Archive 4 checkpoints (1-4)

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261001T200638Z-extra-realism-metrics/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw1/manifest.json

@@ -0,0 +1,85 @@
+{
+ "schema": "paired_ft_extra_metrics.v1",
+ "dataset": "giroux2022",
+ "design": "fewshot",
+ "unit": "draw1",
+ "written_utc": "2026-10-01T15:09:37.779367+00:00",
+ "command": [
+  "tools/extra_metrics.py",
+  "--design",
+  "fewshot",
+  "--dataset",
+  "giroux2022",
+  "--draws",
+  "0,1,2,3,4",
+  "--threads",
+  "6",
+  "--fetch-dir",
+  "/tmp/claude-1000/-home-sj-server-1/c8102cb0-e04f-4e04-adda-0728604e4435/scratchpad/fetch"
+ ],
+ "threads": 6,
+ "donors": [
+  "450905_d0",
+  "450905_d14",
+  "0B943B_d0",
+  "0B943B_d14",
+  "180E1A_d0",
+  "180E1A_d7",
+  "180E1A_d14",
+  "0BF51C_d0",
+  "0BF51C_d7",
+  "0BF51C_d14"
+ ],
+ "n_samples": 10,
+ "calls": {
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/fewshot_n5/draw1": {
+   "arms": [
+    "zs_raw",
+    "zs_cal",
+    "lora5",
+    "zs_pseudo"
+   ],
+   "summary_sha256": "f26b5a8a966cb474a4ac68e2764ffcb718a43f3294168a2a47d1e5ca142f2cc8"
+  },
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/fewshot_n5/draw1_scsemi5": {
+   "arms": [
+    "scsemi5"
+   ],
+   "summary_sha256": "e2ab121821b513364f175c0be282e2f553db2d92bf01e6cc6121f9403accbe3b"
+  }
+ },
+ "reference_sha256": "dd0152f7bde41da80e1c71dabf54ee561982f36dc99a336b65fca419880a1593",
+ "bandwidth_m": 33.67227220419043,
+ "params": {
+  "seed": 20261001,
+  "ks": [
+   3,
+   5,
+   10
+  ],
+  "knn_c2st_k": 5,
+  "rf_trees": 300,
+  "cv_folds": 5,
+  "bw_multiples": [
+   0.5,
+   1.0,
+   2.0
+  ],
+  "bw_max_cells": 4000,
+  "en_pcs": 100,
+  "en_lb_max_queries_all_cells": 20000,
+  "en_all_cells": true
+ },
+ "n_representative_rows": 14,
+ "fetched_from_server2": [],
+ "code_sha256": {
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/extra_metrics.py": "ca3804cffbaa2fcdbb067a1d62c0ab0f365493837c6ca217f910a5e96fe362f9",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/ft_common.py": "4a6366b0f22208cd58714fc0261b8840c643b9d4569704d560cfd93534cbc747",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py": "ec5f40b4cea6d5062d0138f3b934abb6465e34cbfeac869c8a0906924c033aec",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/umap/cell_immicro_5arm/tools/stage_b_embed.py": "d056cfdf38fb0e5f478756f370174e993b75d0c973c48e02e21749175a4ca2da"
+ },
+ "seconds": 225.6,
+ "max_abs_diff_k10_pooled": 0.0,
+ "extra_metrics_py_sha256_ran": "ca3804cffbaa2fcdbb067a1d62c0ab0f365493837c6ca217f910a5e96fe362f9",
+ "code_sha256_note": "code_sha256 was hashed when the unit finished; extra_metrics_py_sha256_ran is the file the process loaded at start (scores_extra/_code/). v1-v3 differ only in the collector and the per-unit lock; metric code identical (scores_extra/_code/README.md)"
+}

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261001T200638Z-extra-realism-metrics/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw1/metrics.csv

@@ -0,0 +1,25 @@
+dataset,design,unit,label,set,real_side,mode,n_real,n_gen,precision_k3,coverage_k3,density_k3,expected_coverage_identical_k3,precision_k5,coverage_k5,density_k5,expected_coverage_identical_k5,precision_k10,coverage_k10,density_k10,expected_coverage_identical_k10,c2st_knn_auc,c2st_knn_auc_sd,c2st_rf_auc,c2st_rf_auc_sd,nn1_acc,nn1_acc_real,nn1_acc_gen,mmd2_bw0.5,mmd2_bw1,mmd2_bw2,mmd2_sum,mmd_bandwidth_m,seconds
+giroux2022,fewshot,draw1,Real vs real control (held-out real cells),real_R2,R1,raw,1500,1500,0.9953333333333333,0.9913333333333333,8.966,0.8752500416388379,0.9993333333333333,0.9986666666666667,7.694266666666667,0.9689061456595542,1.0,1.0,6.064666666666667,0.9990412398016404,0.5791922222222221,0.026004929969450957,0.947578888888889,0.003900168958036872,0.5313333333333333,0.11733333333333333,0.9453333333333334,0.012539714359427134,0.0021637182472789007,0.0001417045245331039,0.014845137131239139,33.67227220419043,3.5
