333333334,22.04439075947456,1480.0,1439.0
|
| 38 |
+
scsemi5rt,C93_0405,covid_positive,1500,5527,150,0.6073333333333333,0.47421747783607743,0.08133333333333333,0.03057716663651167,0.14466666666666667,0.2131355165550932,0.13,0.2529401121765877,0.036,0.026777637054459923,0.0006666666666666666,0.0023520897412701285,0.3861887702792352,0.24433007333249482,0.6076953407265455,4,False,0.16666666666666666,0.02,0.52,0.18,14.466666666666667,21.31355165550932,1479.0,1471.0
|
| 39 |
+
scsemi5rt,C103_2204,covid_negative,1500,8742,150,0.7286666666666667,0.5037748798901853,0.07533333333333334,0.06394417753374514,0.10466666666666667,0.2772820864790666,0.03266666666666666,0.1261725005719515,0.051333333333333335,0.0263097689315946,0.007333333333333333,0.0025165865934568747,0.5322425074353695,0.2433929610480895,0.49893033222505606,38,False,0.18666666666666668,0.006666666666666667,0.54,0.04,10.466666666666667,27.728208647906662,1479.0,1718.0
|
| 40 |
+
scsemi5rt,C104_2204,covid_negative,1500,11388,150,0.8986666666666666,0.29004214963119074,0.02,0.03898840885142255,0.04,0.4137688795223042,0.026,0.18580962416578856,0.012666666666666666,0.06840533895328416,0.0026666666666666666,0.002985598876009835,1.2172490340709516,0.5873872689225684,0.5836766899444871,9,False,0.08666666666666667,0.02,0.54,0.08,4.0,41.37688795223042,1478.0,1965.5
|
| 41 |
+
scsemi5rt,C106_2204,covid_negative,1500,9233,150,0.912,0.6097693057511101,0.013333333333333334,0.036824434095093686,0.042,0.19451965774937724,0.018666666666666668,0.10733239467128777,0.012666666666666666,0.047980071482725005,0.0013333333333333333,0.003574136250406152,0.6044613884977799,0.3258305729636226,0.5726624078003273,7,False,0.16666666666666666,0.02,0.5733333333333334,0.12,4.2,19.451965774937722,1478.0,1796.0
|
| 42 |
+
scsemi5rt,C108_2204,covid_negative,1500,1839,150,0.7133333333333334,0.6688417618270799,0.072,0.0032626427406199023,0.12733333333333333,0.03806416530723219,0.036,0.25502990755845567,0.04933333333333333,0.021750951604132682,0.002,0.013050570962479609,0.4601609570418706,0.5230688572960983,0.5113006852470886,95,False,0.23333333333333334,0.05333333333333334,0.56,0.05333333333333334,12.733333333333333,3.8064165307232187,1479.0,1341.0
|
| 43 |
+
scsemi5rt,C108_1501,covid_positive,1500,1488,150,0.67,0.2956989247311828,0.028666666666666667,0.016129032258064516,0.152,0.21841397849462366,0.09133333333333334,0.41935483870967744,0.028,0.04032258064516129,0.03,0.010080645161290322,0.8135161290322581,0.6138588730792813,0.6606179782350328,56,False,0.26,0.10666666666666667,0.14666666666666667,0.06,15.2,21.841397849462364,1480.0,863.0
|
| 44 |
+
scsemi5rt,C108_1801,covid_positive,1500,806,150,0.68,0.2853598014888337,0.028,0.07568238213399504,0.15266666666666667,0.08560794044665013,0.08466666666666667,0.47890818858560796,0.024,0.04466501240694789,0.030666666666666665,0.02977667493796526,0.9251778329197685,0.6805344462810445,0.6805340007197644,89,False,0.30666666666666664,0.12666666666666668,0.12666666666666668,0.09333333333333334,15.266666666666667,8.560794044665013,1479.5,676.0
|
| 45 |
+
scsemi5rt,C108_2201,covid_positive,1500,696,150,0.32,0.2988505747126437,0.050666666666666665,0.041666666666666664,0.45266666666666666,0.09195402298850575,0.06266666666666666,0.5100574712643678,0.07733333333333334,0.021551724137931036,0.03666666666666667,0.035919540229885055,0.8947816091954024,0.7262486468617357,0.6591826206208213,67,False,0.42,0.06666666666666667,0.36666666666666664,0.09333333333333334,45.266666666666666,9.195402298850574,1478.0,1399.5
|
| 46 |
+
scsemi5rt,C113_0605,covid_positive,1500,3274,150,0.45066666666666666,0.6053756872327428,0.062,0.14141722663408673,0.3473333333333333,0.032376298106292,0.030666666666666665,0.03512522907758094,0.102,0.030849114233353694,0.007333333333333333,0.1548564447159438,0.7722158419873753,0.5610453471989747,0.71443509159401,27,False,0.66,0.06666666666666667,0.3333333333333333,0.5533333333333333,34.733333333333334,3.2376298106292003,1477.0,2026.0
|
| 47 |
+
scsemi5rt,C123_2404,covid_positive,1500,3758,150,0.2866666666666667,0.5516232038318254,0.037333333333333336,0.04922831293241086,0.464,0.08541777541245343,0.112,0.271953166577967,0.036,0.032730175625332626,0.064,0.009047365620010643,0.8736093666844065,0.3215679971400515,0.6413476534815931,11,False,0.38666666666666666,0.02,0.4866666666666667,0.16,46.400000000000006,8.541777541245343,1477.5,1299.0
|
| 48 |
+
scsemi5rt,C123_2904,covid_positive,1500,3252,150,0.32666666666666666,0.49231242312423124,0.03133333333333333,0.07380073800738007,0.45866666666666667,0.19034440344403444,0.064,0.22478474784747848,0.06466666666666666,0.01107011070110701,0.05466666666666667,0.007687576875768758,0.7377958179581796,0.1452495457529155,0.5931609079502232,4,False,0.5,0.006666666666666667,0.54,0.23333333333333334,45.86666666666667,19.034440344403443,1476.0,1489.0
|
| 49 |
+
scsemi5rt,C123_0505,covid_positive,1500,2266,150,0.3313333333333333,0.4854368932038835,0.038,0.05383936451897617,0.4646666666666667,0.27184466019417475,0.038,0.13901147396293026,0.04733333333333333,0.025154457193292144,0.08066666666666666,0.02471315092674316,0.5419087967049132,0.2257882712311602,0.6066441505968732,15,False,0.49333333333333335,0.013333333333333334,0.7066666666666667,0.22666666666666666,46.46666666666667,27.184466019417474,1476.0,1849.0
|
| 50 |
+
scsemi5rt,C124_2404,covid_positive,1500,2290,150,0.382,0.5100436681222708,0.368,0.18777292576419213,0.12866666666666668,0.08340611353711791,0.03933333333333333,0.19519650655021833,0.030666666666666665,0.017903930131004366,0.051333333333333335,0.005676855895196507,0.5678136826783116,0.2192243647813003,0.709439966101974,45,False,0.5066666666666667,0.02,0.48,0.17333333333333334,12.866666666666667,8.340611353711791,1478.0,1635.0
|
| 51 |
+
scsemi5rt,C124_2704,covid_positive,1500,4137,150,0.38333333333333336,0.5112400290065264,0.36533333333333334,0.11965192168237854,0.12266666666666666,0.06961566352429296,0.034666666666666665,0.27870437515107566,0.048,0.015711868503746677,0.046,0.005076142131979695,0.7438888083152042,0.25239081558789916,0.6860063228542786,49,False,0.4866666666666667,0.006666666666666667,0.5533333333333333,0.15333333333333332,12.266666666666666,6.961566352429297,1478.0,1328.0
|
| 52 |
+
scsemi5rt,C124_0105,covid_positive,1500,5245,150,0.394,0.5548141086749285,0.358,0.07740705433746425,0.12266666666666666,0.06444232602478552,0.030666666666666665,0.25681601525262154,0.04733333333333333,0.041182078169685415,0.04733333333333333,0.005338417540514776,0.7739269145217668,0.31668696537132995,0.6968101740707784,36,False,0.5133333333333333,0.006666666666666667,0.5533333333333333,0.22,12.266666666666666,6.444232602478552,1479.0,1944.0
|
| 53 |
+
scsemi5rt,C126_2504,covid_positive,1500,8159,150,0.6446666666666667,0.5618335580340728,0.11,0.056992278465498224,0.132,0.2332393675695551,0.07533333333333334,0.11177840421620297,0.035333333333333335,0.028925113371736734,0.0026666666666666666,0.0072312783429341835,0.28449810025738465,0.2735472165459468,0.5930376979398515,6,False,0.14,0.02666666666666667,0.4666666666666667,0.17333333333333334,13.200000000000001,23.32393675695551,1478.0,1410.0
|
| 54 |
+
scsemi5rt,C126_3004,covid_positive,1500,7181,150,0.8133333333333334,0.743629021027712,0.10266666666666667,0.05848767581116836,0.004666666666666667,0.05082857540732488,0.06133333333333333,0.1211530427517059,0.015333333333333332,0.0181033282272664,0.0026666666666666666,0.007798356774822448,0.2277666063222393,0.5126438831181791,0.6423702459913337,8,False,0.4066666666666667,0.03333333333333333,0.7,0.24666666666666667,0.46666666666666673,5.082857540732489,1480.0,1641.0
|
| 55 |
+
scsemi5rt,C126_0605,covid_positive,1500,6577,150,0.748,0.5716892200091227,0.08666666666666667,0.11023262885814201,0.056,0.08712178804926259,0.056666666666666664,0.16618519081648167,0.050666666666666665,0.055648471947696516,0.002,0.009122700319294512,0.3526215599817546,0.21966724708715352,0.5782775140108424,8,False,0.32,0.05333333333333334,0.7466666666666667,0.13333333333333333,5.6000000000000005,8.712178804926259,1478.0,1620.0
|
| 56 |
+
scsemi5rt,C127_2504,covid_positive,1500,2691,150,0.3293333333333333,0.6648086213303604,0.05266666666666667,0.10999628390932739,0.452,0.03121516164994426,0.05333333333333334,0.18097361575622445,0.06066666666666667,0.00966183574879227,0.052,0.0033444816053511705,1.040890375325158,0.3625505284053567,0.6405716382616561,122,False,0.35333333333333333,0.006666666666666667,0.38666666666666666,0.13333333333333333,45.2,3.121516164994426,1481.0,1559.0
|
| 57 |
+
scsemi5rt,C127_0405,covid_positive,1500,9080,150,0.48933333333333334,0.4183920704845815,0.19866666666666666,0.07444933920704846,0.21466666666666667,0.24295154185022028,0.04466666666666667,0.24295154185022028,0.044,0.018502202643171806,0.008666666666666666,0.0027533039647577094,0.4531395007342144,0.2793085432998465,0.6923140208648347,14,False,0.48,0.04666666666666667,0.24666666666666667,0.14666666666666667,21.46666666666667,24.295154185022028,1478.0,1270.0
|
| 58 |
+
scsemi5rt,C127_1105,covid_positive,1500,5124,150,0.8833333333333333,0.5739656518345043,0.012666666666666666,0.09543325526932084,0.048,0.14910226385636222,0.03666666666666667,0.1649102263856362,0.014,0.01522248243559719,0.005333333333333333,0.001366120218579235,0.6266697892271663,0.17017449536860002,0.6154029959945944,30,False,0.3,0.013333333333333334,0.44666666666666666,0.12,4.8,14.910226385636221,1478.0,1529.5
|
| 59 |
+
scsemi5rt,C128_2504,covid_positive,1500,4306,150,0.688,0.6421272642823966,0.03933333333333333,0.06618671620993961,0.14133333333333334,0.1692986530422666,0.07133333333333333,0.09939619136089178,0.027333333333333334,0.02275894101254064,0.03266666666666666,0.00023223409196470042,0.16576312122619596,0.31291921800459493,0.71040239549265,90,False,0.3333333333333333,0.0,0.16666666666666666,0.1,14.133333333333335,16.92986530422666,1481.0,1385.5
|
| 60 |
+
scsemi5rt,C128_0405,covid_positive,1500,4498,150,0.49533333333333335,0.7550022232103157,0.2,0.13361493997332147,0.21666666666666667,0.053357047576700754,0.036,0.048910626945309024,0.046,0.007114273010226767,0.006,0.0020008892841262785,0.5451590336445828,0.565249503428795,0.7131905665624267,82,False,0.44666666666666666,0.0,0.30666666666666664,0.12,21.666666666666668,5.335704757670076,1477.0,1437.0
|
| 61 |
+
scsemi5rt,C128_1105,covid_positive,1500,6655,150,0.9013333333333333,0.7095416979714501,0.017333333333333333,0.04552967693463561,0.04533333333333334,0.15251690458302028,0.02266666666666667,0.05875281743050338,0.012666666666666666,0.03215627347858753,0.0006666666666666666,0.0015026296018031556,0.3835832707237665,0.4510859769357033,0.6106079131641396,15,False,0.12666666666666668,0.02,0.35333333333333333,0.18,4.533333333333333,15.251690458302027,1477.0,1871.0
|
| 62 |
+
scsemi5rt,C132_2804,covid_positive,1500,5471,150,0.8113333333333334,0.7344178395174557,0.10466666666666667,0.13087186985925792,0.004,0.021568269055017363,0.054,0.09376713580698227,0.026,0.01772984829098885,0.0,0.0016450374702979345,0.17037129104977766,0.520237047538686,0.6178329620841071,35,False,0.2866666666666667,0.06666666666666667,0.5666666666666667,0.16,0.4,2.1568269055017364,1478.0,1362.0
|
| 63 |
+
