Archive 4 checkpoints (1-4)

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw2_scsemi5nt/README.md

@@ -0,0 +1,60 @@
+# score_ft.py output: immicro, 102 scored donors
+
+Arms: scsemi5nt.  Every arm is scored on the same donors against the same observed reference.
+
+## Inputs and fixed contracts
+- Observed reference: `/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/immicro/reference.npz` (sha c5e2547be3ec), built from datadir:/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/immicro;
+  observed cells sum exactly to the features pseudobulk of every donor. Observed labels: /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/immicro/labels/observed_immicro/labels.parquet.
+- Generated cells: `generated_counts` read out once with Poisson(seed 20260916) over the **whole NPZ in row order**
+  (`poisson_readout.poisson_integerise`), then the scored donors' rows. These integer counts are used for labels, embedding,
+  depth and the contrast. Pseudobulk uses the summed `generated_counts` (rates), as `score_generated.py`.
+- Labels: frozen f01common scANVI (`predict_scanvi.py`, CPU, zero query epochs), six-type gate ['T cell', 'B cell', 'Monocyte', 'NK cell', 'DC', 'Other']; query genes =
+  the 1,006-gene annotation list minus genes the dataset's sc assay did not measure in every sample (1004 genes).
+- Scoring genes: 6k panel genes measured by both assays in every sample of the dataset (5508 genes).
+
+## Definitions
+1. **Composition**: fraction of each donor's cells per six-type label (all generated cells; all observed QC cells).
+   `comp_l1` = sum over the six labels of |generated - observed| (immicro_common.l1). `comp_l1_obs_loo_null` = L1 of the
+   donor's observed composition to the mean of the *other scored donors'* observed compositions. `composition_top1` =
+   fraction of donors whose generated composition is closest (L1) to their own observed composition.
+2. **Pseudobulk**: `pb_r` = Pearson r of CPM-log1p(summed generated_counts) vs CPM-log1p(observed pseudobulk) on the scoring
+   genes (evaluate_realbulk.cpm_log1p / paired_r). `pb_top1` = the donor's generated pseudobulk is closest (Pearson) to its own
+   observed pseudobulk among the 102 scored donors (immicro_common.retrieval = evaluate_realbulk.top1 arithmetic).
+3. **Precision / coverage / density** (stage_b_embed.py functions): per-cell CP10K over the scoring genes + log1p; PCA-50
+   (randomized, random_state 20260925) and k = 10 real-real k-NN balls fitted on **R1 of the scored donors only**.
+   Reference rule (independent of fold and arm): per donor, cells in canonical order (library_id+barcode), one
+   permutation from `default_rng([20260925, uint64(sha256(donor)[:8])])`; R1 = first n, R2 = next n,
+   n = min(150, n_cells // 2) (15300 R1 cells here). Generated query: per donor n cells (the donor's R1 size),
+   without replacement, `default_rng([20260926, same key])`. Precision = fraction of generated cells inside any R1 ball
+   (Kynkaanniemi 2019); coverage = fraction of R1 cells whose ball holds a generated cell; density = Naeem 2020.
+   Per-donor precision = that donor's generated cells; per-donor coverage = that donor's R1 cells (the pooled values are
+   their n-weighted means; plain means when every donor has 150 reference cells). R2 (held-out real cells of the same donors) is the
+   perfect-generator control: precision 0.9646, coverage 0.9998.
+   **Depth matched**: stage_b_embed depth matching run pairwise (R1 vs this arm): per donor and within-donor rank of detected
+   genes, both cells are thinned by UMI sampling without replacement to the smaller detected-gene count; PCA kept from
+   un-thinned R1, radii recomputed on thinned R1; fresh rng(20260929) per arm. R2 control: precision
+   0.9623, coverage 0.9995.
+4. **Monocyte %** = 100 x Monocyte fraction (all cells) per donor; **median UMI per cell** = median over cells of the
+   Poisson-read (generated) / observed counts summed over the scoring genes (per donor, and pooled).
+5. **Group contrast** (T, B, Monocyte, NK): not computed (dataset immicro has no group contrast (use --groups-csv / --case-groups)).
+   Genes per type = scoring genes detected (count > 0) in >= 1 % of the scored donors' observed
+   cells of that type. Primary statistic `mean_cp10k`: per-cell CP10K over the scoring genes; per donor the mean over its
+   cells of the type (donors with >= 1 such cell); group mean = mean over the group's donors (donor-balanced);
+   logFC = log2(case mean + 1) - log2(control mean + 1). Secondary `pseudobulk_log1p_cpm`: the SLE benchmark evaluator's
+   statistic (donor x type summed counts, log1p CPM over the scoring genes, mean case - mean control;
+   evaluate_generated_vs_truth.group_log_fold_change). Both are computed on the generated cells (their frozen labels) and on
+   the observed cells; `r_generated` = Pearson r of the two logFC vectors. Broadcast baseline `r_broadcast`: the same
+   observed vector against the logFC of the input bulk (condition NPZ `bulk_counts` of the arm, scoring genes, per-donor
+   CP10K resp. log1p CPM, group means). `partial_r_generated_given_broadcast`: r of the OLS residuals of observed and
+   generated logFC on the bulk logFC (residual_specificity.py).
+6. **Top-50 DEG overlap** (contrast.csv rows `statistic = welch_top50_deg`; summary `deg_top50`): not computed (contrast off).
+
+## Files
+- `per_donor.csv`: one row per arm x donor (all per-donor quantities above).
+- `summary.json`: per arm the donor means / pooled values, provenance (NPZ sha, receipt check, generation metadata,
+  Poisson nnz of the whole NPZ, annotation contract), and the reference block (PCA, R2 control).
+- `contrast.csv`: per arm x cell type x statistic (`mean_cp10k`, `pseudobulk_log1p_cpm`: logFC r; `welch_top50_deg`:
+  top-50 DEG overlap, T / B / Monocyte / NK / DC; columns of the other kind are empty).
+- `arms/<arm>/labels/` (predict_scanvi.py labels + manifest), `arms/<arm>/generated_cells.parquet` (NPZ row, donor, label,
+  UMI on the scoring genes, P/C subsample flag), `arms/<arm>/deg_top50_lists.csv` (observed, generated and broadcast
+  top-50 gene lists, Ensembl ids, rank order).

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw2_scsemi5nt/per_donor.csv

@@ -0,0 +1,103 @@
+arm,donor,group,n_generated_cells,n_observed_cells,n_reference_cells,gen_T cell,obs_T cell,gen_B cell,obs_B cell,gen_Monocyte,obs_Monocyte,gen_NK cell,obs_NK cell,gen_DC,obs_DC,gen_Other,obs_Other,comp_l1,comp_l1_obs_loo_null,pb_r,pb_own_rank,pb_top1,precision,coverage,precision_depth_matched,coverage_depth_matched,mono_pct_gen,mono_pct_obs,median_umi_gen,median_umi_obs
+scsemi5nt,HS1,DB1,1500,4384,150,0.73,0.6332116788321168,0.09533333333333334,0.05862226277372263,0.07466666666666667,0.13822992700729927,0.07666666666666666,0.14393248175182483,0.02,0.018476277372262775,0.0033333333333333335,0.007527372262773723,0.2700462287104622,0.10965627544831454,0.8641871754141909,7,False,0.6866666666666666,0.38666666666666666,0.8733333333333333,0.7066666666666667,7.466666666666668,13.822992700729927,1931.0,1738.0
+scsemi5nt,HS2,DB2,1500,5144,150,0.698,0.661353032659409,0.09466666666666666,0.05909797822706065,0.08933333333333333,0.1386080870917574,0.08733333333333333,0.11372472783825817,0.028,0.02041213063763608,0.0026666666666666666,0.006804043545878694,0.1596070502851218,0.09167596852044674,0.8661109603037619,15,False,0.68,0.38666666666666666,0.8866666666666667,0.62,8.933333333333334,13.860808709175739,1932.0,1429.0
+scsemi5nt,HS3,DB3,1500,4617,150,0.7553333333333333,0.6484730344379467,0.06066666666666667,0.06952566601689408,0.12666666666666668,0.17782109594975093,0.017333333333333333,0.07060862031622266,0.028,0.028589993502274202,0.012,0.004981589776911414,0.2277574182369504,0.05473618400701026,0.8489874812788442,10,False,0.84,0.19333333333333333,0.96,0.6933333333333334,12.666666666666668,17.782109594975093,1933.0,2186.0