+giroux2022,fewshot,draw1,Real vs real control (held-out real cells),real_R2,R1,dm,1500,1500,0.994,0.988,8.812,0.8752500416388379,0.9986666666666667,0.9993333333333333,7.6116,0.9689061456595542,0.9993333333333333,1.0,6.0241999999999996,0.9990412398016404,0.5889688888888889,0.019295134517524983,0.9445977777777778,0.004125000187055709,0.5293333333333333,0.12133333333333333,0.9373333333333334,0.012512012712614706,0.002144034629782743,0.00013455862834566013,0.01479060597074311,33.67227220419043,3.5
+giroux2022,fewshot,draw1,Real vs real control (out-of-sample: R2 vs R3),real_R3,R2,raw,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.4994355555555555,0.030039762383781855,0.48245111111111105,0.023343577579230074,0.5126666666666667,0.5393333333333333,0.486,0.000333851746860625,0.00010274173895741257,2.2413199564086383e-05,0.00045900668538212397,33.67227220419043,2.8
+giroux2022,fewshot,draw1,Real vs real control (out-of-sample: R2 vs R3),real_R3,R2,dm,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.4985911111111111,0.02509079457136067,0.48616777777777775,0.022781704742789833,0.513,0.5386666666666666,0.48733333333333334,0.00026659338503953744,9.430926645226378e-05,2.3294459710276882e-05,0.0003841971112020781,33.67227220419043,2.9
+giroux2022,fewshot,draw1,"Zero-shot, real bulk",zs_raw,R1,raw,1500,1500,0.852,0.33,2.0604444444444443,0.8752500416388379,0.916,0.4073333333333333,1.7752,0.9689061456595542,0.9886666666666667,0.5406666666666666,1.5168666666666666,0.9990412398016404,0.9542622222222222,0.010121896262589202,0.9953744444444445,0.0022208558299186996,0.8966666666666666,0.7953333333333333,0.998,0.1209990140367494,0.08745430740133031,0.030417699458482383,0.2388710208965621,33.67227220419043,2.2
+giroux2022,fewshot,draw1,"Zero-shot, real bulk",zs_raw,R1,dm,1500,1500,0.928,0.414,4.065333333333333,0.8752500416388379,0.9666666666666667,0.5046666666666667,3.5778666666666665,0.9689061456595542,0.9973333333333333,0.644,3.0445333333333333,0.9990412398016404,0.9136044444444444,0.010530132688833679,0.9963755555555556,0.0013477496104045846,0.8606666666666667,0.7213333333333334,1.0,0.09227722423360579,0.058002561287075816,0.01916192207642986,0.16944170759711147,33.67227220419043,2.6
+giroux2022,fewshot,draw1,"Zero-shot, real bulk",zs_raw,R2,raw,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.9907833333333332,0.0018686827736782237,0.9944355555555555,0.0027202958036321983,0.9646666666666667,0.9606666666666667,0.9686666666666667,0.13353789217972434,0.08903035090736422,0.02994194035789266,0.2525101834449812,33.67227220419043,2.6
+giroux2022,fewshot,draw1,"Zero-shot, real bulk",zs_raw,R2,dm,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.9862822222222223,0.004082910786905205,0.992458888888889,0.002043903159021196,0.9553333333333334,0.9406666666666667,0.97,0.0887829294580903,0.05745028342450231,0.019093953092561566,0.16532716597515418,33.67227220419043,2.4
+giroux2022,fewshot,draw1,Zero-shot + calibration,zs_cal,R1,raw,1500,1500,0.9426666666666667,0.7886666666666666,4.193555555555555,0.8752500416388379,0.974,0.8533333333333334,3.8952,0.9689061456595542,0.9953333333333333,0.9366666666666666,3.499733333333333,0.9990412398016404,0.8644255555555554,0.01829062432700441,0.97739,0.004021770232431142,0.7216666666666667,0.45266666666666666,0.9906666666666667,0.06058055566787418,0.02812242054017222,0.008124812235247969,0.09682778844329437,33.67227220419043,3.0