scsemi5rt,C132_0205,covid_positive,1500,4671,150,0.8033333333333333,0.6112181545707557,0.112,0.11432241490044959,0.007333333333333333,0.08948833226289873,0.05466666666666667,0.13680154142581888,0.02266666666666667,0.046242774566473986,0.0,0.0019267822736030828,0.3842303575251553,0.2816026393649707,0.6187810795672118,39,False,0.29333333333333333,0.02666666666666667,0.66,0.13333333333333333,0.7333333333333333,8.948833226289873,1477.5,1457.0
|
| 64 |
+
scsemi5rt,C132_1105,covid_positive,1500,4699,150,0.9066666666666666,0.6814215790593743,0.016,0.19472228133645456,0.044,0.04618003830602256,0.007333333333333333,0.06873802936795063,0.024666666666666667,0.007022770802298362,0.0013333333333333333,0.001915301127899553,0.4857779669433213,0.5419453495769165,0.569232577978117,44,False,0.18666666666666668,0.006666666666666667,0.56,0.16666666666666666,4.3999999999999995,4.618003830602256,1478.0,1737.0
|
| 65 |
+
scsemi5rt,C137_3004,covid_negative,1500,4387,150,0.7446666666666667,0.5030772737633918,0.07666666666666666,0.10987007066332345,0.08666666666666667,0.2227034419876909,0.058666666666666666,0.1395030772737634,0.03133333333333333,0.019603373603829497,0.002,0.005242762708000912,0.5066387052655573,0.13252427808111147,0.5691474900702886,66,False,0.3333333333333333,0.04666666666666667,0.68,0.1,8.666666666666668,22.27034419876909,1479.0,1107.0
|
| 66 |
+
scsemi5rt,C137_2502,recovery,1500,2012,150,0.522,0.5690854870775348,0.19666666666666666,0.17047713717693838,0.19066666666666668,0.12326043737574553,0.027333333333333334,0.11381709741550695,0.05533333333333333,0.003976143141153081,0.008,0.019383697813121274,0.28990589794565935,0.2724221453184065,0.6816335468782189,34,False,0.42,0.05333333333333334,0.44666666666666666,0.11333333333333333,19.066666666666666,12.326043737574553,1479.0,1359.5
|
| 67 |
+
scsemi5rt,C138_3004,covid_negative,1500,1909,150,0.726,0.34468308014667365,0.08133333333333333,0.025144054478784705,0.08533333333333333,0.3609219486642221,0.07266666666666667,0.1959140911471975,0.03,0.06862231534834992,0.004666666666666667,0.004714510214772132,0.87501239741575,0.5145646129945836,0.5614262710433976,59,False,0.3466666666666667,0.03333333333333333,0.64,0.09333333333333334,8.533333333333333,36.09219486642221,1477.0,1398.0
|
| 68 |
+
scsemi5rt,C138_2301,covid_positive,1500,964,150,0.6586666666666666,0.38278008298755184,0.03266666666666666,0.0508298755186722,0.14666666666666667,0.12033195020746888,0.10266666666666667,0.3153526970954357,0.024666666666666667,0.03734439834024896,0.034666666666666665,0.09336099585062241,0.6044426002766252,0.45853676495599766,0.7873238142195342,1,True,0.3466666666666667,0.05333333333333334,0.26,0.12,14.666666666666666,12.033195020746888,1477.0,1072.0
|
| 69 |
+
scsemi5rt,C138_3001,covid_positive,1500,731,150,0.6913333333333334,0.12311901504787962,0.08533333333333333,0.08207934336525308,0.014,0.4008207934336525,0.188,0.27359781121751026,0.002,0.02188782489740082,0.019333333333333334,0.09849521203830369,1.142936616507068,0.8447747757854266,0.7770349200084656,131,False,0.3333333333333333,0.10666666666666667,0.4,0.2,1.4000000000000001,40.08207934336525,1478.0,1223.0
|
| 70 |
+
scsemi5rt,C138_0202,covid_positive,1500,2861,150,0.49733333333333335,0.2153093324012583,0.19466666666666665,0.0740999650471863,0.21466666666666667,0.5159035302341839,0.04533333333333334,0.1422579517651171,0.03666666666666667,0.04194337644180356,0.011333333333333334,0.01048584411045089,0.8068763835488758,0.7278592878456447,0.7411279800096303,22,False,0.36,0.07333333333333333,0.44666666666666666,0.10666666666666667,21.46666666666667,51.59035302341839,1479.0,1031.0
|
| 71 |
+
scsemi5rt,C138_0402,covid_positive,1500,500,150,0.48133333333333334,0.344,0.18333333333333332,0.074,0.22933333333333333,0.304,0.03866666666666667,0.202,0.046,0.008,0.021333333333333333,0.068,0.5693333333333334,0.44694714240649364,0.7259466512951449,44,False,0.38,0.04666666666666667,0.4533333333333333,0.13333333333333333,22.933333333333334,30.4,1479.0,1847.5
|
| 72 |
+
scsemi5rt,C140_3004,covid_negative,1500,3196,150,0.8373333333333334,0.27252816020025034,0.098,0.3886107634543179,0.0026666666666666666,0.12484355444305381,0.034666666666666665,0.13610763454317898,0.024,0.07165206508135169,0.0033333333333333335,0.006257822277847309,1.129610346266166,0.6482568391620279,0.5131987770359059,102,False,0.2866666666666667,0.08,0.6933333333333334,0.08666666666666667,0.26666666666666666,12.48435544430538,1478.0,915.5
|
| 73 |
+
scsemi5rt,C140_2801,covid_positive,1500,226,113,0.676,0.26991150442477874,0.04066666666666666,0.2610619469026549,0.14533333333333334,0.11946902654867257,0.07066666666666667,0.3230088495575221,0.034666666666666665,0.02654867256637168,0.03266666666666666,0.0,0.9454749262536873,0.6068657551167502,0.7247771657631705,89,False,0.3185840707964602,0.13274336283185842,0.168141592920354,0.08849557522123894,14.533333333333335,11.946902654867257,1480.0,1194.0
|
| 74 |
+
scsemi5rt,C140_3001,covid_positive,1500,6088,150,0.49066666666666664,0.12220762155059132,0.20666666666666667,0.2664257555847569,0.19466666666666665,0.33327858081471745,0.046,0.2176412614980289,0.05266666666666667,0.056504599211563734,0.009333333333333334,0.003942181340341655,0.7477003942181341,0.7898736886381303,0.6956410400430423,56,False,0.43333333333333335,0.06,0.38,0.04,19.466666666666665,33.327858081471746,1478.0,925.0
|
| 75 |
+
scsemi5rt,C140_0202,covid_positive,1500,3567,150,0.79,0.2612839921502663,0.10866666666666666,0.29072049341183065,0.0033333333333333335,0.16232127838519764,0.078,0.2321278385197645,0.018666666666666668,0.04513596860106532,0.0013333333333333333,0.008410428931875526,1.0574320156994674,0.5161650690484364,0.5942023236228764,79,False,0.43333333333333335,0.04666666666666667,0.76,0.11333333333333333,0.33333333333333337,16.232127838519762,1479.0,1057.0
|
| 76 |
+
scsemi5rt,C140_0402,covid_positive,1500,1593,150,0.7973333333333333,0.15065913370998116,0.114,0.49466415568110483,0.002,0.0696798493408663,0.066,0.2542372881355932,0.020666666666666667,0.025109855618330193,0.0,0.005649717514124294,1.2933483992467045,0.9365270498297922,0.5532215201529893,112,False,0.46,0.02,0.7133333333333334,0.04,0.2,6.96798493408663,1477.0,840.0
|
| 77 |
+
scsemi5rt,C140_0602,covid_positive,1500,2196,150,0.776,0.13479052823315119,0.11333333333333333,0.28734061930783245,0.006666666666666667,0.31785063752276865,0.08,0.16939890710382513,0.024,0.08378870673952642,0.0,0.006830601092896175,1.2824189435336977,0.7676679356678244,0.5774953761261165,82,False,0.36,0.10666666666666667,0.6733333333333333,0.10666666666666667,0.6666666666666667,31.785063752276866,1478.0,902.0
|
| 78 |
+
scsemi5rt,C140_0902,covid_positive,1500,2211,150,0.8206666666666667,0.13251922207146088,0.1,0.37403889642695615,0.0033333333333333335,0.2618724559023066,0.051333333333333335,0.182722749886929,0.023333333333333334,0.04296698326549073,0.0013333333333333333,0.005879692446856626,1.3762948891904114,0.7653754653833613,0.5367610993449803,103,False,0.35333333333333333,0.02666666666666667,0.7066666666666667,0.08666666666666667,0.33333333333333337,26.187245590230663,1479.0,1221.0
|
| 79 |
+
scsemi5rt,C140_1103,recovery,1500,1468,150,0.7993333333333333,0.3528610354223433,0.10333333333333333,0.30040871934604907,0.0026666666666666666,0.10422343324250681,0.06666666666666667,0.20299727520435967,0.026,0.027929155313351498,0.002,0.011580381471389645,0.8929445958219799,0.44553615129721363,0.5868967108576553,94,False,0.3333333333333333,0.03333333333333333,0.64,0.03333333333333333,0.26666666666666666,10.422343324250681,1476.0,1276.5
|
| 80 |
+
scsemi5rt,C141_2001,covid_positive,1500,3028,150,0.688,0.3543593130779392,0.030666666666666665,0.014200792602377808,0.152,0.35402906208718626,0.06866666666666667,0.10997357992073976,0.026,0.04722589167767503,0.034666666666666665,0.1202113606340819,0.7002131219726992,0.6252784816802716,0.7168540787589534,1,True,0.3,0.11333333333333333,0.2,0.2,15.2,35.402906208718626,1476.0,1203.0
|
| 81 |
+
scsemi5rt,C141_2201,covid_positive,1500,2514,150,0.686,0.37748607796340494,0.034666666666666665,0.07438345266507558,0.14733333333333334,0.31145584725536996,0.07066666666666667,0.11177406523468576,0.018,0.0588703261734288,0.043333333333333335,0.066030230708035,0.6170278440731901,0.4550586611560526,0.7145209638103959,2,False,0.26666666666666666,0.14666666666666667,0.23333333333333334,0.14666666666666667,14.733333333333334,31.145584725536995,1478.0,892.0
|
| 82 |
+
scsemi5rt,C141_3001,covid_positive,1500,1237,150,0.3453333333333333,0.3556992724333064,0.03866666666666667,0.116410670978173,0.464,0.28698464025869036,0.03,0.09215844785772029,0.08066666666666666,0.02263540824575586,0.04133333333333333,0.12611156022635409,0.4700932363244409,0.4686970442815185,0.6419718461552234,1,True,0.3,0.08666666666666667,0.28,0.20666666666666667,46.400000000000006,28.698464025869036,1480.0,1561.0
|
| 83 |
+
scsemi5rt,C141_0202,covid_positive,1500,1025,150,0.5633333333333334,0.5629268292682926,0.16466666666666666,0.041951219512195125,0.206,0.15609756097560976,0.014,0.18341463414634146,0.044,0.02048780487804878,0.008,0.0351219512195122,0.3930731707317074,0.19927823818616472,0.6085164426262025,51,False,0.44666666666666666,0.05333333333333334,0.3466666666666667,0.14,20.599999999999998,15.609756097560975,1477.0,1487.0
|
| 84 |
+
scsemi5rt,C145_3004,covid_negative,1500,743,150,0.822,0.6002691790040376,0.106,0.05787348586810229,0.0033333333333333335,0.033647375504710635,0.046,0.26648721399730824,0.021333333333333333,0.018842530282637954,0.0013333333333333333,0.02288021534320323,0.5446962763571108,0.41063782492923867,0.5301903626137412,94,False,0.44,0.11333333333333333,0.64,0.15333333333333332,0.33333333333333337,3.3647375504710633,1478.0,894.0
|
| 85 |
+
scsemi5rt,C145_0701,covid_positive,1500,1110,150,0.6733333333333333,0.3036036036036036,0.05,0.26306306306306304,0.14333333333333334,0.1963963963963964,0.09133333333333334,0.1972972972972973,0.016,0.03063063063063063,0.026,0.009009009009009009,0.7734414414414414,0.3934875834247578,0.6559692337571645,50,False,0.12666666666666668,0.07333333333333333,0.04,0.04,14.333333333333334,19.63963963963964,1479.0,848.5
|
| 86 |
+
scsemi5rt,C145_1201,covid_positive,1500,347,150,0.7033333333333334,0.207492795389049,0.024,0.5504322766570605,0.13266666666666665,0.0345821325648415,0.09733333333333333,0.14697406340057637,0.018,0.02881844380403458,0.024666666666666667,0.03170028818443804,1.1878501440922191,0.9102482760236211,0.5481166630908637,141,False,0.08666666666666667,0.07333333333333333,0.05333333333333334,0.02666666666666667,13.266666666666666,3.45821325648415,1476.0,627.0
|
| 87 |
+
scsemi5rt,C145_1401,covid_positive,1500,1060,150,0.31533333333333335,0.2169811320754717,0.05333333333333334,0.2650943396226415,0.452,0.22641509433962265,0.06666666666666667,0.24716981132075472,0.07733333333333334,0.016037735849056604,0.035333333333333335,0.02830188679245283,0.7845283018867925,0.5868900525589895,0.6237142943994564,37,False,0.16,0.08,0.11333333333333333,0.13333333333333333,45.2,22.641509433962266,1479.0,861.0
|
| 88 |
+
scsemi5rt,C145_1901,covid_positive,1500,1173,150,0.5146666666666667,0.32821824381926684,0.20333333333333334,0.24296675191815856,0.19133333333333333,0.216538789428815,0.016,0.16112531969309463,0.06733333333333333,0.0247229326513214,0.007333333333333333,0.026427962489343565,0.4581176470588235,0.3747963883022996,0.5845972160336548,40,False,0.26,0.07333333333333333,0.35333333333333333,0.14,19.133333333333333,21.653878942881498,1478.0,1148.0