+scsemi5nt,HS4,DB4,1500,4167,150,0.7166666666666667,0.54307655387569,0.066,0.04535637149028078,0.15466666666666667,0.2371010319174466,0.035333333333333335,0.14254859611231102,0.022,0.02423806095512359,0.005333333333333333,0.007679385649148068,0.3884674826013919,0.25436870241007237,0.8612136877873049,66,False,0.68,0.12666666666666668,0.9066666666666666,0.43333333333333335,15.466666666666667,23.71010319174466,1930.0,2111.0
+scsemi5nt,HS6,DB3,1500,4222,150,0.512,0.4836570345807674,0.09466666666666666,0.037423022264329704,0.2733333333333333,0.3147797252486973,0.072,0.13003315963998105,0.04666666666666667,0.024869729985788725,0.0013333333333333333,0.009237328280435813,0.214767093004895,0.3904081596205498,0.8096399501921491,33,False,0.86,0.15333333333333332,0.9066666666666666,0.6066666666666667,27.333333333333332,31.47797252486973,1935.0,2457.5
+scsemi5nt,HS7,DB1,1500,4271,150,0.744,0.7035822992273473,0.06133333333333333,0.03839850152189183,0.13866666666666666,0.13135097166939827,0.016,0.09740107703114025,0.037333333333333336,0.02130648560056193,0.0026666666666666666,0.0079606649496605,0.1733901506282681,0.14633632873409858,0.835045000653433,25,False,0.8533333333333334,0.32,0.98,0.7866666666666666,13.866666666666665,13.135097166939827,1933.5,1748.0
+scsemi5nt,HS8,DB1,1500,3652,150,0.7386666666666667,0.6251369112814896,0.076,0.06489594742606791,0.13933333333333334,0.15553121577217963,0.018666666666666668,0.11829134720700986,0.024,0.028477546549835708,0.0033333333333333335,0.007667031763417305,0.2492676159182183,0.06954291393835922,0.8537437218775465,16,False,0.7866666666666666,0.38,0.9066666666666666,0.74,13.933333333333334,15.553121577217963,1933.0,1817.0
+scsemi5nt,HS9,DB3,1500,3942,150,0.7513333333333333,0.6958396752917301,0.06333333333333334,0.028665651953323185,0.13533333333333333,0.18670725520040587,0.009333333333333334,0.049974632166412986,0.037333333333333336,0.03373921867072552,0.0033333333333333335,0.0050735667174023336,0.1875109081684424,0.1787561162413618,0.8373612485287126,2,False,0.8666666666666667,0.16666666666666666,0.9733333333333334,0.7466666666666667,13.533333333333333,18.670725520040587,1930.0,2389.0
+scsemi5nt,HS10,DB4,1500,4115,150,0.6266666666666667,0.5244228432563791,0.044,0.18347509113001215,0.15,0.13001215066828675,0.12,0.13754556500607534,0.056666666666666664,0.021385176184690158,0.0026666666666666666,0.0031591737545565005,0.31502632644795464,0.31191361799177797,0.8267727077023886,81,False,0.8066666666666666,0.04,0.9333333333333333,0.31333333333333335,15.0,13.001215066828674,1931.0,2063.0
+scsemi5nt,HS11,DB6,1500,2886,150,0.7446666666666667,0.6056826056826057,0.068,0.061330561330561334,0.14133333333333334,0.24358974358974358,0.013333333333333334,0.04054054054054054,0.028,0.04573804573804574,0.004666666666666667,0.0031185031185031187,0.29440332640332645,0.20373218950141306,0.8518503148265312,27,False,0.7533333333333333,0.24666666666666667,0.9666666666666667,0.58,14.133333333333335,24.358974358974358,1933.0,2216.5
+scsemi5nt,HS12,DB2,1500,5035,150,0.7373333333333333,0.6798411122144985,0.06133333333333333,0.06971201588877855,0.14933333333333335,0.1529294935451837,0.016666666666666666,0.064746772591857,0.029333333333333333,0.025223435948361468,0.006,0.007547169811320755,0.12320423700761332,0.09054533351376695,0.8682766029949621,9,False,0.7066666666666667,0.34,0.9333333333333333,0.62,14.933333333333335,15.29294935451837,1933.0,1550.0
+scsemi5nt,HS13,DB5,1500,4792,150,0.6226666666666667,0.6156093489148581,0.04733333333333333,0.056343906510851416,0.14733333333333334,0.2166110183639399,0.12733333333333333,0.08764607679465776,0.05,0.02003338898163606,0.005333333333333333,0.0037562604340567614,0.15657651641624934,0.10298314814533101,0.8399815303925899,78,False,0.68,0.10666666666666667,0.8666666666666667,0.3333333333333333,14.733333333333334,21.66110183639399,1931.0,2176.0
+scsemi5nt,HS14,DB3,1500,4235,150,0.6453333333333333,0.6517119244391971,0.043333333333333335,0.06517119244391972,0.20133333333333334,0.20306965761511217,0.07933333333333334,0.04250295159386069,0.02666666666666667,0.0332939787485242,0.004,0.004250295159386069,0.07366076347894528,0.12177631400922607,0.8734932701054778,12,False,0.78,0.22666666666666666,0.9333333333333333,0.6733333333333333,20.133333333333333,20.30696576151122,1930.0,2164.0
+scsemi5nt,HS15,DB4,1500,4592,150,0.5,0.46972996515679444,0.092,0.04638501742160279,0.29533333333333334,0.37282229965156793,0.07533333333333334,0.08776132404181185,0.03333333333333333,0.0195993031358885,0.004,0.0037020905923344947,0.17983391405342625,0.41849900341935187,0.8145626094134234,32,False,0.8733333333333333,0.18666666666666668,0.9333333333333333,0.4666666666666667,29.533333333333335,37.282229965156795,1932.0,2302.0
+scsemi5nt,HS16,DB4,1500,4842,150,0.736,0.5846757538207352,0.06266666666666666,0.08736059479553904,0.15733333333333333,0.23048327137546468,0.020666666666666667,0.07166460140437836,0.016666666666666666,0.020859149111937217,0.006666666666666667,0.004956629491945477,0.30606856670797195,0.1558745742857822,0.849165651922247,89,False,0.7866666666666666,0.06666666666666667,0.8866666666666667,0.36666666666666664,15.733333333333333,23.04832713754647,1933.0,2066.0
+scsemi5nt,HS17,DB6,1500,1753,150,0.6586666666666666,0.7221905305191101,0.043333333333333335,0.07529948659440959,0.142,0.14432401597261837,0.106,0.03194523673702225,0.04133333333333333,0.02053622361665716,0.008666666666666666,0.005704506560182544,0.19562806617227613,0.16805022014651871,0.8461925578230624,48,False,0.7533333333333333,0.17333333333333334,0.94,0.46,14.2,14.432401597261837,1933.0,2194.0
+scsemi5nt,HS18,DB4,1500,3348,150,0.6413333333333333,0.6633811230585425,0.04533333333333334,0.05734767025089606,0.14466666666666667,0.18309438470728792,0.118,0.07198327359617682,0.04,0.016129032258064516,0.010666666666666666,0.008064516129032258,0.1449796893667862,0.08880862780995301,0.8028970546082204,55,False,0.6266666666666667,0.2,0.9133333333333333,0.44666666666666666,14.466666666666667,18.309438470728793,1933.0,2108.0
+scsemi5nt,HS19,DB5,1500,4133,150,0.7366666666666667,0.5971449310428261,0.08066666666666666,0.1454149528187757,0.14066666666666666,0.14686668279699977,0.010666666666666666,0.09145898862811518,0.026,0.014275344785869828,0.005333333333333333,0.004839099927413501,0.3034812484877813,0.14213052933242368,0.8346751960169342,91,False,0.7666666666666667,0.11333333333333333,0.9133333333333333,0.4266666666666667,14.066666666666666,14.686668279699976,1931.0,1955.0
+scsemi5nt,HS20,DB7,1500,1366,150,0.708,0.7657393850658858,0.098,0.09882869692532943,0.074,0.08345534407027819,0.078,0.029282576866764276,0.03266666666666666,0.015373352855051245,0.009333333333333334,0.007320644216691069,0.13604685212298684,0.3067989064532278,0.8268658898003637,80,False,0.7066666666666667,0.16,0.9666666666666667,0.6,7.3999999999999995,8.345534407027818,1931.0,2271.0
+scsemi5nt,HS21,DB1,1500,4748,150,0.64,0.5945661331086773,0.04066666666666666,0.06887110362257792,0.2,0.1941870261162595,0.08266666666666667,0.11141533277169334,0.032,0.02401010951979781,0.004666666666666667,0.0069502948609941025,0.11847346251053077,0.1028748457910818,0.8649765246893892,17,False,0.8,0.4,0.9533333333333334,0.6866666666666666,20.0,19.41870261162595,1931.0,1849.5
+scsemi5nt,HS23,DB6,1500,1680,150,0.5006666666666667,0.5630952380952381,0.09266666666666666,0.0994047619047619,0.28,0.2386904761904762,0.074,0.06904761904761905,0.050666666666666665,0.025,0.002,0.004761904761904762,0.14385714285714282,0.2011489482747208,0.8123530166763373,9,False,0.7533333333333333,0.24666666666666667,0.8266666666666667,0.6666666666666666,28.000000000000004,23.86904761904762,1932.5,2296.0
+scsemi5nt,HS24,DB6,1500,1670,150,0.638,0.5365269461077844,0.048,0.07005988023952096,0.14866666666666667,0.17664670658682635,0.12533333333333332,0.19401197604790418,0.036,0.017964071856287425,0.004,0.004790419161676647,0.23901796407185635,0.22922326684933564,0.8552526796552078,14,False,0.76,0.18666666666666668,0.9466666666666667,0.5733333333333334,14.866666666666667,17.664670658682635,1933.0,2073.5
