Archive 4 checkpoints (1-4)
Browse files- paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3_scsemi5nt/per_donor.csv +146 -0
- paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3_scsemi5nt/summary.json +1015 -0
- paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3_scsemi5rt/README.md +73 -0
- paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3_scsemi5rt/contrast.csv +14 -0
paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3_scsemi5nt/per_donor.csv
ADDED
|
@@ -0,0 +1,146 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
arm,donor,group,n_generated_cells,n_observed_cells,n_reference_cells,gen_T cell,obs_T cell,gen_B cell,obs_B cell,gen_Monocyte,obs_Monocyte,gen_NK cell,obs_NK cell,gen_DC,obs_DC,gen_Other,obs_Other,comp_l1,comp_l1_obs_loo_null,pb_r,pb_own_rank,pb_top1,precision,coverage,precision_depth_matched,coverage_depth_matched,mono_pct_gen,mono_pct_obs,median_umi_gen,median_umi_obs
|
| 2 |
+
scsemi5nt,C20_1004,covid_positive,1500,1810,150,0.31066666666666665,0.43425414364640885,0.016,0.3994475138121547,0.222,0.03867403314917127,0.4073333333333333,0.07790055248618785,0.035333333333333335,0.04751381215469613,0.008666666666666666,0.0022099447513812156,1.0384309392265192,0.5904715273691231,0.9042301971855075,121,False,0.92,0.29333333333333333,0.9133333333333333,0.52,22.2,3.867403314917127,1584.0,1373.5
|
| 3 |
+
scsemi5nt,C20_1404,covid_positive,1500,5836,150,0.2813333333333333,0.4885195339273475,0.08133333333333333,0.2705620287868403,0.08533333333333333,0.015421521590130226,0.484,0.204592186429061,0.036,0.016620973269362578,0.032,0.004283755997258396,0.7928297920950423,0.3741053885240925,0.9362981272724382,13,False,0.9666666666666667,0.4866666666666667,0.9266666666666666,0.6733333333333333,8.533333333333333,1.5421521590130227,1582.5,1473.0
|
| 4 |
+
scsemi5nt,C21_1004,covid_positive,1500,5552,150,0.8446666666666667,0.8982348703170029,0.07533333333333334,0.08609510086455331,0.034,0.0,0.037333333333333336,0.0111671469740634,0.008,0.0005403458213256485,0.0006666666666666666,0.003962536023054755,0.13525168107588859,0.8299939862263086,0.7715426061541145,79,False,0.35333333333333333,0.26,0.82,0.21333333333333335,3.4000000000000004,0.0,1582.0,1563.5
|
| 5 |
+
scsemi5nt,C21_1704,covid_positive,1500,4570,150,0.774,0.7275711159737418,0.11466666666666667,0.2214442013129103,0.024,0.004814004376367615,0.06733333333333333,0.022319474835886213,0.006666666666666667,0.011816192560175055,0.013333333333333334,0.012035010940919038,0.223854121079504,0.685166402348602,0.7265613649242715,66,False,0.6866666666666666,0.12666666666666668,0.92,0.25333333333333335,2.4,0.48140043763676155,1585.0,2131.0
|
| 6 |
+
scsemi5nt,C21_2504,covid_positive,1500,5048,150,0.4533333333333333,0.7567353407290016,0.018,0.12361331220285261,0.4633333333333333,0.06220285261489699,0.024,0.039619651347068144,0.004666666666666667,0.011687797147385102,0.03666666666666667,0.006141045958795562,0.8633122028526149,0.5478330736390062,0.7083157084666696,28,False,0.4266666666666667,0.02,0.7933333333333333,0.62,46.33333333333333,6.220285261489699,1583.0,2692.5
|
| 7 |
+
scsemi5nt,C23_2204,covid_positive,1500,3088,150,0.744,0.685880829015544,0.11933333333333333,0.10362694300518134,0.02,0.06703367875647669,0.1,0.11269430051813471,0.016666666666666666,0.025906735751295335,0.0,0.0048575129533678756,0.14765112262521587,0.3951444488512174,0.7901501783928225,9,False,0.7066666666666667,0.25333333333333335,0.9533333333333334,0.4,2.0,6.703367875647668,1585.0,1936.5
|
| 8 |
+
scsemi5nt,C33_1401,covid_positive,1500,3983,150,0.29733333333333334,0.38890283705749434,0.013333333333333334,0.016570424303288978,0.22266666666666668,0.11172483052975145,0.43533333333333335,0.464474014561888,0.023333333333333334,0.014310820989204118,0.008,0.004017072558373086,0.2478945518453427,0.6078044867235272,0.9380290696663397,1,True,0.7,0.8533333333333334,0.7266666666666667,0.88,22.26666666666667,11.172483052975144,1584.0,909.0
|
| 9 |
+
scsemi5nt,C33_1601,covid_positive,1500,395,150,0.268,0.14430379746835442,0.06866666666666667,0.11645569620253164,0.08733333333333333,0.2,0.5233333333333333,0.5240506329113924,0.028,0.007594936708860759,0.024666666666666667,0.007594936708860759,0.3223459915611815,0.7781036218634921,0.9204766774873803,50,False,0.86,0.6266666666666667,0.8333333333333334,0.7133333333333334,8.733333333333333,20.0,1583.0,644.0
|
| 10 |
+