+giroux2022,fewshot,draw1,Zero-shot + calibration,zs_cal,R1,dm,1500,1500,0.9146666666666666,0.7986666666666666,2.9113333333333333,0.8752500416388379,0.9506666666666667,0.8753333333333333,2.804533333333333,0.9689061456595542,0.9913333333333333,0.946,2.6847333333333334,0.9990412398016404,0.8619666666666668,0.00805053962611227,0.9503644444444446,0.010546729204524983,0.717,0.4573333333333333,0.9766666666666667,0.048018465333388605,0.024798585686710117,0.007658167681519279,0.080475218701618,33.67227220419043,3.0
+giroux2022,fewshot,draw1,Zero-shot + calibration,zs_cal,R2,raw,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.9338444444444445,0.013934142387462304,0.9416333333333332,0.014205675052728128,0.8636666666666667,0.8493333333333334,0.878,0.05532871010728957,0.027820368065345713,0.008446068845743282,0.09159514701837856,33.67227220419043,2.7
+giroux2022,fewshot,draw1,Zero-shot + calibration,zs_cal,R2,dm,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.8998266666666666,0.01529546319810044,0.9154655555555555,0.016241077987545358,0.804,0.7846666666666666,0.8233333333333334,0.050890490291160884,0.02579551830473359,0.007870068309883349,0.08455607690577782,33.67227220419043,2.7
+giroux2022,fewshot,draw1,"LoRA, 5 donors",lora5,R1,raw,1500,1500,0.982,0.8246666666666667,6.644444444444445,0.8752500416388379,0.9966666666666667,0.8946666666666667,6.0149333333333335,0.9689061456595542,1.0,0.9526666666666667,5.141666666666667,0.9990412398016404,0.8158333333333333,0.019872078556931006,0.970978888888889,0.008785958213444706,0.692,0.3953333333333333,0.9886666666666667,0.06183389570288128,0.02174383438014149,0.005052373856198944,0.08863010393922172,33.67227220419043,3.2
+giroux2022,fewshot,draw1,"LoRA, 5 donors",lora5,R1,dm,1500,1500,0.932,0.8613333333333333,3.2904444444444447,0.8752500416388379,0.9746666666666667,0.9253333333333333,3.1464,0.9689061456595542,0.9953333333333333,0.968,2.8260666666666667,0.9990412398016404,0.7871044444444444,0.006277795476867858,0.9191055555555554,0.01284670599563449,0.6786666666666666,0.396,0.9613333333333334,0.018408637426947094,0.006852525764591499,0.0018477980216482504,0.027108961213186844,33.67227220419043,3.0
+giroux2022,fewshot,draw1,"LoRA, 5 donors",lora5,R2,raw,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.8988288888888889,0.013045278106050386,0.9068722222222222,0.013003511515294507,0.8073333333333333,0.808,0.8066666666666666,0.037384452640351395,0.017085253147911095,0.0048601295750005935,0.059329835363263084,33.67227220419043,2.7
+giroux2022,fewshot,draw1,"LoRA, 5 donors",lora5,R2,dm,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.8117811111111113,0.007397344368332722,0.8463533333333334,0.02360438714715115,0.7253333333333334,0.722,0.7286666666666667,0.011744062327973315,0.005673402493707291,0.0017097368126244294,0.019127201634305036,33.67227220419043,2.6
+giroux2022,fewshot,draw1,"Zero-shot, sc pseudobulk input (reference)",zs_pseudo,R1,raw,1500,1500,0.9746666666666667,0.76,6.043111111111112,0.8752500416388379,0.9893333333333333,0.844,5.494133333333333,0.9689061456595542,0.9966666666666667,0.9326666666666666,4.730933333333334,0.9990412398016404,0.8410744444444443,0.024859778549017147,0.9746388888888889,0.003683482065037987,0.726,0.4613333333333333,0.9906666666666667,0.06856913110757101,0.026343291706207417,0.006721300933333341,0.10163372374711177,33.67227220419043,3.3
+giroux2022,fewshot,draw1,"Zero-shot, sc pseudobulk input (reference)",zs_pseudo,R1,dm,1500,1500,0.942,0.804,3.286222222222222,0.8752500416388379,0.9686666666666667,0.8746666666666667,3.1782666666666666,0.9689061456595542,0.9893333333333333,0.94,2.9680666666666666,0.9990412398016404,0.8310288888888888,0.015874620341528,0.9330233333333332,0.010735237782504571,0.6976666666666667,0.432,0.9633333333333334,0.04408301798182457,0.021715873109683814,0.006540735545256471,0.07233962663676485,33.67227220419043,3.3
