Archive 4 checkpoints (1-4)

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw4_scsemi5nt/README.md

@@ -0,0 +1,60 @@
+# score_ft.py output: immicro, 102 scored donors
+
+Arms: scsemi5nt.  Every arm is scored on the same donors against the same observed reference.
+
+## Inputs and fixed contracts
+- Observed reference: `/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/immicro/reference.npz` (sha c5e2547be3ec), built from datadir:/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/immicro;
+  observed cells sum exactly to the features pseudobulk of every donor. Observed labels: /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/immicro/labels/observed_immicro/labels.parquet.
+- Generated cells: `generated_counts` read out once with Poisson(seed 20260916) over the **whole NPZ in row order**
+  (`poisson_readout.poisson_integerise`), then the scored donors' rows. These integer counts are used for labels, embedding,
+  depth and the contrast. Pseudobulk uses the summed `generated_counts` (rates), as `score_generated.py`.
+- Labels: frozen f01common scANVI (`predict_scanvi.py`, CPU, zero query epochs), six-type gate ['T cell', 'B cell', 'Monocyte', 'NK cell', 'DC', 'Other']; query genes =
+  the 1,006-gene annotation list minus genes the dataset's sc assay did not measure in every sample (1004 genes).
+- Scoring genes: 6k panel genes measured by both assays in every sample of the dataset (5508 genes).
+
+## Definitions
+1. **Composition**: fraction of each donor's cells per six-type label (all generated cells; all observed QC cells).
+   `comp_l1` = sum over the six labels of |generated - observed| (immicro_common.l1). `comp_l1_obs_loo_null` = L1 of the
+   donor's observed composition to the mean of the *other scored donors'* observed compositions. `composition_top1` =
+   fraction of donors whose generated composition is closest (L1) to their own observed composition.
+2. **Pseudobulk**: `pb_r` = Pearson r of CPM-log1p(summed generated_counts) vs CPM-log1p(observed pseudobulk) on the scoring
+   genes (evaluate_realbulk.cpm_log1p / paired_r). `pb_top1` = the donor's generated pseudobulk is closest (Pearson) to its own
+   observed pseudobulk among the 102 scored donors (immicro_common.retrieval = evaluate_realbulk.top1 arithmetic).
+3. **Precision / coverage / density** (stage_b_embed.py functions): per-cell CP10K over the scoring genes + log1p; PCA-50
+   (randomized, random_state 20260925) and k = 10 real-real k-NN balls fitted on **R1 of the scored donors only**.
+   Reference rule (independent of fold and arm): per donor, cells in canonical order (library_id+barcode), one
+   permutation from `default_rng([20260925, uint64(sha256(donor)[:8])])`; R1 = first n, R2 = next n,
+   n = min(150, n_cells // 2) (15300 R1 cells here). Generated query: per donor n cells (the donor's R1 size),
+   without replacement, `default_rng([20260926, same key])`. Precision = fraction of generated cells inside any R1 ball
+   (Kynkaanniemi 2019); coverage = fraction of R1 cells whose ball holds a generated cell; density = Naeem 2020.
+   Per-donor precision = that donor's generated cells; per-donor coverage = that donor's R1 cells (the pooled values are
+   their n-weighted means; plain means when every donor has 150 reference cells). R2 (held-out real cells of the same donors) is the
+   perfect-generator control: precision 0.9650, coverage 0.9999.
+   **Depth matched**: stage_b_embed depth matching run pairwise (R1 vs this arm): per donor and within-donor rank of detected
+   genes, both cells are thinned by UMI sampling without replacement to the smaller detected-gene count; PCA kept from
+   un-thinned R1, radii recomputed on thinned R1; fresh rng(20260929) per arm. R2 control: precision
+   0.9629, coverage 0.9997.
+4. **Monocyte %** = 100 x Monocyte fraction (all cells) per donor; **median UMI per cell** = median over cells of the
+   Poisson-read (generated) / observed counts summed over the scoring genes (per donor, and pooled).
+5. **Group contrast** (T, B, Monocyte, NK): not computed (dataset immicro has no group contrast (use --groups-csv / --case-groups)).
+   Genes per type = scoring genes detected (count > 0) in >= 1 % of the scored donors' observed
+   cells of that type. Primary statistic `mean_cp10k`: per-cell CP10K over the scoring genes; per donor the mean over its
+   cells of the type (donors with >= 1 such cell); group mean = mean over the group's donors (donor-balanced);
+   logFC = log2(case mean + 1) - log2(control mean + 1). Secondary `pseudobulk_log1p_cpm`: the SLE benchmark evaluator's
+   statistic (donor x type summed counts, log1p CPM over the scoring genes, mean case - mean control;
+   evaluate_generated_vs_truth.group_log_fold_change). Both are computed on the generated cells (their frozen labels) and on
+   the observed cells; `r_generated` = Pearson r of the two logFC vectors. Broadcast baseline `r_broadcast`: the same
+   observed vector against the logFC of the input bulk (condition NPZ `bulk_counts` of the arm, scoring genes, per-donor
+   CP10K resp. log1p CPM, group means). `partial_r_generated_given_broadcast`: r of the OLS residuals of observed and
+   generated logFC on the bulk logFC (residual_specificity.py).
+6. **Top-50 DEG overlap** (contrast.csv rows `statistic = welch_top50_deg`; summary `deg_top50`): not computed (contrast off).
+
+## Files
+- `per_donor.csv`: one row per arm x donor (all per-donor quantities above).
+- `summary.json`: per arm the donor means / pooled values, provenance (NPZ sha, receipt check, generation metadata,
+  Poisson nnz of the whole NPZ, annotation contract), and the reference block (PCA, R2 control).
+- `contrast.csv`: per arm x cell type x statistic (`mean_cp10k`, `pseudobulk_log1p_cpm`: logFC r; `welch_top50_deg`:
+  top-50 DEG overlap, T / B / Monocyte / NK / DC; columns of the other kind are empty).
+- `arms/<arm>/labels/` (predict_scanvi.py labels + manifest), `arms/<arm>/generated_cells.parquet` (NPZ row, donor, label,
+  UMI on the scoring genes, P/C subsample flag), `arms/<arm>/deg_top50_lists.csv` (observed, generated and broadcast
+  top-50 gene lists, Ensembl ids, rank order).

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw4_scsemi5nt/per_donor.csv

@@ -0,0 +1,103 @@
+arm,donor,group,n_generated_cells,n_observed_cells,n_reference_cells,gen_T cell,obs_T cell,gen_B cell,obs_B cell,gen_Monocyte,obs_Monocyte,gen_NK cell,obs_NK cell,gen_DC,obs_DC,gen_Other,obs_Other,comp_l1,comp_l1_obs_loo_null,pb_r,pb_own_rank,pb_top1,precision,coverage,precision_depth_matched,coverage_depth_matched,mono_pct_gen,mono_pct_obs,median_umi_gen,median_umi_obs
+scsemi5nt,HS1,DB1,1500,4384,150,0.7806666666666666,0.6332116788321168,0.046,0.05862226277372263,0.08866666666666667,0.13822992700729927,0.03933333333333333,0.14393248175182483,0.04133333333333333,0.018476277372262775,0.004,0.007527372262773723,0.3406240875912408,0.1099717466823345,0.8312429734469194,3,False,0.8,0.37333333333333335,0.92,0.6866666666666666,8.866666666666667,13.822992700729927,1918.5,1738.0
+scsemi5nt,HS2,DB2,1500,5144,150,0.6873333333333334,0.661353032659409,0.11733333333333333,0.05909797822706065,0.126,0.1386080870917574,0.036,0.11372472783825817,0.03266666666666666,0.02041213063763608,0.0006666666666666666,0.006804043545878694,0.1929403836184552,0.09025720691880737,0.8372657699645927,3,False,0.6466666666666666,0.49333333333333335,0.9133333333333333,0.6533333333333333,12.6,13.860808709175739,1917.5,1429.0
+scsemi5nt,HS3,DB3,1500,4617,150,0.686,0.6484730344379467,0.043333333333333335,0.06952566601689408,0.158,0.17782109594975093,0.06866666666666667,0.07060862031622266,0.04,0.028589993502274202,0.004,0.004981589776911414,0.09787394411955826,0.052715464381065696,0.8624503628471459,10,False,0.6866666666666666,0.18,0.9466666666666667,0.5933333333333334,15.8,17.782109594975093,1919.5,2186.0