+scsemi5nt,HS26,DB2,1500,3606,150,0.7006666666666667,0.651414309484193,0.09133333333333334,0.054076539101497505,0.1,0.16167498613422074,0.08,0.09678313921242374,0.023333333333333334,0.02689961175818081,0.004666666666666667,0.009151414309484194,0.17301830282861896,0.05033173809835883,0.8582622592922328,6,False,0.7266666666666667,0.4066666666666667,0.9333333333333333,0.6066666666666667,10.0,16.167498613422072,1932.0,1454.5
+scsemi5nt,HS27,DB2,1500,4030,150,0.7,0.6540942928039702,0.10866666666666666,0.11464019851116625,0.076,0.1196029776674938,0.08133333333333333,0.0890818858560794,0.026,0.015632754342431762,0.008,0.006947890818858561,0.11465012406947885,0.11248114218513,0.8583074035925382,1,True,0.8,0.4533333333333333,0.9466666666666667,0.7533333333333333,7.6,11.96029776674938,1931.0,1575.5
+scsemi5nt,HS28,DB5,1500,4446,150,0.7286666666666667,0.594017094017094,0.06933333333333333,0.12010796221322537,0.15066666666666667,0.1545209176788124,0.020666666666666667,0.11156095366621682,0.023333333333333334,0.015744489428699954,0.007333333333333333,0.004048582995951417,0.2910463337831759,0.13144079608726672,0.8685238355909916,62,False,0.6466666666666666,0.22,0.84,0.5933333333333334,15.066666666666666,15.45209176788124,1934.0,1941.5
+scsemi5nt,HS29,DB5,1500,4285,150,0.6373333333333333,0.6550758459743291,0.04133333333333333,0.03663943990665111,0.15733333333333333,0.19883313885647608,0.12133333333333333,0.0823803967327888,0.03866666666666667,0.022870478413068846,0.004,0.004200700116686115,0.11888603656164926,0.09896043379112962,0.8453009787191129,54,False,0.7133333333333334,0.11333333333333333,0.8866666666666667,0.38,15.733333333333333,19.883313885647606,1936.0,2230.0
+scsemi5nt,HS30,DB3,1500,6447,150,0.6366666666666667,0.5667752442996743,0.043333333333333335,0.08127811385140375,0.21066666666666667,0.26477431363424847,0.08333333333333333,0.049325267566309915,0.022,0.03489995346672871,0.004,0.002947107181634869,0.2099047619047619,0.23721684077825678,0.8915316631006325,1,True,0.7466666666666667,0.13333333333333333,0.9133333333333333,0.6733333333333333,21.066666666666666,26.47743136342485,1931.0,2410.0
+scsemi5nt,HS31,DB3,1500,4830,150,0.722,0.5956521739130435,0.058,0.07039337474120083,0.162,0.21884057971014492,0.028,0.08385093167701864,0.025333333333333333,0.02546583850931677,0.004666666666666667,0.005797101449275362,0.25269565217391304,0.11314995299638136,0.8847375647277591,7,False,0.6666666666666666,0.22666666666666666,0.88,0.7266666666666667,16.2,21.884057971014492,1932.0,2217.5
+scsemi5nt,HS32,DB6,1500,1818,150,0.7653333333333333,0.7128712871287128,0.068,0.07535753575357536,0.13,0.13036303630363036,0.014666666666666666,0.06050605060506051,0.02,0.019251925192519254,0.002,0.0016501650165016502,0.10711991199119911,0.14917944702882624,0.8510478437133496,20,False,0.78,0.2733333333333333,0.86,0.6533333333333333,13.0,13.036303630363037,1932.5,2078.5
+scsemi5nt,HS34,DB5,1500,4363,150,0.6473333333333333,0.7073114829245931,0.04533333333333334,0.04859041943616777,0.13733333333333334,0.16983726793490717,0.13066666666666665,0.0550080220032088,0.03666666666666667,0.013981205592482237,0.0026666666666666666,0.005271602108640843,0.19668821147528454,0.14583075827874123,0.8192416976631205,89,False,0.8,0.08666666666666667,0.9133333333333333,0.34,13.733333333333334,16.983726793490717,1932.0,2176.0
+scsemi5nt,HS35,DB7,1500,1658,150,0.7353333333333333,0.6363088057901085,0.07133333333333333,0.08443908323281062,0.14333333333333334,0.1513872135102533,0.008,0.097708082026538,0.035333333333333335,0.024728588661037394,0.006666666666666667,0.005428226779252111,0.2217354242058705,0.03523908183668791,0.8300881986998326,38,False,0.76,0.17333333333333334,0.94,0.4666666666666667,14.333333333333334,15.13872135102533,1933.0,2204.0
+scsemi5nt,HS36,DB5,1500,4213,150,0.7553333333333333,0.5829575124614289,0.06533333333333333,0.10064087348682649,0.13333333333333333,0.14573937811535723,0.02,0.15286019463565156,0.022,0.015428435793971042,0.004,0.0023736055067647755,0.36114755914233715,0.17553742041973508,0.8439741826029248,76,False,0.8133333333333334,0.1,0.92,0.36,13.333333333333334,14.573937811535723,1933.0,2180.0
+scsemi5nt,HS37,DB6,1500,2127,150,0.5086666666666667,0.5763986835919135,0.09333333333333334,0.14997649271274094,0.2793333333333333,0.18288669487541137,0.06666666666666667,0.06535025858015985,0.04933333333333333,0.021626704278326282,0.0026666666666666666,0.0037611659614480487,0.2509393511988716,0.18621062942536934,0.8047563542968298,20,False,0.88,0.20666666666666667,0.9066666666666666,0.6133333333333333,27.933333333333334,18.28866948754114,1931.0,2099.0
+scsemi5nt,HS38,DB2,1500,3952,150,0.724,0.4534412955465587,0.07266666666666667,0.06022267206477733,0.14733333333333334,0.27631578947368424,0.03866666666666667,0.16776315789473684,0.012666666666666666,0.03365384615384615,0.004666666666666667,0.00860323886639676,0.5660053981106611,0.40538719134022566,0.8855167058126312,31,False,0.6333333333333333,0.38666666666666666,0.8666666666666667,0.6533333333333333,14.733333333333334,27.631578947368425,1933.0,1448.0
+scsemi5nt,HS39,DB6,1500,2056,150,0.5053333333333333,0.6731517509727627,0.09466666666666666,0.04571984435797665,0.2613333333333333,0.17607003891050585,0.06333333333333334,0.08025291828793775,0.07,0.02091439688715953,0.005333333333333333,0.0038910505836575876,0.36947600518806756,0.08942382719803538,0.7799150234953792,31,False,0.84,0.3,0.9333333333333333,0.66,26.13333333333333,17.607003891050585,1934.0,2023.0
+scsemi5nt,HS40,DB2,1500,3867,150,0.7393333333333333,0.6938194983191104,0.064,0.045771916214119475,0.15,0.15490043961727437,0.012,0.07525213343677269,0.029333333333333333,0.026377036462373934,0.005333333333333333,0.003878975950349108,0.13630514610809413,0.11722214049645467,0.844386638253369,36,False,0.8266666666666667,0.26666666666666666,0.9333333333333333,0.6266666666666667,15.0,15.490043961727437,1931.5,1477.0
+scsemi5nt,HS41,DB7,1500,1392,150,0.7473333333333333,0.6458333333333334,0.07533333333333334,0.15589080459770116,0.12733333333333333,0.14152298850574713,0.011333333333333334,0.035201149425287355,0.035333333333333335,0.014367816091954023,0.0033333333333333335,0.007183908045977011,0.24493103448275858,0.17959040380864832,0.8255028260635825,75,False,0.84,0.17333333333333334,0.9533333333333334,0.5866666666666667,12.733333333333333,14.152298850574713,1932.0,2276.0
+scsemi5nt,HS42,DB1,1500,4312,150,0.6406666666666667,0.700139146567718,0.044,0.034786641929499075,0.14933333333333335,0.18320964749536178,0.12466666666666666,0.04336734693877551,0.035333333333333335,0.029684601113172542,0.006,0.008812615955473098,0.1923228200371057,0.17862895747984425,0.837902174058543,15,False,0.7866666666666666,0.32666666666666666,0.92,0.7066666666666667,14.933333333333335,18.320964749536177,1934.0,1957.5
+scsemi5nt,HS43,DB5,1500,4357,150,0.6366666666666667,0.6584806059215056,0.046,0.071149873766353,0.15866666666666668,0.13839798026164793,0.12266666666666666,0.11223318797337617,0.034,0.017443194858847832,0.002,0.0022951572182694515,0.09451794047892273,0.0804757784831602,0.8189001001481802,71,False,0.7466666666666667,0.18,0.9333333333333333,0.42,15.866666666666667,13.839798026164793,1933.0,2180.0
+scsemi5nt,HS45,DB7,1500,1980,150,0.642,0.6646464646464646,0.046,0.08333333333333333,0.14666666666666667,0.1191919191919192,0.12533333333333332,0.10606060606060606,0.038,0.022727272727272728,0.002,0.00404040404040404,0.12404040404040395,0.09720015033693324,0.8354526046943952,52,False,0.7933333333333333,0.05333333333333334,0.94,0.38,14.666666666666666,11.91919191919192,1932.5,2373.5
+scsemi5nt,HS46,DB1,1500,4117,150,0.62,0.6315278115132378,0.03866666666666667,0.060480932717998544,0.22133333333333333,0.13990769978139422,0.07466666666666667,0.13577847947534613,0.03933333333333333,0.028175856205975226,0.006,0.004129220306048093,0.18890778074649825,0.10012519660585878,0.834042976994746,32,False,0.7066666666666667,0.26,0.92,0.7133333333333334,22.133333333333333,13.990769978139422,1932.0,1777.0
