Archive 4 checkpoints (1-4)

.gitattributes

@@ -109,3 +109,5 @@ paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T121550Z-deck-fig4-rules-no-broad
 paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T125804Z-deck-fig2-3-healthy-fig5-rare/diffusion/dataset/server_1/model8/presentations/2026-09-30--paper-summary--r00/PBISC-Diffusion_paper_summary_20260930.pdf filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T125804Z-deck-fig2-3-healthy-fig5-rare/diffusion/dataset/server_1/model8/presentations/2026-09-30--paper-summary--r00/PBISC-Diffusion_paper_summary_20260930.pptx filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T125804Z-deck-fig2-3-healthy-fig5-rare/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/rare_states_paired_20261008/out/per_donor.csv filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
+paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261010T153319Z-manuscript-rewrite-from-deck/diffusion/dataset/server_1/manuscript/main.pdf filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
+paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261010T153319Z-manuscript-rewrite-from-deck/diffusion/dataset/server_1/manuscript/supplementary.pdf filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261010T153319Z-manuscript-rewrite-from-deck/diffusion/dataset/server_1/manuscript/README.md

@@ -0,0 +1,74 @@
+# PBISC-Diffusion — Nature Communications 초안
+
+**2026-10-10 전면 재작성.** 이 원고는 paper-summary 덱을 기준으로 처음부터 다시 쓴 영문 초안입니다.
+
+- 기준 덱: `immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/presentations/2026-09-30--paper-summary--r00/`, 76장, 2026-10-10 재빌드.
+- 구성: 본문, Methods, Supplementary Information, 참고문헌, 그림.
+- 그림 구성은 덱의 `data/figure_plan.json`을 따라 본문 그림 6개입니다.
+- **Figure 6(bulk-only 데이터에서의 발견)은 "to be continued" 자리표시입니다.** 생성 현황만 적었고 발견은 쓰지 않았습니다.
+- 저자 정보, 공개 저장소 링크 등 미완 항목은 본문에 빨간 `[TODO: …]`로 표시했습니다. 따라서 이 패키지는 제출 최종본이 아닙니다.
+- 작업 과정, 적용한 규칙, 근거 충돌의 해소, 남은 항목은 [editorial/rewrite_20261010.md](editorial/rewrite_20261010.md)에 있습니다.
+- 집필 지침서는 [editorial/rewrite_20261010_brief.md](editorial/rewrite_20261010_brief.md)입니다.
+- 재작성 전 원고(10-06의 커밋하지 않은 Figure 1 수정 포함)는 `archive/pre_rewrite_20261010/`에 그대로 보존했습니다. `archive/`는 git에서 제외된 로컬 사본입니다.
+
+## 연결된 GitHub와 Overleaf 업데이트
+
+이 원고의 GitHub 저장소는 [junidude/PBISC-diffusion-overleaf](https://github.com/junidude/PBISC-diffusion-overleaf)입니다. Overleaf에서 내보낸 `Initial Overleaf Import` 이력을 그대로 유지합니다. 서버의 현재 원고 폴더가 이 저장소의 Git 작업 폴더입니다.
+
+```bash
+cd /home/sj_server_1/PBISC/paper-release-20260928/manuscript
+git switch main
+git pull --ff-only origin main
+```
+
+서버에서 수정한 내용은 커밋하여 GitHub의 `main`에 반영합니다. 공동 작업은 변경 브랜치에서 검토한 뒤 PR로 합칩니다.
+
+이후 웹 Overleaf에서 **Integrations → GitHub → Pull GitHub changes into Overleaf**를 실행해야 갱신됩니다. **GitHub에 push하는 것만으로 Overleaf가 자동 갱신되지는 않습니다.** [공식 동기화 안내](https://docs.overleaf.com/integrations-and-add-ons/git-integration-and-github-synchronization/github-synchronization)
+
+반대로 웹 Overleaf에서 수정했다면 다음 순서로 가져옵니다.
+1. 같은 메뉴의 **Push Overleaf changes to GitHub**를 실행합니다.
+2. 서버에서 `git pull --ff-only`로 가져옵니다.
+3. `pull`이 충돌이나 이력 분기를 알리면 강제로 덮어쓰지 말고, 두 변경을 확인해 병합합니다.
+
+이 연결에는 GitHub 인증을 사용하며, 별도의 Overleaf Git 토큰은 필요하지 않습니다.
+
+**2026-10-10 재작성본은 아직 커밋하거나 push하지 않았습니다.**
+
+## Overleaf에서 열기
+
+- Main document는 `main.tex`, Compiler는 pdfLaTeX로 지정합니다.
+- 보충자료는 Main document를 `supplementary.tex`로 바꿔 따로 컴파일합니다.
+- `overleaf_upload.zip`은 `scripts/build_upload_zip.py`로 다시 만들 수 있습니다.
+
+공식 Springer Nature `sn-jnl.cls`와 Nature 인용 스타일 `sn-nature.bst`가 함께 들어 있습니다. 컴파일에는 shell escape, 서버 절대경로, 모델 체크포인트, GPU가 필요하지 않습니다.
+
+## 파일 안내
+
+| 파일/폴더 | 내용 |
+|---|---|
+| [main.tex](main.tex), [main.pdf](main.pdf) | 본문(Abstract, Introduction, Results, Discussion, Methods, 선언문, 참고문헌). 참고문헌 뒤에 Figure 1–6과 범례가 이어집니다. |
+| [supplementary.tex](supplementary.tex), [supplementary.pdf](supplementary.pdf) | Supplementary Notes 1–5, Supplementary Methods, Supplementary Tables 1–4, Supplementary Figs 1–17 |
+| [macros.tex](macros.tex) | 두 문서가 함께 쓰는 매크로: `\method{}`, `\todo{}`, 그림 배치(`\mainfigure`, `\figpanel` 등) |
+| [sections/](sections/) | 본문 조각(`abstract`, `introduction`, `results_fig1`–`results_fig6`, `discussion`, `methods_model`, `methods_paired`, `methods_eval`, `declarations`), 그림 블록(`fig1`–`fig6`), 보충 조각(`supp_*`) |
+| [references.bib](references.bib) | 인용한 문헌의 BibTeX. 새 항목은 Crossref 또는 reference-papers PDF로 확인했습니다. 학회 논문은 `sn-nature.bst`의 표시 문제 때문에 `@misc`로 넣었습니다. |
+| [figures/deck_20261010/](figures/deck_20261010/) | 덱의 벡터 그림 패널(그대로 배치). 출처와 sha256은 `PROVENANCE.json`에 있습니다. 180 mm 저널 레이아웃은 아직 그리지 않았습니다. |
+| [figures/figS_corpus.pdf](figures/figS_corpus.pdf) | Supplementary Fig. 1(사전학습 코퍼스) |
+| [source_data/corpus/](source_data/corpus/) | 코퍼스 수치 표(Supplementary Note 1) |
+| [editorial/](editorial/) | 공동저자 검토용 기록. 재작성 기록은 `rewrite_20261010*.md`입니다. |
+
+`figures/`의 `fig02_*`–`fig06_*`, `figS_calibration_*`, `tables/` 등은 재작성 전 원고의 자료입니다. 새 원고는 이 파일들을 쓰지 않습니다.
+
+## 로컬에서 다시 빌드하기
+
+```bash
+tectonic --keep-logs main.tex
+tectonic --keep-logs supplementary.tex
+# 또는: latexmk -pdf -interaction=nonstopmode main.tex; latexmk -pdf -interaction=nonstopmode supplementary.tex
+```
+
+그림 패널은 덱 폴더의 `figures/*.pdf`를 복사한 것입니다. 덱 그림이 바뀌면 다음 순서로 반영합니다.
+1. 덱의 해당 `tools/*.py`를 다시 실행합니다.
+2. 결과 PDF를 `figures/deck_20261010/`에 복사합니다.
+3. `PROVENANCE.json`의 sha256을 갱신합니다.
+
+원고 형식은 [Nature Communications Article 안내](https://www.nature.com/ncomms/submit/article)를 목표로 삼았습니다. 기준은 제목 15단어 이하, 초록 200단어 이하, 본문 약 5,000단어, 범례 350단어 이하입니다. 공식 템플릿 사용과 컴파일 성공이 투고 요건 충족을 뜻하지는 않습니다.