scsemi5nt,C33_1901,covid_positive,1500,1947,150,0.30266666666666664,0.3754494093477144,0.035333333333333335,0.042116076014381096,0.092,0.12223934257832562,0.5246666666666666,0.43656908063687727,0.015333333333333332,0.01078582434514638,0.03,0.012840267077555213,0.21960965588084225,0.5519946188735055,0.8813253963565042,1,True,0.5866666666666667,0.8266666666666667,0.6333333333333333,0.58,9.2,12.223934257832562,1583.0,897.0
|
| 11 |
+
scsemi5nt,C34_1404,covid_positive,1500,2483,150,0.436,0.8771647200966572,0.04066666666666666,0.01973419250906162,0.4553333333333333,0.016915022150624244,0.058666666666666666,0.07047925896093435,0.008,0.011679420056383408,0.0013333333333333333,0.004027386226339106,0.9187015706806282,0.7876062775970606,0.7676079566563542,119,False,0.6333333333333333,0.32,0.9066666666666666,0.6133333333333333,45.53333333333333,1.6915022150624244,1582.0,1720.0
|
| 12 |
+
scsemi5nt,C34_2104,covid_positive,1500,2808,150,0.554,0.7916666666666666,0.03133333333333333,0.024216524216524215,0.216,0.041666666666666664,0.178,0.12428774928774929,0.018666666666666668,0.013888888888888888,0.002,0.004273504273504274,0.4798803418803418,0.6166101707370794,0.8755499900638023,29,False,0.6666666666666666,0.20666666666666667,0.8133333333333334,0.6466666666666666,21.6,4.166666666666666,1584.0,2067.5
|
| 13 |
+
scsemi5nt,C34_2504,covid_positive,1500,1945,150,0.686,0.6961439588688946,0.004,0.024678663239074552,0.038,0.12544987146529563,0.236,0.12904884318766066,0.022,0.02416452442159383,0.014,0.0005141388174807198,0.24087403598971716,0.42556475514153524,0.9126116986167375,31,False,0.7933333333333333,0.23333333333333334,0.9066666666666666,0.8666666666666667,3.8,12.544987146529563,1586.0,2111.0
|
| 14 |
+
scsemi5nt,C36_1504,covid_positive,1500,4765,150,0.792,0.7643231899265478,0.09466666666666666,0.14144805876180483,0.025333333333333333,0.03546694648478489,0.07266666666666667,0.030640083945435468,0.011333333333333334,0.01951731374606506,0.004,0.008604407135362015,0.1394067855893669,0.5968904215972297,0.7554717161113548,25,False,0.7333333333333333,0.26666666666666666,0.9333333333333333,0.41333333333333333,2.533333333333333,3.546694648478489,1584.0,1747.0
|
| 15 |
+
scsemi5nt,C36_1704,covid_positive,1500,1554,150,0.88,0.842985842985843,0.064,0.07335907335907337,0.014666666666666666,0.014800514800514801,0.024,0.0546975546975547,0.01,0.010296010296010296,0.007333333333333333,0.003861003861003861,0.08097297297297297,0.7193934457470538,0.7458887440299359,2,False,0.6333333333333333,0.16666666666666666,0.8866666666666667,0.42,1.4666666666666666,1.4800514800514801,1582.0,2044.5
|
| 16 |
+
scsemi5nt,C36_2104,covid_positive,1500,1086,150,0.44,0.7679558011049724,0.03333333333333333,0.09668508287292818,0.4613333333333333,0.05432780847145488,0.05333333333333334,0.06353591160220995,0.010666666666666666,0.011970534069981584,0.0013333333333333333,0.0055248618784530384,0.8140110497237569,0.5693333619853125,0.7665157070969666,33,False,0.6333333333333333,0.23333333333333334,0.8933333333333333,0.6933333333333334,46.13333333333333,5.432780847145488,1586.0,1851.0
|
| 17 |
+
scsemi5nt,C42_1504,covid_positive,1500,2762,150,0.732,0.7320782041998551,0.102,0.13613323678493844,0.050666666666666665,0.020275162925416364,0.10666666666666667,0.0894279507603186,0.005333333333333333,0.013758146270818247,0.0033333333333333335,0.00832729905865315,0.0952604392951967,0.5217073331503359,0.8595653161005039,52,False,0.5666666666666667,0.28,0.6466666666666666,0.26,5.066666666666666,2.0275162925416366,1584.0,1302.0
|
| 18 |
+
scsemi5nt,C42_2204,covid_positive,1500,4970,150,0.7813333333333333,0.8511066398390342,0.088,0.06317907444668008,0.052,0.035211267605633804,0.059333333333333335,0.035211267605633804,0.017333333333333333,0.012072434607645875,0.002,0.0032193158953722333,0.14198524480214625,0.7365008791531289,0.7912385698811523,6,False,0.5066666666666667,0.24,0.8266666666666667,0.35333333333333333,5.2,3.5211267605633805,1582.0,1462.0
|
| 19 |
+
scsemi5nt,C42_2704,covid_positive,1500,8918,150,0.5493333333333333,0.8535546086566494,0.042666666666666665,0.04619869925992375,0.20866666666666667,0.036891679748822605,0.18733333333333332,0.054047992823503026,0.011333333333333334,0.006391567616057412,0.0006666666666666666,0.0029154518950437317,0.6200041862899005,0.7413968167883593,0.8522782107961383,54,False,0.7133333333333334,0.20666666666666667,0.8066666666666666,0.44,20.866666666666667,3.6891679748822606,1583.0,1489.0
|
| 20 |
+
scsemi5nt,C58_1604,covid_negative,1500,265,132,0.694,0.7018867924528301,0.134,0.04150943396226415,0.02666666666666667,0.0037735849056603774,0.132,0.2188679245283019,0.010666666666666666,0.01509433962264151,0.0026666666666666666,0.018867924528301886,0.23076729559748432,0.5391548836176707,0.7638020267622349,136,False,0.5151515151515151,0.6893939393939394,0.7575757575757576,0.12121212121212122,2.666666666666667,0.37735849056603776,1581.0,1285.0