+scsemi5nt,HS47,DB3,1500,4401,150,0.7266666666666667,0.609634174051352,0.10133333333333333,0.13542376732560782,0.06,0.09702340377187003,0.07533333333333334,0.12315382867530107,0.034,0.029993183367416496,0.0026666666666666666,0.004771642808452625,0.24207861849579643,0.20024685600876335,0.8444487250601737,12,False,0.74,0.19333333333333333,0.98,0.64,6.0,9.702340377187003,1932.0,2179.0
+scsemi5nt,HS49,DB3,1500,3893,150,0.7093333333333334,0.6773696378114564,0.09866666666666667,0.027228358592345236,0.08533333333333333,0.1857179553043925,0.084,0.07346519393783714,0.018666666666666668,0.03056768558951965,0.004,0.005651168764449011,0.2278736193167224,0.13310350216272343,0.8542472916999695,7,False,0.76,0.2733333333333333,0.9333333333333333,0.7133333333333334,8.533333333333333,18.57179553043925,1931.0,2103.0
+scsemi5nt,HS50,DB5,1500,4299,150,0.7173333333333334,0.6882996045591998,0.10133333333333333,0.08211211909746452,0.07133333333333333,0.11979530123284485,0.076,0.09211444521981857,0.024666666666666667,0.013258897418004187,0.009333333333333334,0.004419632472668062,0.12915282623866023,0.11433971495634009,0.8255706023305637,80,False,0.7266666666666667,0.15333333333333332,0.92,0.5066666666666667,7.133333333333333,11.979530123284485,1934.0,2077.0
+scsemi5nt,HS51,DB3,1500,3803,150,0.7033333333333334,0.7068104128319748,0.10466666666666667,0.09019195372074677,0.07733333333333334,0.10544307125953195,0.08066666666666666,0.06731527741256903,0.026,0.02576912963449908,0.008,0.004470155140678412,0.06317363484968005,0.17282437034115508,0.8651350727676979,14,False,0.76,0.13333333333333333,0.9333333333333333,0.8,7.733333333333333,10.544307125953194,1932.5,2114.0
+scsemi5nt,HS52,DB1,1500,4286,150,0.6526666666666666,0.7473168455436304,0.03666666666666667,0.04316378908072795,0.194,0.12085860942603827,0.07866666666666666,0.06276248250116659,0.036,0.017498833411105925,0.002,0.008399440037330844,0.2150934826567118,0.22373246115182857,0.8553066271670491,47,False,0.7466666666666667,0.36666666666666664,0.92,0.7066666666666667,19.400000000000002,12.085860942603826,1931.0,1848.5
+scsemi5nt,HS53,DB7,1500,1544,150,0.7113333333333334,0.7506476683937824,0.104,0.10233160621761658,0.07933333333333334,0.08290155440414508,0.08333333333333333,0.040803108808290155,0.018,0.01878238341968912,0.004,0.0045336787564766836,0.08839723661485314,0.27996253765000045,0.8466506929753773,82,False,0.8066666666666666,0.16666666666666666,0.96,0.5666666666666667,7.933333333333334,8.290155440414509,1933.0,2239.5
+scsemi5nt,HS54,DB3,1500,5391,150,0.7146666666666667,0.7853830458171026,0.10133333333333333,0.06362455945093674,0.07933333333333334,0.0849564088295307,0.07533333333333334,0.037655351511778894,0.023333333333333334,0.02485624188462252,0.006,0.003524392506028566,0.15572472639584498,0.29909067114723803,0.8353087624234768,41,False,0.7866666666666666,0.19333333333333333,0.9733333333333334,0.7,7.933333333333334,8.49564088295307,1931.0,2188.0
+scsemi5nt,HS56,DB1,1500,4121,150,0.638,0.6112594030575104,0.034,0.04707595243872846,0.194,0.13977190002426595,0.07733333333333334,0.16743508857073525,0.054,0.028391167192429023,0.0026666666666666666,0.006066488716330988,0.21315505945158936,0.1653962908461157,0.8165316324464629,9,False,0.84,0.34,0.9866666666666667,0.6866666666666666,19.400000000000002,13.977190002426596,1932.0,1751.0
+scsemi5nt,HS57,DB2,1500,3932,150,0.6413333333333333,0.6584435401831129,0.04066666666666666,0.03128179043743642,0.14333333333333334,0.18972533062054933,0.12733333333333333,0.08214649033570702,0.04533333333333334,0.030010172939979655,0.002,0.00839267548321465,0.13978975924042047,0.10738187284030702,0.8183908647319983,1,True,0.8266666666666667,0.3333333333333333,0.9133333333333333,0.58,14.333333333333334,18.972533062054932,1934.0,1676.5
+scsemi5nt,HS58,DB7,1500,1299,150,0.7453333333333333,0.6605080831408776,0.07066666666666667,0.029253271747498075,0.13866666666666666,0.15550423402617397,0.007333333333333333,0.1170130869899923,0.035333333333333335,0.03156274056966898,0.0026666666666666666,0.006158583525789068,0.26001847575057735,0.11293351998209573,0.8067881672264187,75,False,0.8133333333333334,0.12666666666666668,0.9666666666666667,0.3466666666666667,13.866666666666665,15.550423402617398,1932.0,1944.0
+scsemi5nt,HS59,DB4,1500,4268,150,0.6386666666666667,0.5796626054358013,0.042,0.06115276476101218,0.16133333333333333,0.21860356138706655,0.12066666666666667,0.11879100281162137,0.030666666666666665,0.016166822867853797,0.006666666666666667,0.005623242736644799,0.15284598562949087,0.1620371924014278,0.8260653834545727,96,False,0.7133333333333334,0.15333333333333332,0.9266666666666666,0.37333333333333335,16.133333333333333,21.860356138706656,1933.0,2091.5
+scsemi5nt,HS60,DB6,1500,2659,150,0.7553333333333333,0.6288078224896577,0.05733333333333333,0.04061677322301617,0.13066666666666665,0.16058668672433246,0.010666666666666666,0.14328694998119593,0.037333333333333336,0.020308386611508085,0.008666666666666666,0.006393380970289583,0.32508060674439015,0.10606199124163077,0.8298354158155111,32,False,0.7933333333333333,0.32666666666666666,0.94,0.5933333333333334,13.066666666666665,16.058668672433246,1931.0,2014.0
+scsemi5nt,HS61,DB7,1500,1607,150,0.526,0.4971997510889857,0.09266666666666666,0.1001866832607343,0.21466666666666667,0.29869321717485997,0.054,0.07093963907902924,0.112,0.02862476664592408,0.0006666666666666666,0.0043559427504667085,0.2243509645301805,0.3312432404846333,0.7644645222007459,55,False,0.9066666666666666,0.06666666666666667,0.9466666666666667,0.36,21.46666666666667,29.869321717485995,1935.0,2387.0
+scsemi5nt,HS62,DB3,1500,4121,150,0.7013333333333334,0.6699830138315943,0.096,0.07789371511768989,0.07466666666666667,0.1400145595729192,0.09866666666666667,0.08881339480708565,0.02266666666666667,0.02062606163552536,0.006666666666666667,0.0026692550351856345,0.13069578581250504,0.06767620779780838,0.8453016491731995,4,False,0.8066666666666666,0.25333333333333335,0.98,0.7266666666666667,7.466666666666668,14.00145595729192,1934.0,2159.0
+scsemi5nt,HS63,DB5,1500,4391,150,0.654,0.7214757458437714,0.038,0.05465725347301298,0.142,0.15053518560692325,0.11333333333333333,0.0530630835800501,0.04533333333333334,0.016624914598041447,0.007333333333333333,0.0036438168982008655,0.18533636984741517,0.16593033016346018,0.788734096009367,73,False,0.7733333333333333,0.18,0.94,0.36,14.2,15.053518560692325,1931.0,2196.0
+scsemi5nt,HS64,DB2,1500,3894,150,0.6693333333333333,0.6592193117616847,0.036,0.0968156137647663,0.14733333333333334,0.13071391884951206,0.06133333333333333,0.0901386748844376,0.082,0.01848998459167951,0.004,0.004622496147919877,0.18048690292758085,0.08415414939921438,0.7889365009102424,41,False,0.8933333333333333,0.28,0.9933333333333333,0.5733333333333334,14.733333333333334,13.071391884951206,1931.0,1596.0
+scsemi5nt,HS65,DB2,1500,4394,150,0.6433333333333333,0.6096950386891216,0.04066666666666666,0.10969503868912153,0.13133333333333333,0.16909421939007738,0.12133333333333333,0.07055075102412381,0.06066666666666667,0.03413746017296313,0.0026666666666666666,0.006827492034592627,0.22190016689424968,0.10225167550747172,0.8117019634433792,47,False,0.74,0.44666666666666666,0.9533333333333334,0.6133333333333333,13.133333333333333,16.90942193900774,1932.0,1449.5
+scsemi5nt,HS66,DB4,1500,4857,150,0.642,0.6448424953675108,0.042666666666666665,0.10376775787523163,0.14466666666666667,0.16512250360304714,0.12333333333333334,0.07020794729256744,0.04466666666666667,0.012559192917438749,0.0026666666666666666,0.0035001029442042414,0.17046571957998766,0.06915778161825864,0.7958336801637861,89,False,0.76,0.16666666666666666,0.8933333333333333,0.38666666666666666,14.466666666666667,16.512250360304716,1931.0,2041.0