|
| 89 |
+
scsemi5rt,C145_2301,covid_positive,1500,958,150,0.5253333333333333,0.5198329853862212,0.19733333333333333,0.1638830897703549,0.20333333333333334,0.10334029227557412,0.024,0.1826722338204593,0.04133333333333333,0.009394572025052192,0.008666666666666666,0.020876826722338204,0.34176478775226177,0.17892430748270988,0.6355767151642066,46,False,0.29333333333333333,0.06,0.21333333333333335,0.10666666666666667,20.333333333333332,10.334029227557412,1479.0,1421.0
|
| 90 |
+
scsemi5rt,C146_3004,covid_negative,1500,2608,150,0.9373333333333334,0.7346625766871165,0.006666666666666667,0.049079754601226995,0.02666666666666667,0.125,0.0026666666666666666,0.05253067484662577,0.023333333333333334,0.03450920245398773,0.0033333333333333335,0.004217791411042945,0.40534151329243356,0.5113393507286424,0.5061843309996342,42,False,0.12,0.22666666666666666,0.6733333333333333,0.19333333333333333,2.666666666666667,12.5,1477.0,845.5
|
| 91 |
+
scsemi5rt,C146_1201,covid_positive,1500,3205,150,0.684,0.5691107644305772,0.034,0.10452418096723869,0.154,0.2343213728549142,0.08133333333333333,0.05585023400936037,0.02,0.027769110764430577,0.02666666666666667,0.008424336973478939,0.31722932917316704,0.29819425556168294,0.7068562072665211,23,False,0.29333333333333333,0.10666666666666667,0.15333333333333332,0.06666666666666667,15.4,23.432137285491418,1480.0,854.0
|
| 92 |
+
scsemi5rt,C146_1401,covid_positive,1500,1733,150,0.8606666666666667,0.6641661858049625,0.021333333333333333,0.09001731102135026,0.054,0.14945181765724178,0.04733333333333333,0.06520484708597807,0.014,0.029428736295441432,0.0026666666666666666,0.0017311021350259665,0.3948720907866898,0.36268422432729647,0.6208904604124111,56,False,0.14,0.1,0.26,0.12,5.4,14.945181765724177,1479.0,758.0
|
| 93 |
+
scsemi5rt,C146_1601,covid_positive,1500,363,150,0.6706666666666666,0.4573002754820937,0.03866666666666667,0.2975206611570248,0.15,0.06336088154269973,0.08733333333333333,0.1322314049586777,0.02,0.0440771349862259,0.03333333333333333,0.005509641873278237,0.6556584022038566,0.38378040252761075,0.6830327733914897,141,False,0.30666666666666664,0.14,0.11333333333333333,0.04666666666666667,15.0,6.336088154269973,1477.0,577.0
|
| 94 |
+
scsemi5rt,C146_1901,covid_positive,1500,2803,150,0.7033333333333334,0.708169818052087,0.034,0.13877987870139136,0.14466666666666667,0.06814127720299679,0.068,0.06778451658936853,0.018666666666666668,0.00856225472707813,0.03133333333333333,0.00856225472707813,0.21923272684029005,0.4901921167363753,0.6753793749848372,11,False,0.21333333333333335,0.09333333333333334,0.11333333333333333,0.04666666666666667,14.466666666666667,6.814127720299679,1478.5,820.0
|
| 95 |
+
scsemi5rt,C146_2301,covid_positive,1500,1330,150,0.762,0.649624060150376,0.1,0.13458646616541353,0.006666666666666667,0.0518796992481203,0.12333333333333334,0.1443609022556391,0.007333333333333333,0.006015037593984963,0.0006666666666666666,0.013533834586466165,0.2273884711779448,0.3647137758609975,0.516142139592311,86,False,0.4533333333333333,0.02666666666666667,0.6066666666666667,0.05333333333333334,0.6666666666666667,5.18796992481203,1478.0,953.5
|
| 96 |
+
scsemi5rt,C146_2701,covid_positive,1500,1109,150,0.5046666666666667,0.4211000901713255,0.20333333333333334,0.16050495942290352,0.21666666666666667,0.3155996393146979,0.03266666666666666,0.06492335437330929,0.03333333333333333,0.019837691614066726,0.009333333333333334,0.018034265103697024,0.2797811842500752,0.37869799292792744,0.6922898040066451,18,False,0.37333333333333335,0.04666666666666667,0.4,0.1,21.666666666666668,31.55996393146979,1478.0,1485.0
|
| 97 |
+
scsemi5rt,C146_2502,recovery,1500,5129,150,0.6833333333333333,0.71475921232209,0.098,0.04679274712419575,0.12666666666666668,0.14837200233963735,0.04933333333333333,0.06336517839734841,0.04133333333333333,0.01852212906999415,0.0013333333333333333,0.008188730746734256,0.1480369142782868,0.4638702773615516,0.5521281319750364,42,False,0.19333333333333333,0.06,0.48,0.16,12.666666666666668,14.837200233963735,1477.0,1290.0
|
| 98 |
+
scsemi5rt,C147_3004,covid_negative,1500,2048,150,0.7233333333333334,0.59375,0.076,0.1328125,0.12066666666666667,0.109375,0.025333333333333333,0.1259765625,0.044,0.0322265625,0.010666666666666666,0.005859375,0.31491145833333334,0.23767029715219964,0.4899491868693953,70,False,0.14666666666666667,0.09333333333333334,0.62,0.10666666666666667,12.066666666666666,10.9375,1479.0,1014.0
|
| 99 |
+
scsemi5rt,C147_1401,covid_positive,1500,2973,150,0.6866666666666666,0.2263706693575513,0.03,0.2472250252270434,0.148,0.3871510258997645,0.07666666666666666,0.110326269761184,0.020666666666666667,0.02119071644803229,0.038,0.007736293306424487,0.9811194080053818,0.6940749853803352,0.6942023279919756,83,False,0.3933333333333333,0.12666666666666668,0.2866666666666667,0.05333333333333334,14.799999999999999,38.71510258997645,1479.0,1017.0
|
| 100 |
+
scsemi5rt,C147_1901,covid_positive,1500,3691,150,0.5046666666666667,0.42021132484421564,0.198,0.24735843944730426,0.206,0.04958005960444324,0.03866666666666667,0.21376320780276348,0.043333333333333335,0.006502302898943376,0.009333333333333334,0.06258466540232999,0.5554126253047955,0.4316146775994987,0.6668384859683075,93,False,0.37333333333333335,0.1,0.3333333333333333,0.06,20.599999999999998,4.958005960444324,1479.0,844.0
|
| 101 |
+
scsemi5rt,C152_0405,covid_negative,1500,4046,150,0.9446666666666667,0.8826000988630747,0.005333333333333333,0.014335145823035097,0.024,0.04572417202174987,0.002,0.04745427582797825,0.019333333333333334,0.009886307464162136,0.004666666666666667,0.0,0.15236052067885977,0.7903052283484736,0.539853968064419,29,False,0.11333333333333333,0.04666666666666667,0.5333333333333333,0.11333333333333333,2.4,4.572417202174988,1477.0,1464.5
|
| 102 |
+
scsemi5rt,C161_1105,covid_negative,1500,820,150,0.7273333333333334,0.6743902439024391,0.08333333333333333,0.06341463414634146,0.03933333333333333,0.20853658536585365,0.06266666666666666,0.00975609756097561,0.008,0.03902439024390244,0.07933333333333334,0.004878048780487805,0.4004552845528455,0.4661763812403061,0.6283485734958205,68,False,0.17333333333333334,0.02,0.35333333333333333,0.05333333333333334,3.933333333333333,20.853658536585364,1481.0,1665.0
|
| 103 |
+
scsemi5rt,C167_1205,covid_negative,1500,9978,150,0.942,0.7162758067749048,0.005333333333333333,0.03487672880336741,0.027333333333333334,0.08819402685909,0.004,0.149929845660453,0.02,0.008719182200841852,0.0013333333333333333,0.0020044097013429546,0.4740100220485067,0.4553140485089203,0.5196483849562724,34,False,0.08,0.013333333333333334,0.8933333333333333,0.12666666666666668,2.7333333333333334,8.819402685909001,1478.0,1452.0
|
| 104 |
+
scsemi5rt,C168_1205,covid_negative,1500,2323,150,0.6213333333333333,0.49978476108480413,0.1,0.05337925096857512,0.14466666666666667,0.21437795953508396,0.09733333333333333,0.16272061988807576,0.035333333333333335,0.06371071889797675,0.0013333333333333333,0.006026689625484288,0.33633864255990814,0.17387767690726136,0.5616427453443273,50,False,0.18,0.20666666666666667,0.5066666666666667,0.13333333333333333,14.466666666666667,21.437795953508395,1474.0,781.0
|
| 105 |
+
scsemi5rt,C168_2001,covid_positive,1500,2751,150,0.8193333333333334,0.3300617957106507,0.018666666666666668,0.31842966194111233,0.048666666666666664,0.18684114867320975,0.072,0.11959287531806616,0.005333333333333333,0.03744093057070156,0.036,0.007633587786259542,1.0352758996728462,0.4584015454708214,0.65627629667262,80,False,0.11333333333333333,0.04,0.29333333333333333,0.06,4.866666666666666,18.684114867320975,1481.0,945.0
|
| 106 |
+
scsemi5rt,C168_2301,covid_positive,1500,901,150,0.69,0.42730299667036625,0.04133333333333333,0.19200887902330743,0.10666666666666667,0.051054384017758046,0.072,0.2885682574916759,0.06266666666666666,0.03551609322974473,0.027333333333333334,0.005549389567147614,0.7344876063633,0.3842553718824635,0.6348959352739161,96,False,0.4,0.06,0.14666666666666667,0.04,10.666666666666668,5.105438401775805,1478.0,853.0
|
| 107 |
+
scsemi5rt,C168_3001,covid_positive,1500,1160,150,0.49066666666666664,0.3931034482758621,0.20466666666666666,0.10775862068965517,0.21,0.28706896551724137,0.034,0.1310344827586207,0.052,0.06810344827586207,0.008666666666666666,0.01293103448275862,0.3889425287356322,0.31920021877701454,0.7289712280626787,13,False,0.43333333333333335,0.17333333333333334,0.41333333333333333,0.18,21.0,28.706896551724135,1482.0,837.0
|
| 108 |
+
scsemi5rt,C168_0202,covid_positive,1500,651,150,0.732,0.2903225806451613,0.07666666666666666,0.18125960061443933,0.08266666666666667,0.3302611367127496,0.068,0.09984639016897082,0.036,0.09831029185867896,0.004666666666666667,0.0,0.8926881720430108,0.59264012147251,0.5430004780194214,111,False,0.4066666666666667,0.08,0.6733333333333333,0.06666666666666667,8.266666666666666,33.026113671274956,1480.0,670.0
|
| 109 |
+
scsemi5rt,C168_0403,recovery,1500,2526,150,0.498,0.29493269992082344,0.20133333333333334,0.08036421219319081,0.21266666666666667,0.4398258115597783,0.035333333333333335,0.1421219319081552,0.04533333333333334,0.0344418052256532,0.007333333333333333,0.00831353919239905,0.6698558986539984,0.5573906247616708,0.7017394411716992,18,False,0.4066666666666667,0.06666666666666667,0.36,0.11333333333333333,21.266666666666666,43.982581155977826,1476.0,1080.0
|
| 110 |
+
scsemi5rt,C169_1205,covid_negative,1500,1252,150,0.6193333333333333,0.444888178913738,0.098,0.11421725239616613,0.144,0.15175718849840256,0.112,0.2340255591054313,0.024,0.031150159744408944,0.0026666666666666666,0.023961661341853034,0.3488903088391906,0.14010993951406459,0.5331303758285867,76,False,0.24,0.13333333333333333,0.48,0.16666666666666666,14.399999999999999,15.175718849840255,1477.0,1000.0
|
| 111 |
+
scsemi5rt,C169_2001,covid_positive,1500,755,150,0.8566666666666667,0.5814569536423841,0.016666666666666666,0.1827814569536424,0.04533333333333334,0.052980132450331126,0.06666666666666667,0.14437086092715232,0.008666666666666666,0.030463576158940398,0.006,0.007947019867549669,0.5504194260485651,0.31206853050306066,0.6103008276021566,112,False,0.18666666666666668,0.10666666666666667,0.34,0.03333333333333333,4.533333333333333,5.298013245033113,1478.5,586.0
|
| 112 |
+
scsemi5rt,C169_2301,covid_positive,1500,3773,150,0.8646666666666667,0.5139146567717996,0.022,0.08666843360720912,0.05,0.04320169626292075,0.043333333333333335,0.31221839385104694,0.012,0.028624436787702094,0.008,0.015372382719321495,0.7151006272638926,0.32658452854400893,0.5751032942869667,107,False,0.24666666666666667,0.03333333333333333,0.5,0.04,5.0,4.320169626292075,1478.0,886.0
|
| 113 |
+
scsemi5rt,C169_0202,covid_positive,1500,1286,150,0.598,0.5256609642301711,0.10666666666666667,0.14774494556765164,0.12733333333333333,0.14074650077760498,0.13266666666666665,0.12052877138413685,0.03333333333333333,0.04821150855365474,0.002,0.017107309486780714,0.16895386210471744,0.1724051672707072,0.5869641513877594,54,False,0.32666666666666666,0.20666666666666667,0.5066666666666667,0.12,12.733333333333333,14.074650077760499,1477.0,841.0
|
| 114 |
+