+scsemi5nt,HS4,DB4,1500,4167,150,0.6146666666666667,0.54307655387569,0.13466666666666666,0.04535637149028078,0.14733333333333334,0.2371010319174466,0.08333333333333333,0.14254859611231102,0.016666666666666666,0.02423806095512359,0.0033333333333333335,0.007679385649148068,0.32180081593472526,0.25439768685380754,0.8600752304491852,58,False,0.7066666666666667,0.2,0.8733333333333333,0.4666666666666667,14.733333333333334,23.71010319174466,1918.0,2111.0
+scsemi5nt,HS6,DB3,1500,4222,150,0.676,0.4836570345807674,0.044,0.037423022264329704,0.17333333333333334,0.3147797252486973,0.07933333333333334,0.13003315963998105,0.024,0.024869729985788725,0.0033333333333333335,0.009237328280435813,0.39783988630980577,0.39043714406428487,0.8760269816966462,11,False,0.6666666666666666,0.16,0.8866666666666667,0.62,17.333333333333336,31.47797252486973,1921.0,2457.5
+scsemi5nt,HS7,DB1,1500,4271,150,0.7806666666666666,0.7035822992273473,0.042,0.03839850152189183,0.09,0.13135097166939827,0.048,0.09740107703114025,0.034666666666666665,0.02130648560056193,0.004666666666666667,0.0079606649496605,0.1880920939670646,0.1449175671324591,0.8273954381166201,13,False,0.8733333333333333,0.28,0.96,0.5733333333333334,9.0,13.135097166939827,1922.0,1748.0
+scsemi5nt,HS8,DB1,1500,3652,150,0.588,0.6251369112814896,0.102,0.06489594742606791,0.142,0.15553121577217963,0.10466666666666667,0.11829134720700986,0.05733333333333333,0.028477546549835708,0.006,0.007667031763417305,0.13191967871485952,0.07004174855950035,0.8962524905292149,5,False,0.72,0.31333333333333335,0.9466666666666667,0.64,14.2,15.553121577217963,1922.0,1817.0
+scsemi5nt,HS9,DB3,1500,3942,150,0.6893333333333334,0.6958396752917301,0.042,0.028665651953323185,0.16666666666666666,0.18670725520040587,0.062,0.049974632166412986,0.032,0.03373921867072552,0.008,0.0050735667174023336,0.056572298325722956,0.17673539661541704,0.8579421219178456,1,True,0.7,0.16,0.9333333333333333,0.66,16.666666666666664,18.670725520040587,1917.0,2389.0
+scsemi5nt,HS10,DB4,1500,4115,150,0.66,0.5244228432563791,0.13866666666666666,0.18347509113001215,0.11333333333333333,0.13001215066828675,0.048,0.13754556500607534,0.036,0.021385176184690158,0.004,0.0031591737545565005,0.3020656136087485,0.31375579874882126,0.8264770871040674,62,False,0.72,0.14,0.9133333333333333,0.4866666666666667,11.333333333333332,13.001215066828674,1917.0,2063.0
+scsemi5nt,HS11,DB6,1500,2886,150,0.6386666666666667,0.6056826056826057,0.13933333333333334,0.061330561330561334,0.148,0.24358974358974358,0.05333333333333334,0.04054054054054054,0.018,0.04573804573804574,0.0026666666666666666,0.0031185031185031187,0.24755925155925163,0.20344570271112788,0.8481315584625155,28,False,0.7466666666666667,0.20666666666666667,0.9333333333333333,0.5666666666666667,14.799999999999999,24.358974358974358,1921.0,2216.5
+scsemi5nt,HS12,DB2,1500,5035,150,0.66,0.6798411122144985,0.126,0.06971201588877855,0.132,0.1529294935451837,0.05533333333333333,0.064746772591857,0.024666666666666667,0.025223435948361468,0.002,0.007547169811320755,0.11257596822244284,0.08917300293412955,0.8669725969996094,9,False,0.7066666666666667,0.30666666666666664,0.9066666666666666,0.6133333333333333,13.200000000000001,15.29294935451837,1921.0,1550.0
+scsemi5nt,HS13,DB5,1500,4792,150,0.6106666666666667,0.6156093489148581,0.14733333333333334,0.056343906510851416,0.13933333333333334,0.2166110183639399,0.07866666666666666,0.08764607679465776,0.019333333333333334,0.02003338898163606,0.004666666666666667,0.0037562604340567614,0.1837996661101836,0.10251329796792495,0.8540551719164767,76,False,0.6733333333333333,0.12,0.9,0.43333333333333335,13.933333333333334,21.66110183639399,1921.0,2176.0
+scsemi5nt,HS14,DB3,1500,4235,150,0.74,0.6517119244391971,0.04666666666666667,0.06517119244391972,0.11533333333333333,0.20306965761511217,0.06866666666666667,0.04250295159386069,0.022,0.0332939787485242,0.007333333333333333,0.004250295159386069,0.2350696576151122,0.11975559438328129,0.8700674592055928,20,False,0.8466666666666667,0.2,0.9333333333333333,0.62,11.533333333333333,20.30696576151122,1917.0,2164.0
+scsemi5nt,HS15,DB4,1500,4592,150,0.5006666666666667,0.46972996515679444,0.092,0.04638501742160279,0.29333333333333333,0.37282229965156793,0.07666666666666666,0.08776132404181185,0.034,0.0195993031358885,0.0033333333333333335,0.0037020905923344947,0.1819047619047619,0.4180291532419459,0.816017048528953,33,False,0.8666666666666667,0.13333333333333333,0.92,0.38666666666666666,29.333333333333332,37.282229965156795,1920.0,2302.0
+scsemi5nt,HS16,DB4,1500,4842,150,0.6253333333333333,0.5846757538207352,0.136,0.08736059479553904,0.14666666666666667,0.23048327137546468,0.064,0.07166460140437836,0.022,0.020859149111937217,0.006,0.004956629491945477,0.18296241222635273,0.15710997250030045,0.8540337689990666,75,False,0.68,0.10666666666666667,0.8133333333333334,0.5866666666666667,14.666666666666666,23.04832713754647,1919.0,2066.0
+scsemi5nt,HS17,DB6,1500,1753,150,0.6573333333333333,0.7221905305191101,0.14666666666666667,0.07529948659440959,0.124,0.14432401597261837,0.042666666666666665,0.03194523673702225,0.02,0.02053622361665716,0.009333333333333334,0.005704506560182544,0.17143487355010456,0.16819977457168475,0.8482336433780464,44,False,0.6,0.22666666666666666,0.9066666666666666,0.54,12.4,14.432401597261837,1917.0,2194.0
+scsemi5nt,HS18,DB4,1500,3348,150,0.6766666666666666,0.6633811230585425,0.13066666666666665,0.05734767025089606,0.11733333333333333,0.18309438470728792,0.03666666666666667,0.07198327359617682,0.02666666666666667,0.016129032258064516,0.012,0.008064516129032258,0.20215531660692937,0.08678308366578849,0.8034345641464082,64,False,0.8,0.18,0.9866666666666667,0.42,11.733333333333333,18.309438470728793,1921.0,2108.0
+scsemi5nt,HS20,DB7,1500,1366,150,0.824,0.7657393850658858,0.02666666666666667,0.09882869692532943,0.04466666666666667,0.08345534407027819,0.022,0.029282576866764276,0.06933333333333333,0.015373352855051245,0.013333333333333334,0.007320644216691069,0.23646656905807706,0.30694846087839417,0.7433882973396824,77,False,0.8533333333333334,0.06666666666666667,0.9933333333333333,0.22,4.466666666666667,8.345534407027818,1918.0,2271.0
+scsemi5nt,HS21,DB1,1500,4748,150,0.7653333333333333,0.5945661331086773,0.042,0.06887110362257792,0.106,0.1941870261162595,0.054,0.11141533277169334,0.02666666666666667,0.02401010951979781,0.006,0.0069502948609941025,0.3468475147430497,0.10290383023481701,0.8582270853764098,16,False,0.7533333333333333,0.36,0.9133333333333333,0.66,10.6,19.41870261162595,1920.0,1849.5
+scsemi5nt,HS23,DB6,1500,1680,150,0.5,0.5630952380952381,0.09466666666666666,0.0994047619047619,0.2793333333333333,0.2386904761904762,0.07066666666666667,0.06904761904761905,0.05,0.025,0.005333333333333333,0.004761904761904762,0.13566666666666666,0.20256770987636036,0.8136535881681372,9,False,0.7733333333333333,0.17333333333333334,0.86,0.5266666666666666,27.933333333333334,23.86904761904762,1921.0,2296.0
+scsemi5nt,HS24,DB6,1500,1670,150,0.614,0.5365269461077844,0.14,0.07005988023952096,0.146,0.17664670658682635,0.078,0.19401197604790418,0.02,0.017964071856287425,0.002,0.004790419161676647,0.2988982035928144,0.22889034903704836,0.8596094942833296,14,False,0.7066666666666667,0.26,0.92,0.6733333333333333,14.6,17.664670658682635,1922.0,2073.5
+scsemi5nt,HS26,DB2,1500,3606,150,0.702,0.651414309484193,0.05,0.054076539101497505,0.13733333333333334,0.16167498613422074,0.06933333333333333,0.09678313921242374,0.03933333333333333,0.02689961175818081,0.002,0.009151414309484194,0.12603882418191897,0.049096339883840295,0.8552177856344524,5,False,0.5533333333333333,0.38666666666666666,0.8933333333333333,0.5533333333333333,13.733333333333334,16.167498613422072,1923.0,1454.5
+scsemi5nt,HS27,DB2,1500,4030,150,0.7786666666666666,0.6540942928039702,0.044,0.11464019851116625,0.08333333333333333,0.1196029776674938,0.036,0.0890818858560794,0.04733333333333333,0.015632754342431762,0.010666666666666666,0.006947890818858561,0.3199834574028122,0.1126306966102962,0.802110278875326,6,False,0.8266666666666667,0.44666666666666666,0.9866666666666667,0.5266666666666666,8.333333333333332,11.96029776674938,1922.0,1575.5