+scsemi5nt,HS67,DB2,1500,3971,150,0.652,0.6293125157391085,0.04133333333333333,0.1095441954167716,0.132,0.13925963233442457,0.126,0.09393099974817426,0.048,0.018886930244270964,0.0006666666666666666,0.009065726517250064,0.1677391085368925,0.0814490565545956,0.8016508760717572,41,False,0.7266666666666667,0.35333333333333333,0.9533333333333334,0.6266666666666667,13.200000000000001,13.925963233442456,1933.0,1563.0
+scsemi5nt,HS68,DB6,1500,2659,150,0.6446666666666667,0.6938698758931929,0.04,0.07070327190673185,0.15333333333333332,0.156825874388868,0.12066666666666667,0.05039488529522377,0.038,0.02181271154569387,0.0033333333333333335,0.006393380970289583,0.17291813965149802,0.11172832394028756,0.8298624936823104,28,False,0.7933333333333333,0.2733333333333333,0.9266666666666666,0.6533333333333333,15.333333333333332,15.6825874388868,1933.0,2248.0
+scsemi5nt,HS69,DB6,1500,1765,150,0.7786666666666666,0.6957507082152975,0.05266666666666667,0.07932011331444759,0.09066666666666667,0.15637393767705382,0.002,0.04645892351274788,0.07333333333333333,0.020396600566572238,0.0026666666666666666,0.0016997167138810198,0.27363928234183177,0.12260288984151156,0.8028299921268933,22,False,0.8533333333333334,0.42,0.9866666666666667,0.5,9.066666666666666,15.637393767705381,1934.0,1982.0
+scsemi5nt,HS70,DB4,1500,4513,150,0.6286666666666667,0.6470197208065588,0.04066666666666666,0.10104143585198316,0.142,0.11766009306448039,0.12866666666666668,0.10857522712164858,0.058,0.020385552847329937,0.002,0.005317970307999114,0.16409158726641546,0.10244351535590823,0.8039840026383939,82,False,0.7533333333333333,0.12,0.9466666666666667,0.35333333333333333,14.2,11.766009306448039,1931.0,2181.0
+scsemi5nt,HS71,DB4,1500,4400,150,0.7673333333333333,0.571590909090909,0.062,0.08863636363636364,0.104,0.10477272727272727,0.006,0.21409090909090908,0.058,0.017045454545454544,0.0026666666666666666,0.003863636363636364,0.47339393939393937,0.2749646059581321,0.7932401175591848,92,False,0.8466666666666667,0.16666666666666666,0.9733333333333334,0.36666666666666664,10.4,10.477272727272727,1931.0,1825.0
+scsemi5nt,HS72,DB4,1500,4520,150,0.708,0.7331858407079646,0.1,0.08517699115044247,0.07933333333333334,0.11438053097345133,0.07533333333333334,0.0418141592920354,0.024,0.01836283185840708,0.013333333333333334,0.007079646017699115,0.12046607669616519,0.21298668209988922,0.83734924999315,93,False,0.78,0.14666666666666667,0.98,0.5266666666666666,7.933333333333334,11.438053097345133,1931.0,1974.0
+scsemi5nt,HS73,DB2,1500,4209,150,0.76,0.5915894511760513,0.062,0.07531480161558565,0.114,0.10667617011166548,0.012,0.20076027559990497,0.04666666666666667,0.020669992872416252,0.005333333333333333,0.004989308624376337,0.40415015443098123,0.22113244868680987,0.8119316406367351,52,False,0.7933333333333333,0.4533333333333333,0.96,0.56,11.4,10.667617011166548,1932.0,1262.0
+scsemi5nt,HS74,DB5,1500,4719,150,0.6426666666666667,0.6753549480822209,0.044,0.08645899554990465,0.10933333333333334,0.101716465352829,0.12,0.11337147700784064,0.07533333333333334,0.018648018648018648,0.008666666666666666,0.004450095359186269,0.15029455393091756,0.13990889673604892,0.775307105747935,94,False,0.7333333333333333,0.19333333333333333,0.9933333333333333,0.31333333333333335,10.933333333333334,10.1716465352829,1933.0,1934.0
+scsemi5nt,HS75,DB6,1500,2126,150,0.7446666666666667,0.6933207902163687,0.064,0.07572906867356538,0.11333333333333333,0.15851364063969897,0.006666666666666667,0.04280338664158043,0.06466666666666666,0.023518344308560677,0.006666666666666667,0.0061147695202257765,0.18609219190968962,0.11281334396357581,0.8151344669716066,15,False,0.8133333333333334,0.22666666666666666,0.98,0.6333333333333333,11.333333333333332,15.851364063969896,1930.0,2141.5
+scsemi5nt,HS76,DB1,1500,3892,150,0.6126666666666667,0.5775950668036999,0.04133333333333333,0.10405960945529291,0.21133333333333335,0.1593011305241521,0.07533333333333334,0.10251798561151079,0.05,0.04290853031860226,0.009333333333333334,0.013617677286742035,0.18839054470709155,0.13745162707231065,0.8105712969399929,9,False,0.88,0.44666666666666666,0.9866666666666667,0.6533333333333333,21.133333333333333,15.93011305241521,1931.0,1764.0
+scsemi5nt,HS77,DB2,1500,3662,150,0.7446666666666667,0.6826870562534134,0.07066666666666667,0.0488803932277444,0.14333333333333334,0.1851447296559257,0.016,0.06499180775532495,0.021333333333333333,0.012015292190060076,0.004,0.006280720917531403,0.18616784999089755,0.12834116759341468,0.8411207595208356,29,False,0.82,0.26,0.9666666666666667,0.68,14.333333333333334,18.51447296559257,1932.0,1437.0
+scsemi5nt,HS78,DB1,1500,4299,150,0.6493333333333333,0.6366596882996045,0.034,0.08792742498255408,0.142,0.12281926029309141,0.064,0.1139799953477553,0.092,0.02814608048383345,0.018666666666666668,0.0104675505931612,0.20781484066061875,0.09183894134925952,0.7754347525904338,38,False,0.88,0.3,1.0,0.5,14.2,12.28192602930914,1933.0,1732.0
+scsemi5nt,HS79,DB5,1500,4239,150,0.7566666666666667,0.6161830620429346,0.058,0.09648502005189903,0.13666666666666666,0.15876385940080207,0.011333333333333334,0.11181882519462137,0.027333333333333334,0.014154281670205236,0.01,0.0025949516395376267,0.322135409294645,0.08424798015542463,0.8180082795127809,64,False,0.7933333333333333,0.12666666666666668,0.9533333333333334,0.44666666666666666,13.666666666666666,15.876385940080207,1933.0,2188.0
+scsemi5nt,HS80,DB3,1500,4301,150,0.7093333333333334,0.6842594745408045,0.1,0.10578935131364799,0.08533333333333333,0.14415252266914672,0.07733333333333334,0.04022320390606836,0.020666666666666667,0.02022785398744478,0.007333333333333333,0.0053475935828877,0.12921708129892276,0.15285549263597004,0.8555538962472053,4,False,0.8,0.22666666666666666,0.9666666666666667,0.74,8.533333333333333,14.415252266914672,1932.0,2305.0
+scsemi5nt,HS81,DB7,1500,1638,150,0.652,0.721001221001221,0.042666666666666665,0.04212454212454213,0.10933333333333334,0.13553113553113552,0.11533333333333333,0.06288156288156288,0.07533333333333334,0.03296703296703297,0.005333333333333333,0.005494505494505495,0.19072039072039068,0.1854343257845836,0.7904577056043174,62,False,0.7933333333333333,0.11333333333333333,0.9466666666666667,0.38666666666666666,10.933333333333334,13.553113553113553,1930.0,2240.5
+scsemi5nt,HS82,DB2,1500,4201,150,0.7166666666666667,0.6553201618662223,0.10666666666666667,0.1309212092358962,0.07533333333333334,0.14782194715543917,0.06866666666666667,0.031183051654368008,0.021333333333333333,0.02499404903594382,0.011333333333333334,0.009759581052130446,0.2008077441878917,0.15787922325248996,0.8340317998391813,7,False,0.76,0.4533333333333333,0.9733333333333334,0.6733333333333333,7.533333333333333,14.782194715543916,1931.0,1587.0
+scsemi5nt,HS83,DB6,1500,2410,150,0.6366666666666667,0.7128630705394191,0.04466666666666667,0.08049792531120332,0.15533333333333332,0.14481327800829877,0.12533333333333332,0.045228215767634854,0.03333333333333333,0.012448132780082987,0.004666666666666667,0.004149377593360996,0.2240553250345781,0.15954542015298664,0.8503868461944982,5,False,0.7666666666666667,0.24666666666666667,0.9466666666666667,0.7,15.533333333333331,14.481327800829877,1930.0,2373.0
+scsemi5nt,HS84,DB3,1500,3090,150,0.6526666666666666,0.6702265372168285,0.032,0.04692556634304207,0.19133333333333333,0.17184466019417477,0.07533333333333334,0.08608414239482201,0.043333333333333335,0.020711974110032363,0.005333333333333333,0.004207119741100324,0.08647249190938512,0.07498104636296513,0.8392046800248326,3,False,0.8266666666666667,0.19333333333333333,0.98,0.7,19.133333333333333,17.184466019417478,1931.0,2083.0
+scsemi5nt,HS85,DB5,1500,4216,150,0.6386666666666667,0.5785104364326376,0.043333333333333335,0.07756166982922201,0.16066666666666668,0.22936432637571158,0.12333333333333334,0.0896584440227704,0.030666666666666665,0.021347248576850095,0.0033333333333333335,0.003557874762808349,0.20630107526881727,0.13382263890876905,0.8034145052093973,79,False,0.78,0.12,0.9066666666666666,0.24666666666666667,16.066666666666666,22.93643263757116,1932.0,2171.5