scsemi5rt,C169_0403,recovery,1500,4368,150,0.598,0.5057234432234432,0.09466666666666666,0.1201923076923077,0.15066666666666667,0.12248168498168498,0.116,0.21268315018315018,0.04066666666666666,0.023351648351648352,0.0,0.015567765567765568,0.2755531135531135,0.11365782412951929,0.5831611218478603,97,False,0.24,0.06,0.5066666666666667,0.04,15.066666666666666,12.248168498168498,1476.0,992.0
|
| 115 |
+
scsemi5rt,C170_1205,covid_negative,1500,953,150,0.9,0.5204616998950682,0.014666666666666666,0.02098635886673662,0.051333333333333335,0.21720881427072403,0.016666666666666666,0.19832109129066108,0.015333333333333332,0.03882476390346275,0.002,0.004197271773347324,0.7590766002098635,0.2216981141985615,0.532025602129883,79,False,0.24666666666666667,0.1,0.5866666666666667,0.05333333333333334,5.133333333333334,21.720881427072403,1479.0,736.0
|
| 116 |
+
scsemi5rt,C170_2301,covid_positive,1500,1055,150,0.5626666666666666,0.4199052132701422,0.1,0.0947867298578199,0.156,0.07109004739336493,0.14066666666666666,0.37156398104265403,0.03333333333333333,0.03981042654028436,0.007333333333333333,0.002843601895734597,0.4747488151658768,0.4190176662609261,0.5732208177917408,137,False,0.16,0.17333333333333334,0.38666666666666666,0.02,15.6,7.109004739336493,1478.0,548.0
|
| 117 |
+
scsemi5rt,C170_0202,covid_positive,1500,5621,150,0.774,0.4090019569471624,0.10266666666666667,0.10745418964597046,0.006,0.13271659847002312,0.09,0.26845756982743285,0.025333333333333333,0.07987902508450453,0.002,0.0024906600249066002,0.7299960861056752,0.2929420409189242,0.6284716627888163,61,False,0.38666666666666666,0.12,0.58,0.16666666666666666,0.6,13.271659847002311,1477.0,840.0
|
| 118 |
+
scsemi5rt,C170_0402,covid_positive,1500,808,150,0.6173333333333333,0.5742574257425742,0.1,0.054455445544554455,0.13466666666666666,0.017326732673267328,0.10866666666666666,0.3193069306930693,0.03933333333333333,0.03094059405940594,0.0,0.0037128712871287127,0.4287062706270627,0.46605600184833984,0.5471340168438541,119,False,0.18666666666666668,0.05333333333333334,0.42,0.05333333333333334,13.466666666666665,1.7326732673267329,1479.0,907.0
|
| 119 |
+
scsemi5rt,C170_0403,recovery,1500,3745,150,0.5966666666666667,0.6101468624833111,0.1,0.015487316421895861,0.14466666666666667,0.06809078771695594,0.13066666666666665,0.2809078771695594,0.027333333333333334,0.021628838451268357,0.0006666666666666666,0.003738317757009346,0.3335861148197597,0.45885372100100463,0.5970252813544807,71,False,0.16,0.04,0.31333333333333335,0.1,14.466666666666667,6.809078771695594,1477.0,984.0
|
| 120 |
+
scsemi5rt,C187_2605,covid_negative,1500,1867,150,0.8593333333333333,0.129084092126406,0.05,0.04124263524370648,0.035333333333333335,0.5243706480985538,0.029333333333333333,0.11355115158007499,0.02266666666666667,0.17621853240492769,0.0033333333333333335,0.015532940546331012,1.4780132119264418,1.0140951584964935,0.5007708828279888,64,False,0.30666666666666664,0.15333333333333332,0.7733333333333333,0.10666666666666667,3.5333333333333337,52.437064809855386,1479.0,783.0
|
| 121 |
+
scsemi5rt,C187_1201,covid_positive,1500,1985,150,0.6053333333333333,0.05994962216624685,0.03333333333333333,0.02518891687657431,0.15466666666666667,0.23425692695214106,0.14133333333333334,0.6392947103274559,0.02666666666666667,0.031234256926952142,0.03866666666666667,0.010075566750629723,1.164238455079765,1.0922471294704434,0.8012133211962835,21,False,0.38666666666666666,0.11333333333333333,0.19333333333333333,0.10666666666666667,15.466666666666667,23.425692695214106,1477.0,706.0
|
| 122 |
+
scsemi5rt,C187_1401,covid_positive,1500,3155,150,0.6393333333333333,0.10998415213946117,0.03266666666666666,0.041521394611727415,0.152,0.22060221870047544,0.10933333333333334,0.5670364500792393,0.030666666666666665,0.04659270998415214,0.036,0.014263074484944533,1.1021722134178553,0.9522430781993891,0.8005407091008676,2,False,0.30666666666666664,0.12666666666666668,0.26666666666666666,0.14,15.2,22.060221870047545,1478.5,671.0
|
| 123 |
+
scsemi5rt,C187_1901,covid_positive,1500,1966,150,0.6453333333333333,0.08748728382502544,0.03133333333333333,0.07019328585961343,0.15333333333333332,0.1958290946083418,0.10466666666666667,0.5635808748728383,0.030666666666666665,0.049338758901322485,0.034666666666666665,0.0335707019328586,1.1178840284842315,0.9398930323324884,0.7774609187809769,1,True,0.30666666666666664,0.09333333333333334,0.24,0.24666666666666667,15.333333333333332,19.58290946083418,1479.0,904.5
|
| 124 |
+
scsemi5rt,C187_2301,covid_positive,1500,529,150,0.4746666666666667,0.16446124763705103,0.18266666666666667,0.17391304347826086,0.218,0.06994328922495274,0.058,0.5311909262759924,0.048,0.03780718336483932,0.018666666666666668,0.022684310018903593,0.9544171392564588,0.8754697400055456,0.6713351526932319,100,False,0.49333333333333335,0.12666666666666668,0.49333333333333335,0.14,21.8,6.994328922495274,1477.0,695.0
|
| 125 |
+
scsemi5rt,C187_2502,recovery,1500,5693,150,0.49933333333333335,0.284559985947655,0.182,0.018443702792903565,0.22,0.2466186544879677,0.038,0.39030388196030213,0.052,0.04268399789214825,0.008666666666666666,0.017389776919023364,0.7752912934012531,0.649246794220649,0.6802762427205322,24,False,0.47333333333333333,0.05333333333333334,0.35333333333333333,0.06,22.0,24.661865448796767,1477.0,985.0
|
| 126 |
+
scsemi5rt,C190_2605,covid_negative,1500,1791,150,0.49466666666666664,0.04578447794528197,0.196,0.0893355667225014,0.22466666666666665,0.4712451144611949,0.03933333333333333,0.3405918481295366,0.036,0.0413176996091569,0.009333333333333334,0.011725293132328308,1.1110932439977665,0.9896823849321572,0.6887495424921929,6,False,0.32666666666666666,0.06666666666666667,0.3466666666666667,0.12666666666666668,22.466666666666665,47.124511446119485,1476.0,1186.0
|
| 127 |
+
scsemi5rt,C190_2901,covid_positive,1500,1527,150,0.492,0.0412573673870334,0.202,0.3798297314996726,0.22933333333333333,0.3700065487884741,0.037333333333333336,0.16110019646365423,0.03133333333333333,0.04191224623444663,0.008,0.005893909626719057,0.9056974459724951,0.995834100779999,0.6669979123386167,51,False,0.4266666666666667,0.04666666666666667,0.4666666666666667,0.11333333333333333,22.933333333333334,37.00065487884741,1477.0,1198.0
|
| 128 |
+
scsemi5rt,C190_0102,covid_positive,1500,4868,150,0.9033333333333333,0.03594905505341003,0.008666666666666666,0.3769515201314708,0.04066666666666666,0.33340180772391126,0.030666666666666665,0.20336894001643385,0.014,0.042317173377156944,0.0026666666666666666,0.00801150369761709,1.7347685565598465,0.9719894005315332,0.5846671946640768,48,False,0.24666666666666667,0.05333333333333334,0.5933333333333334,0.09333333333333334,4.066666666666666,33.34018077239113,1477.0,1038.0
|
| 129 |
+
scsemi5rt,C190_0302,covid_positive,1500,2220,150,0.8653333333333333,0.11576576576576576,0.084,0.3342342342342342,0.023333333333333334,0.3045045045045045,0.0006666666666666666,0.20315315315315316,0.007333333333333333,0.03333333333333333,0.019333333333333334,0.009009009009009009,1.5197837837837835,0.810360968484038,0.48245036111806583,61,False,0.44666666666666666,0.06666666666666667,0.72,0.1,2.3333333333333335,30.45045045045045,1477.0,1175.5
|
| 130 |
+
scsemi5rt,C190_0502,covid_positive,1500,2030,150,0.804,0.05172413793103448,0.11266666666666666,0.24778325123152709,0.005333333333333333,0.5167487684729064,0.058,0.10541871921182266,0.019333333333333334,0.07389162561576355,0.0006666666666666666,0.004433497536945813,1.5045517241379311,1.0891843383752067,0.605139033751655,88,False,0.38666666666666666,0.12,0.72,0.07333333333333333,0.5333333333333333,51.67487684729064,1476.0,799.0
|
| 131 |
+
scsemi5rt,C190_0802,covid_positive,1500,1447,150,0.484,0.038700760193503804,0.204,0.2156185210780926,0.21933333333333332,0.5929509329647547,0.04533333333333334,0.0912232204561161,0.038,0.05459571527297857,0.009333333333333334,0.006910850034554251,0.8954434462105505,1.1386673863664643,0.6857674630862616,25,False,0.4066666666666667,0.12,0.47333333333333333,0.08666666666666667,21.933333333333334,59.295093296475464,1478.0,854.0
|
| 132 |
+
scsemi5rt,C190_1002,covid_positive,1500,4052,150,0.5126666666666667,0.044669299111549855,0.198,0.12043435340572557,0.20866666666666667,0.6414116485686081,0.03866666666666667,0.12709772951628825,0.03333333333333333,0.06071076011846002,0.008666666666666666,0.005676209279368213,1.0971069430733795,1.0574505719203997,0.7238111627245873,4,False,0.52,0.13333333333333333,0.3333333333333333,0.16666666666666666,20.866666666666667,64.14116485686081,1477.0,994.0
|
| 133 |
+
scsemi5rt,C190_0903,recovery,1500,1371,150,0.8413333333333334,0.0962800875273523,0.07333333333333333,0.24288840262582057,0.021333333333333333,0.4062727935813275,0.010666666666666666,0.1560904449307075,0.034,0.07221006564551423,0.019333333333333334,0.0262582056892779,1.4901064916119622,0.8792411977297442,0.5073476343750882,39,False,0.2733333333333333,0.2733333333333333,0.8133333333333334,0.23333333333333334,2.1333333333333333,40.62727935813275,1477.0,998.0
|
| 134 |
+
scsemi5rt,C193_2605,covid_negative,1500,5566,150,0.7666666666666667,0.40837226015091627,0.056,0.03557312252964427,0.07266666666666667,0.34441250449155586,0.04,0.17714696370822852,0.06,0.02982393100970176,0.004666666666666667,0.004671218109953288,0.8177947059528088,0.3534657171006781,0.539929729803829,8,False,0.19333333333333333,0.03333333333333333,0.7333333333333333,0.11333333333333333,7.2666666666666675,34.44125044915559,1476.0,2119.5
|
| 135 |
+
scsemi5rt,C195_2605,covid_negative,1500,7759,150,0.9253333333333333,0.5532929501224385,0.006666666666666667,0.038407011212785155,0.029333333333333333,0.08815569016625854,0.012666666666666666,0.3107359195772651,0.024666666666666667,0.008248485629591443,0.0013333333333333333,0.0011599432916612965,0.7772639085792843,0.3982978934601291,0.5412864292775205,22,False,0.07333333333333333,0.006666666666666667,0.6866666666666666,0.15333333333333332,2.933333333333333,8.815569016625854,1478.0,1513.0
|
| 136 |
+
scsemi5rt,C197_2605,covid_negative,1500,2835,150,0.594,0.6052910052910053,0.10533333333333333,0.13015873015873017,0.144,0.1347442680776014,0.12666666666666668,0.08677248677248678,0.029333333333333333,0.01869488536155203,0.0006666666666666666,0.02433862433862434,0.11957671957671966,0.2741820965345068,0.6039393150247135,26,False,0.31333333333333335,0.013333333333333334,0.44666666666666666,0.2733333333333333,14.399999999999999,13.474426807760139,1479.5,1812.0
|
| 137 |
+
scsemi5rt,C212_2705,covid_negative,1500,1150,150,0.7426666666666667,0.5417391304347826,0.088,0.0817391304347826,0.07266666666666667,0.15478260869565216,0.04733333333333333,0.18869565217391304,0.04466666666666667,0.026956521739130435,0.004666666666666667,0.00608695652173913,0.44979710144927537,0.12922811241767654,0.5772923915907158,4,False,0.36666666666666664,0.013333333333333334,0.66,0.19333333333333333,7.2666666666666675,15.478260869565217,1476.0,1861.5
|
| 138 |
+
scsemi5rt,C214_2705,covid_negative,1500,6279,150,0.7973333333333333,0.3494186972447842,0.06533333333333333,0.08138238573021182,0.04666666666666667,0.3817486860965122,0.03133333333333333,0.14667940754897277,0.04733333333333333,0.03567447045707915,0.012,0.005096352922439879,0.9329542920847268,0.4373401829529498,0.5149414956901233,24,False,0.18666666666666668,0.03333333333333333,0.76,0.06666666666666667,4.666666666666667,38.17486860965122,1479.0,1795.0
|
| 139 |
+