+giroux2022,fewshot,draw1,"Zero-shot, sc pseudobulk input (reference)",zs_pseudo,R2,raw,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.9300011111111111,0.00888494391625867,0.936427777777778,0.012604798346583122,0.84,0.8153333333333334,0.8646666666666667,0.0516140971037935,0.024038607660076483,0.00701675228611931,0.08266945704998929,33.67227220419043,2.7
+giroux2022,fewshot,draw1,"Zero-shot, sc pseudobulk input (reference)",zs_pseudo,R2,dm,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.8619133333333334,0.01455515510475436,0.8791355555555554,0.023923733824874747,0.762,0.7173333333333334,0.8066666666666666,0.04374248025946548,0.022305418695375723,0.006779807919871317,0.07282770687471252,33.67227220419043,2.7
+giroux2022,fewshot,draw1,"scSemiProfiler, 5 donors",scsemi5,R1,raw,1500,1500,0.8653333333333333,0.34933333333333333,1.0771111111111111,0.8752500416388379,0.9373333333333334,0.438,1.0525333333333333,0.9689061456595542,0.988,0.582,1.0702666666666667,0.9990412398016404,0.9705744444444445,0.009165137582905176,0.9992755555555556,0.000588529764710836,0.915,0.83,1.0,0.13652489569972776,0.08544835309951604,0.0276445652939854,0.2496178140932292,33.67227220419043,2.6
+giroux2022,fewshot,draw1,"scSemiProfiler, 5 donors",scsemi5,R1,dm,1500,1500,0.21066666666666667,0.108,0.14488888888888887,0.8752500416388379,0.29,0.15866666666666668,0.1668,0.9689061456595542,0.424,0.23,0.18326666666666666,0.9990412398016404,0.9954433333333332,0.0017796925452322994,0.9993411111111111,0.0003870113406319961,0.978,0.9573333333333334,0.9986666666666667,0.17507827832612033,0.10352034897831142,0.03266865011856801,0.31126727742299976,33.67227220419043,2.6
+giroux2022,fewshot,draw1,"scSemiProfiler, 5 donors",scsemi5,R2,raw,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.9967044444444444,0.0013054338004691718,0.9993777777777778,8.678055195451475e-05,0.9873333333333333,0.978,0.9966666666666667,0.14693581169048747,0.08812631341938348,0.02820703376590661,0.26326915887577756,33.67227220419043,2.6
+giroux2022,fewshot,draw1,"scSemiProfiler, 5 donors",scsemi5,R2,dm,1500,1500,,,,,,,,,,,,,0.9974288888888889,0.001836976178800806,0.9995755555555557,0.00025887339009398523,0.9856666666666667,0.9753333333333334,0.996,0.19892810926619087,0.10704937033147566,0.03286460930072965,0.3388420888983962,33.67227220419043,2.6

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261001T200638Z-extra-realism-metrics/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw1/per_donor.csv

@@ -0,0 +1,61 @@
+dataset,design,unit,donor,set,precision_k3_raw,coverage_k3_raw,precision_k5_raw,coverage_k5_raw,precision_k10_raw,coverage_k10_raw,precision_k3_dm,coverage_k3_dm,precision_k5_dm,coverage_k5_dm,precision_k10_dm,coverage_k10_dm
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d0,real_R2,0.98,0.96,1.0,0.9866666666666667,1.0,1.0,0.98,0.96,0.9933333333333333,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d14,real_R2,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d0,real_R2,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d14,real_R2,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d0,real_R2,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d7,real_R2,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d14,real_R2,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d0,real_R2,0.9866666666666667,0.98,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,0.9666666666666667,0.98,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d7,real_R2,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d14,real_R2,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d0,zs_raw,0.64,0.20666666666666667,0.7733333333333333,0.31333333333333335,0.9866666666666667,0.47333333333333333,0.8333333333333334,0.2866666666666667,0.92,0.4,1.0,0.5133333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d14,zs_raw,0.8866666666666667,0.4,0.9666666666666667,0.4666666666666667,0.9933333333333333,0.5866666666666667,0.9133333333333333,0.48,0.9666666666666667,0.5866666666666667,1.0,0.7