+scsemi5nt,HS28,DB5,1500,4446,150,0.6206666666666667,0.594017094017094,0.13933333333333334,0.12010796221322537,0.15333333333333332,0.1545209176788124,0.06533333333333333,0.11156095366621682,0.017333333333333333,0.015744489428699954,0.004,0.004048582995951417,0.09492757534862803,0.13328297684431004,0.8630115065713345,63,False,0.56,0.12,0.78,0.5533333333333333,15.333333333333332,15.45209176788124,1922.0,1941.5
+scsemi5nt,HS29,DB5,1500,4285,150,0.6526666666666666,0.6550758459743291,0.11733333333333333,0.03663943990665111,0.14266666666666666,0.19883313885647608,0.068,0.0823803967327888,0.017333333333333333,0.022870478413068846,0.002,0.004200700116686115,0.16138778685336452,0.09693971416518495,0.8550100812967356,51,False,0.6733333333333333,0.17333333333333334,0.8733333333333333,0.5533333333333333,14.266666666666666,19.883313885647606,1918.0,2230.0
+scsemi5nt,HS30,DB3,1500,6447,150,0.6986666666666667,0.5667752442996743,0.04933333333333333,0.08127811385140375,0.156,0.26477431363424847,0.06933333333333333,0.049325267566309915,0.021333333333333333,0.03489995346672871,0.005333333333333333,0.002947107181634869,0.3085714285714285,0.23863560237989642,0.8815291877858457,5,False,0.66,0.2,0.9,0.6933333333333334,15.6,26.47743136342485,1918.0,2410.0
+scsemi5nt,HS31,DB3,1500,4830,150,0.6093333333333333,0.5956521739130435,0.146,0.07039337474120083,0.14066666666666666,0.21884057971014492,0.07933333333333334,0.08385093167701864,0.02,0.02546583850931677,0.004666666666666667,0.005797101449275362,0.17857556935817795,0.11304200507499775,0.8801083054894449,7,False,0.6933333333333334,0.16,0.92,0.7466666666666667,14.066666666666666,21.884057971014492,1924.0,2217.5
+scsemi5nt,HS32,DB6,1500,1818,150,0.666,0.7128712871287128,0.13466666666666666,0.07535753575357536,0.136,0.13036303630363036,0.04533333333333334,0.06050605060506051,0.016666666666666666,0.019251925192519254,0.0013333333333333333,0.0016501650165016502,0.12989218921892184,0.14915046258509107,0.8489070655400982,19,False,0.74,0.22666666666666666,0.94,0.6,13.600000000000001,13.036303630363037,1918.0,2078.5
+scsemi5nt,HS34,DB5,1500,4363,150,0.6526666666666666,0.7073114829245931,0.14133333333333334,0.04859041943616777,0.13866666666666666,0.16983726793490717,0.035333333333333335,0.0550080220032088,0.02666666666666667,0.013981205592482237,0.005333333333333333,0.005271602108640843,0.21098021239208498,0.14362667526567544,0.81864013621845,74,False,0.7866666666666666,0.11333333333333333,0.9533333333333334,0.42,13.866666666666665,16.983726793490717,1921.0,2176.0
+scsemi5nt,HS35,DB7,1500,1658,150,0.6406666666666667,0.6363088057901085,0.146,0.08443908323281062,0.12666666666666668,0.1513872135102533,0.037333333333333336,0.097708082026538,0.044,0.024728588661037394,0.005333333333333333,0.005428226779252111,0.17038037796542024,0.03726462598085231,0.8319597421705301,37,False,0.72,0.12,0.96,0.42,12.666666666666668,15.13872135102533,1920.0,2204.0
+scsemi5nt,HS36,DB5,1500,4213,150,0.638,0.5829575124614289,0.15266666666666667,0.10064087348682649,0.13066666666666665,0.14573937811535723,0.058,0.15286019463565156,0.018,0.015428435793971042,0.0026666666666666666,0.0023736055067647755,0.21986581216868425,0.17737960117677845,0.850046380354784,53,False,0.6733333333333333,0.13333333333333333,0.9133333333333333,0.44666666666666666,13.066666666666665,14.573937811535723,1921.0,2180.0
+scsemi5nt,HS37,DB6,1500,2127,150,0.504,0.5763986835919135,0.09466666666666666,0.14997649271274094,0.276,0.18288669487541137,0.06866666666666667,0.06535025858015985,0.054,0.021626704278326282,0.0026666666666666666,0.0037611659614480487,0.25760601786553833,0.18744602763988788,0.8058271493035709,20,False,0.9,0.2,0.9,0.43333333333333335,27.6,18.28866948754114,1920.5,2099.0
+scsemi5nt,HS38,DB2,1500,3952,150,0.608,0.4534412955465587,0.15266666666666667,0.06022267206477733,0.13933333333333334,0.27631578947368424,0.082,0.16776315789473684,0.016,0.03365384615384615,0.002,0.00860323886639676,0.49400539811066124,0.4054161757839608,0.8823596737546207,7,False,0.6666666666666666,0.4533333333333333,0.8733333333333333,0.6466666666666666,13.933333333333334,27.631578947368425,1920.0,1448.0
+scsemi5nt,HS39,DB6,1500,2056,150,0.5066666666666667,0.6731517509727627,0.09266666666666666,0.04571984435797665,0.25866666666666666,0.17607003891050585,0.062,0.08025291828793775,0.07333333333333333,0.02091439688715953,0.006666666666666667,0.0038910505836575876,0.3694760051880674,0.08721974418496954,0.78113033604086,30,False,0.8333333333333334,0.22666666666666666,0.8666666666666667,0.5,25.866666666666667,17.607003891050585,1919.0,2023.0
+scsemi5nt,HS40,DB2,1500,3867,150,0.718,0.6938194983191104,0.04133333333333333,0.045771916214119475,0.15066666666666667,0.15490043961727437,0.048666666666666664,0.07525213343677269,0.038,0.026377036462373934,0.0033333333333333335,0.003878975950349108,0.07160693043703129,0.11567127104791591,0.8480583536338101,20,False,0.6333333333333333,0.3933333333333333,0.94,0.52,15.066666666666666,15.490043961727437,1920.0,1477.0
+scsemi5nt,HS41,DB7,1500,1392,150,0.6706666666666666,0.6458333333333334,0.13066666666666665,0.15589080459770116,0.13066666666666665,0.14152298850574713,0.037333333333333336,0.035201149425287355,0.023333333333333334,0.014367816091954023,0.007333333333333333,0.007183908045977011,0.07216091954022986,0.1797399582338146,0.828654493057016,83,False,0.8266666666666667,0.10666666666666667,0.9533333333333334,0.4866666666666667,13.066666666666665,14.152298850574713,1920.0,2276.0
+scsemi5nt,HS42,DB1,1500,4312,150,0.5953333333333334,0.700139146567718,0.10666666666666667,0.034786641929499075,0.152,0.18320964749536178,0.08333333333333333,0.04336734693877551,0.054,0.029684601113172542,0.008666666666666666,0.008812615955473098,0.27232282003710573,0.17678677672280071,0.8813295369330966,9,False,0.7733333333333333,0.26666666666666666,0.9066666666666666,0.7333333333333333,15.2,18.320964749536177,1920.0,1957.5
+scsemi5nt,HS43,DB5,1500,4357,150,0.636,0.6584806059215056,0.14333333333333334,0.071149873766353,0.14066666666666666,0.13839798026164793,0.050666666666666665,0.11223318797337617,0.023333333333333334,0.017443194858847832,0.006,0.0022951572182694515,0.16809425445643023,0.0788784780126191,0.8142412939050111,81,False,0.76,0.12,0.9533333333333334,0.32666666666666666,14.066666666666666,13.839798026164793,1919.5,2180.0
+scsemi5nt,HS44,DB5,1500,3849,150,0.6466666666666666,0.719147830605352,0.13866666666666666,0.06832943621719927,0.132,0.15146791374382956,0.059333333333333335,0.03715250714471291,0.020666666666666667,0.019225772928033256,0.0026666666666666666,0.004676539360872954,0.1879179007534425,0.15949416951950782,0.8385167254167678,89,False,0.6333333333333333,0.20666666666666667,0.86,0.4533333333333333,13.200000000000001,15.146791374382957,1918.5,1852.0
+scsemi5nt,HS45,DB7,1500,1980,150,0.648,0.6646464646464646,0.128,0.08333333333333333,0.13,0.1191919191919192,0.06666666666666667,0.10606060606060606,0.023333333333333334,0.022727272727272728,0.004,0.00404040404040404,0.1121616161616161,0.09730809825831677,0.8440884087637104,42,False,0.7466666666666667,0.09333333333333334,0.9333333333333333,0.56,13.0,11.91919191919192,1922.0,2373.5
+scsemi5nt,HS46,DB1,1500,4117,150,0.6993333333333334,0.6315278115132378,0.04733333333333333,0.060480932717998544,0.158,0.13990769978139422,0.06133333333333333,0.13577847947534613,0.03333333333333333,0.028175856205975226,0.0006666666666666666,0.004129220306048093,0.18211059833211893,0.10044549235809863,0.8474598559765036,31,False,0.5933333333333334,0.37333333333333335,0.8533333333333334,0.7066666666666667,15.8,13.990769978139422,1920.0,1777.0