scsemi5rt,C234_2805,covid_negative,1500,9882,150,0.5573333333333333,0.609492005666869,0.11666666666666667,0.08429467719085205,0.14533333333333334,0.16636308439587127,0.144,0.12001619105444242,0.034,0.016798218984011334,0.0026666666666666666,0.0030358227079538553,0.14711515887472165,0.240242449094144,0.6692020549008438,3,False,0.2,0.08,0.38666666666666666,0.37333333333333335,14.533333333333335,16.63630843958713,1476.0,1650.0
|
| 140 |
+
scsemi5rt,C237_2805,covid_negative,1500,5071,150,0.8026666666666666,0.5912048905541314,0.08733333333333333,0.08913429303884836,0.04066666666666666,0.15519621376454348,0.042666666666666665,0.14789982252021297,0.02266666666666667,0.014198382961940446,0.004,0.0023663971603234074,0.4431273253138763,0.20341065386708088,0.6857274336961108,6,False,0.38666666666666666,0.04666666666666667,0.64,0.16666666666666666,4.066666666666666,15.519621376454348,1481.0,1379.0
|
| 141 |
+
scsemi5rt,C238_2905,covid_negative,1500,7843,150,0.764,0.8912405967104424,0.07133333333333333,0.034298100216753794,0.076,0.03735815376769094,0.05533333333333333,0.023842917251051893,0.027333333333333334,0.010455182965701899,0.006,0.002805049088359046,0.2544811934208849,0.8077079211959891,0.6284885005667734,9,False,0.38666666666666666,0.013333333333333334,0.6333333333333333,0.29333333333333333,7.6,3.735815376769094,1477.0,1738.0
|
| 142 |
+
scsemi5rt,C240_2905,covid_negative,1500,2346,150,0.896,0.5524296675191815,0.014666666666666666,0.03836317135549872,0.043333333333333335,0.20588235294117646,0.03266666666666666,0.18584825234441602,0.011333333333333334,0.014919011082693947,0.002,0.0025575447570332483,0.6871406649616368,0.2172934936335721,0.6301270512472273,6,False,0.08666666666666667,0.02666666666666667,0.6066666666666667,0.19333333333333333,4.333333333333334,20.588235294117645,1479.0,1652.5
|
| 143 |
+
scsemi5rt,C246_2905,covid_negative,1500,769,150,0.884,0.7451235370611183,0.019333333333333334,0.013003901170351105,0.04533333333333334,0.08972691807542263,0.03333333333333333,0.13394018205461639,0.016,0.015604681404421327,0.002,0.002600780234070221,0.29120242739488517,0.5134158151417165,0.6291526215967428,19,False,0.17333333333333334,0.013333333333333334,0.5666666666666667,0.14,4.533333333333333,8.972691807542263,1477.0,1382.0
|
| 144 |
+
scsemi5rt,C251_2905,covid_negative,1500,2117,150,0.8066666666666666,0.8304204062352385,0.05533333333333333,0.07510628247520075,0.03133333333333333,0.03306565895134624,0.02,0.05054322153991497,0.06,0.007085498346717053,0.02666666666666667,0.003778932451582428,0.15160447173673433,0.6852109178445219,0.5242676697264634,8,False,0.13333333333333333,0.0,0.8333333333333334,0.16666666666666666,3.1333333333333333,3.306565895134624,1478.0,2293.0
|
paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1_scsemi5rt/summary.json
ADDED
|
@@ -0,0 +1,1007 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
{
|
| 2 |
+
"schema": "paired_ft_scores.v1",
|
| 3 |
+
"dataset": "imperial_eskd",
|
| 4 |
+
"written_utc": "2026-10-03T17:01:28.939156+00:00",
|
| 5 |
+
"command": [
|
| 6 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py",
|
| 7 |
+
"--dataset",
|
| 8 |
+
"imperial_eskd",
|
| 9 |
+
"--out",
|
| 10 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1_scsemi5rt",
|
| 11 |
+
"--threads",
|
| 12 |
+
"6",
|
| 13 |
+
"--donors",
|
| 14 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1/test_samples.txt",
|
| 15 |
+
"--case-groups",
|
| 16 |
+
"covid_positive",
|
| 17 |
+
"--control-groups",
|
| 18 |
+
"covid_negative",
|
| 19 |
+
"--arm",
|
| 20 |
+
"scsemi5rt=/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1/scsemi5rt__raw.npz"
|
| 21 |
+
],
|
| 22 |
+
"arms": [
|
| 23 |
+
"scsemi5rt"
|
| 24 |
+
],
|
| 25 |
+
"donors": [
|
| 26 |
+
"C20_1004",
|
| 27 |
+
"C20_1404",
|
| 28 |
+
"C21_1004",
|
| 29 |
+
"C21_1704",
|
| 30 |
+
"C21_2504",
|
| 31 |
+
"C23_2204",
|
| 32 |
+
"C33_1401",
|
| 33 |
+
"C33_1601",
|
| 34 |
+
"C33_1901",
|
| 35 |
+
"C34_1404",
|
| 36 |
+
"C34_2104",
|
| 37 |
+
"C34_2504",
|
| 38 |
+
"C36_1504",
|
| 39 |
+
"C36_1704",
|
| 40 |
+
"C36_2104",
|
| 41 |
+
"C40_1504",
|
| 42 |
+
"C40_2204",
|
| 43 |
+
"C40_0105",
|
| 44 |
+
"C42_1504",
|
| 45 |
+
"C42_2204",
|
| 46 |
+
"C42_2704",
|
| 47 |
+
"C58_1604",
|
| 48 |
+
"C58_2501",
|
| 49 |
+
"C58_2901",
|
| 50 |
+
"C58_0102",
|
| 51 |
+
"C58_0402",
|
| 52 |
+
"C58_1003",
|
| 53 |
+
"C60_2504",
|
| 54 |
+
"C63_1704",
|
| 55 |
+
"C63_2404",
|
| 56 |
+
"C63_2904",
|
| 57 |
+
"C69_1804",
|
| 58 |
+
"C82_2504",
|
| 59 |
+
"C85_2004",
|
| 60 |
+
"C93_2104",
|
| 61 |
+
"C93_2704",
|
| 62 |
+
"C93_0405",
|
| 63 |
+
"C103_2204",
|
| 64 |
+
"C104_2204",
|
| 65 |
+
"C106_2204",
|
| 66 |
+
"C108_2204",
|
| 67 |
+
"C108_1501",
|
| 68 |
+
"C108_1801",
|
| 69 |
+
"C108_2201",
|
| 70 |
+
"C113_0605",
|
| 71 |
+
"C123_2404",
|
| 72 |
+
"C123_2904",
|
| 73 |
+
"C123_0505",
|
| 74 |
+
"C124_2404",
|
| 75 |
+
"C124_2704",
|
| 76 |
+
"C124_0105",
|
| 77 |
+
"C126_2504",
|
| 78 |
+
"C126_3004",
|
| 79 |
+
"C126_0605",
|
| 80 |
+
"C127_2504",
|
| 81 |
+
"C127_0405",
|
| 82 |
+
"C127_1105",
|
| 83 |
+
"C128_2504",
|
| 84 |
+
"C128_0405",
|
| 85 |
+
"C128_1105",
|
| 86 |
+
"C132_2804",
|
| 87 |
+
"C132_0205",
|
| 88 |
+
"C132_1105",
|
| 89 |
+
"C137_3004",
|
| 90 |
+
"C137_2502",
|
| 91 |
+
"C138_3004",
|
| 92 |
+
"C138_2301",
|
| 93 |
+
"C138_3001",
|
| 94 |
+
"C138_0202",
|
| 95 |
+
"C138_0402",
|
| 96 |
+
"C140_3004",
|
| 97 |
+
"C140_2801",
|
| 98 |
+
"C140_3001",
|
| 99 |
+
"C140_0202",
|
| 100 |
+
"C140_0402",
|
| 101 |
+
"C140_0602",
|
| 102 |
+
"C140_0902",
|
| 103 |
+
"C140_1103",
|
| 104 |
+
"C141_2001",
|
| 105 |
+
"C141_2201",
|
| 106 |
+
"C141_3001",
|
| 107 |
+
"C141_0202",
|
| 108 |
+
"C145_3004",
|
| 109 |
+
"C145_0701",
|
| 110 |
+
"C145_1201",
|
| 111 |
+
"C145_1401",
|
| 112 |
+
"C145_1901",
|
| 113 |
+
"C145_2301",
|
| 114 |
+
"C146_3004",
|
| 115 |
+
"C146_1201",
|
| 116 |
+
"C146_1401",
|
| 117 |
+
"C146_1601",
|
| 118 |
+
"C146_1901",
|
| 119 |
+
"C146_2301",
|
| 120 |
+
"C146_2701",
|
| 121 |
+
"C146_2502",
|
| 122 |
+
"C147_3004",
|
| 123 |
+
"C147_1401",
|
| 124 |
+
"C147_1901",
|
| 125 |
+
"C152_0405",
|
| 126 |
+
"C161_1105",
|
| 127 |
+
"C167_1205",
|
| 128 |
+
"C168_1205",
|
| 129 |
+
"C168_2001",
|
| 130 |
+
"C168_2301",
|
| 131 |
+
"C168_3001",
|
| 132 |
+
"C168_0202",
|
| 133 |
+
"C168_0403",
|
| 134 |
+
"C169_1205",
|
| 135 |
+
"C169_2001",
|
| 136 |
+
"C169_2301",
|
| 137 |
+
"C169_0202",
|
| 138 |
+
"C169_0403",
|
| 139 |
+
"C170_1205",
|
| 140 |
+
"C170_2301",
|
| 141 |
+
"C170_0202",
|
| 142 |
+
"C170_0402",
|
| 143 |
+
"C170_0403",
|
| 144 |
+
"C187_2605",
|
| 145 |
+
"C187_1201",
|
| 146 |
+
"C187_1401",
|
| 147 |
+
"C187_1901",
|
| 148 |
+
"C187_2301",
|
| 149 |
+
"C187_2502",
|
| 150 |
+
"C190_2605",
|
| 151 |
+
"C190_2901",
|
| 152 |
+
"C190_0102",
|
| 153 |
+
"C190_0302",
|
| 154 |
+
"C190_0502",
|
| 155 |
+
"C190_0802",
|
| 156 |
+
"C190_1002",
|
| 157 |
+
"C190_0903",
|
| 158 |
+
"C193_2605",
|
| 159 |
+
"C195_2605",
|
| 160 |
+
"C197_2605",
|
| 161 |
+
"C212_2705",
|
| 162 |
+
"C214_2705",
|
| 163 |
+
"C234_2805",
|
| 164 |
+
"C237_2805",
|
| 165 |
+
"C238_2905",
|
| 166 |
+
"C240_2905",
|
| 167 |
+
"C246_2905",
|
| 168 |
+
"C251_2905"
|
| 169 |
+
],
|
| 170 |
+
"n_donors": 143,
|
| 171 |
+
"reference": {
|
| 172 |
+
"cache": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd",
|
| 173 |
+
"reference_sha256": "34b4caa3f8a60b46d5faf58f09cdaa5622bcce19e4c45d9902a711fead96375e",
|
| 174 |
+
"features_sha256": "e46e5bb1a24eae045efe75125d20e3accaa8f68a1006eb2f60d24159013d4aa7",
|
| 175 |
+
"n_r1_cells": 21395,
|
| 176 |
+
"pca": {
|
| 177 |
+
"n_components": 50,
|
| 178 |
+
"explained_variance_ratio_sum": 0.25817039608955383,
|
| 179 |
+
"n_fit_cells": 21395
|
| 180 |
+
},
|
| 181 |
+
"r2_control": {
|
| 182 |
+
"precision": 0.9685440523486796,
|
| 183 |
+
"coverage": 0.999813040430007,
|
| 184 |
+
"density": 1.28853003038093,
|
| 185 |
+
"n_query": 21395,
|
| 186 |
+
"depth_matched": {
|
| 187 |
+
"precision": 0.9688712315961673,
|
| 188 |
+
"coverage": 0.999626080860014,
|
| 189 |
+
"density": 1.2930217340500119
|
| 190 |
+
}
|
| 191 |
+
},
|
| 192 |
+
"observed_l1_loo_null_mean": 0.5086759403753967
|
| 193 |
+
},
|
| 194 |
+
"contrast_definition": {
|
| 195 |
+
"enabled": true,
|
| 196 |
+
"rule": "explicit --case-groups / --control-groups",
|
| 197 |
+
"group_source": "features groups",
|
| 198 |
+
"case_groups": [
|
| 199 |
+
"covid_positive"
|
| 200 |
+
],
|
| 201 |
+
"control_groups": [
|
| 202 |
+
"covid_negative"
|
| 203 |
+
],
|
| 204 |
+
"n_case_donors": 102,
|
| 205 |
+
"n_control_donors": 32,
|
| 206 |
+
"n_donors_in_neither": 9,
|
| 207 |
+
"case": [
|
| 208 |
+
true,
|
| 209 |
+
true,
|
| 210 |
+
true,
|
| 211 |
+
true,
|
| 212 |
+
true,
|
| 213 |
+
true,
|
| 214 |
+
true,
|
| 215 |
+
true,
|
| 216 |
+
true,
|
| 217 |
+
true,
|
| 218 |
+
true,
|
| 219 |
+
true,
|
| 220 |
+
true,
|
| 221 |
+
true,
|
| 222 |
+
true,
|
| 223 |
+
true,
|
| 224 |
+
true,
|
| 225 |
+
true,
|
| 226 |
+
true,
|
| 227 |
+
true,
|
| 228 |
+
true,
|
| 229 |
+
false,
|
| 230 |
+
true,
|
| 231 |
+
true,
|
| 232 |
+
true,
|
| 233 |
+
true,
|
| 234 |
+
false,
|
| 235 |
+
true,
|
| 236 |
+
true,
|
| 237 |
+
true,
|
| 238 |
+
true,
|
| 239 |
+
false,
|
| 240 |
+
true,
|
| 241 |
+
false,
|
| 242 |
+
true,
|
| 243 |
+
true,
|
| 244 |
+
true,
|
| 245 |
+
false,
|
| 246 |
+
false,
|
| 247 |
+
false,
|
| 248 |
+
false,
|
| 249 |
+
true,
|
| 250 |
+
true,
|
| 251 |
+
true,
|
| 252 |
+
true,
|
| 253 |
+
true,
|
| 254 |
+
true,
|
| 255 |
+
true,
|
| 256 |
+
true,
|
| 257 |
+
true,
|
| 258 |
+
true,
|
| 259 |
+
true,
|
| 260 |
+
true,
|
| 261 |
+
true,
|
| 262 |
+
true,
|
| 263 |
+
true,
|
| 264 |
+
true,
|
| 265 |
+
true,
|
| 266 |
+
true,
|
| 267 |
+
true,
|
| 268 |
+
true,
|
| 269 |
+
true,
|
| 270 |
+
true,
|
| 271 |
+
false,
|
| 272 |
+
false,
|
| 273 |
+
false,
|
| 274 |
+
true,
|
| 275 |
+
true,
|
| 276 |
+
true,
|
| 277 |
+
true,
|
| 278 |
+
false,
|
| 279 |
+
true,
|
| 280 |
+
true,
|
| 281 |
+
true,
|
| 282 |
+
true,
|
| 283 |
+
true,
|
| 284 |
+
true,
|
| 285 |
+
false,
|
| 286 |
+
true,
|
| 287 |
+
true,
|
| 288 |
+
true,
|
| 289 |
+
true,
|
| 290 |
+
false,
|
| 291 |
+
true,
|
| 292 |
+
true,
|
| 293 |
+
true,
|
| 294 |
+
true,
|
| 295 |
+
true,
|
| 296 |
+
false,
|
| 297 |
+
true,
|
| 298 |
+
true,
|
| 299 |
+
true,
|
| 300 |
+
true,
|
| 301 |
+
true,
|
| 302 |
+
true,
|
| 303 |
+
false,
|
| 304 |
+
false,
|
| 305 |
+
true,
|
| 306 |
+
true,
|
| 307 |
+
false,
|
| 308 |
+
false,
|
| 309 |
+
false,
|
| 310 |
+
false,
|
| 311 |
+
true,
|
| 312 |
+
true,
|
| 313 |
+
true,
|
| 314 |
+
true,
|
| 315 |
+
false,
|
| 316 |
+
false,
|
| 317 |
+
true,
|
| 318 |
+
true,
|
| 319 |
+
true,
|
| 320 |
+
false,
|
| 321 |
+
false,
|
| 322 |
+
true,
|
| 323 |
+
true,
|
| 324 |
+
true,
|
| 325 |
+
false,
|
| 326 |
+
false,
|
| 327 |
+
true,
|
| 328 |
+
true,
|
| 329 |
+
true,
|
| 330 |
+
true,
|
| 331 |
+
false,
|
| 332 |
+
false,
|
| 333 |
+
true,
|
| 334 |
+
true,
|
| 335 |
+
true,
|
| 336 |
+
true,
|
| 337 |
+
true,
|
| 338 |
+
true,
|
| 339 |
+
false,
|
| 340 |
+
false,
|
| 341 |
+
false,
|
| 342 |
+
false,
|
| 343 |
+
false,
|
| 344 |
+
false,
|
| 345 |
+
false,
|
| 346 |
+
false,
|
| 347 |
+
false,
|
| 348 |
+
false,
|
| 349 |
+
false,
|
| 350 |
+
false
|