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d0,zs_raw,0.8733333333333333,0.2866666666666667,0.94,0.38666666666666666,0.9933333333333333,0.54,0.9466666666666667,0.43333333333333335,0.9733333333333334,0.5466666666666666,1.0,0.6933333333333334
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d14,zs_raw,0.9333333333333333,0.2733333333333333,0.9666666666666667,0.31333333333333335,0.9933333333333333,0.4266666666666667,0.96,0.3333333333333333,0.98,0.42,1.0,0.6
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d0,zs_raw,0.9333333333333333,0.46,0.9666666666666667,0.52,0.9933333333333333,0.6,0.9866666666666667,0.54,0.9933333333333333,0.6266666666666667,0.9933333333333333,0.7266666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d7,zs_raw,0.9266666666666666,0.43333333333333335,0.9666666666666667,0.49333333333333335,1.0,0.62,0.9733333333333334,0.54,0.9933333333333333,0.6733333333333333,1.0,0.7733333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d14,zs_raw,0.94,0.4666666666666667,0.96,0.5466666666666666,1.0,0.6466666666666666,0.98,0.6066666666666667,1.0,0.6533333333333333,1.0,0.7666666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d0,zs_raw,0.49333333333333335,0.18666666666666668,0.6666666666666666,0.2866666666666667,0.9333333333333333,0.4666666666666667,0.7466666666666667,0.18666666666666668,0.88,0.26666666666666666,0.98,0.42
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d7,zs_raw,0.9333333333333333,0.35333333333333333,0.98,0.44,1.0,0.5866666666666667,0.9666666666666667,0.4066666666666667,0.98,0.48,1.0,0.6733333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d14,zs_raw,0.96,0.23333333333333334,0.9733333333333334,0.30666666666666664,0.9933333333333333,0.46,0.9733333333333334,0.32666666666666666,0.98,0.3933333333333333,1.0,0.5733333333333334
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d0,zs_cal,0.8733333333333333,0.6533333333333333,0.9733333333333334,0.7866666666666666,1.0,0.9466666666666667,0.7866666666666666,0.7266666666666667,0.9,0.86,0.9933333333333333,0.9866666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d14,zs_cal,0.9933333333333333,0.9066666666666666,1.0,0.96,1.0,0.9933333333333333,0.98,0.92,0.9933333333333333,0.9666666666666667,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d0,zs_cal,0.9933333333333333,0.88,1.0,0.92,1.0,0.9733333333333334,0.9666666666666667,0.92,0.98,0.96,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d14,zs_cal,1.0,0.9066666666666666,1.0,0.96,1.0,0.9933333333333333,0.9666666666666667,0.8866666666666667,0.98,0.96,1.0,0.9933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d0,zs_cal,0.9933333333333333,0.7666666666666667,0.9933333333333333,0.8333333333333334,1.0,0.9133333333333333,0.9733333333333334,0.8066666666666666,0.9866666666666667,0.9,1.0,0.9666666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d7,zs_cal,0.9933333333333333,0.8466666666666667,1.0,0.9066666666666666,1.0,0.96,0.9733333333333334,0.82,1.0,0.8933333333333333,1.0,0.9466666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d14,zs_cal,0.98,0.8533333333333334,0.9866666666666667,0.9066666666666666,1.0,0.9666666666666667,0.9666666666666667,0.7733333333333333,0.98,0.8533333333333334,1.0,0.96
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d0,zs_cal,0.62,0.44,0.8,0.5066666666666667,0.9533333333333334,0.6933333333333334,0.5733333333333334,0.44,0.7,0.5133333333333333,0.92,0.66
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d7,zs_cal,0.9933333333333333,0.8066666666666666,1.0,0.8666666666666667,1.0,0.9533333333333334,0.98,0.8733333333333333,0.9933333333333333,0.92,1.0,0.9666666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d14,zs_cal,0.9866666666666667,0.8266666666666667,0.9866666666666667,0.8866666666666667,1.0,0.9733333333333334,0.98,0.82,0.9933333333333333,0.9266666666666666,1.0,0.98