|
| 21 |
+
scsemi5nt,C58_2501,covid_positive,1500,1671,150,0.414,0.42848593656493117,0.032,0.0353081986834231,0.4806666666666667,0.31717534410532616,0.059333333333333335,0.15320167564332735,0.013333333333333334,0.05326152004787552,0.0006666666666666666,0.012567324955116697,0.32698264512268105,0.33616230244878365,0.7686892860601999,50,False,0.7866666666666666,0.48,0.9066666666666666,0.3,48.06666666666667,31.717534410532615,1583.0,700.0
|
| 22 |
+
scsemi5nt,C58_2901,covid_positive,1500,1615,150,0.686,0.6179566563467492,0.0033333333333333335,0.03653250773993808,0.03866666666666667,0.17956656346749225,0.238,0.10835913312693499,0.020666666666666667,0.03219814241486068,0.013333333333333334,0.025386996904024767,0.39536842105263165,0.30165459251299404,0.8665969776676496,25,False,0.68,0.3933333333333333,0.9066666666666666,0.35333333333333333,3.8666666666666667,17.956656346749224,1584.0,882.0
|
| 23 |
+
scsemi5nt,C58_0102,covid_positive,1500,972,150,0.43933333333333335,0.5339506172839507,0.027333333333333334,0.027777777777777776,0.46,0.2880658436213992,0.05533333333333333,0.11316872427983539,0.015333333333333332,0.03292181069958848,0.0026666666666666666,0.00411522633744856,0.3438683127572016,0.3310102571354032,0.7428631384055497,75,False,0.7266666666666667,0.4866666666666667,0.9333333333333333,0.12666666666666668,46.0,28.80658436213992,1584.0,749.0
|
| 24 |
+
scsemi5nt,C58_0402,covid_positive,1500,9254,150,0.666,0.4245731575534904,0.0033333333333333335,0.01988329371082775,0.04133333333333333,0.4091203803760536,0.252,0.11681435055111303,0.023333333333333334,0.02485411713853469,0.014,0.004754700669980549,0.7717155824508322,0.4752806282893565,0.897187957697876,40,False,0.6066666666666667,0.38666666666666666,0.8066666666666666,0.41333333333333333,4.133333333333333,40.912038037605356,1584.0,1006.0
|
| 25 |
+
scsemi5nt,C58_1003,recovery,1500,4918,150,0.4726666666666667,0.5917039446929646,0.010666666666666666,0.02745018300122001,0.448,0.1691744611630744,0.015333333333333332,0.14721431476209842,0.04933333333333333,0.05612037413582757,0.004,0.008336722244814965,0.5576510776738511,0.25974248404586164,0.6520836298643388,54,False,0.41333333333333333,0.43333333333333335,0.9266666666666666,0.13333333333333333,44.800000000000004,16.917446116307442,1585.0,745.5
|
| 26 |
+
scsemi5nt,C60_2504,covid_positive,1500,1837,150,0.7046666666666667,0.8911268372346217,0.14066666666666666,0.05443658138268917,0.03,0.00979858464888405,0.11533333333333333,0.032117583015786606,0.008666666666666666,0.009254218835057159,0.0006666666666666666,0.00326619488296135,0.37929450190528036,0.8084871042924155,0.8039131233023734,51,False,0.5333333333333333,0.2733333333333333,0.8733333333333333,0.18666666666666668,3.0,0.979858464888405,1582.0,1187.0
|
| 27 |
+
scsemi5nt,C63_1704,covid_positive,1500,3305,150,0.428,0.7718608169440242,0.035333333333333335,0.11981845688350984,0.454,0.013010590015128594,0.06733333333333333,0.08199697428139183,0.012666666666666666,0.006959152798789713,0.0026666666666666666,0.006354009077155824,0.8933938477054968,0.573922308455045,0.8131490481999433,136,False,0.5733333333333334,0.23333333333333334,0.8,0.44,45.4,1.3010590015128594,1584.0,1364.0
|
| 28 |
+
scsemi5nt,C63_2404,covid_positive,1500,2143,150,0.7753333333333333,0.6971535230984601,0.10533333333333333,0.1675221651889874,0.007333333333333333,0.0377974801679888,0.09133333333333334,0.08726084927671489,0.019333333333333334,0.007932804479701353,0.0013333333333333333,0.0023331777881474567,0.1873056462902473,0.5131453454716333,0.9199717004173389,6,False,0.6666666666666666,0.22,0.8933333333333333,0.5866666666666667,0.7333333333333333,3.7797480167988797,1586.0,1596.0
|
| 29 |
+
scsemi5nt,C63_2904,covid_positive,1500,1684,150,0.7893333333333333,0.6775534441805225,0.108,0.14251781472684086,0.006666666666666667,0.08491686460807601,0.066,0.0855106888361045,0.02666666666666667,0.007719714964370546,0.0033333333333333335,0.0017814726840855108,0.26455740300870945,0.42393648671146505,0.8940257152126727,14,False,0.62,0.24,0.92,0.5733333333333334,0.6666666666666667,8.491686460807601,1584.0,1647.5
|
| 30 |
+
scsemi5nt,C65_1704,covid_positive,1500,1117,150,0.274,0.5264100268576545,0.08066666666666666,0.13070725156669652,0.09,0.03670546105640107,0.5,0.2909579230080573,0.03133333333333333,0.009847806624888093,0.024,0.005371530886302597,0.6049012235153687,0.34289098609043955,0.9300299633028103,42,False,0.8666666666666667,0.54,0.9066666666666666,0.7066666666666667,9.0,3.670546105640107,1585.0,1042.0