+scsemi5nt,HS47,DB3,1500,4401,150,0.708,0.609634174051352,0.042,0.13542376732560782,0.122,0.09702340377187003,0.05333333333333334,0.12315382867530107,0.07133333333333333,0.029993183367416496,0.0033333333333333335,0.004771642808452625,0.3293651442853896,0.20227240015292783,0.8393245701925284,12,False,0.49333333333333335,0.3466666666666667,0.8533333333333334,0.6,12.2,9.702340377187003,1921.0,2179.0
+scsemi5nt,HS48,DB5,1500,3855,150,0.646,0.7058365758754864,0.13466666666666666,0.09909208819714656,0.10666666666666667,0.0840466926070039,0.04533333333333334,0.0874189364461738,0.062,0.019974059662775615,0.005333333333333333,0.0036316472114137485,0.2038443579766537,0.18288083489034182,0.8161204875006103,81,False,0.7333333333333333,0.13333333333333333,0.9666666666666667,0.3933333333333333,10.666666666666668,8.40466926070039,1920.0,1918.0
+scsemi5nt,HS49,DB3,1500,3893,150,0.7033333333333334,0.6773696378114564,0.04533333333333334,0.027228358592345236,0.164,0.1857179553043925,0.04466666666666667,0.07346519393783714,0.03933333333333333,0.03056768558951965,0.0033333333333333335,0.005651168764449011,0.10566863601335735,0.13126132140568014,0.8467751194030753,7,False,0.5333333333333333,0.24,0.8133333333333334,0.66,16.400000000000002,18.57179553043925,1921.0,2103.0
+scsemi5nt,HS50,DB5,1500,4299,150,0.6533333333333333,0.6882996045591998,0.13733333333333334,0.08211211909746452,0.124,0.11979530123284485,0.03133333333333333,0.09211444521981857,0.051333333333333335,0.013258897418004187,0.0026666666666666666,0.004419632472668062,0.19500069783670623,0.11444766287772377,0.7930494745826506,91,False,0.7066666666666667,0.12,0.9866666666666667,0.36666666666666664,12.4,11.979530123284485,1916.0,2077.0
+scsemi5nt,HS51,DB3,1500,3803,150,0.682,0.7068104128319748,0.05,0.09019195372074677,0.15066666666666667,0.10544307125953195,0.06133333333333333,0.06731527741256903,0.054,0.02576912963449908,0.002,0.004470155140678412,0.14690893154527124,0.17297874928454093,0.8622901281182894,4,False,0.58,0.22666666666666666,0.8933333333333333,0.7266666666666667,15.066666666666666,10.544307125953194,1917.0,2114.0
+scsemi5nt,HS53,DB7,1500,1544,150,0.788,0.7506476683937824,0.044,0.10233160621761658,0.08733333333333333,0.08290155440414508,0.029333333333333333,0.040803108808290155,0.042666666666666665,0.01878238341968912,0.008666666666666666,0.0045336787564766836,0.13960276338514685,0.2799335532062653,0.7854783749241611,84,False,0.8,0.12666666666666668,0.98,0.34,8.733333333333333,8.290155440414509,1920.0,2239.5
+scsemi5nt,HS54,DB3,1500,5391,150,0.8246666666666667,0.7853830458171026,0.03666666666666667,0.06362455945093674,0.048666666666666664,0.0849564088295307,0.020666666666666667,0.037655351511778894,0.03933333333333333,0.02485624188462252,0.03,0.003524392506028566,0.16047263958449265,0.29753980169869926,0.7677131168460041,22,False,0.7933333333333333,0.14666666666666667,0.9933333333333333,0.46,4.866666666666666,8.49564088295307,1918.0,2188.0
+scsemi5nt,HS55,DB1,1500,4574,150,0.6966666666666667,0.6228683865325755,0.03866666666666667,0.04241364232619152,0.17333333333333334,0.22431132487975514,0.06333333333333334,0.08439003060778312,0.027333333333333334,0.019676432006996064,0.0006666666666666666,0.006340183646698732,0.16291036292085695,0.11969386769416607,0.8484194624206131,22,False,0.64,0.26666666666666666,0.8933333333333333,0.76,17.333333333333336,22.431132487975514,1921.0,1849.0
+scsemi5nt,HS56,DB1,1500,4121,150,0.696,0.6112594030575104,0.04,0.04707595243872846,0.15733333333333333,0.13977190002426595,0.068,0.16743508857073525,0.038,0.028391167192429023,0.0006666666666666666,0.006066488716330988,0.22382172611825596,0.16589512546725688,0.848351468136086,10,False,0.5666666666666667,0.3466666666666667,0.7666666666666667,0.7133333333333334,15.733333333333333,13.977190002426596,1921.0,1751.0
+scsemi5nt,HS57,DB2,1500,3932,150,0.6053333333333333,0.6584435401831129,0.09133333333333334,0.03128179043743642,0.14733333333333334,0.18972533062054933,0.1,0.08214649033570702,0.04933333333333333,0.030010172939979655,0.006666666666666667,0.00839267548321465,0.1944564259070872,0.10553969208326364,0.8719378052481331,1,True,0.8,0.3466666666666667,0.9733333333333334,0.6666666666666666,14.733333333333334,18.972533062054932,1920.0,1676.5
+scsemi5nt,HS58,DB7,1500,1299,150,0.694,0.6605080831408776,0.046,0.029253271747498075,0.154,0.15550423402617397,0.07266666666666667,0.1170130869899923,0.03266666666666666,0.03156274056966898,0.0006666666666666666,0.006158583525789068,0.10268514241724394,0.11169812176757721,0.8225029788889028,62,False,0.62,0.16666666666666666,0.8266666666666667,0.3333333333333333,15.4,15.550423402617398,1920.0,1944.0
+scsemi5nt,HS59,DB4,1500,4268,150,0.5153333333333333,0.5796626054358013,0.09133333333333334,0.06115276476101218,0.25533333333333336,0.21860356138706655,0.07,0.11879100281162137,0.06466666666666666,0.016166822867853797,0.0033333333333333335,0.005623242736644799,0.23082036863480163,0.16188281345804198,0.7513092810287227,96,False,0.94,0.06,0.98,0.31333333333333335,25.533333333333335,21.860356138706656,1919.0,2091.5
+scsemi5nt,HS60,DB6,1500,2659,150,0.696,0.6288078224896577,0.042,0.04061677322301617,0.14933333333333335,0.16058668672433246,0.07,0.14328694998119593,0.04133333333333333,0.020308386611508085,0.0013333333333333333,0.006393380970289583,0.1792007020183026,0.10637746247565097,0.8378013173784955,46,False,0.6733333333333333,0.2866666666666667,0.8333333333333334,0.44666666666666666,14.933333333333335,16.058668672433246,1922.0,2014.0
+scsemi5nt,HS61,DB7,1500,1607,150,0.5273333333333333,0.4971997510889857,0.09333333333333334,0.1001866832607343,0.21333333333333335,0.29869321717485997,0.05266666666666667,0.07093963907902924,0.112,0.02862476664592408,0.0013333333333333333,0.0043559427504667085,0.2270176311968471,0.33266200208627283,0.7652994024442001,55,False,0.88,0.11333333333333333,0.94,0.32666666666666666,21.333333333333336,29.869321717485995,1920.0,2387.0
+scsemi5nt,HS62,DB3,1500,4121,150,0.7006666666666667,0.6699830138315943,0.04066666666666666,0.07789371511768989,0.144,0.1400145595729192,0.06733333333333333,0.08881339480708565,0.04533333333333334,0.02062606163552536,0.002,0.0026692550351856345,0.11875272991992232,0.06764722335407315,0.8425019614412874,11,False,0.6066666666666667,0.22,0.8466666666666667,0.66,14.399999999999999,14.00145595729192,1920.0,2159.0
+scsemi5nt,HS63,DB5,1500,4391,150,0.6746666666666666,0.7214757458437714,0.15,0.05465725347301298,0.11266666666666666,0.15053518560692325,0.017333333333333333,0.0530630835800501,0.03866666666666667,0.016624914598041447,0.006666666666666667,0.0036438168982008655,0.24081469672815614,0.1641960973278004,0.7943003891698129,75,False,0.8066666666666666,0.1,1.0,0.4066666666666667,11.266666666666666,15.053518560692325,1921.0,2196.0
+scsemi5nt,HS64,DB2,1500,3894,150,0.7973333333333333,0.6592193117616847,0.04666666666666667,0.0968156137647663,0.05333333333333334,0.13071391884951206,0.024,0.0901386748844376,0.074,0.01848998459167951,0.004666666666666667,0.004622496147919877,0.3873364149974318,0.08412516495547921,0.7704774027356225,37,False,0.8866666666666667,0.3333333333333333,1.0,0.4866666666666667,5.333333333333334,13.071391884951206,1921.0,1596.0
+scsemi5nt,HS65,DB2,1500,4394,150,0.608,0.6096950386891216,0.09466666666666666,0.10969503868912153,0.13666666666666666,0.16909421939007738,0.092,0.07055075102412381,0.06266666666666666,0.03413746017296313,0.006,0.006827492034592627,0.09995691093915951,0.1038489759780128,0.8654182028903499,27,False,0.7133333333333334,0.36,0.96,0.5933333333333334,13.666666666666666,16.90942193900774,1919.0,1449.5
+scsemi5nt,HS66,DB4,1500,4857,150,0.612,0.6448424953675108,0.10066666666666667,0.10376775787523163,0.15466666666666667,0.16512250360304714,0.07733333333333334,0.07020794729256744,0.050666666666666665,0.012559192917438749,0.004666666666666667,0.0035001029442042414,0.0927988470249125,0.06912879717452347,0.8510717633361485,73,False,0.7133333333333334,0.08,0.9,0.4266666666666667,15.466666666666667,16.512250360304716,1918.0,2041.0