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d0,lora5,0.9266666666666666,0.68,0.9866666666666667,0.7866666666666666,1.0,0.94,0.7866666666666666,0.8,0.9133333333333333,0.92,0.9866666666666667,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d14,lora5,0.9866666666666667,0.8733333333333333,1.0,0.9733333333333334,1.0,1.0,0.9466666666666667,0.94,0.9866666666666667,0.9866666666666667,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d0,lora5,0.9866666666666667,0.8133333333333334,1.0,0.9133333333333333,1.0,0.9666666666666667,0.9466666666666667,0.92,1.0,0.9533333333333334,1.0,0.9933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d14,lora5,0.9933333333333333,0.92,1.0,0.98,1.0,1.0,0.94,0.9066666666666666,0.98,0.98,0.9866666666666667,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d0,lora5,1.0,0.9133333333333333,1.0,0.96,1.0,1.0,0.9666666666666667,0.9533333333333334,0.9866666666666667,0.9866666666666667,1.0,0.9933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d7,lora5,1.0,0.9666666666666667,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,0.9666666666666667,0.9466666666666667,0.98,0.9866666666666667,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d14,lora5,1.0,0.9866666666666667,1.0,0.9866666666666667,1.0,1.0,0.9866666666666667,0.9666666666666667,1.0,0.9866666666666667,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d0,lora5,0.9333333333333333,0.48,0.98,0.58,1.0,0.6933333333333334,0.8333333333333334,0.4,0.92,0.5333333333333333,0.9866666666666667,0.7
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d7,lora5,1.0,0.8066666666666666,1.0,0.9,1.0,0.9666666666666667,0.9866666666666667,0.9333333333333333,0.9933333333333333,0.9733333333333334,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d14,lora5,0.9933333333333333,0.8066666666666666,1.0,0.8733333333333333,1.0,0.96,0.96,0.8466666666666667,0.9866666666666667,0.9466666666666667,1.0,0.9933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d0,zs_pseudo,0.9533333333333334,0.6,0.9933333333333333,0.7066666666666667,1.0,0.9133333333333333,0.86,0.7533333333333333,0.96,0.8466666666666667,0.9933333333333333,0.9733333333333334
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d14,zs_pseudo,1.0,0.8733333333333333,1.0,0.94,1.0,0.98,0.9866666666666667,0.9,0.9933333333333333,0.9466666666666667,1.0,0.9866666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d0,zs_pseudo,0.9933333333333333,0.8066666666666666,1.0,0.88,1.0,0.9666666666666667,0.9866666666666667,0.86,0.9933333333333333,0.9333333333333333,1.0,0.9866666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d14,zs_pseudo,1.0,0.86,1.0,0.9333333333333333,1.0,0.9733333333333334,0.9866666666666667,0.94,0.9933333333333333,0.9866666666666667,1.0,0.9866666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d0,zs_pseudo,1.0,0.7533333333333333,1.0,0.84,1.0,0.9266666666666666,0.9733333333333334,0.8266666666666667,0.9866666666666667,0.88,0.9933333333333333,0.92
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d7,zs_pseudo,1.0,0.8133333333333334,1.0,0.88,1.0,0.96,1.0,0.7933333333333333,1.0,0.86,1.0,0.9333333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d14,zs_pseudo,0.9933333333333333,0.7933333333333333,1.0,0.9066666666666666,1.0,0.9666666666666667,0.9733333333333334,0.7333333333333333,0.9933333333333333,0.8266666666666667,1.0,0.9266666666666666
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d0,zs_pseudo,0.8066666666666666,0.4866666666666667,0.9,0.6066666666666667,0.9666666666666667,0.7266666666666667,0.68,0.5066666666666667,0.78,0.6133333333333333,0.9066666666666666,0.7066666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d7,zs_pseudo,1.0,0.8266666666666667,1.0,0.8866666666666667,1.0,0.96,0.9933333333333333,0.86,0.9933333333333333,0.92,1.0,0.9866666666666667