| 351 |
+
],
|
| 352 |
+
"ctrl": [
|
| 353 |
+
false,
|
| 354 |
+
false,
|
| 355 |
+
false,
|
| 356 |
+
false,
|
| 357 |
+
false,
|
| 358 |
+
false,
|
| 359 |
+
false,
|
| 360 |
+
false,
|
| 361 |
+
false,
|
| 362 |
+
false,
|
| 363 |
+
false,
|
| 364 |
+
false,
|
| 365 |
+
false,
|
| 366 |
+
false,
|
| 367 |
+
false,
|
| 368 |
+
false,
|
| 369 |
+
false,
|
| 370 |
+
false,
|
| 371 |
+
false,
|
| 372 |
+
false,
|
| 373 |
+
false,
|
| 374 |
+
true,
|
| 375 |
+
false,
|
| 376 |
+
false,
|
| 377 |
+
false,
|
| 378 |
+
false,
|
| 379 |
+
false,
|
| 380 |
+
false,
|
| 381 |
+
false,
|
| 382 |
+
false,
|
| 383 |
+
false,
|
| 384 |
+
true,
|
| 385 |
+
false,
|
| 386 |
+
true,
|
| 387 |
+
false,
|
| 388 |
+
false,
|
| 389 |
+
false,
|
| 390 |
+
true,
|
| 391 |
+
true,
|
| 392 |
+
true,
|
| 393 |
+
true,
|
| 394 |
+
false,
|
| 395 |
+
false,
|
| 396 |
+
false,
|
| 397 |
+
false,
|
| 398 |
+
false,
|
| 399 |
+
false,
|
| 400 |
+
false,
|
| 401 |
+
false,
|
| 402 |
+
false,
|
| 403 |
+
false,
|
| 404 |
+
false,
|
| 405 |
+
false,
|
| 406 |
+
false,
|
| 407 |
+
false,
|
| 408 |
+
false,
|
| 409 |
+
false,
|
| 410 |
+
false,
|
| 411 |
+
false,
|
| 412 |
+
false,
|
| 413 |
+
false,
|
| 414 |
+
false,
|
| 415 |
+
false,
|
| 416 |
+
true,
|
| 417 |
+
false,
|
| 418 |
+
true,
|
| 419 |
+
false,
|
| 420 |
+
false,
|
| 421 |
+
false,
|
| 422 |
+
false,
|
| 423 |
+
true,
|
| 424 |
+
false,
|
| 425 |
+
false,
|
| 426 |
+
false,
|
| 427 |
+
false,
|
| 428 |
+
false,
|
| 429 |
+
false,
|
| 430 |
+
false,
|
| 431 |
+
false,
|
| 432 |
+
false,
|
| 433 |
+
false,
|
| 434 |
+
false,
|
| 435 |
+
true,
|
| 436 |
+
false,
|
| 437 |
+
false,
|
| 438 |
+
false,
|
| 439 |
+
false,
|
| 440 |
+
false,
|
| 441 |
+
true,
|
| 442 |
+
false,
|
| 443 |
+
false,
|
| 444 |
+
false,
|
| 445 |
+
false,
|
| 446 |
+
false,
|
| 447 |
+
false,
|
| 448 |
+
false,
|
| 449 |
+
true,
|
| 450 |
+
false,
|
| 451 |
+
false,
|
| 452 |
+
true,
|
| 453 |
+
true,
|
| 454 |
+
true,
|
| 455 |
+
true,
|
| 456 |
+
false,
|
| 457 |
+
false,
|
| 458 |
+
false,
|
| 459 |
+
false,
|
| 460 |
+
false,
|
| 461 |
+
true,
|
| 462 |
+
false,
|
| 463 |
+
false,
|
| 464 |
+
false,
|
| 465 |
+
false,
|
| 466 |
+
true,
|
| 467 |
+
false,
|
| 468 |
+
false,
|
| 469 |
+
false,
|
| 470 |
+
false,
|
| 471 |
+
true,
|
| 472 |
+
false,
|
| 473 |
+
false,
|
| 474 |
+
false,
|
| 475 |
+
false,
|
| 476 |
+
false,
|
| 477 |
+
true,
|
| 478 |
+
false,
|
| 479 |
+
false,
|
| 480 |
+
false,
|
| 481 |
+
false,
|
| 482 |
+
false,
|
| 483 |
+
false,
|
| 484 |
+
false,
|
| 485 |
+
true,
|
| 486 |
+
true,
|
| 487 |
+
true,
|
| 488 |
+
true,
|
| 489 |
+
true,
|
| 490 |
+
true,
|
| 491 |
+
true,
|
| 492 |
+
true,
|
| 493 |
+
true,
|
| 494 |
+
true,
|
| 495 |
+
true
|
| 496 |
+
],
|
| 497 |
+
"groups": [
|
| 498 |
+
"covid_positive",
|
| 499 |
+
"covid_positive",
|
| 500 |
+
"covid_positive",
|
| 501 |
+
"covid_positive",
|
| 502 |
+
"covid_positive",
|
| 503 |
+
"covid_positive",
|
| 504 |
+
"covid_positive",
|
| 505 |
+
"covid_positive",
|
| 506 |
+
"covid_positive",
|
| 507 |
+
"covid_positive",
|
| 508 |
+
"covid_positive",
|
| 509 |
+
"covid_positive",
|
| 510 |
+
"covid_positive",
|
| 511 |
+
"covid_positive",
|
| 512 |
+
"covid_positive",
|
| 513 |
+
"covid_positive",
|
| 514 |
+
"covid_positive",
|
| 515 |
+
"covid_positive",
|
| 516 |
+
"covid_positive",
|
| 517 |
+
"covid_positive",
|
| 518 |
+
"covid_positive",
|
| 519 |
+
"covid_negative",
|
| 520 |
+
"covid_positive",
|
| 521 |
+
"covid_positive",
|
| 522 |
+
"covid_positive",
|
| 523 |
+
"covid_positive",
|
| 524 |
+
"recovery",
|
| 525 |
+
"covid_positive",
|
| 526 |
+
"covid_positive",
|
| 527 |
+
"covid_positive",
|
| 528 |
+
"covid_positive",
|
| 529 |
+
"covid_negative",
|
| 530 |
+
"covid_positive",
|
| 531 |
+
"covid_negative",
|
| 532 |
+
"covid_positive",
|
| 533 |
+
"covid_positive",
|
| 534 |
+
"covid_positive",
|
| 535 |
+
"covid_negative",
|
| 536 |
+
"covid_negative",
|
| 537 |
+
"covid_negative",
|
| 538 |
+
"covid_negative",
|
| 539 |
+
"covid_positive",
|
| 540 |
+
"covid_positive",
|
| 541 |
+
"covid_positive",
|
| 542 |
+
"covid_positive",
|
| 543 |
+
"covid_positive",
|
| 544 |
+
"covid_positive",
|
| 545 |
+
"covid_positive",
|
| 546 |
+
"covid_positive",
|
| 547 |
+
"covid_positive",
|
| 548 |
+
"covid_positive",
|
| 549 |
+
"covid_positive",
|
| 550 |
+
"covid_positive",
|
| 551 |
+
"covid_positive",
|
| 552 |
+
"covid_positive",
|
| 553 |
+
"covid_positive",
|
| 554 |
+
"covid_positive",
|
| 555 |
+
"covid_positive",
|
| 556 |
+
"covid_positive",
|
| 557 |
+
"covid_positive",
|
| 558 |
+
"covid_positive",
|
| 559 |
+
"covid_positive",
|
| 560 |
+
"covid_positive",
|
| 561 |
+
"covid_negative",
|
| 562 |
+
"recovery",
|
| 563 |
+
"covid_negative",
|
| 564 |
+
"covid_positive",
|
| 565 |
+
"covid_positive",
|
| 566 |
+
"covid_positive",
|
| 567 |
+
"covid_positive",
|
| 568 |
+
"covid_negative",
|
| 569 |
+
"covid_positive",
|
| 570 |
+
"covid_positive",
|
| 571 |
+
"covid_positive",
|
| 572 |
+
"covid_positive",
|
| 573 |
+
"covid_positive",
|
| 574 |
+
"covid_positive",
|
| 575 |
+
"recovery",
|
| 576 |
+
"covid_positive",
|
| 577 |
+
"covid_positive",
|
| 578 |
+
"covid_positive",
|
| 579 |
+
"covid_positive",
|
| 580 |
+
"covid_negative",
|
| 581 |
+
"covid_positive",
|
| 582 |
+
"covid_positive",
|
| 583 |
+
"covid_positive",
|
| 584 |
+
"covid_positive",
|
| 585 |
+
"covid_positive",
|
| 586 |
+
"covid_negative",
|
| 587 |
+
"covid_positive",
|
| 588 |
+
"covid_positive",
|
| 589 |
+
"covid_positive",
|
| 590 |
+
"covid_positive",
|
| 591 |
+
"covid_positive",
|
| 592 |
+
"covid_positive",
|
| 593 |
+
"recovery",
|
| 594 |
+
"covid_negative",
|
| 595 |
+
"covid_positive",
|
| 596 |
+
"covid_positive",
|
| 597 |
+
"covid_negative",
|
| 598 |
+
"covid_negative",
|
| 599 |
+
"covid_negative",
|
| 600 |
+
"covid_negative",
|
| 601 |
+
"covid_positive",
|
| 602 |
+
"covid_positive",
|
| 603 |
+
"covid_positive",
|
| 604 |
+
"covid_positive",
|
| 605 |
+
"recovery",
|
| 606 |
+
"covid_negative",
|
| 607 |
+
"covid_positive",
|
| 608 |
+
"covid_positive",
|
| 609 |
+
"covid_positive",
|
| 610 |
+
"recovery",
|
| 611 |
+
"covid_negative",
|
| 612 |
+
"covid_positive",
|
| 613 |
+
"covid_positive",
|
| 614 |
+
"covid_positive",
|
| 615 |
+
"recovery",
|
| 616 |
+
"covid_negative",
|
| 617 |
+
"covid_positive",
|
| 618 |
+
"covid_positive",
|
| 619 |
+
"covid_positive",
|
| 620 |
+
"covid_positive",
|
| 621 |
+
"recovery",
|
| 622 |
+
"covid_negative",
|
| 623 |
+
"covid_positive",
|
| 624 |
+
"covid_positive",
|
| 625 |
+
"covid_positive",
|
| 626 |
+
"covid_positive",
|
| 627 |
+
"covid_positive",
|
| 628 |
+
"covid_positive",
|
| 629 |
+
"recovery",
|
| 630 |
+
"covid_negative",
|
| 631 |
+
"covid_negative",
|
| 632 |
+
"covid_negative",
|
| 633 |
+
"covid_negative",
|
| 634 |
+
"covid_negative",
|
| 635 |
+
"covid_negative",
|
| 636 |
+
"covid_negative",
|
| 637 |
+
"covid_negative",
|
| 638 |
+
"covid_negative",
|
| 639 |
+
"covid_negative",
|
| 640 |
+
"covid_negative"
|
| 641 |
+
]
|
| 642 |
+
},
|
| 643 |
+
"deg_definition": {
|
| 644 |
+
"enabled": true,
|
| 645 |
+
"score": "top-50 DEG overlap per cell type (benchmark total_top50_overlap, Welch backend)",
|
| 646 |
+
"source": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py",
|
| 647 |
+
"functions": [
|
| 648 |
+
"welch_bh_deg",
|
| 649 |
+
"top_deg_genes",
|
| 650 |
+
"jaccard"
|
| 651 |
+
],
|
| 652 |
+
"reproduces": "utility_studies_final6k_20260925/sle top-50 DEG 81 (1,006 genes) / 84 (2,279 genes) = sum over the six gated types of top50_overlap_count",
|
| 653 |
+
"top_n": 50,
|
| 654 |
+
"fdr": 0.05,
|
| 655 |
+
"n_genes": 5927,
|
| 656 |
+
"types": [
|
| 657 |
+
"T cell",
|
| 658 |
+
"B cell",
|
| 659 |
+
"Monocyte",
|
| 660 |
+
"NK cell",
|
| 661 |
+
"DC"
|
| 662 |
+
],
|
| 663 |
+
"aggregates_source": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd/deg_reference.npz",
|
| 664 |
+
"aggregates_sha256": "8fada1ace7530b79bfc5c5201b9cb60399ff77d083dd8b53b13cfbe900cda55c",
|
| 665 |
+
"aggregates_note": null,
|
| 666 |
+
"types_not_scored_observed": [],
|
| 667 |
+
"observed": {
|
| 668 |
+
"T cell": {
|
| 669 |
+
"n_significant": 827,
|
| 670 |
+
"n_tested": 5745,
|
| 671 |
+
"n_case_donors": 102,
|
| 672 |
+
"n_control_donors": 32,
|
| 673 |
+
"n_cells": 239681,
|
| 674 |
+
"top_list_size": 50
|
| 675 |
+
},
|
| 676 |
+
"B cell": {
|
| 677 |
+
"n_significant": 255,
|
| 678 |
+
"n_tested": 5632,
|
| 679 |
+
"n_case_donors": 102,
|
| 680 |
+
"n_control_donors": 32,
|
| 681 |
+
"n_cells": 44946,
|
| 682 |
+
"top_list_size": 50
|
| 683 |
+
},
|
| 684 |
+
"Monocyte": {
|
| 685 |
+
"n_significant": 260,
|
| 686 |
+
"n_tested": 5620,
|
| 687 |
+
"n_case_donors": 101,
|
| 688 |
+
"n_control_donors": 32,
|
| 689 |
+
"n_cells": 76538,
|
| 690 |
+
"top_list_size": 50
|
| 691 |
+
},
|
| 692 |
+
"NK cell": {
|
| 693 |
+
"n_significant": 386,
|
| 694 |
+
"n_tested": 5579,
|
| 695 |
+
"n_case_donors": 102,
|
| 696 |
+
"n_control_donors": 32,
|
| 697 |
+
"n_cells": 68326,
|
| 698 |
+
"top_list_size": 50
|
| 699 |
+
},
|
| 700 |
+
"DC": {
|
| 701 |
+
"n_significant": 242,
|
| 702 |
+
"n_tested": 5423,
|
| 703 |
+
"n_case_donors": 102,
|
| 704 |
+
"n_control_donors": 32,
|
| 705 |
+
"n_cells": 12644,
|
| 706 |
+
"top_list_size": 50
|
| 707 |
+
}
|
| 708 |
+
},
|
| 709 |
+
"broadcast": "welch_bh_deg + top_deg_genes on the arm's condition bulk_counts (scoring genes, case|control donors), one list compared with every type's observed list (sle_broadcast.py broadcast_input_bulk); not part of the published benchmark"
|
| 710 |
+
},
|
| 711 |
+
"headline": {
|
| 712 |
+
"scsemi5rt": {
|
| 713 |
+
"comp_l1": 0.6116017517623565,
|
| 714 |
+
"comp_l1_obs_loo_null": 0.5086759403753967,
|
| 715 |
+
"precision": 0.3146529562982005,
|
| 716 |
+
"coverage": 0.06464127132507595,
|
| 717 |
+
"precision_dm": 0.4567422294928722,
|
| 718 |
+
"coverage_dm": 0.13961205889226455,
|
| 719 |
+
"pb_r_median": 0.6284716627888163,
|
| 720 |
+
"pb_top1": 0.03496503496503497,
|
| 721 |
+
"mono_pct_gen": 13.223776223776223,
|
| 722 |
+
"mono_pct_obs": 17.000072050147295,
|
| 723 |
+
"median_umi_gen": 1478.0,
|
| 724 |
+
"median_umi_obs": 1338.0,
|
| 725 |
+
"contrast_mean_cp10k_r_gen": 0.5330750059198675,
|
| 726 |
+
"contrast_pseudobulk_log1p_cpm_r_gen": 0.23029192516186642,
|
| 727 |
+
"contrast_mean_cp10k_r_broadcast": 0.6611787175621116,
|
| 728 |
+
"contrast_pseudobulk_log1p_cpm_r_broadcast": 0.6068677589525703,
|
| 729 |
+
"deg_top50_T": 9,
|
| 730 |
+
"deg_top50_B": 3,
|
| 731 |
+
"deg_top50_Mono": 7,
|
| 732 |
+
"deg_top50_NK": 7,
|
| 733 |
+
"deg_top50_DC": 6,
|
| 734 |
+
"deg_top50_sum": 32,
|
| 735 |
+
"deg_top50_max": 250,
|
| 736 |
+
"deg_top50_sum_4type": 26,
|
| 737 |
+
"deg_top50_sum_broadcast": 86,
|
| 738 |
+
"seconds": 29.6
|
| 739 |
+
}
|
| 740 |
+
},
|
| 741 |
+
"per_arm": {
|
| 742 |
+
"scsemi5rt": {
|
| 743 |
+
"arm": "scsemi5rt",
|
| 744 |
+
"npz": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1/scsemi5rt__raw.npz",
|
| 745 |
+
"npz_sha256": "b3ca87857449eb861e008652b2f305953f7e4f52e50d68d255445de5269c6a6d",
|
| 746 |
+
"receipt_verified": true,
|
| 747 |
+
"generation": {
|
| 748 |
+
"checkpoint": null,
|
| 749 |
+
"checkpoint_sha256": null,
|
| 750 |
+