+scsemi5nt,HS67,DB2,1500,3971,150,0.7806666666666666,0.6293125157391085,0.04066666666666666,0.1095441954167716,0.07733333333333334,0.13925963233442457,0.03333333333333333,0.09393099974817426,0.054,0.018886930244270964,0.014,0.009065726517250064,0.38280298833207416,0.08346977618054051,0.7721222812050055,19,False,0.9266666666666666,0.3333333333333333,0.9933333333333333,0.4066666666666667,7.733333333333333,13.925963233442456,1919.0,1563.0
+scsemi5nt,HS68,DB6,1500,2659,150,0.584,0.6938698758931929,0.098,0.07070327190673185,0.15333333333333332,0.156825874388868,0.09133333333333334,0.05039488529522377,0.062,0.02181271154569387,0.011333333333333334,0.006393380970289583,0.22672483389745526,0.11017262997352893,0.879529449382917,46,False,0.7666666666666667,0.18,0.9733333333333334,0.5066666666666667,15.333333333333332,15.6825874388868,1919.0,2248.0
+scsemi5nt,HS69,DB6,1500,1765,150,0.686,0.6957507082152975,0.134,0.07932011331444759,0.10066666666666667,0.15637393767705382,0.023333333333333334,0.04645892351274788,0.05466666666666667,0.020396600566572238,0.0013333333333333333,0.0016997167138810198,0.17789990557129365,0.12257390539777627,0.8062576642597084,25,False,0.7466666666666667,0.3333333333333333,0.9666666666666667,0.44666666666666666,10.066666666666666,15.637393767705381,1920.0,1982.0
+scsemi5nt,HS70,DB4,1500,4513,150,0.6446666666666667,0.6470197208065588,0.13466666666666666,0.10104143585198316,0.13466666666666666,0.11766009306448039,0.046,0.10857522712164858,0.035333333333333335,0.020385552847329937,0.004666666666666667,0.005317970307999114,0.13115916980574624,0.10255146327729166,0.8024534063862393,64,False,0.8533333333333334,0.08,0.9866666666666667,0.44,13.466666666666665,11.766009306448039,1918.0,2181.0
+scsemi5nt,HS71,DB4,1500,4400,150,0.6593333333333333,0.571590909090909,0.15133333333333332,0.08863636363636364,0.09866666666666667,0.10477272727272727,0.04,0.21409090909090908,0.04933333333333333,0.017045454545454544,0.0013333333333333333,0.003863636363636364,0.36545454545454553,0.2768067867151758,0.8017880676905477,76,False,0.7866666666666666,0.18,0.9733333333333334,0.4,9.866666666666667,10.477272727272727,1920.0,1825.0
+scsemi5nt,HS72,DB4,1500,4520,150,0.644,0.7331858407079646,0.14533333333333334,0.08517699115044247,0.12666666666666668,0.11438053097345133,0.04533333333333334,0.0418141592920354,0.034,0.01836283185840708,0.004666666666666667,0.007079646017699115,0.18319764011799405,0.21313623652505526,0.8021618340482484,100,False,0.8133333333333334,0.09333333333333334,0.9666666666666667,0.5066666666666667,12.666666666666668,11.438053097345133,1919.0,1974.0
+scsemi5nt,HS73,DB2,1500,4209,150,0.694,0.5915894511760513,0.044,0.07531480161558565,0.14,0.10667617011166548,0.07733333333333334,0.20076027559990497,0.043333333333333335,0.020669992872416252,0.0013333333333333333,0.004989308624376337,0.3167954383464005,0.22297462944385332,0.8402724864393539,24,False,0.5266666666666666,0.62,0.7933333333333333,0.5533333333333333,14.000000000000002,10.667617011166548,1921.0,1262.0
+scsemi5nt,HS74,DB5,1500,4719,150,0.678,0.6753549480822209,0.13266666666666665,0.08645899554990465,0.08533333333333333,0.101716465352829,0.03266666666666666,0.11337147700784064,0.06666666666666667,0.018648018648018648,0.004666666666666667,0.004450095359186269,0.19417588472133926,0.14001684465743242,0.7762755925015671,97,False,0.8066666666666666,0.17333333333333334,1.0,0.26,8.533333333333333,10.1716465352829,1921.0,1934.0
+scsemi5nt,HS75,DB6,1500,2126,150,0.6633333333333333,0.6933207902163687,0.13733333333333334,0.07572906867356538,0.11266666666666666,0.15851364063969897,0.04,0.04280338664158043,0.042,0.023518344308560677,0.004666666666666667,0.0061147695202257765,0.16017184070241453,0.11314626177586279,0.8158877660463612,3,False,0.66,0.24666666666666667,0.96,0.5933333333333334,11.266666666666666,15.851364063969896,1920.0,2141.5
+scsemi5nt,HS77,DB2,1500,3662,150,0.6513333333333333,0.6826870562534134,0.134,0.0488803932277444,0.14533333333333334,0.1851447296559257,0.05,0.06499180775532495,0.017333333333333333,0.012015292190060076,0.002,0.006280720917531403,0.1808752958310577,0.12631562344925026,0.8430803220446041,14,False,0.7933333333333333,0.44,0.8933333333333333,0.6933333333333334,14.533333333333335,18.51447296559257,1921.0,1437.0
+scsemi5nt,HS78,DB1,1500,4299,150,0.692,0.6366596882996045,0.04466666666666667,0.08792742498255408,0.146,0.12281926029309141,0.07133333333333333,0.1139799953477553,0.04466666666666667,0.02814608048383345,0.0013333333333333333,0.0104675505931612,0.19008327518027446,0.09404302436232548,0.8243879578607602,38,False,0.5866666666666667,0.24,0.86,0.64,14.6,12.28192602930914,1919.0,1732.0
+scsemi5nt,HS79,DB5,1500,4239,150,0.6466666666666666,0.6161830620429346,0.142,0.09648502005189903,0.13133333333333333,0.15876385940080207,0.05,0.11181882519462137,0.024666666666666667,0.014154281670205236,0.005333333333333333,0.0025949516395376267,0.17849870252418018,0.086090160912468,0.8321457024130875,67,False,0.6533333333333333,0.07333333333333333,0.9266666666666666,0.31333333333333335,13.133333333333333,15.876385940080207,1918.0,2188.0
+scsemi5nt,HS80,DB3,1500,4301,150,0.598,0.6842594745408045,0.10466666666666667,0.10578935131364799,0.14666666666666667,0.14415252266914672,0.08866666666666667,0.04022320390606836,0.05466666666666667,0.02022785398744478,0.007333333333333333,0.0053475935828877,0.1747643183755716,0.15282650819223467,0.8790528375584642,5,False,0.7333333333333333,0.19333333333333333,0.9666666666666667,0.74,14.666666666666666,14.415252266914672,1923.0,2305.0
+scsemi5nt,HS81,DB7,1500,1638,150,0.7133333333333334,0.721001221001221,0.046,0.04212454212454213,0.14933333333333335,0.13553113553113552,0.050666666666666665,0.06288156288156288,0.03933333333333333,0.03296703296703297,0.0013333333333333333,0.005494505494505495,0.048087912087912056,0.18388345633604464,0.8102744575240499,61,False,0.58,0.11333333333333333,0.86,0.3933333333333333,14.933333333333335,13.553113553113553,1920.0,2240.5
+scsemi5nt,HS82,DB2,1500,4201,150,0.5926666666666667,0.6553201618662223,0.106,0.1309212092358962,0.14733333333333334,0.14782194715543917,0.08066666666666666,0.031183051654368008,0.06466666666666666,0.02499404903594382,0.008666666666666666,0.009759581052130446,0.17831246528604294,0.158212141064777,0.8669326274572897,15,False,0.76,0.35333333333333333,0.9066666666666666,0.6,14.733333333333334,14.782194715543916,1920.0,1587.0
+scsemi5nt,HS83,DB6,1500,2410,150,0.6413333333333333,0.7128630705394191,0.14266666666666666,0.08049792531120332,0.136,0.14481327800829877,0.050666666666666665,0.045228215767634854,0.022,0.012448132780082987,0.007333333333333333,0.004149377593360996,0.16068603042876908,0.15951643570925128,0.8467348430094501,14,False,0.7933333333333333,0.14666666666666667,0.9533333333333334,0.7333333333333333,13.600000000000001,14.481327800829877,1920.0,2373.0
+scsemi5nt,HS85,DB5,1500,4216,150,0.6593333333333333,0.5785104364326376,0.13533333333333333,0.07756166982922201,0.134,0.22936432637571158,0.050666666666666665,0.0896584440227704,0.018,0.021347248576850095,0.0026666666666666666,0.003557874762808349,0.27718912080961416,0.13505803712328757,0.801813265766063,81,False,0.7266666666666667,0.14,0.9733333333333334,0.2866666666666667,13.4,22.93643263757116,1919.0,2171.5
+scsemi5nt,HS86,DB7,1500,1111,150,0.7286666666666667,0.6561656165616562,0.04,0.0711071107110711,0.13266666666666665,0.162016201620162,0.046,0.0711071107110711,0.05266666666666667,0.034203420342034205,0.0,0.0054005400540054005,0.18192859285928595,0.055425631769995515,0.8242317347023957,59,False,0.54,0.18666666666666668,0.8466666666666667,0.4266666666666667,13.266666666666666,16.2016201620162,1922.0,1989.0
+scsemi5nt,HS87,DB5,1500,4067,150,0.6453333333333333,0.6801081878534546,0.13733333333333334,0.08409146791246619,0.13133333333333333,0.12490779444307844,0.044,0.10154905335628227,0.03933333333333333,0.007376444553725104,0.0026666666666666666,0.001967051880993361,0.18464781575280714,0.12095655604729721,0.8005790258921174,101,False,0.6866666666666666,0.08,0.9866666666666667,0.2733333333333333,13.133333333333333,12.490779444307844,1922.0,1983.0