|
| 31 |
+
scsemi5nt,C65_2104,covid_positive,1500,274,137,0.29933333333333334,0.5766423357664233,0.04066666666666666,0.20802919708029197,0.09133333333333334,0.014598540145985401,0.5153333333333333,0.19343065693430658,0.020666666666666667,0.0036496350364963502,0.03266666666666666,0.0036496350364963502,0.8893430656934306,0.4029449627876669,0.8411203459610246,143,False,0.7664233576642335,0.25547445255474455,0.8102189781021898,0.35766423357664234,9.133333333333333,1.4598540145985401,1585.0,1266.0
|
| 32 |
+
scsemi5nt,C65_2504,covid_positive,1500,1069,150,0.7213333333333334,0.6623012160898035,0.13066666666666665,0.11412535079513564,0.03,0.031805425631431246,0.11,0.16931711880261927,0.007333333333333333,0.002806361085126286,0.0006666666666666666,0.019644527595884004,0.16020081072653578,0.3656416417254606,0.7690595674267833,47,False,0.6466666666666666,0.18,0.92,0.32666666666666666,3.0,3.1805425631431246,1585.5,2137.0
|
| 33 |
+
scsemi5nt,C69_1804,covid_negative,1500,6901,150,0.5926666666666667,0.819591363570497,0.03,0.028546587451094046,0.20666666666666667,0.0585422402550355,0.15466666666666667,0.04637009129111723,0.015333333333333332,0.03231415736849732,0.0006666666666666666,0.014635560063758875,0.5157488286721731,0.6669141034886835,0.7962054170770966,19,False,0.68,0.18,0.82,0.38,20.666666666666668,5.85422402550355,1585.0,1211.0
|
| 34 |
+
scsemi5nt,C82_2504,covid_positive,1500,7154,150,0.4693333333333333,0.8433044450656975,0.03,0.03228962818003914,0.44333333333333336,0.047246295778585405,0.038,0.037042214145932346,0.016,0.030192899077439196,0.0033333333333333335,0.009924517752306402,0.7940896468176312,0.7121781200633319,0.6890491690552395,82,False,0.5133333333333333,0.16,0.8666666666666667,0.3466666666666667,44.333333333333336,4.724629577858541,1583.0,1210.0
|
| 35 |
+
scsemi5nt,C85_2004,covid_negative,1500,3618,150,0.5646666666666667,0.6199557766721946,0.034,0.026810392482034272,0.208,0.15201768933112217,0.17533333333333334,0.12493090105030404,0.015333333333333332,0.039524599226091764,0.0026666666666666666,0.03676064123825318,0.22714870093974576,0.32373017564602685,0.8652214246881674,3,False,0.6,0.4866666666666667,0.7,0.6866666666666666,20.8,15.201768933112216,1586.0,1463.5
|
| 36 |
+
scsemi5nt,C93_2104,covid_positive,1500,5003,150,0.4493333333333333,0.5098940635618628,0.038,0.06516090345792525,0.44333333333333336,0.15790525684589246,0.058666666666666666,0.23246052368578854,0.010666666666666666,0.029982010793523885,0.0,0.004597241655006996,0.5708561529748817,0.1743854145379601,0.7951044490080286,16,False,0.66,0.35333333333333333,0.8933333333333333,0.62,44.333333333333336,15.790525684589246,1584.0,1416.0
|
| 37 |
+
scsemi5nt,C93_2704,covid_positive,1500,6623,150,0.422,0.4635361618601842,0.03133333333333333,0.031103729427751775,0.47733333333333333,0.22044390759474558,0.05533333333333333,0.26256983240223464,0.012,0.018873622225577532,0.002,0.003472746489506266,0.5142380592883387,0.2887114874155425,0.8053592314849514,7,False,0.7,0.32666666666666666,0.86,0.6,47.733333333333334,22.04439075947456,1579.0,1439.0
|
| 38 |
+
scsemi5nt,C93_0405,covid_positive,1500,5527,150,0.6586666666666666,0.47421747783607743,0.0033333333333333335,0.03057716663651167,0.03666666666666667,0.2131355165550932,0.25933333333333336,0.2529401121765877,0.025333333333333333,0.026777637054459923,0.016666666666666666,0.0023520897412701285,0.4103139738254629,0.2548352648849438,0.9080133689640058,2,False,0.72,0.3933333333333333,0.8333333333333334,0.8133333333333334,3.6666666666666665,21.31355165550932,1584.0,1471.0
|
| 39 |
+
scsemi5nt,C101_0601,covid_positive,1500,344,150,0.3,0.6482558139534884,0.07133333333333333,0.03197674418604651,0.086,0.14825581395348839,0.4766666666666667,0.09302325581395349,0.03866666666666667,0.0377906976744186,0.027333333333333334,0.040697674418604654,0.8477519379844962,0.3795975222713104,0.9331459261332488,29,False,0.86,0.48,0.88,0.64,8.6,14.825581395348838,1583.0,1309.0
|
| 40 |
+
scsemi5nt,C101_1101,covid_positive,1500,566,150,0.31866666666666665,0.27385159010600707,0.06866666666666667,0.04770318021201413,0.08466666666666667,0.5106007067137809,0.4713333333333333,0.06537102473498234,0.032,0.07420494699646643,0.024666666666666667,0.028268551236749116,0.9434817432273264,0.8019325323775023,0.9148778557262299,71,False,0.8866666666666667,0.6733333333333333,0.9133333333333333,0.6933333333333334,8.466666666666667,51.060070671378085,1584.0,1003.0
|
| 41 |
+