"input_condition_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1/test_raw.npz",
|
| 751 |
+
"input_condition_sha256": "c2293bb938f0dbf9c76063b305230e4ad0b9bec482e4fe5dfcf38a110511283f",
|
| 752 |
+
"seed": 20260927,
|
| 753 |
+
"steps": null,
|
| 754 |
+
"support_readout": "upstream (values <= 10 normalized units zeroed), re-read from the saved per-target model; control of the read-out re-run (equals the official output up to z sampling noise)",
|
| 755 |
+
"weights": null
|
| 756 |
+
},
|
| 757 |
+
"condition_for_broadcast": {
|
| 758 |
+
"path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/imperial_eskd/fewshot_n5/draw1/test_raw.npz",
|
| 759 |
+
"sha256": "c2293bb938f0dbf9c76063b305230e4ad0b9bec482e4fe5dfcf38a110511283f"
|
| 760 |
+
},
|
| 761 |
+
"poisson": {
|
| 762 |
+
"seed": 20260916,
|
| 763 |
+
"rule": "whole NPZ, rows in NPZ order",
|
| 764 |
+
"nnz_whole_npz": 27259723,
|
| 765 |
+
"median_library_whole_npz_panel": 1478.0,
|
| 766 |
+
"n_rows_whole_npz": 214500
|
| 767 |
+
},
|
| 768 |
+
"annotation": {
|
| 769 |
+
"model_pt_sha256": "bf3655899e5abee435340fc008656c4a17342da0f30b70cfd43de8e9223e1930",
|
| 770 |
+
"zero_padded_model_genes": 0,
|
| 771 |
+
"label_counts": {
|
| 772 |
+
"T cell": 141482,
|
| 773 |
+
"Monocyte": 28365,
|
| 774 |
+
"B cell": 20561,
|
| 775 |
+
"NK cell": 13648,
|
| 776 |
+
"DC": 7322,
|
| 777 |
+
"Other": 3122
|
| 778 |
+
},
|
| 779 |
+
"mean_l2_max_prob": 0.9199389752831075,
|
| 780 |
+
"predict_seconds": 6.0
|
| 781 |
+
},
|
| 782 |
+
"n_donors": 143,
|
| 783 |
+
"n_generated_cells": 214500,
|
| 784 |
+
"composition": {
|
| 785 |
+
"l1_mean": 0.6116017517623565,
|
| 786 |
+
"l1_median": 0.5446962763571108,
|
| 787 |
+
"l1_obs_loo_null_mean": 0.5086759403753967,
|
| 788 |
+
"l1_generated_loo_mean_vs_observed_mean": 0.5558678528485798,
|
| 789 |
+
"composition_top1": 0.0,
|
| 790 |
+
"mean_fraction_generated": {
|
| 791 |
+
"T cell": 0.65959,
|
| 792 |
+
"B cell": 0.095855,
|
| 793 |
+
"Monocyte": 0.132238,
|
| 794 |
+
"NK cell": 0.063627,
|
| 795 |
+
"DC": 0.034135,
|
| 796 |
+
"Other": 0.014555
|
| 797 |
+
},
|
| 798 |
+
"mean_fraction_observed": {
|
| 799 |
+
"T cell": 0.490211,
|
| 800 |
+
"B cell": 0.119516,
|
| 801 |
+
"Monocyte": 0.170001,
|
| 802 |
+
"NK cell": 0.176062,
|
| 803 |
+
"DC": 0.030282,
|
| 804 |
+
"Other": 0.013929
|
| 805 |
+
}
|
| 806 |
+
},
|
| 807 |
+
"pseudobulk": {
|
| 808 |
+
"n_genes": 5927,
|
| 809 |
+
"r_median": 0.6284716627888163,
|
| 810 |
+
"r_mean": 0.6273360723399948,
|
| 811 |
+
"top1": 0.03496503496503497,
|
| 812 |
+
"n_top1": 5,
|
| 813 |
+
"own_rank_median": 44.0,
|
| 814 |
+
"chance_top1": 0.006993006993006993
|
| 815 |
+
},
|
| 816 |
+
"precision_coverage": {
|
| 817 |
+
"precision": 0.3146529562982005,
|
| 818 |
+
"coverage": 0.06464127132507595,
|
| 819 |
+
"density": 0.057083430708109374,
|
| 820 |
+
"n_query": 21395,
|
| 821 |
+
"n_reference": 21395
|
| 822 |
+
},
|
| 823 |
+
"precision_coverage_depth_matched": {
|
| 824 |
+
"precision": 0.4567422294928722,
|
| 825 |
+
"coverage": 0.13961205889226455,
|
| 826 |
+
"density": 0.13496143958868895,
|
| 827 |
+
"detected_median_before": {
|
| 828 |
+
"R1": 344.0,
|
| 829 |
+
"Q": 125.0
|
| 830 |
+
},
|
| 831 |
+
"detected_median_after": {
|
| 832 |
+
"R1": 125.0,
|
| 833 |
+
"Q": 125.0
|
| 834 |
+
}
|
| 835 |
+
},
|
| 836 |
+
"monocyte_pct": {
|
| 837 |
+
"generated_mean_over_donors": 13.223776223776223,
|
| 838 |
+
"observed_mean_over_donors": 17.000072050147295,
|
| 839 |
+
"generated_pooled_cells": 13.223776223776223
|
| 840 |
+
},
|
| 841 |
+
"median_umi_per_cell_scoring_genes": {
|
| 842 |
+
"generated_pooled": 1478.0,
|
| 843 |
+
"observed_pooled": 1338.0,
|
| 844 |
+
"generated_mean_of_donor_medians": 1478.0594482421875,
|
| 845 |
+
"observed_mean_of_donor_medians": 1275.0874125874127
|
| 846 |
+
},
|
| 847 |
+
"contrast": {
|
| 848 |
+
"mean_cp10k": {
|
| 849 |
+
"per_type": {
|
| 850 |
+
"T cell": {
|
| 851 |
+
"r_generated": 0.6205978465424583,
|
| 852 |
+
"r_broadcast": 0.6393101171199623,
|
| 853 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.5878182769866462,
|
| 854 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.29522898811626946,
|
| 855 |
+
"n_genes": 3031
|
| 856 |
+
},
|
| 857 |
+
"B cell": {
|
| 858 |
+
"r_generated": 0.3977582385727074,
|
| 859 |
+
"r_broadcast": 0.6236351264700181,
|
| 860 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.3404943665341438,
|
| 861 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.22161518680325037,
|
| 862 |
+
"n_genes": 3188
|
| 863 |
+
},
|
| 864 |
+
"Monocyte": {
|
| 865 |
+
"r_generated": 0.557325331558875,
|
| 866 |
+
"r_broadcast": 0.7132449085093915,
|
| 867 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.31484820512902506,
|
| 868 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.5164437017900922,
|
| 869 |
+
"n_genes": 2883
|
| 870 |
+
},
|
| 871 |
+
"NK cell": {
|
| 872 |
+
"r_generated": 0.5566186070054286,
|
| 873 |
+
"r_broadcast": 0.6685247181490744,
|
| 874 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.4859751194878561,
|
| 875 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.3205124541957794,
|
| 876 |
+
"n_genes": 2966
|
| 877 |
+
}
|
| 878 |
+
},
|
| 879 |
+
"mean_r_generated": 0.5330750059198675,
|
| 880 |
+
"mean_r_broadcast": 0.6611787175621116,
|
| 881 |
+
"mean_partial_r": 0.4322839920344178
|
| 882 |
+
},
|
| 883 |
+
"pseudobulk_log1p_cpm": {
|
| 884 |
+
"per_type": {
|
| 885 |
+
"T cell": {
|
| 886 |
+
"r_generated": 0.354571050547333,
|
| 887 |
+
"r_broadcast": 0.6360064629967949,
|
| 888 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.3018765616456218,
|
| 889 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.19851035806643874,
|
| 890 |
+
"n_genes": 3031
|
| 891 |
+
},
|
| 892 |
+
"B cell": {
|
| 893 |
+
"r_generated": -0.0007052824725393922,
|
| 894 |
+
"r_broadcast": 0.4862172069397853,
|
| 895 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": -0.08267797991751184,
|
| 896 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.14555723597157025,
|
| 897 |
+
"n_genes": 3188
|
| 898 |
+
},
|
| 899 |
+
"Monocyte": {
|
| 900 |
+
"r_generated": 0.34461209916817165,
|
| 901 |
+
"r_broadcast": 0.7072577030580933,
|
| 902 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.11884723735428866,
|
| 903 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.37723139778863607,
|
| 904 |
+
"n_genes": 2883
|
| 905 |
+
},
|
| 906 |
+
"NK cell": {
|
| 907 |
+
"r_generated": 0.2226898334045005,
|
| 908 |
+
"r_broadcast": 0.5979896628156075,
|
| 909 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.12741626296225628,
|
| 910 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.20525366083609642,
|
| 911 |
+
"n_genes": 2966
|
| 912 |
+
}
|
| 913 |
+
},
|
| 914 |
+
"mean_r_generated": 0.23029192516186642,
|
| 915 |
+
"mean_r_broadcast": 0.6068677589525703,
|
| 916 |
+
"mean_partial_r": 0.11636552051116372
|
| 917 |
+
}
|
| 918 |
+
},
|
| 919 |
+
"deg_top50": {
|
| 920 |
+
"types_scored": [
|
| 921 |
+
"T cell",
|
| 922 |
+
"B cell",
|
| 923 |
+
"Monocyte",
|
| 924 |
+
"NK cell",
|
| 925 |
+
"DC"
|
| 926 |
+
],
|
| 927 |
+
"types_not_scored": {},
|
| 928 |
+
"per_type": {
|
| 929 |
+
"T cell": {
|
| 930 |
+
"deg_scored": true,
|
| 931 |
+
"top50_overlap": 9,
|
| 932 |
+
"top50_jaccard": 0.0989010989010989,
|
| 933 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 934 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 935 |
+
"top50_overlap_broadcast": 17,
|
| 936 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.20481927710843373,
|
| 937 |
+
"n_cells_obs": 239681,
|
| 938 |
+
"n_cells_gen": 133079
|
| 939 |
+
},
|
| 940 |
+
"B cell": {
|
| 941 |
+
"deg_scored": true,
|
| 942 |
+
"top50_overlap": 3,
|
| 943 |
+
"top50_jaccard": 0.030927835051546393,
|
| 944 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 945 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 946 |
+
"top50_overlap_broadcast": 13,
|
| 947 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.14942528735632185,
|
| 948 |
+
"n_cells_obs": 44946,
|
| 949 |
+
"n_cells_gen": 18781
|
| 950 |
+
},
|
| 951 |
+
"Monocyte": {
|
| 952 |
+
"deg_scored": true,
|
| 953 |
+
"top50_overlap": 7,
|
| 954 |
+
"top50_jaccard": 0.07526881720430108,
|
| 955 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 956 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 957 |
+
"top50_overlap_broadcast": 24,
|
| 958 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.3157894736842105,
|
| 959 |
+
"n_cells_obs": 76538,
|
| 960 |
+
"n_cells_gen": 26568
|
| 961 |
+
},
|
| 962 |
+
"NK cell": {
|
| 963 |
+
"deg_scored": true,
|
| 964 |
+
"top50_overlap": 7,
|
| 965 |
+
"top50_jaccard": 0.07526881720430108,
|
| 966 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 967 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 968 |
+
"top50_overlap_broadcast": 17,
|
| 969 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.20481927710843373,
|
| 970 |
+
"n_cells_obs": 68326,
|
| 971 |
+
"n_cells_gen": 12937
|
| 972 |
+
},
|
| 973 |
+
"DC": {
|
| 974 |
+
"deg_scored": true,
|
| 975 |
+
"top50_overlap": 6,
|
| 976 |
+
"top50_jaccard": 0.06382978723404255,
|
| 977 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 978 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 979 |
+
"top50_overlap_broadcast": 15,
|
| 980 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.17647058823529413,
|
| 981 |
+
"n_cells_obs": 12644,
|
| 982 |
+
"n_cells_gen": 6588
|
| 983 |
+
}
|
| 984 |
+
},
|
| 985 |
+
"sum": 32,
|
| 986 |
+
"sum_4type": 26,
|
| 987 |
+
"max": 250,
|
| 988 |
+
"mean": 6.4,
|
| 989 |
+
"sum_broadcast": 86,
|
| 990 |
+
"sum_broadcast_4type": 71,
|
| 991 |
+
"broadcast_n_significant": 1949,
|
| 992 |
+
"seconds": 0.21
|
| 993 |
+
},
|
| 994 |
+
"seconds": 29.6
|
| 995 |
+
}
|
| 996 |
+
},
|
| 997 |
+
"code_sha256": {
|
| 998 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py": "ec5f40b4cea6d5062d0138f3b934abb6465e34cbfeac869c8a0906924c033aec",
|
| 999 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/ft_common.py": "4a6366b0f22208cd58714fc0261b8840c643b9d4569704d560cfd93534cbc747",
|
| 1000 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/umap/cell_immicro_5arm/tools/stage_b_embed.py": "d056cfdf38fb0e5f478756f370174e993b75d0c973c48e02e21749175a4ca2da",
|
| 1001 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py": "48b12d794782b840838853e93e0fc55fab00532c4b3698f4588e926b985d2881",
|
| 1002 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/immicro/tools/immicro_common.py": "c5c30e917148cc5e664e91ea30c11bbdff9b6d1f53a3e0a13e16b1917eff37e9",
|
| 1003 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/predict_scanvi.py": "482ee5dcf4d72b54bc36cbb6dcff62e5030bc7afc46cb5fb01eca73a82ee45a5",
|
| 1004 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/poisson_readout.py": "8bfa080942fbcdc89ae23b276524a1a83266fb8cbc56b9af279e50f82e6cde38"
|
| 1005 |
+
},
|
| 1006 |
+
"seconds": 37.8
|
| 1007 |
+
}
|
paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw2_scsemi5nt/README.md
ADDED
|
@@ -0,0 +1,73 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
# score_ft.py output: imperial_eskd, 142 scored donors
|
| 2 |
+
|
| 3 |
+
Arms: scsemi5nt. Every arm is scored on the same donors against the same observed reference.