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d14,zs_pseudo,1.0,0.7866666666666666,1.0,0.86,1.0,0.9533333333333334,0.98,0.8666666666666667,0.9933333333333333,0.9333333333333333,1.0,0.9933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d0,scsemi5,0.8466666666666667,0.41333333333333333,0.9133333333333333,0.5066666666666667,0.98,0.6266666666666667,0.22666666666666666,0.22666666666666666,0.30666666666666664,0.32666666666666666,0.5,0.44
+giroux2022,fewshot,draw1,450905_d14,scsemi5,0.8066666666666666,0.35333333333333333,0.92,0.41333333333333333,0.9733333333333334,0.56,0.15333333333333332,0.11333333333333333,0.25333333333333335,0.14,0.34,0.22666666666666666
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d0,scsemi5,0.8933333333333333,0.28,0.9533333333333334,0.35333333333333333,0.9933333333333333,0.5066666666666667,0.19333333333333333,0.03333333333333333,0.32,0.06666666666666667,0.48,0.1
+giroux2022,fewshot,draw1,0B943B_d14,scsemi5,0.92,0.5,0.9666666666666667,0.6066666666666667,0.9933333333333333,0.7333333333333333,0.16666666666666666,0.10666666666666667,0.25333333333333335,0.15333333333333332,0.3466666666666667,0.25333333333333335
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d0,scsemi5,0.9133333333333333,0.34,0.96,0.44,1.0,0.64,0.17333333333333334,0.08,0.24666666666666667,0.13333333333333333,0.38,0.17333333333333334
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d7,scsemi5,0.9133333333333333,0.35333333333333333,0.96,0.42,0.9933333333333333,0.6,0.18,0.06,0.26666666666666666,0.08,0.44,0.12
+giroux2022,fewshot,draw1,180E1A_d14,scsemi5,0.96,0.3466666666666667,0.9933333333333333,0.43333333333333335,1.0,0.5666666666666667,0.2733333333333333,0.12,0.32,0.16666666666666666,0.44666666666666666,0.21333333333333335
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d0,scsemi5,0.72,0.19333333333333333,0.8666666666666667,0.25333333333333335,0.98,0.38666666666666666,0.25333333333333335,0.12,0.32,0.17333333333333334,0.42,0.3333333333333333
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d7,scsemi5,0.8133333333333334,0.36,0.8866666666666667,0.4666666666666667,0.9733333333333334,0.6133333333333333,0.24666666666666667,0.1,0.3,0.15333333333333332,0.44666666666666666,0.21333333333333335
+giroux2022,fewshot,draw1,0BF51C_d14,scsemi5,0.8666666666666667,0.35333333333333333,0.9533333333333334,0.4866666666666667,0.9933333333333333,0.5866666666666667,0.24,0.12,0.31333333333333335,0.19333333333333333,0.44,0.22666666666666666

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261001T200638Z-extra-realism-metrics/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw1/repro.json

@@ -0,0 +1,240 @@
+{
+ "unit": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw1",
+ "pca": {
+  "ours": {
+   "n_components": 50,
+   "explained_variance_ratio_sum": 0.25688886642456055,
+   "n_fit_cells": 1500
+  },
+  "scorer": {
+   "n_components": 50,
+   "explained_variance_ratio_sum": 0.25688886642456055,
+   "n_fit_cells": 1500
+  }
+ },
+ "r2_control": {
+  "ours": {
+   "precision": 1.0,
+   "coverage": 1.0,
+   "density": 6.064666666666667,
+   "n_query": 1500,
+   "depth_matched": {
+    "precision": 0.9993333333333333,
+    "coverage": 1.0,
+    "density": 6.0241999999999996
+   }
+  },
+  "scorer": {
+   "precision": 1.0,
+   "coverage": 1.0,
+   "density": 6.064666666666667,
+   "n_query": 1500,
+   "depth_matched": {
+    "precision": 0.9993333333333333,
+    "coverage": 1.0,
+    "density": 6.0241999999999996
+   }
+  }
+ },
+ "arms": {
+  "real_R2": {
+   "precision": {
+    "ours": 1.0,
+    "scorer": 1.0,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage": {
+    "ours": 1.0,
+    "scorer": 1.0,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9993333333333333,
+    "scorer": 0.9993333333333333,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 1.0,