scsemi5nt,C101_1301,covid_positive,1500,2035,150,0.3566666666666667,0.3154791154791155,0.038,0.05110565110565111,0.09,0.4692874692874693,0.4633333333333333,0.057985257985257985,0.019333333333333334,0.05847665847665848,0.03266666666666666,0.047665847665847666,0.893071253071253,0.7266440733434603,0.8312914722864273,48,False,0.6,0.48,0.6933333333333334,0.2866666666666667,9.0,46.928746928746925,1584.5,875.0
|
| 42 |
+
scsemi5nt,C101_1801,covid_positive,1500,1555,150,0.892,0.3562700964630225,0.052,0.3762057877813505,0.023333333333333334,0.12861736334405144,0.024666666666666667,0.03858520900321544,0.004666666666666667,0.028938906752411574,0.0033333333333333335,0.07138263665594856,1.071459807073955,0.62074428385203,0.6763839794167777,83,False,0.64,0.2866666666666667,0.8733333333333333,0.12666666666666668,2.3333333333333335,12.861736334405144,1586.0,806.0
|
| 43 |
+
scsemi5nt,C101_2001,covid_positive,1500,2130,150,0.44466666666666665,0.4765258215962441,0.02666666666666667,0.2051643192488263,0.468,0.22253521126760564,0.05,0.05539906103286385,0.008666666666666666,0.022535211267605635,0.002,0.01784037558685446,0.49092957746478877,0.2805992460836593,0.6867297259863987,68,False,0.58,0.38666666666666666,0.8133333333333334,0.18,46.800000000000004,22.253521126760564,1584.0,882.0
|
| 44 |
+
scsemi5nt,C101_2502,recovery,1500,587,150,0.7946666666666666,0.424190800681431,0.056,0.06132879045996593,0.058,0.3679727427597956,0.07866666666666666,0.05792163543441227,0.004,0.07836456558773425,0.008666666666666666,0.010221465076660987,0.7824417944349801,0.4961107277062623,0.7336892652147572,95,False,0.26666666666666666,0.47333333333333333,0.5733333333333334,0.14666666666666667,5.800000000000001,36.79727427597956,1583.0,822.0
|
| 45 |
+
scsemi5nt,C103_2204,covid_negative,1500,8742,150,0.666,0.5037748798901853,0.0013333333333333333,0.06394417753374514,0.03933333333333333,0.2772820864790666,0.25666666666666665,0.1261725005719515,0.019333333333333334,0.0263097689315946,0.017333333333333333,0.0025165865934568747,0.6150720658888126,0.23678242846909875,0.8449502463021923,51,False,0.5533333333333333,0.2733333333333333,0.7866666666666666,0.4266666666666667,3.933333333333333,27.728208647906662,1585.0,1718.0
|
| 46 |
+
scsemi5nt,C104_2204,covid_negative,1500,11388,150,0.556,0.29004214963119074,0.03866666666666667,0.03898840885142255,0.20133333333333334,0.4137688795223042,0.18466666666666667,0.18580962416578856,0.018666666666666668,0.06840533895328416,0.0006666666666666666,0.002985598876009835,0.5319157007376186,0.5961472411898459,0.8475080678006259,3,False,0.6666666666666666,0.15333333333333332,0.8266666666666667,0.32,20.133333333333333,41.37688795223042,1584.0,1965.5
|
| 47 |
+
scsemi5nt,C106_2204,covid_negative,1500,9233,150,0.5706666666666667,0.6097693057511101,0.030666666666666665,0.036824434095093686,0.20533333333333334,0.19451965774937724,0.176,0.10733239467128777,0.016666666666666666,0.047980071482725005,0.0006666666666666666,0.003574136250406152,0.15896256182533663,0.31760999449717575,0.8348197569599287,4,False,0.6133333333333333,0.16,0.82,0.4,20.533333333333335,19.451965774937722,1585.0,1796.0
|
| 48 |
+
scsemi5nt,C113_0605,covid_positive,1500,3274,150,0.41333333333333333,0.6053756872327428,0.035333333333333335,0.14141722663408673,0.4706666666666667,0.032376298106292,0.059333333333333335,0.03512522907758094,0.012,0.030849114233353694,0.009333333333333334,0.1548564447159438,0.9249969456322541,0.551030733497679,0.8137503683840434,83,False,0.7333333333333333,0.34,0.9266666666666666,0.7066666666666667,47.06666666666667,3.2376298106292003,1582.0,2026.0
|
| 49 |
+
scsemi5nt,C123_2404,covid_positive,1500,3758,150,0.294,0.5516232038318254,0.03666666666666667,0.04922831293241086,0.1,0.08541777541245343,0.5206666666666667,0.271953166577967,0.008666666666666666,0.032730175625332626,0.04,0.009047365620010643,0.5884967181124713,0.3393638854304085,0.8827387419571884,19,False,0.72,0.18,0.72,0.4533333333333333,10.0,8.541777541245343,1582.0,1299.0
|
| 50 |
+
scsemi5nt,C123_2904,covid_positive,1500,3252,150,0.292,0.49231242312423124,0.037333333333333336,0.07380073800738007,0.09333333333333334,0.19034440344403444,0.5133333333333333,0.22478474784747848,0.016,0.01107011070110701,0.048,0.007687576875768758,0.6675817958179582,0.1568763634132452,0.8588720167433032,18,False,0.84,0.22,0.8066666666666666,0.4,9.333333333333334,19.034440344403443,1584.0,1489.0
|
| 51 |
+