|
| 4 |
+
|
| 5 |
+
## Inputs and fixed contracts
|
| 6 |
+
- Observed reference: `/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd/reference.npz` (sha 34b4caa3f8a6), built from datadir:/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/imperial_eskd;
|
| 7 |
+
observed cells sum exactly to the features pseudobulk of every donor. Observed labels: /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd/observed_labels/labels/labels.parquet.
|
| 8 |
+
- Generated cells: `generated_counts` read out once with Poisson(seed 20260916) over the **whole NPZ in row order**
|
| 9 |
+
(`poisson_readout.poisson_integerise`), then the scored donors' rows. These integer counts are used for labels, embedding,
|
| 10 |
+
depth and the contrast. Pseudobulk uses the summed `generated_counts` (rates), as `score_generated.py`.
|
| 11 |
+
- Labels: frozen f01common scANVI (`predict_scanvi.py`, CPU, zero query epochs), six-type gate ['T cell', 'B cell', 'Monocyte', 'NK cell', 'DC', 'Other']; query genes =
|
| 12 |
+
the 1,006-gene annotation list minus genes the dataset's sc assay did not measure in every sample (1005 genes).
|
| 13 |
+
- Scoring genes: 6k panel genes measured by both assays in every sample of the dataset (5927 genes).
|
| 14 |
+
|
| 15 |
+
## Definitions
|
| 16 |
+
1. **Composition**: fraction of each donor's cells per six-type label (all generated cells; all observed QC cells).
|
| 17 |
+
`comp_l1` = sum over the six labels of |generated - observed| (immicro_common.l1). `comp_l1_obs_loo_null` = L1 of the
|
| 18 |
+
donor's observed composition to the mean of the *other scored donors'* observed compositions. `composition_top1` =
|
| 19 |
+
fraction of donors whose generated composition is closest (L1) to their own observed composition.
|
| 20 |
+
2. **Pseudobulk**: `pb_r` = Pearson r of CPM-log1p(summed generated_counts) vs CPM-log1p(observed pseudobulk) on the scoring
|
| 21 |
+
genes (evaluate_realbulk.cpm_log1p / paired_r). `pb_top1` = the donor's generated pseudobulk is closest (Pearson) to its own
|
| 22 |
+
observed pseudobulk among the 142 scored donors (immicro_common.retrieval = evaluate_realbulk.top1 arithmetic).
|
| 23 |
+
3. **Precision / coverage / density** (stage_b_embed.py functions): per-cell CP10K over the scoring genes + log1p; PCA-50
|
| 24 |
+
(randomized, random_state 20260925) and k = 10 real-real k-NN balls fitted on **R1 of the scored donors only**.
|
| 25 |
+
Reference rule (independent of fold and arm): per donor, cells in canonical order (library_id+barcode), one
|
| 26 |
+
permutation from `default_rng([20260925, uint64(sha256(donor)[:8])])`; R1 = first n, R2 = next n,
|
| 27 |
+
n = min(150, n_cells // 2) (21232 R1 cells here). Generated query: per donor n cells (the donor's R1 size),
|
| 28 |
+
without replacement, `default_rng([20260926, same key])`. Precision = fraction of generated cells inside any R1 ball
|
| 29 |
+
(Kynkaanniemi 2019); coverage = fraction of R1 cells whose ball holds a generated cell; density = Naeem 2020.
|
| 30 |
+
Per-donor precision = that donor's generated cells; per-donor coverage = that donor's R1 cells (the pooled values are
|
| 31 |
+
their n-weighted means; plain means when every donor has 150 reference cells). R2 (held-out real cells of the same donors) is the
|
| 32 |
+
perfect-generator control: precision 0.9694, coverage 0.9998.
|
| 33 |
+
**Depth matched**: stage_b_embed depth matching run pairwise (R1 vs this arm): per donor and within-donor rank of detected
|
| 34 |
+
genes, both cells are thinned by UMI sampling without replacement to the smaller detected-gene count; PCA kept from
|
| 35 |
+
un-thinned R1, radii recomputed on thinned R1; fresh rng(20260929) per arm. R2 control: precision
|
| 36 |
+
0.9690, coverage 0.9997.
|
| 37 |
+
4. **Monocyte %** = 100 x Monocyte fraction (all cells) per donor; **median UMI per cell** = median over cells of the
|
| 38 |
+
Poisson-read (generated) / observed counts summed over the scoring genes (per donor, and pooled).
|
| 39 |
+
5. **Group contrast** (T, B, Monocyte, NK): case groups ['covid_positive'] (n = 103) vs control groups ['covid_negative'] (n = 31); rule: explicit --case-groups / --control-groups; groups from features groups.
|
| 40 |
+
Genes per type = scoring genes detected (count > 0) in >= 1 % of the scored donors' observed
|
| 41 |
+
cells of that type. Primary statistic `mean_cp10k`: per-cell CP10K over the scoring genes; per donor the mean over its
|
| 42 |
+
cells of the type (donors with >= 1 such cell); group mean = mean over the group's donors (donor-balanced);
|
| 43 |
+
logFC = log2(case mean + 1) - log2(control mean + 1). Secondary `pseudobulk_log1p_cpm`: the SLE benchmark evaluator's
|
| 44 |
+
statistic (donor x type summed counts, log1p CPM over the scoring genes, mean case - mean control;
|
| 45 |
+
evaluate_generated_vs_truth.group_log_fold_change). Both are computed on the generated cells (their frozen labels) and on
|
| 46 |
+
the observed cells; `r_generated` = Pearson r of the two logFC vectors. Broadcast baseline `r_broadcast`: the same
|
| 47 |
+
observed vector against the logFC of the input bulk (condition NPZ `bulk_counts` of the arm, scoring genes, per-donor
|
| 48 |
+
CP10K resp. log1p CPM, group means). `partial_r_generated_given_broadcast`: r of the OLS residuals of observed and
|
| 49 |
+
generated logFC on the bulk logFC (residual_specificity.py).
|
| 50 |
+
6. **Top-50 DEG overlap** (contrast.csv rows `statistic = welch_top50_deg`; summary `deg_top50`): the SLE benchmark's score (`total_top50_overlap` of
|
| 51 |
+
`bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py`, Welch backend: the "top-50 DEG 81 / 84" of the final model), run
|
| 52 |
+
with the evaluator's own functions on the same donor x type pseudobulks as the contrast. Per cell type, observed and
|
| 53 |
+
generated separately: donor x type summed counts on all 5927 scoring genes (donors of the two groups with
|
| 54 |
+
>= 1 cell of the type) -> `welch_bh_deg` (log1p CPM, two-sided Welch t-test case vs control, Benjamini-Hochberg over the
|
| 55 |
+
genes with a defined p-value; needs >= 2 donors per group) -> `top_deg_genes` (FDR < 0.05, descending |logFC|,
|
| 56 |
+
first 50; shorter when fewer genes pass). `top50_overlap` = |observed list & generated list|; `top50_jaccard`
|
| 57 |
+
the evaluator's Jaccard. Summary `sum` = total over the scored types (the quantity reported as 81), `max` = the sum of
|
| 58 |
+
the observed list lengths (the "of 262"), `sum_4type` = T + B + Monocyte + NK. A type is scored when its observed test
|
| 59 |
+
is defined; an arm whose generated test is undefined for a scored type gets overlap 0. Types: T cell, B cell, Monocyte, NK cell, DC
|
| 60 |
+
(aggregates: /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd/deg_reference.npz).
|
| 61 |
+
**Broadcast analogue** (`top50_overlap_broadcast`, as `sle_broadcast.py` `broadcast_input_bulk`; not part of the
|
| 62 |
+
published benchmark): the same test on the arm's condition bulk_counts (scoring genes, the 103 + 31
|
| 63 |
+
donors), one whole-PBMC top-50 list, compared with every type's observed list.
|
| 64 |
+
|
| 65 |
+
## Files
|
| 66 |
+
- `per_donor.csv`: one row per arm x donor (all per-donor quantities above).
|
| 67 |
+
- `summary.json`: per arm the donor means / pooled values, provenance (NPZ sha, receipt check, generation metadata,
|
| 68 |
+
Poisson nnz of the whole NPZ, annotation contract), and the reference block (PCA, R2 control).
|
| 69 |
+
- `contrast.csv`: per arm x cell type x statistic (`mean_cp10k`, `pseudobulk_log1p_cpm`: logFC r; `welch_top50_deg`:
|
| 70 |
+
top-50 DEG overlap, T / B / Monocyte / NK / DC; columns of the other kind are empty).
|
| 71 |
+
- `arms/<arm>/labels/` (predict_scanvi.py labels + manifest), `arms/<arm>/generated_cells.parquet` (NPZ row, donor, label,
|
| 72 |
+
UMI on the scoring genes, P/C subsample flag), `arms/<arm>/deg_top50_lists.csv` (observed, generated and broadcast
|
| 73 |
+
top-50 gene lists, Ensembl ids, rank order).
|
paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw2_scsemi5nt/contrast.csv
ADDED
|
@@ -0,0 +1,14 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
arm,celltype,statistic,n_genes,r_generated,r_broadcast,partial_r_generated_given_broadcast,r_generated_vs_broadcast,n_case_donors_obs,n_control_donors_obs,n_case_donors_gen,n_control_donors_gen,n_cells_obs,n_cells_gen,deg_scored,top50_overlap,top50_jaccard,obs_top_list_size,gen_top_list_size,n_sig_obs,n_sig_gen,top50_overlap_broadcast,top50_jaccard_broadcast,broadcast_top_list_size,n_sig_broadcast
|
| 2 |
+
scsemi5nt,T cell,mean_cp10k,3036,0.7635538944476224,0.6311553277299028,0.7079543310336793,0.42031979548498366,103,31,103,31,249798,96852,,,,,,,,,,,
|
| 3 |
+
scsemi5nt,T cell,pseudobulk_log1p_cpm,3036,0.6056636011413261,0.6350373450250355,0.5033263298793763,0.38995064601760715,103,31,103,31,249798,96852,,,,,,,,,,,
|
| 4 |
+
scsemi5nt,B cell,mean_cp10k,3187,0.5703252956900008,0.6245632309702648,0.45357516027342076,0.39119113681989237,103,31,103,31,46668,10898,,,,,,,,,,,
|
| 5 |
+
scsemi5nt,B cell,pseudobulk_log1p_cpm,3187,0.11346182844167998,0.4816610289030315,0.020953093470297203,0.1981968414920077,103,31,103,31,46668,10898,,,,,,,,,,,
|
| 6 |
+
scsemi5nt,Monocyte,mean_cp10k,2886,0.6832644561242109,0.6837051334204964,0.42715568967074236,0.6547403839844501,102,31,102,31,75478,41192,,,,,,,,,,,
|
| 7 |
+
scsemi5nt,Monocyte,pseudobulk_log1p_cpm,2886,0.5367305324548427,0.6802082395314715,0.32049731135727627,0.48751040366969856,102,31,102,31,75478,41192,,,,,,,,,,,
|
| 8 |
+
scsemi5nt,NK cell,mean_cp10k,2961,0.6920276519223358,0.6340215947478178,0.5670587201303038,0.487665541416249,103,31,102,31,66389,40163,,,,,,,,,,,
|
| 9 |
+
scsemi5nt,NK cell,pseudobulk_log1p_cpm,2961,0.4008754157945411,0.5753918871563406,0.2725991475134745,0.3310715603954805,103,31,102,31,66389,40163,,,,,,,,,,,
|
| 10 |
+
scsemi5nt,T cell,welch_top50_deg,5927,,,,,103,31,103,31,249798,96852,True,31,0.4492753623188406,50,50,655,2760,13,0.14942528735632185,50,2026
|
| 11 |
+
scsemi5nt,B cell,welch_top50_deg,5927,,,,,103,31,103,31,46668,10898,True,10,0.1111111111111111,50,50,240,2068,10,0.1111111111111111,50,2026
|
| 12 |
+
scsemi5nt,Monocyte,welch_top50_deg,5927,,,,,102,31,102,31,75478,41192,True,17,0.20481927710843373,50,50,235,1032,18,0.21951219512195122,50,2026
|
| 13 |
+
scsemi5nt,NK cell,welch_top50_deg,5927,,,,,103,31,102,31,66389,40163,True,22,0.28205128205128205,50,50,359,1075,13,0.14942528735632185,50,2026
|
| 14 |
+
scsemi5nt,DC,welch_top50_deg,5927,,,,,103,31,103,31,12425,8171,True,13,0.14942528735632185,50,50,214,978,11,0.12359550561797752,50,2026
|