+scsemi5nt,HS88,DB3,1500,5093,150,0.7606666666666667,0.6540349499312782,0.034,0.040054977419988216,0.11333333333333333,0.20400549774199883,0.056666666666666664,0.0738268211270371,0.028,0.02297270763793442,0.007333333333333333,0.005105046141763205,0.22777459257804838,0.10549093378634174,0.8378611469619286,22,False,0.8,0.25333333333333335,0.98,0.5866666666666667,11.333333333333332,20.400549774199884,1920.0,2032.0
+scsemi5nt,HS89,DB2,1500,3796,150,0.604,0.5795574288724974,0.09133333333333334,0.045574288724973655,0.15333333333333332,0.19836670179135932,0.09666666666666666,0.14673340358271866,0.05,0.022128556375131718,0.004666666666666667,0.007639620653319284,0.19614611872146118,0.1815191648915189,0.8801235927766341,5,False,0.76,0.38,0.9733333333333334,0.62,15.333333333333332,19.836670179135933,1922.0,1510.0
+scsemi5nt,HS90,DB7,1500,1291,150,0.7913333333333333,0.6839659178931061,0.03666666666666667,0.06584043377226956,0.07133333333333333,0.13632842757552285,0.03933333333333333,0.0844306738962045,0.054,0.024012393493415957,0.007333333333333333,0.005422153369481022,0.27853240382132716,0.09099287924026941,0.771508796564149,69,False,0.8933333333333333,0.13333333333333333,0.9933333333333333,0.3,7.133333333333333,13.632842757552286,1920.0,2183.0
+scsemi5nt,HS91,DB6,1500,2568,150,0.6493333333333333,0.6320093457943925,0.13066666666666665,0.04361370716510903,0.12066666666666667,0.16277258566978192,0.05533333333333333,0.12694704049844235,0.04066666666666666,0.027258566978193146,0.0033333333333333335,0.007398753894080997,0.23557009345794389,0.08452056948516923,0.814806217258109,40,False,0.8,0.24666666666666667,0.9866666666666667,0.38666666666666666,12.066666666666666,16.27725856697819,1921.0,2112.0
+scsemi5nt,HS92,DB7,1500,2115,150,0.6933333333333334,0.5810874704491725,0.04666666666666667,0.11678486997635934,0.14733333333333334,0.05484633569739953,0.07666666666666666,0.23356973995271868,0.034,0.007565011820330969,0.002,0.006146572104018913,0.4623356973995273,0.37424099510711295,0.8190164127475752,89,False,0.5133333333333333,0.16666666666666666,0.84,0.3333333333333333,14.733333333333334,5.484633569739953,1921.0,1976.0
+scsemi5nt,HS93,DB1,1500,5125,150,0.7986666666666666,0.7139512195121951,0.04066666666666666,0.08253658536585366,0.07733333333333334,0.13873170731707318,0.035333333333333335,0.041951219512195125,0.042,0.016975609756097562,0.006,0.005853658536585366,0.21977235772357726,0.166476761771191,0.7961487533692487,1,True,0.9,0.29333333333333333,1.0,0.5466666666666666,7.733333333333333,13.873170731707319,1921.0,1873.0
+scsemi5nt,HS94,DB3,1500,4273,150,0.6806666666666666,0.7343786566814884,0.04733333333333333,0.038380528902410484,0.16,0.1352679616194711,0.07,0.06763398080973555,0.037333333333333336,0.019424292066463844,0.004666666666666667,0.004914579920430611,0.10791980653717137,0.19025742218813974,0.8477747609331003,3,False,0.6,0.19333333333333333,0.8666666666666667,0.6666666666666666,16.0,13.52679616194711,1920.0,2305.0
+scsemi5nt,HS95,DB1,1500,4264,150,0.5933333333333334,0.6458724202626641,0.10266666666666667,0.08348968105065666,0.14733333333333334,0.13860225140712945,0.08533333333333333,0.09826454033771106,0.06466666666666666,0.025093808630393996,0.006666666666666667,0.008677298311444653,0.13496185115697304,0.05504896400424678,0.8701034209375634,26,False,0.8133333333333334,0.2733333333333333,0.9533333333333334,0.7133333333333334,14.733333333333334,13.860225140712945,1920.0,1829.5
+scsemi5nt,HS96,DB7,1500,1801,150,0.5113333333333333,0.5147140477512493,0.092,0.06885063853414769,0.26666666666666666,0.25818989450305385,0.06133333333333333,0.10716268739589117,0.06466666666666666,0.04553026096612993,0.004,0.00555247084952804,0.10152507866000372,0.2642305657888278,0.7741487014603858,58,False,0.9066666666666666,0.17333333333333334,0.9133333333333333,0.34,26.666666666666668,25.818989450305384,1920.0,2252.0
+scsemi5nt,HS97,DB4,1500,4609,150,0.668,0.7179431546973313,0.12666666666666668,0.0414406595790844,0.128,0.16294206986331092,0.052,0.05467563462790193,0.02266666666666667,0.018876111954870906,0.0026666666666666666,0.004122369277500542,0.178033123598756,0.15706096273499065,0.8203970305255515,60,False,0.7333333333333333,0.14666666666666667,0.98,0.3333333333333333,12.8,16.29420698633109,1919.0,2171.0
+scsemi5nt,HS98,DB2,1500,4959,150,0.6366666666666667,0.5366001209921355,0.13066666666666665,0.07360354910264166,0.14733333333333334,0.30490018148820325,0.06533333333333333,0.03891913692276669,0.012666666666666666,0.03367614438394838,0.007333333333333333,0.012300867110304496,0.3670877192982457,0.31658486998587587,0.8713739671932436,1,True,0.82,0.47333333333333333,0.92,0.7266666666666667,14.733333333333334,30.490018148820326,1920.0,1606.0
+scsemi5nt,HS100,DB6,1500,1838,150,0.6486666666666666,0.6784548422198041,0.13066666666666665,0.05005440696409141,0.13,0.13547334058759522,0.06866666666666667,0.11588683351468988,0.019333333333333334,0.011969532100108813,0.0026666666666666666,0.008161044613710556,0.1759521218715996,0.1319073745044546,0.8512416787855952,4,False,0.8133333333333334,0.21333333333333335,0.9466666666666667,0.6133333333333333,13.0,13.547334058759523,1918.0,2221.0
+scsemi5nt,HS101,DB4,1500,6549,150,0.65,0.6659031913269201,0.154,0.051152847763017255,0.126,0.192090395480226,0.04466666666666667,0.05939838143227974,0.023333333333333334,0.026721636891128418,0.002,0.004733547106428463,0.20569430447396544,0.11296837884536025,0.8204093764451443,63,False,0.7666666666666667,0.24666666666666667,0.94,0.32666666666666666,12.6,19.2090395480226,1921.0,1960.0
+scsemi5nt,HS102,DB7,1500,1983,150,0.6026666666666667,0.6283408976298538,0.09266666666666666,0.10791729702471003,0.158,0.17397881996974282,0.09266666666666666,0.06454866364094806,0.048,0.017650025214321734,0.006,0.007564296520423601,0.11693595562279376,0.08860257851364255,0.8573402239287425,67,False,0.78,0.10666666666666667,0.9466666666666667,0.31333333333333335,15.8,17.39788199697428,1923.0,2275.0
+scsemi5nt,HS103,DB6,1500,2442,150,0.6426666666666667,0.5941850941850941,0.15,0.0819000819000819,0.13333333333333333,0.1601146601146601,0.037333333333333336,0.14004914004914004,0.032,0.01760851760851761,0.004666666666666667,0.006142506142506142,0.26194594594594606,0.11487932576018971,0.8190398854794567,14,False,0.7266666666666667,0.26,0.9733333333333334,0.4666666666666667,13.333333333333334,16.01146601146601,1920.0,2156.5
+scsemi5nt,HS104,DB4,1500,4870,150,0.6473333333333333,0.657700205338809,0.142,0.07268993839835729,0.14266666666666666,0.19815195071868583,0.046,0.05626283367556468,0.02,0.012320328542094456,0.002,0.002874743326488706,0.1539794661190965,0.1006117709131099,0.838778810175659,60,False,0.7666666666666667,0.20666666666666667,0.9533333333333334,0.5666666666666667,14.266666666666666,19.815195071868583,1918.0,2025.5
+scsemi5nt,HS105,DB4,1500,4489,150,0.654,0.6277567386945868,0.13866666666666666,0.08977500556916908,0.13733333333333334,0.13967476052572955,0.043333333333333335,0.12007128536422365,0.023333333333333334,0.01826687458231232,0.0033333333333333335,0.0044553352639786145,0.16040276230786363,0.08920559576516052,0.8233265072618444,83,False,0.7933333333333333,0.10666666666666667,0.9733333333333334,0.38,13.733333333333334,13.967476052572955,1921.5,2019.0
+scsemi5nt,HS106,DB2,1500,3949,150,0.49666666666666665,0.40845783742719677,0.094,0.03950367181564953,0.282,0.2985565966067359,0.07333333333333333,0.21144593567991896,0.052,0.03545201316789061,0.002,0.006583945302608255,0.3185062885118595,0.5381221313005143,0.7909335151935808,5,False,0.92,0.47333333333333333,0.9533333333333334,0.6666666666666666,28.199999999999996,29.855659660673588,1920.0,1685.0