+scsemi5nt,HS86,DB7,1500,1111,150,0.7646666666666667,0.6561656165616562,0.06,0.0711071107110711,0.10666666666666667,0.162016201620162,0.008,0.0711071107110711,0.05733333333333333,0.034203420342034205,0.0033333333333333335,0.0054005400540054005,0.2632619261926193,0.05697650121853434,0.8024832073916977,63,False,0.8,0.15333333333333332,1.0,0.4266666666666667,10.666666666666668,16.2016201620162,1933.0,1989.0
+scsemi5nt,HS87,DB5,1500,4067,150,0.6273333333333333,0.6801081878534546,0.04133333333333333,0.08409146791246619,0.15266666666666667,0.12490779444307844,0.12666666666666668,0.10154905335628227,0.04666666666666667,0.007376444553725104,0.005333333333333333,0.001967051880993361,0.19106597819850835,0.12084860812591369,0.8010956037237505,98,False,0.7933333333333333,0.15333333333333332,0.8866666666666667,0.38666666666666666,15.266666666666667,12.490779444307844,1931.0,1983.0
+scsemi5nt,HS88,DB3,1500,5093,150,0.626,0.6540349499312782,0.04133333333333333,0.040054977419988216,0.20333333333333334,0.20400549774199883,0.092,0.0738268211270371,0.03266666666666666,0.02297270763793442,0.004666666666666667,0.005105046141763205,0.058290987630080476,0.10751165341228668,0.8537877503412226,21,False,0.82,0.23333333333333334,0.9333333333333333,0.68,20.333333333333332,20.400549774199884,1931.0,2032.0
+scsemi5nt,HS89,DB2,1500,3796,150,0.636,0.5795574288724974,0.042666666666666665,0.045574288724973655,0.15266666666666667,0.19836670179135932,0.12333333333333334,0.14673340358271866,0.043333333333333335,0.022128556375131718,0.002,0.007639620653319284,0.15529469617140848,0.18167354383490464,0.8253152342014966,17,False,0.8066666666666666,0.46,0.9466666666666667,0.6066666666666667,15.266666666666667,19.836670179135933,1931.0,1510.0
+scsemi5nt,HS90,DB7,1500,1291,150,0.6246666666666667,0.6839659178931061,0.050666666666666665,0.06584043377226956,0.14533333333333334,0.13632842757552285,0.13,0.0844306738962045,0.048,0.024012393493415957,0.0013333333333333333,0.005422153369481022,0.15712367673638006,0.09254374868880817,0.8121991961788209,93,False,0.76,0.21333333333333335,0.9466666666666667,0.5,14.533333333333335,13.632842757552286,1933.0,2183.0
+scsemi5nt,HS92,DB7,1500,2115,150,0.7073333333333334,0.5810874704491725,0.09266666666666666,0.11678486997635934,0.07866666666666666,0.05484633569739953,0.09,0.23356973995271868,0.026,0.007565011820330969,0.005333333333333333,0.006146572104018913,0.33700236406619394,0.37222027548116804,0.8316025638059129,91,False,0.76,0.14666666666666667,0.9066666666666666,0.4533333333333333,7.866666666666666,5.484633569739953,1932.0,1976.0
+scsemi5nt,HS93,DB1,1500,5125,150,0.648,0.7139512195121951,0.03666666666666667,0.08253658536585366,0.18666666666666668,0.13873170731707318,0.06933333333333333,0.041951219512195125,0.050666666666666665,0.016975609756097562,0.008666666666666666,0.005853658536585366,0.22364227642276416,0.1663272073460248,0.8061494130204635,10,False,0.92,0.30666666666666664,1.0,0.5933333333333334,18.666666666666668,13.873170731707319,1931.0,1873.0
+scsemi5nt,HS94,DB3,1500,4273,150,0.7133333333333334,0.7343786566814884,0.09533333333333334,0.038380528902410484,0.08333333333333333,0.1352679616194711,0.07533333333333334,0.06763398080973555,0.026,0.019424292066463844,0.006666666666666667,0.004914579920430611,0.14595990326858563,0.19199165502379958,0.8603538131771412,2,False,0.76,0.2,0.96,0.7733333333333333,8.333333333333332,13.52679616194711,1932.0,2305.0
+scsemi5nt,HS95,DB1,1500,4264,150,0.664,0.6458724202626641,0.042666666666666665,0.08348968105065666,0.14533333333333334,0.13860225140712945,0.06,0.09826454033771106,0.08266666666666667,0.025093808630393996,0.005333333333333333,0.008677298311444653,0.16486303939962485,0.05457911382684072,0.7934646866394177,33,False,0.86,0.20666666666666667,0.9933333333333333,0.62,14.533333333333335,13.860225140712945,1932.0,1829.5
+scsemi5nt,HS96,DB7,1500,1801,150,0.5133333333333333,0.5147140477512493,0.09066666666666667,0.06885063853414769,0.27666666666666667,0.25818989450305385,0.059333333333333335,0.10716268739589117,0.05533333333333333,0.04553026096612993,0.004666666666666667,0.00555247084952804,0.1001917453266704,0.26434366870408066,0.7740243483630145,58,False,0.9133333333333333,0.16,0.94,0.4,27.666666666666668,25.818989450305384,1933.0,2252.0
+scsemi5nt,HS97,DB4,1500,4609,150,0.7646666666666667,0.7179431546973313,0.066,0.0414406595790844,0.118,0.16294206986331092,0.01,0.05467563462790193,0.034,0.018876111954870906,0.007333333333333333,0.004122369277500542,0.17923540898242576,0.15879519557065067,0.8131978934096988,51,False,0.82,0.18,0.98,0.4,11.799999999999999,16.29420698633109,1931.0,2171.0
+scsemi5nt,HS98,DB2,1500,4959,150,0.5113333333333333,0.5366001209921355,0.092,0.07360354910264166,0.2793333333333333,0.30490018148820325,0.06333333333333334,0.03891913692276669,0.05,0.03367614438394838,0.004,0.012300867110304496,0.11826900584795322,0.31669281790725945,0.8001897061319833,2,False,0.8466666666666667,0.3466666666666667,0.88,0.6466666666666666,27.933333333333334,30.490018148820326,1932.0,1606.0
+scsemi5nt,HS100,DB6,1500,1838,150,0.634,0.6784548422198041,0.03933333333333333,0.05005440696409141,0.162,0.13547334058759522,0.13,0.11588683351468988,0.03333333333333333,0.011969532100108813,0.0013333333333333333,0.008161044613710556,0.12400725426187885,0.13332613610609415,0.8527756480813126,1,True,0.6866666666666666,0.28,0.9466666666666667,0.62,16.2,13.547334058759523,1931.0,2221.0
+scsemi5nt,HS101,DB4,1500,6549,150,0.754,0.6659031913269201,0.06,0.051152847763017255,0.14066666666666666,0.192090395480226,0.008,0.05939838143227974,0.036,0.026721636891128418,0.0013333333333333333,0.004733547106428463,0.21244464803786842,0.11498909847130506,0.8221240932237398,56,False,0.82,0.28,0.9866666666666667,0.5866666666666667,14.066666666666666,19.2090395480226,1932.0,1960.0
+scsemi5nt,HS102,DB7,1500,1983,150,0.64,0.6283408976298538,0.048,0.10791729702471003,0.142,0.17397881996974282,0.12533333333333332,0.06454866364094806,0.04,0.017650025214321734,0.004666666666666667,0.007564296520423601,0.18958749369641956,0.08718864143022266,0.8032077740305131,70,False,0.7933333333333333,0.12666666666666668,0.9066666666666666,0.32,14.2,17.39788199697428,1933.0,2275.0
+scsemi5nt,HS103,DB6,1500,2442,150,0.7666666666666667,0.5941850941850941,0.059333333333333335,0.0819000819000819,0.11266666666666666,0.1601146601146601,0.014,0.14004914004914004,0.046,0.01760851760851761,0.0013333333333333333,0.006142506142506142,0.4017461097461098,0.11285860613424487,0.8110441891874353,24,False,0.8,0.2866666666666667,1.0,0.5333333333333333,11.266666666666666,16.01146601146601,1933.0,2156.5
+scsemi5nt,HS104,DB4,1500,4870,150,0.7553333333333333,0.657700205338809,0.07266666666666667,0.07268993839835729,0.12666666666666668,0.19815195071868583,0.015333333333333332,0.05626283367556468,0.024,0.012320328542094456,0.006,0.002874743326488706,0.22487611225188223,0.10281585392617595,0.8319316011953568,77,False,0.74,0.12666666666666668,0.9466666666666667,0.48,12.666666666666668,19.815195071868583,1932.0,2025.5
+scsemi5nt,HS105,DB4,1500,4489,150,0.6566666666666666,0.6277567386945868,0.042,0.08977500556916908,0.14866666666666667,0.13967476052572955,0.11666666666666667,0.12007128536422365,0.03333333333333333,0.01826687458231232,0.0026666666666666666,0.0044553352639786145,0.10593658572807595,0.08736341500811712,0.8201460074912621,78,False,0.7933333333333333,0.14666666666666667,0.9066666666666666,0.4666666666666667,14.866666666666667,13.967476052572955,1932.0,2019.0
+scsemi5nt,HS106,DB2,1500,3949,150,0.49533333333333335,0.40845783742719677,0.094,0.03950367181564953,0.2833333333333333,0.2985565966067359,0.074,0.21144593567991896,0.050666666666666665,0.03545201316789061,0.0026666666666666666,0.006583945302608255,0.3131729551785262,0.5380931468567789,0.7901736893132421,5,False,0.8733333333333333,0.32,0.9533333333333334,0.6133333333333333,28.333333333333332,29.855659660673588,1930.0,1685.0