+    "scorer": 1.0,
+    "abs_diff": 0.0
+   }
+  },
+  "zs_raw": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9886666666666667,
+    "scorer": 0.9886666666666667,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.5406666666666666,
+    "scorer": 0.5406666666666666,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 5.551115123125783e-17,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9973333333333333,
+    "scorer": 0.9973333333333333,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.644,
+    "scorer": 0.644,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 0.0,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/zs__raw_all.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/zs__raw_all.npz",
+    "sha256": "16b110e1effd23cdcdaaa55a28ef83e9a91035e74cdea69dc7706a03552fef5e"
+   }
+  },
+  "zs_cal": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9953333333333333,
+    "scorer": 0.9953333333333333,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 0.0,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.9366666666666666,
+    "scorer": 0.9366666666666666,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9913333333333333,
+    "scorer": 0.9913333333333333,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.946,
+    "scorer": 0.946,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw1/zs__cal.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw1/zs__cal.npz",
+    "sha256": "6f700eb64f0ffac42deb8fc910ec7368cc30a254c3dff2d98d98984d12db564f"
+   }
+  },
+  "lora5": {
+   "precision": {
+    "ours": 1.0,
+    "scorer": 1.0,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 0.0,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.9526666666666667,
+    "scorer": 0.9526666666666667,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9953333333333333,
+    "scorer": 0.9953333333333333,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.968,
+    "scorer": 0.968,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw1/lora__raw.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw1/lora__raw.npz",
+    "sha256": "a525bb58fc9b773adf12fb3f634e8672d1de804ae71c4ea2efffbbc816d8570c"
+   }
+  },
+  "zs_pseudo": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9966666666666667,
+    "scorer": 0.9966666666666667,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.9326666666666666,
+    "scorer": 0.9326666666666666,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9893333333333333,
+    "scorer": 0.9893333333333333,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.94,
+    "scorer": 0.94,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/zs__pseudo_all.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/zs__pseudo_all.npz",
+    "sha256": "b77ee477b7f9e5521636a78d58a20930bcee9b8aa29fe9f9ff87758c8f568c40"
+   }
+  },
+  "scsemi5": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.988,
+    "scorer": 0.988,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.582,
+    "scorer": 0.582,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 5.551115123125783e-17,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.424,
+    "scorer": 0.424,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 5.551115123125783e-17,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.23,
+    "scorer": 0.23,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 5.551115123125783e-17,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw1/scsemi5__raw.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw1/scsemi5__raw.npz",
+    "sha256": "99b6ea9af5e6a31f09a9aba28572a568cab78151c64d0a1bdd8e59696d23aec9"
+   }
+  }
+ },
+ "max_abs_diff_k10_pooled": 0.0,
+ "oos_r3": {
+  "n_r3": [
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150
+  ],
+  "short_samples": []
+ },
+ "pca_equal": true
+}