+scsemi5nt,HS107,DB1,1500,4445,150,0.7033333333333334,0.7313835770528684,0.04933333333333333,0.031496062992125984,0.15333333333333332,0.14195725534308212,0.06066666666666667,0.0686164229471316,0.03133333333333333,0.02002249718785152,0.002,0.006524184476940383,0.08104836895388069,0.18620707504214834,0.8267185853962441,25,False,0.5866666666666667,0.3466666666666667,0.8666666666666667,0.7333333333333333,15.333333333333332,14.195725534308213,1919.0,1849.0
+scsemi5nt,HS108,DB7,1500,1868,150,0.656,0.5931477516059958,0.136,0.08832976445396146,0.13266666666666665,0.08618843683083512,0.04933333333333333,0.20235546038543897,0.025333333333333333,0.023554603854389723,0.0006666666666666666,0.006423982869379015,0.317558886509636,0.2559155300236766,0.815016827651097,65,False,0.7133333333333334,0.13333333333333333,0.9733333333333334,0.3933333333333333,13.266666666666666,8.618843683083512,1920.0,2026.0
+scsemi5nt,HS109,DB5,1500,4265,150,0.6273333333333333,0.6801875732708089,0.14666666666666667,0.04126611957796014,0.13733333333333334,0.17327080890973037,0.05466666666666667,0.06424384525205158,0.024,0.03610785463071512,0.01,0.00492379835873388,0.22095349745994533,0.12276646473692347,0.8104765424673321,92,False,0.6866666666666666,0.06666666666666667,0.9666666666666667,0.2866666666666667,13.733333333333334,17.327080890973036,1921.0,2074.0
+scsemi5nt,HS110,DB1,1500,4176,150,0.6953333333333334,0.5744731800766284,0.052,0.1285919540229885,0.15,0.15158045977011494,0.06533333333333333,0.10871647509578544,0.036,0.03089080459770115,0.0013333333333333333,0.005747126436781609,0.25193869731800766,0.16155552915613075,0.8302449828960476,37,False,0.5866666666666667,0.38666666666666666,0.84,0.62,15.0,15.158045977011495,1921.0,1704.5
+scsemi5nt,HS111,DB1,1500,4787,150,0.7953333333333333,0.6772508878211824,0.043333333333333335,0.09024441194902862,0.06,0.12784625026112387,0.021333333333333333,0.077501566743263,0.06866666666666667,0.02360559849592647,0.011333333333333334,0.003551284729475663,0.34185112457349764,0.10901041288948196,0.7758321883021687,16,False,0.9733333333333334,0.26,1.0,0.6,6.0,12.784625026112387,1918.0,1865.0

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw4_scsemi5nt/summary.json

@@ -0,0 +1,290 @@
+{
+ "schema": "paired_ft_scores.v1",
+ "dataset": "immicro",
+ "written_utc": "2026-10-03T16:13:23.500430+00:00",
+ "command": [
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py",
+  "--dataset",
+  "immicro",
+  "--out",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw4_scsemi5nt",
+  "--threads",
+  "6",
+  "--donors",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/immicro/fewshot_n5/draw4/test_samples.txt",
+  "--arm",
+  "scsemi5nt=/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/immicro/fewshot_n5/draw4/scsemi5nt__raw.npz"
+ ],
+ "arms": [
+  "scsemi5nt"
+ ],
+ "donors": [
+  "HS1",
+  "HS2",
+  "HS3",
+  "HS4",
+  "HS6",
+  "HS7",
+  "HS8",
+  "HS9",
+  "HS10",
+  "HS11",
+  "HS12",
+  "HS13",
+  "HS14",
+  "HS15",
+  "HS16",
+  "HS17",
+  "HS18",
+  "HS20",
+  "HS21",
+  "HS23",
+  "HS24",
+  "HS26",
+  "HS27",
+  "HS28",
+  "HS29",
+  "HS30",
+  "HS31",
+  "HS32",
+  "HS34",
+  "HS35",
+  "HS36",
+  "HS37",
+  "HS38",
+  "HS39",
+  "HS40",
+  "HS41",
+  "HS42",
+  "HS43",
+  "HS44",
+  "HS45",
+  "HS46",
+  "HS47",
+  "HS48",
+  "HS49",
+  "HS50",
+  "HS51",
+  "HS53",
+  "HS54",
+  "HS55",
+  "HS56",
+  "HS57",
+  "HS58",
+  "HS59",
+  "HS60",
+  "HS61",
+  "HS62",
+  "HS63",
+  "HS64",
+  "HS65",
+  "HS66",
+  "HS67",
+  "HS68",
+  "HS69",
+  "HS70",
+  "HS71",
+  "HS72",
+  "HS73",
+  "HS74",
+  "HS75",
+  "HS77",
+  "HS78",
+  "HS79",
+  "HS80",
+  "HS81",
+  "HS82",
+  "HS83",
+  "HS85",
+  "HS86",
+  "HS87",
+  "HS88",
+  "HS89",
+  "HS90",
+  "HS91",
+  "HS92",
+  "HS93",
+  "HS94",
+  "HS95",
+  "HS96",
+  "HS97",
+  "HS98",
+  "HS100",
+  "HS101",
+  "HS102",
+  "HS103",
+  "HS104",
+  "HS105",
+  "HS106",
+  "HS107",
+  "HS108",
+  "HS109",
+  "HS110",
+  "HS111"
+ ],
+ "n_donors": 102,
+ "reference": {
+  "cache": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/immicro",
+  "reference_sha256": "c5e2547be3ec3b12cb0c0b404a49e14a046ae59d40be70427f98f083a76bce17",
+  "features_sha256": "735255066ce7ebbac13a1fdfd058e26f31edd60314cc02fd589b0a292dbbc838",
+  "n_r1_cells": 15300,
+  "pca": {
+   "n_components": 50,
+   "explained_variance_ratio_sum": 0.28678637742996216,
+   "n_fit_cells": 15300
+  },
+  "r2_control": {
+   "precision": 0.9650326797385621,
+   "coverage": 0.9999346405228758,
+   "density": 1.4022875816993463,
+   "n_query": 15300,
+   "depth_matched": {
+    "precision": 0.962875816993464,
+    "coverage": 0.9997385620915032,
+    "density": 1.3883006535947713
+   }
+  },
+  "observed_l1_loo_null_mean": 0.15939575114092489
+ },
+ "contrast_definition": {
+  "enabled": false,
+  "reason": "dataset immicro has no group contrast (use --groups-csv / --case-groups)"
+ },
+ "deg_definition": {
+  "enabled": false,
+  "reason": "contrast off"
+ },
+ "headline": {
+  "scsemi5nt": {
+   "comp_l1": 0.2080828679073089,
+   "comp_l1_obs_loo_null": 0.15939575114092489,
+   "precision": 0.7319607843137255,
+   "coverage": 0.22477124183006536,
+   "precision_dm": 0.9252287581699347,
+   "coverage_dm": 0.5188235294117647,
+   "pb_r_median": 0.8347057361888401,
+   "pb_top1": 0.0392156862745098,
+   "mono_pct_gen": 14.088235294117649,
+   "mono_pct_obs": 16.58568855464869,
+   "median_umi_gen": 1920.0,
+   "median_umi_obs": 1963.0,
+   "seconds": 34.9
+  }
+ },
+ "per_arm": {
+  "scsemi5nt": {
+   "arm": "scsemi5nt",
+   "npz": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/immicro/fewshot_n5/draw4/scsemi5nt__raw.npz",
+   "npz_sha256": "54a5117f351d61514fc289282a860bee649b6dd529cd39a6a7302d104c6ad9a5",
+   "receipt_verified": true,
+   "generation": {
+    "checkpoint": null,
+    "checkpoint_sha256": null,
+    "input_condition_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/immicro/fewshot_n5/draw4/test_raw.npz",
+    "input_condition_sha256": "e864e90de96eaf6cec21e14dda14021922f00e4c7033786a422b6707ce5808f9",
+    "seed": 20260927,
+    "steps": null,
+    "support_readout": "no output threshold: the upstream model's ZINB mean on every modeled gene (sample(bound=0), no xsemi > 10 step); read-out sensitivity variant, not the official output",
+    "weights": null
+   },
+   "condition_for_broadcast": null,
+   "poisson": {
+    "seed": 20260916,
+    "rule": "whole NPZ, rows in NPZ order",
+    "nnz_whole_npz": 26575576,
+    "median_library_whole_npz_panel": 1920.0,
+    "n_rows_whole_npz": 153000
+   },
+   "annotation": {
+    "model_pt_sha256": "bf3655899e5abee435340fc008656c4a17342da0f30b70cfd43de8e9223e1930",
+    "zero_padded_model_genes": 1,
+    "label_counts": {
+     "T cell": 101258,
+     "Monocyte": 21555,
+     "B cell": 14699,
+     "NK cell": 8816,
+     "DC": 5946,
+     "Other": 726
+    },
+    "mean_l2_max_prob": 0.9160382152815271,
+    "predict_seconds": 5.9
+   },
+   "n_donors": 102,
+   "n_generated_cells": 153000,
+   "composition": {
+    "l1_mean": 0.2080828679073089,
+    "l1_median": 0.18628285825312482,
+    "l1_obs_loo_null_mean": 0.15939575114092489,
+    "l1_generated_loo_mean_vs_observed_mean": 0.18333872525543213,
+    "composition_top1": 0.00980392156862745,
+    "mean_fraction_generated": {
+     "T cell": 0.661817,
+     "B cell": 0.096072,
+     "Monocyte": 0.140882,
+     "NK cell": 0.057621,
+     "DC": 0.038863,
+     "Other": 0.004745
+    },
+    "mean_fraction_observed": {
+     "T cell": 0.640183,
+     "B cell": 0.074202,
+     "Monocyte": 0.165857,
+     "NK cell": 0.091479,
+     "DC": 0.022745,
+     "Other": 0.005534
+    }
+   },
+   "pseudobulk": {
+    "n_genes": 5508,
+    "r_median": 0.8347057361888401,
+    "r_mean": 0.830763774344929,
+    "top1": 0.0392156862745098,
+    "n_top1": 4,
+    "own_rank_median": 30.5,
+    "chance_top1": 0.00980392156862745
+   },
+   "precision_coverage": {
+    "precision": 0.7319607843137255,
+    "coverage": 0.22477124183006536,
+    "density": 0.25745751633986924,
+    "n_query": 15300,
+    "n_reference": 15300
+   },
+   "precision_coverage_depth_matched": {