scsemi5nt,C123_0505,covid_positive,1500,2266,150,0.4266666666666667,0.4854368932038835,0.035333333333333335,0.05383936451897617,0.4653333333333333,0.27184466019417475,0.06066666666666667,0.13901147396293026,0.008666666666666666,0.025154457193292144,0.0033333333333333335,0.02471315092674316,0.38697734627831715,0.21633477428912676,0.8436157869762582,17,False,0.72,0.12,0.9266666666666666,0.44666666666666666,46.53333333333333,27.184466019417474,1584.0,1849.0
|
| 52 |
+
scsemi5nt,C124_2404,covid_positive,1500,2290,150,0.31066666666666665,0.5100436681222708,0.04066666666666666,0.18777292576419213,0.092,0.08340611353711791,0.5026666666666667,0.19519650655021833,0.017333333333333333,0.017903930131004366,0.03666666666666667,0.005676855895196507,0.6941077147016012,0.23022770702350231,0.8485032215414109,74,False,0.8266666666666667,0.12666666666666668,0.88,0.31333333333333335,9.2,8.340611353711791,1583.0,1635.0
|
| 53 |
+
scsemi5nt,C124_2704,covid_positive,1500,4137,150,0.42533333333333334,0.5112400290065264,0.03333333333333333,0.11965192168237854,0.4673333333333333,0.06961566352429296,0.056666666666666664,0.27870437515107566,0.014666666666666666,0.015711868503746677,0.0026666666666666666,0.005076142131979695,0.7954353396180806,0.2711311966851137,0.7819831091288764,26,False,0.6466666666666666,0.18666666666666668,0.9,0.24666666666666667,46.733333333333334,6.961566352429297,1583.0,1328.0
|
| 54 |
+
scsemi5nt,C124_0105,covid_positive,1500,5245,150,0.43933333333333335,0.5548141086749285,0.032,0.07740705433746425,0.4673333333333333,0.06444232602478552,0.04933333333333333,0.25681601525262154,0.011333333333333334,0.041182078169685415,0.0006666666666666666,0.005338417540514776,0.8057820146170955,0.3344531683644045,0.7785524802719432,22,False,0.72,0.16,0.9066666666666666,0.4533333333333333,46.733333333333334,6.444232602478552,1584.0,1944.0
|
| 55 |
+
scsemi5nt,C126_2504,covid_positive,1500,8159,150,0.7906666666666666,0.5618335580340728,0.11066666666666666,0.056992278465498224,0.005333333333333333,0.2332393675695551,0.06666666666666667,0.11177840421620297,0.024,0.028925113371736734,0.0026666666666666666,0.0072312783429341835,0.5650149936675247,0.2668136858034619,0.8759955335810888,35,False,0.6133333333333333,0.16666666666666666,0.8466666666666667,0.2866666666666667,0.5333333333333333,23.32393675695551,1584.0,1410.0
|
| 56 |
+
scsemi5nt,C126_3004,covid_positive,1500,7181,150,0.8013333333333333,0.743629021027712,0.10466666666666667,0.05848767581116836,0.004666666666666667,0.05082857540732488,0.07333333333333333,0.1211530427517059,0.014666666666666666,0.0181033282272664,0.0013333333333333333,0.007798356774822448,0.20776660632223928,0.5136641252822503,0.8947103907614231,4,False,0.6133333333333333,0.12666666666666668,0.8733333333333333,0.43333333333333335,0.46666666666666673,5.082857540732489,1583.0,1641.0
|
| 57 |
+
scsemi5nt,C126_0605,covid_positive,1500,6577,150,0.7373333333333333,0.5716892200091227,0.08733333333333333,0.11023262885814201,0.06666666666666667,0.08712178804926259,0.064,0.16618519081648167,0.042,0.055648471947696516,0.0026666666666666666,0.009122700319294512,0.3312882266484213,0.21906050542981642,0.8031888838644738,6,False,0.7133333333333334,0.22,0.94,0.2866666666666667,6.666666666666667,8.712178804926259,1585.0,1620.0
|
| 58 |
+
scsemi5nt,C127_2504,covid_positive,1500,2691,150,0.42733333333333334,0.6648086213303604,0.03866666666666667,0.10999628390932739,0.464,0.03121516164994426,0.056,0.18097361575622445,0.012666666666666666,0.00966183574879227,0.0013333333333333333,0.0033444816053511705,0.8715793385358603,0.381950341766796,0.8086636509784617,107,False,0.6266666666666667,0.21333333333333335,0.9266666666666666,0.32,46.400000000000006,3.121516164994426,1584.0,1559.0
|
| 59 |
+
scsemi5nt,C127_0405,covid_positive,1500,9080,150,0.7186666666666667,0.4183920704845815,0.12466666666666666,0.07444933920704846,0.022,0.24295154185022028,0.11866666666666667,0.24295154185022028,0.016,0.018502202643171806,0.0,0.0027533039647577094,0.7009838472834068,0.28987960020398795,0.7742177636280031,36,False,0.68,0.26666666666666666,0.8866666666666667,0.13333333333333333,2.1999999999999997,24.295154185022028,1584.0,1270.0
|
| 60 |
+
scsemi5nt,C127_1105,covid_positive,1500,5124,150,0.7293333333333333,0.5739656518345043,0.11266666666666666,0.09543325526932084,0.02,0.14910226385636222,0.124,0.1649102263856362,0.014,0.01522248243559719,0.0,0.001366120218579235,0.3452021857923497,0.17123900019975802,0.7769869573160606,32,False,0.7,0.20666666666666667,0.9333333333333333,0.21333333333333335,2.0,14.910226385636221,1583.5,1529.5
|
| 61 |
+