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261010T153319Z-manuscript-rewrite-from-deck/diffusion/dataset/server_1/manuscript/main.pdf

@@ -0,0 +1,3 @@
+version https://git-lfs.github.com/spec/v1
+oid sha256:8d0c5534aeabca9d7014743e249ab4779f15e5314275659eafdac37750ad8dcb
+size 1462976

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261010T153319Z-manuscript-rewrite-from-deck/diffusion/dataset/server_1/manuscript/sections/abstract.tex

@@ -0,0 +1 @@
+Paired bulk and single cells from five donors suffice to turn blood bulk RNA sequencing into single cells with disease signal beyond the bulk. Large cohorts often have bulk but no single cells, and most bulk-to-cell models learn from pseudobulk, the sum of a sample's cells, which differs from real bulk. \method{} is a diffusion model of each gene's expression value and detection, pretrained on a 41.4-million-cell blood corpus and adapted to a cohort's real bulk by low-rank adaptation (LoRA) on five paired donors. Against scSemiProfiler given the same donors, LoRA cells were more realistic in all five paired cohorts (coverage of real cells 0.79 against 0.04, 107 healthy donors). In four disease cohorts, LoRA led on the correlation of generated with observed cell-type disease changes in 13 of 20 five-donor draws and on its part beyond the bulk in 14 of 20. It kept rare states closer to observed fractions than scSemiProfiler in 51 of 56 state-cohort pairs. It needed 17 to 59 times less GPU time per cohort: minutes instead of hours to days. With all training pairs (5-fold cross-validation), the disease correlation was up to 0.82. Cell-type deconvolution with the same pairs added little beyond the bulk.

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261010T153319Z-manuscript-rewrite-from-deck/diffusion/dataset/server_1/manuscript/supplementary.pdf

@@ -0,0 +1,3 @@
+version https://git-lfs.github.com/spec/v1
+oid sha256:f7e21d2f3ade4878cc0d16dfce8a6b549718f984764d763a70608f1f73c5710b
+size 1524546