+scsemi5nt,HS107,DB1,1500,4445,150,0.6646666666666666,0.7313835770528684,0.03133333333333333,0.031496062992125984,0.16733333333333333,0.14195725534308212,0.05266666666666667,0.0686164229471316,0.06666666666666667,0.02002249718785152,0.017333333333333333,0.006524184476940383,0.16565879265091865,0.18776276900890687,0.7684710034945342,16,False,0.8866666666666667,0.23333333333333334,0.9866666666666667,0.54,16.733333333333334,14.195725534308213,1931.0,1849.0
+scsemi5nt,HS108,DB7,1500,1868,150,0.7593333333333333,0.5931477516059958,0.074,0.08832976445396146,0.11266666666666666,0.08618843683083512,0.012,0.20235546038543897,0.03666666666666667,0.023554603854389723,0.005333333333333333,0.006423982869379015,0.4115517487508921,0.2537114470106107,0.8049124113923127,79,False,0.8133333333333334,0.10666666666666667,0.9933333333333333,0.3933333333333333,11.266666666666666,8.618843683083512,1932.0,2026.0
+scsemi5nt,HS109,DB5,1500,4265,150,0.634,0.6801875732708089,0.043333333333333335,0.04126611957796014,0.14666666666666667,0.17327080890973037,0.13466666666666666,0.06424384525205158,0.038,0.03610785463071512,0.0033333333333333335,0.00492379835873388,0.14876436107854635,0.12478718436286852,0.8098955522654306,77,False,0.7933333333333333,0.12,0.9066666666666666,0.36,14.666666666666666,17.327080890973036,1933.0,2074.0
+scsemi5nt,HS110,DB1,1500,4176,150,0.642,0.5744731800766284,0.048,0.1285919540229885,0.16866666666666666,0.15158045977011494,0.07266666666666667,0.10871647509578544,0.06066666666666667,0.03089080459770115,0.008,0.005747126436781609,0.2332835249042145,0.15935144614306476,0.7937327630271135,43,False,0.86,0.37333333333333335,0.9866666666666667,0.58,16.866666666666667,15.158045977011495,1933.0,1704.5
+scsemi5nt,HS111,DB1,1500,4787,150,0.6493333333333333,0.6772508878211824,0.036,0.09024441194902862,0.17266666666666666,0.12784625026112387,0.058666666666666666,0.077501566743263,0.07933333333333334,0.02360559849592647,0.004,0.003551284729475663,0.201993733026948,0.10885603394609611,0.784302807594831,31,False,0.92,0.28,1.0,0.6666666666666666,17.266666666666666,12.784625026112387,1931.0,1865.0

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw2_scsemi5nt/summary.json

@@ -0,0 +1,290 @@
+{
+ "schema": "paired_ft_scores.v1",
+ "dataset": "immicro",
+ "written_utc": "2026-10-03T16:22:07.464016+00:00",
+ "command": [
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py",
+  "--dataset",
+  "immicro",
+  "--out",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw2_scsemi5nt",
+  "--threads",
+  "6",
+  "--donors",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/immicro/fewshot_n5/draw2/test_samples.txt",
+  "--arm",
+  "scsemi5nt=/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/immicro/fewshot_n5/draw2/scsemi5nt__raw.npz"
+ ],
+ "arms": [
+  "scsemi5nt"
+ ],
+ "donors": [
+  "HS1",
+  "HS2",
+  "HS3",
+  "HS4",
+  "HS6",
+  "HS7",
+  "HS8",
+  "HS9",
+  "HS10",
+  "HS11",
+  "HS12",
+  "HS13",
+  "HS14",
+  "HS15",
+  "HS16",
+  "HS17",
+  "HS18",
+  "HS19",
+  "HS20",
+  "HS21",
+  "HS23",
+  "HS24",
+  "HS26",
+  "HS27",
+  "HS28",
+  "HS29",
+  "HS30",
+  "HS31",
+  "HS32",
+  "HS34",
+  "HS35",
+  "HS36",
+  "HS37",
+  "HS38",
+  "HS39",
+  "HS40",
+  "HS41",
+  "HS42",
+  "HS43",
+  "HS45",
+  "HS46",
+  "HS47",
+  "HS49",
+  "HS50",
+  "HS51",
+  "HS52",
+  "HS53",
+  "HS54",
+  "HS56",
+  "HS57",
+  "HS58",
+  "HS59",
+  "HS60",
+  "HS61",
+  "HS62",
+  "HS63",
+  "HS64",
+  "HS65",
+  "HS66",
+  "HS67",
+  "HS68",
+  "HS69",
+  "HS70",
+  "HS71",
+  "HS72",
+  "HS73",
+  "HS74",
+  "HS75",
+  "HS76",
+  "HS77",
+  "HS78",
+  "HS79",
+  "HS80",
+  "HS81",
+  "HS82",
+  "HS83",
+  "HS84",
+  "HS85",
+  "HS86",
+  "HS87",
+  "HS88",
+  "HS89",
+  "HS90",
+  "HS92",
+  "HS93",
+  "HS94",
+  "HS95",
+  "HS96",
+  "HS97",
+  "HS98",
+  "HS100",
+  "HS101",
+  "HS102",
+  "HS103",
+  "HS104",
+  "HS105",
+  "HS106",
+  "HS107",
+  "HS108",
+  "HS109",
+  "HS110",
+  "HS111"
+ ],
+ "n_donors": 102,
+ "reference": {
+  "cache": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/immicro",
+  "reference_sha256": "c5e2547be3ec3b12cb0c0b404a49e14a046ae59d40be70427f98f083a76bce17",
+  "features_sha256": "735255066ce7ebbac13a1fdfd058e26f31edd60314cc02fd589b0a292dbbc838",
+  "n_r1_cells": 15300,
+  "pca": {
+   "n_components": 50,
+   "explained_variance_ratio_sum": 0.2868615686893463,
+   "n_fit_cells": 15300
+  },
+  "r2_control": {
+   "precision": 0.964640522875817,
+   "coverage": 0.9998039215686274,
+   "density": 1.4017516339869283,
+   "n_query": 15300,
+   "depth_matched": {
+    "precision": 0.9622875816993464,
+    "coverage": 0.9995424836601308,
+    "density": 1.3853006535947712
+   }
+  },
+  "observed_l1_loo_null_mean": 0.1598336453016601
+ },
+ "contrast_definition": {
+  "enabled": false,
+  "reason": "dataset immicro has no group contrast (use --groups-csv / --case-groups)"
+ },
+ "deg_definition": {
+  "enabled": false,
+  "reason": "contrast off"
+ },
+ "headline": {
+  "scsemi5nt": {
+   "comp_l1": 0.20610904194068622,
+   "comp_l1_obs_loo_null": 0.1598336453016601,
+   "precision": 0.7876470588235294,
+   "coverage": 0.2311764705882353,
+   "precision_dm": 0.9404575163398693,
+   "coverage_dm": 0.5549019607843138,
+   "pb_r_median": 0.8268192987513762,
+   "pb_top1": 0.0392156862745098,
+   "mono_pct_gen": 14.781045751633984,
+   "mono_pct_obs": 16.5624263644928,
+   "median_umi_gen": 1932.0,
+   "median_umi_obs": 1962.0,
+   "seconds": 35.3
+  }
+ },
+ "per_arm": {
+  "scsemi5nt": {
+   "arm": "scsemi5nt",
+   "npz": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/immicro/fewshot_n5/draw2/scsemi5nt__raw.npz",
+   "npz_sha256": "2ee664bc97fc91d96c4408b80eceec03d61f6694bd6e9c9e5f8a9d6db192e26f",
+   "receipt_verified": true,
+   "generation": {
+    "checkpoint": null,
+    "checkpoint_sha256": null,
+    "input_condition_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/immicro/fewshot_n5/draw2/test_raw.npz",
+    "input_condition_sha256": "508da4e48400f0569416a6fa204680f8fadccdec466c7e5543c8951ba7c30094",
+    "seed": 20260927,
+    "steps": null,
+    "support_readout": "no output threshold: the upstream model's ZINB mean on every modeled gene (sample(bound=0), no xsemi > 10 step); read-out sensitivity variant, not the official output",
+    "weights": null
+   },
+   "condition_for_broadcast": null,
+   "poisson": {
+    "seed": 20260916,
+    "rule": "whole NPZ, rows in NPZ order",
+    "nnz_whole_npz": 26681575,
+    "median_library_whole_npz_panel": 1932.0,
+    "n_rows_whole_npz": 153000
+   },
+   "annotation": {
+    "model_pt_sha256": "bf3655899e5abee435340fc008656c4a17342da0f30b70cfd43de8e9223e1930",
+    "zero_padded_model_genes": 1,
+    "label_counts": {
+     "T cell": 103069,
+     "Monocyte": 22615,
+     "NK cell": 10720,
+     "B cell": 9652,
+     "DC": 6162,
+     "Other": 782
+    },
+    "mean_l2_max_prob": 0.9145243569791707,
+    "predict_seconds": 5.7
+   },
+   "n_donors": 102,
+   "n_generated_cells": 153000,
+   "composition": {
+    "l1_mean": 0.20610904194068622,
+    "l1_median": 0.1892476372214589,
+    "l1_obs_loo_null_mean": 0.1598336453016601,
+    "l1_generated_loo_mean_vs_observed_mean": 0.17473170873529525,
+    "composition_top1": 0.00980392156862745,
+    "mean_fraction_generated": {
+     "T cell": 0.673654,
+     "B cell": 0.063085,
+     "Monocyte": 0.14781,
+     "NK cell": 0.070065,
+     "DC": 0.040275,
+     "Other": 0.005111
+    },
+    "mean_fraction_observed": {
+     "T cell": 0.639324,
+     "B cell": 0.075046,
+     "Monocyte": 0.165624,
+     "NK cell": 0.091546,
+     "DC": 0.022836,
+     "Other": 0.005623
+    }
+   },
+   "pseudobulk": {
+    "n_genes": 5508,
+    "r_median": 0.8268192987513762,
+    "r_mean": 0.8268264993919251,
+    "top1": 0.0392156862745098,
+    "n_top1": 4,
+    "own_rank_median": 34.5,
+    "chance_top1": 0.00980392156862745
+   },
+   "precision_coverage": {
+    "precision": 0.7876470588235294,
+    "coverage": 0.2311764705882353,
+    "density": 0.29934640522875816,
+    "n_query": 15300,
+    "n_reference": 15300
+   },
+   "precision_coverage_depth_matched": {