scsemi5nt,C128_2504,covid_positive,1500,4306,150,0.31066666666666665,0.6421272642823966,0.07133333333333333,0.06618671620993961,0.084,0.1692986530422666,0.464,0.09939619136089178,0.04533333333333334,0.02275894101254064,0.024666666666666667,0.00023223409196470042,0.8335185013159933,0.313893279205609,0.9249740542843278,52,False,0.8933333333333333,0.37333333333333335,0.9,0.7733333333333333,8.4,16.92986530422666,1583.0,1385.5
|
| 62 |
+
scsemi5nt,C128_0405,covid_positive,1500,4498,150,0.6913333333333334,0.7550022232103157,0.144,0.13361493997332147,0.03,0.053357047576700754,0.12533333333333332,0.048910626945309024,0.007333333333333333,0.007114273010226767,0.002,0.0020008892841262785,0.17405365347561882,0.5578673980465438,0.8400309443928176,26,False,0.5866666666666667,0.21333333333333335,0.8,0.19333333333333333,3.0,5.335704757670076,1583.0,1437.0
|
| 63 |
+
scsemi5nt,C128_1105,covid_positive,1500,6655,150,0.5566666666666666,0.7095416979714501,0.04,0.04552967693463561,0.208,0.15251690458302028,0.176,0.05875281743050338,0.018666666666666668,0.03215627347858753,0.0006666666666666666,0.0015026296018031556,0.34546055597295267,0.4504412328718575,0.8514329243991173,17,False,0.52,0.15333333333333332,0.7266666666666667,0.4266666666666667,20.8,15.251690458302027,1582.0,1871.0
|
| 64 |
+
scsemi5nt,C132_2804,covid_positive,1500,5471,150,0.8053333333333333,0.7344178395174557,0.10466666666666667,0.13087186985925792,0.006,0.021568269055017363,0.058666666666666666,0.09376713580698227,0.024666666666666667,0.01772984829098885,0.0006666666666666666,0.0016450374702979345,0.155704624383111,0.5128318090335655,0.8836263601296866,7,False,0.5866666666666667,0.36,0.8733333333333333,0.38,0.6,2.1568269055017364,1582.0,1362.0
|
| 65 |
+
scsemi5nt,C132_0205,covid_positive,1500,4671,150,0.7953333333333333,0.6112181545707557,0.112,0.11432241490044959,0.007333333333333333,0.08948833226289873,0.06133333333333333,0.13680154142581888,0.02266666666666667,0.046242774566473986,0.0013333333333333333,0.0019267822736030828,0.36823035752515526,0.2809721101313379,0.8754161849647923,31,False,0.7133333333333334,0.2733333333333333,0.8533333333333334,0.3333333333333333,0.7333333333333333,8.948833226289873,1584.0,1457.0
|
| 66 |
+
scsemi5nt,C132_1105,covid_positive,1500,4699,150,0.8446666666666667,0.6814215790593743,0.07466666666666667,0.19472228133645456,0.03133333333333333,0.04618003830602256,0.037333333333333336,0.06873802936795063,0.010666666666666666,0.007022770802298362,0.0013333333333333333,0.001915301127899553,0.33377796694332135,0.534540111071796,0.8230691464400836,27,False,0.4066666666666667,0.14,0.84,0.28,3.1333333333333333,4.618003830602256,1585.0,1737.0
|
| 67 |
+
scsemi5nt,C137_3004,covid_negative,1500,4387,150,0.7313333333333333,0.5030772737633918,0.07733333333333334,0.10987007066332345,0.08866666666666667,0.2227034419876909,0.06933333333333333,0.1395030772737634,0.029333333333333333,0.019603373603829497,0.004,0.005242762708000912,0.47597203859889065,0.12587194012367528,0.8048236141891008,47,False,0.7266666666666667,0.32666666666666666,0.9333333333333333,0.18,8.866666666666667,22.27034419876909,1583.0,1107.0
|
| 68 |
+
scsemi5nt,C137_2502,recovery,1500,2012,150,0.8466666666666667,0.5690854870775348,0.07666666666666666,0.17047713717693838,0.030666666666666665,0.12326043737574553,0.018666666666666668,0.11381709741550695,0.025333333333333333,0.003976143141153081,0.002,0.019383697813121274,0.5978767395626243,0.2635177105202666,0.7109942963947248,71,False,0.6133333333333333,0.4,0.92,0.06666666666666667,3.0666666666666664,12.326043737574553,1586.0,1359.5
|
| 69 |
+
scsemi5nt,C138_3004,covid_negative,1500,1909,150,0.708,0.34468308014667365,0.08533333333333333,0.025144054478784705,0.08466666666666667,0.3609219486642221,0.08933333333333333,0.1959140911471975,0.027333333333333334,0.06862231534834992,0.005333333333333333,0.004714510214772132,0.8482500436528724,0.5234001799118512,0.7834619289139626,58,False,0.6333333333333333,0.31333333333333335,0.88,0.14666666666666667,8.466666666666667,36.09219486642221,1582.0,1398.0
|
| 70 |
+
scsemi5nt,C138_2301,covid_positive,1500,964,150,0.7446666666666667,0.38278008298755184,0.09066666666666667,0.0508298755186722,0.05733333333333333,0.12033195020746888,0.09933333333333333,0.3153526970954357,0.007333333333333333,0.03734439834024896,0.0006666666666666666,0.09336099585062241,0.8034467496542186,0.4737109945957757,0.8367616361108349,89,False,0.52,0.74,0.7666666666666667,0.36666666666666664,5.733333333333333,12.033195020746888,1583.0,1072.0
|
| 71 |
+