+    "precision": 0.9252287581699347,
+    "coverage": 0.5188235294117647,
+    "density": 1.0846470588235293,
+    "detected_median_before": {
+     "R1": 362.0,
+     "Q": 167.0
+    },
+    "detected_median_after": {
+     "R1": 167.0,
+     "Q": 167.0
+    }
+   },
+   "monocyte_pct": {
+    "generated_mean_over_donors": 14.088235294117649,
+    "observed_mean_over_donors": 16.58568855464869,
+    "generated_pooled_cells": 14.088235294117645
+   },
+   "median_umi_per_cell_scoring_genes": {
+    "generated_pooled": 1920.0,
+    "observed_pooled": 1963.0,
+    "generated_mean_of_donor_medians": 1919.9754638671875,
+    "observed_mean_of_donor_medians": 1999.362745098039
+   },
+   "seconds": 34.9
+  }
+ },
+ "code_sha256": {
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py": "ec5f40b4cea6d5062d0138f3b934abb6465e34cbfeac869c8a0906924c033aec",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/ft_common.py": "4a6366b0f22208cd58714fc0261b8840c643b9d4569704d560cfd93534cbc747",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/umap/cell_immicro_5arm/tools/stage_b_embed.py": "d056cfdf38fb0e5f478756f370174e993b75d0c973c48e02e21749175a4ca2da",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py": "48b12d794782b840838853e93e0fc55fab00532c4b3698f4588e926b985d2881",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/immicro/tools/immicro_common.py": "c5c30e917148cc5e664e91ea30c11bbdff9b6d1f53a3e0a13e16b1917eff37e9",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/predict_scanvi.py": "482ee5dcf4d72b54bc36cbb6dcff62e5030bc7afc46cb5fb01eca73a82ee45a5",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/poisson_readout.py": "8bfa080942fbcdc89ae23b276524a1a83266fb8cbc56b9af279e50f82e6cde38"
+ },
+ "seconds": 42.7
+}

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw4_scsemi5rt/README.md

@@ -0,0 +1,60 @@
+# score_ft.py output: immicro, 102 scored donors
+
+Arms: scsemi5rt.  Every arm is scored on the same donors against the same observed reference.
+
+## Inputs and fixed contracts
+- Observed reference: `/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/immicro/reference.npz` (sha c5e2547be3ec), built from datadir:/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/immicro;
+  observed cells sum exactly to the features pseudobulk of every donor. Observed labels: /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/immicro/labels/observed_immicro/labels.parquet.
+- Generated cells: `generated_counts` read out once with Poisson(seed 20260916) over the **whole NPZ in row order**
+  (`poisson_readout.poisson_integerise`), then the scored donors' rows. These integer counts are used for labels, embedding,
+  depth and the contrast. Pseudobulk uses the summed `generated_counts` (rates), as `score_generated.py`.
+- Labels: frozen f01common scANVI (`predict_scanvi.py`, CPU, zero query epochs), six-type gate ['T cell', 'B cell', 'Monocyte', 'NK cell', 'DC', 'Other']; query genes =
+  the 1,006-gene annotation list minus genes the dataset's sc assay did not measure in every sample (1004 genes).
+- Scoring genes: 6k panel genes measured by both assays in every sample of the dataset (5508 genes).
+
+## Definitions
+1. **Composition**: fraction of each donor's cells per six-type label (all generated cells; all observed QC cells).
+   `comp_l1` = sum over the six labels of |generated - observed| (immicro_common.l1). `comp_l1_obs_loo_null` = L1 of the
+   donor's observed composition to the mean of the *other scored donors'* observed compositions. `composition_top1` =
+   fraction of donors whose generated composition is closest (L1) to their own observed composition.
+2. **Pseudobulk**: `pb_r` = Pearson r of CPM-log1p(summed generated_counts) vs CPM-log1p(observed pseudobulk) on the scoring
+   genes (evaluate_realbulk.cpm_log1p / paired_r). `pb_top1` = the donor's generated pseudobulk is closest (Pearson) to its own
+   observed pseudobulk among the 102 scored donors (immicro_common.retrieval = evaluate_realbulk.top1 arithmetic).
+3. **Precision / coverage / density** (stage_b_embed.py functions): per-cell CP10K over the scoring genes + log1p; PCA-50
+   (randomized, random_state 20260925) and k = 10 real-real k-NN balls fitted on **R1 of the scored donors only**.
+   Reference rule (independent of fold and arm): per donor, cells in canonical order (library_id+barcode), one
+   permutation from `default_rng([20260925, uint64(sha256(donor)[:8])])`; R1 = first n, R2 = next n,
+   n = min(150, n_cells // 2) (15300 R1 cells here). Generated query: per donor n cells (the donor's R1 size),
+   without replacement, `default_rng([20260926, same key])`. Precision = fraction of generated cells inside any R1 ball
+   (Kynkaanniemi 2019); coverage = fraction of R1 cells whose ball holds a generated cell; density = Naeem 2020.
+   Per-donor precision = that donor's generated cells; per-donor coverage = that donor's R1 cells (the pooled values are
+   their n-weighted means; plain means when every donor has 150 reference cells). R2 (held-out real cells of the same donors) is the
+   perfect-generator control: precision 0.9650, coverage 0.9999.
+   **Depth matched**: stage_b_embed depth matching run pairwise (R1 vs this arm): per donor and within-donor rank of detected
+   genes, both cells are thinned by UMI sampling without replacement to the smaller detected-gene count; PCA kept from
+   un-thinned R1, radii recomputed on thinned R1; fresh rng(20260929) per arm. R2 control: precision
+   0.9629, coverage 0.9997.
+4. **Monocyte %** = 100 x Monocyte fraction (all cells) per donor; **median UMI per cell** = median over cells of the
+   Poisson-read (generated) / observed counts summed over the scoring genes (per donor, and pooled).
+5. **Group contrast** (T, B, Monocyte, NK): not computed (dataset immicro has no group contrast (use --groups-csv / --case-groups)).
+   Genes per type = scoring genes detected (count > 0) in >= 1 % of the scored donors' observed
+   cells of that type. Primary statistic `mean_cp10k`: per-cell CP10K over the scoring genes; per donor the mean over its
+   cells of the type (donors with >= 1 such cell); group mean = mean over the group's donors (donor-balanced);
+   logFC = log2(case mean + 1) - log2(control mean + 1). Secondary `pseudobulk_log1p_cpm`: the SLE benchmark evaluator's
+   statistic (donor x type summed counts, log1p CPM over the scoring genes, mean case - mean control;
+   evaluate_generated_vs_truth.group_log_fold_change). Both are computed on the generated cells (their frozen labels) and on
+   the observed cells; `r_generated` = Pearson r of the two logFC vectors. Broadcast baseline `r_broadcast`: the same
+   observed vector against the logFC of the input bulk (condition NPZ `bulk_counts` of the arm, scoring genes, per-donor
+   CP10K resp. log1p CPM, group means). `partial_r_generated_given_broadcast`: r of the OLS residuals of observed and
+   generated logFC on the bulk logFC (residual_specificity.py).
+6. **Top-50 DEG overlap** (contrast.csv rows `statistic = welch_top50_deg`; summary `deg_top50`): not computed (contrast off).
+
+## Files
+- `per_donor.csv`: one row per arm x donor (all per-donor quantities above).
+- `summary.json`: per arm the donor means / pooled values, provenance (NPZ sha, receipt check, generation metadata,
+  Poisson nnz of the whole NPZ, annotation contract), and the reference block (PCA, R2 control).
+- `contrast.csv`: per arm x cell type x statistic (`mean_cp10k`, `pseudobulk_log1p_cpm`: logFC r; `welch_top50_deg`:
+  top-50 DEG overlap, T / B / Monocyte / NK / DC; columns of the other kind are empty).
+- `arms/<arm>/labels/` (predict_scanvi.py labels + manifest), `arms/<arm>/generated_cells.parquet` (NPZ row, donor, label,
+  UMI on the scoring genes, P/C subsample flag), `arms/<arm>/deg_top50_lists.csv` (observed, generated and broadcast
+  top-50 gene lists, Ensembl ids, rank order).