+    "precision": 0.9404575163398693,
+    "coverage": 0.5549019607843138,
+    "density": 1.2386339869281044,
+    "detected_median_before": {
+     "R1": 361.0,
+     "Q": 166.0
+    },
+    "detected_median_after": {
+     "R1": 166.0,
+     "Q": 166.0
+    }
+   },
+   "monocyte_pct": {
+    "generated_mean_over_donors": 14.781045751633984,
+    "observed_mean_over_donors": 16.5624263644928,
+    "generated_pooled_cells": 14.781045751633986
+   },
+   "median_umi_per_cell_scoring_genes": {
+    "generated_pooled": 1932.0,
+    "observed_pooled": 1962.0,
+    "generated_mean_of_donor_medians": 1932.0882568359375,
+    "observed_mean_of_donor_medians": 1998.5735294117646
+   },
+   "seconds": 35.3
+  }
+ },
+ "code_sha256": {
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py": "ec5f40b4cea6d5062d0138f3b934abb6465e34cbfeac869c8a0906924c033aec",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/ft_common.py": "4a6366b0f22208cd58714fc0261b8840c643b9d4569704d560cfd93534cbc747",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/umap/cell_immicro_5arm/tools/stage_b_embed.py": "d056cfdf38fb0e5f478756f370174e993b75d0c973c48e02e21749175a4ca2da",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py": "48b12d794782b840838853e93e0fc55fab00532c4b3698f4588e926b985d2881",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/immicro/tools/immicro_common.py": "c5c30e917148cc5e664e91ea30c11bbdff9b6d1f53a3e0a13e16b1917eff37e9",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/predict_scanvi.py": "482ee5dcf4d72b54bc36cbb6dcff62e5030bc7afc46cb5fb01eca73a82ee45a5",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/poisson_readout.py": "8bfa080942fbcdc89ae23b276524a1a83266fb8cbc56b9af279e50f82e6cde38"
+ },
+ "seconds": 43.0
+}

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/immicro/fewshot_n5/draw2_scsemi5rt/README.md

@@ -0,0 +1,60 @@
+# score_ft.py output: immicro, 102 scored donors
+
+Arms: scsemi5rt.  Every arm is scored on the same donors against the same observed reference.
+
+## Inputs and fixed contracts
+- Observed reference: `/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/immicro/reference.npz` (sha c5e2547be3ec), built from datadir:/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/immicro;
+  observed cells sum exactly to the features pseudobulk of every donor. Observed labels: /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/immicro/labels/observed_immicro/labels.parquet.
+- Generated cells: `generated_counts` read out once with Poisson(seed 20260916) over the **whole NPZ in row order**
+  (`poisson_readout.poisson_integerise`), then the scored donors' rows. These integer counts are used for labels, embedding,
+  depth and the contrast. Pseudobulk uses the summed `generated_counts` (rates), as `score_generated.py`.
+- Labels: frozen f01common scANVI (`predict_scanvi.py`, CPU, zero query epochs), six-type gate ['T cell', 'B cell', 'Monocyte', 'NK cell', 'DC', 'Other']; query genes =
+  the 1,006-gene annotation list minus genes the dataset's sc assay did not measure in every sample (1004 genes).
+- Scoring genes: 6k panel genes measured by both assays in every sample of the dataset (5508 genes).
+
+## Definitions
+1. **Composition**: fraction of each donor's cells per six-type label (all generated cells; all observed QC cells).
+   `comp_l1` = sum over the six labels of |generated - observed| (immicro_common.l1). `comp_l1_obs_loo_null` = L1 of the
+   donor's observed composition to the mean of the *other scored donors'* observed compositions. `composition_top1` =
+   fraction of donors whose generated composition is closest (L1) to their own observed composition.
+2. **Pseudobulk**: `pb_r` = Pearson r of CPM-log1p(summed generated_counts) vs CPM-log1p(observed pseudobulk) on the scoring
+   genes (evaluate_realbulk.cpm_log1p / paired_r). `pb_top1` = the donor's generated pseudobulk is closest (Pearson) to its own
+   observed pseudobulk among the 102 scored donors (immicro_common.retrieval = evaluate_realbulk.top1 arithmetic).
+3. **Precision / coverage / density** (stage_b_embed.py functions): per-cell CP10K over the scoring genes + log1p; PCA-50
+   (randomized, random_state 20260925) and k = 10 real-real k-NN balls fitted on **R1 of the scored donors only**.
+   Reference rule (independent of fold and arm): per donor, cells in canonical order (library_id+barcode), one
+   permutation from `default_rng([20260925, uint64(sha256(donor)[:8])])`; R1 = first n, R2 = next n,
+   n = min(150, n_cells // 2) (15300 R1 cells here). Generated query: per donor n cells (the donor's R1 size),
+   without replacement, `default_rng([20260926, same key])`. Precision = fraction of generated cells inside any R1 ball
+   (Kynkaanniemi 2019); coverage = fraction of R1 cells whose ball holds a generated cell; density = Naeem 2020.
+   Per-donor precision = that donor's generated cells; per-donor coverage = that donor's R1 cells (the pooled values are
+   their n-weighted means; plain means when every donor has 150 reference cells). R2 (held-out real cells of the same donors) is the
+   perfect-generator control: precision 0.9646, coverage 0.9998.
+   **Depth matched**: stage_b_embed depth matching run pairwise (R1 vs this arm): per donor and within-donor rank of detected
+   genes, both cells are thinned by UMI sampling without replacement to the smaller detected-gene count; PCA kept from
+   un-thinned R1, radii recomputed on thinned R1; fresh rng(20260929) per arm. R2 control: precision
+   0.9623, coverage 0.9995.
+4. **Monocyte %** = 100 x Monocyte fraction (all cells) per donor; **median UMI per cell** = median over cells of the
+   Poisson-read (generated) / observed counts summed over the scoring genes (per donor, and pooled).
+5. **Group contrast** (T, B, Monocyte, NK): not computed (dataset immicro has no group contrast (use --groups-csv / --case-groups)).
+   Genes per type = scoring genes detected (count > 0) in >= 1 % of the scored donors' observed
+   cells of that type. Primary statistic `mean_cp10k`: per-cell CP10K over the scoring genes; per donor the mean over its
+   cells of the type (donors with >= 1 such cell); group mean = mean over the group's donors (donor-balanced);
+   logFC = log2(case mean + 1) - log2(control mean + 1). Secondary `pseudobulk_log1p_cpm`: the SLE benchmark evaluator's
+   statistic (donor x type summed counts, log1p CPM over the scoring genes, mean case - mean control;
+   evaluate_generated_vs_truth.group_log_fold_change). Both are computed on the generated cells (their frozen labels) and on
+   the observed cells; `r_generated` = Pearson r of the two logFC vectors. Broadcast baseline `r_broadcast`: the same
+   observed vector against the logFC of the input bulk (condition NPZ `bulk_counts` of the arm, scoring genes, per-donor
+   CP10K resp. log1p CPM, group means). `partial_r_generated_given_broadcast`: r of the OLS residuals of observed and
+   generated logFC on the bulk logFC (residual_specificity.py).
+6. **Top-50 DEG overlap** (contrast.csv rows `statistic = welch_top50_deg`; summary `deg_top50`): not computed (contrast off).
+
+## Files
+- `per_donor.csv`: one row per arm x donor (all per-donor quantities above).
+- `summary.json`: per arm the donor means / pooled values, provenance (NPZ sha, receipt check, generation metadata,
+  Poisson nnz of the whole NPZ, annotation contract), and the reference block (PCA, R2 control).
+- `contrast.csv`: per arm x cell type x statistic (`mean_cp10k`, `pseudobulk_log1p_cpm`: logFC r; `welch_top50_deg`:
+  top-50 DEG overlap, T / B / Monocyte / NK / DC; columns of the other kind are empty).
+- `arms/<arm>/labels/` (predict_scanvi.py labels + manifest), `arms/<arm>/generated_cells.parquet` (NPZ row, donor, label,
+  UMI on the scoring genes, P/C subsample flag), `arms/<arm>/deg_top50_lists.csv` (observed, generated and broadcast
+  top-50 gene lists, Ensembl ids, rank order).