scsemi5nt,C138_3001,covid_positive,1500,731,150,0.296,0.12311901504787962,0.016,0.08207934336525308,0.23466666666666666,0.4008207934336525,0.4186666666666667,0.27359781121751026,0.023333333333333334,0.02188782489740082,0.011333333333333334,0.09849521203830369,0.6387906976744185,0.8535330185265839,0.9239996458357362,71,False,0.72,0.4866666666666667,0.6533333333333333,0.6933333333333334,23.466666666666665,40.08207934336525,1583.0,1223.0
|
| 72 |
+
scsemi5nt,C138_0202,covid_positive,1500,2861,150,0.43133333333333335,0.2153093324012583,0.034666666666666665,0.0740999650471863,0.4593333333333333,0.5159035302341839,0.058666666666666666,0.1422579517651171,0.014,0.04194337644180356,0.002,0.01048584411045089,0.43204800186415016,0.7181367499057523,0.8037990535623515,72,False,0.7533333333333333,0.24,0.8266666666666667,0.18666666666666668,45.93333333333333,51.59035302341839,1582.0,1031.0
|
| 73 |
+
scsemi5nt,C138_0402,covid_positive,1500,500,150,0.434,0.344,0.03933333333333333,0.074,0.4593333333333333,0.304,0.05266666666666667,0.202,0.013333333333333334,0.008,0.0013333333333333333,0.068,0.5013333333333334,0.4557053851476512,0.8073796145649327,55,False,0.72,0.28,0.8466666666666667,0.41333333333333333,45.93333333333333,30.4,1583.0,1847.5
|
| 74 |
+
scsemi5nt,C140_3004,covid_negative,1500,3196,150,0.828,0.27252816020025034,0.09866666666666667,0.3886107634543179,0.002,0.12484355444305381,0.04466666666666667,0.13610763454317898,0.025333333333333333,0.07165206508135169,0.0013333333333333333,0.006257822277847309,1.1109436795994991,0.6374892719928302,0.7961981663948634,88,False,0.6333333333333333,0.29333333333333333,0.9133333333333333,0.06666666666666667,0.2,12.48435544430538,1585.0,915.5
|
| 75 |
+
scsemi5nt,C140_2801,covid_positive,1500,226,113,0.31066666666666665,0.26991150442477874,0.016,0.2610619469026549,0.22066666666666668,0.11946902654867257,0.4066666666666667,0.3230088495575221,0.037333333333333336,0.02654867256637168,0.008666666666666666,0.0,0.49012389380530974,0.6167619341853057,0.9164904551986625,87,False,0.8938053097345132,0.7522123893805309,0.8938053097345132,0.7345132743362832,22.066666666666666,11.946902654867257,1585.0,1194.0
|
| 76 |
+
scsemi5nt,C140_3001,covid_positive,1500,6088,150,0.2966666666666667,0.12220762155059132,0.094,0.2664257555847569,0.07666666666666666,0.33327858081471745,0.47,0.2176412614980289,0.042,0.056504599211563734,0.020666666666666667,0.003942181340341655,0.8870845378887429,0.7899616733486952,0.9162025884522496,61,False,0.92,0.4533333333333333,0.9066666666666666,0.6133333333333333,7.666666666666666,33.327858081471746,1582.0,925.0
|
| 77 |
+
scsemi5nt,C140_0202,covid_positive,1500,3567,150,0.7793333333333333,0.2612839921502663,0.10866666666666666,0.29072049341183065,0.004,0.16232127838519764,0.08733333333333333,0.2321278385197645,0.018,0.04513596860106532,0.0026666666666666666,0.008410428931875526,1.0360986823661338,0.5243476403068322,0.8400472041501021,82,False,0.6866666666666666,0.36,0.88,0.13333333333333333,0.4,16.232127838519762,1583.0,1057.0
|
| 78 |
+
scsemi5nt,C140_0402,covid_positive,1500,1593,150,0.7826666666666666,0.15065913370998116,0.114,0.49466415568110483,0.0033333333333333335,0.0696798493408663,0.078,0.2542372881355932,0.019333333333333334,0.025109855618330193,0.0026666666666666666,0.005649717514124294,1.2640150659133707,0.9464232288983476,0.8091051970942129,101,False,0.7,0.2866666666666667,0.9,0.08666666666666667,0.33333333333333337,6.96798493408663,1583.0,840.0
|
| 79 |
+
scsemi5nt,C140_0602,covid_positive,1500,2196,150,0.7473333333333333,0.13479052823315119,0.11866666666666667,0.28734061930783245,0.018,0.31785063752276865,0.09533333333333334,0.16939890710382513,0.02,0.08378870673952642,0.0006666666666666666,0.006830601092896175,1.2250856102003642,0.7590190204784664,0.7020413116237006,95,False,0.8333333333333334,0.3933333333333333,0.9466666666666667,0.10666666666666667,1.7999999999999998,31.785063752276866,1583.0,902.0
|
| 80 |
+
scsemi5nt,C140_0902,covid_positive,1500,2211,150,0.8113333333333334,0.13251922207146088,0.10066666666666667,0.37403889642695615,0.004666666666666667,0.2618724559023066,0.06133333333333333,0.182722749886929,0.021333333333333333,0.04296698326549073,0.0006666666666666666,0.005879692446856626,1.3576282225237446,0.7654634500939261,0.795128969990648,109,False,0.62,0.24,0.9066666666666666,0.07333333333333333,0.46666666666666673,26.187245590230663,1584.0,1221.0
|
| 81 |
+
scsemi5nt,C140_1103,recovery,1500,1468,150,0.7966666666666666,0.3528610354223433,0.10333333333333333,0.30040871934604907,0.006,0.10422343324250681,0.07,0.20299727520435967,0.02266666666666667,0.027929155313351498,0.0013333333333333333,0.011580381471389645,0.8876112624886467,0.4554323303657692,0.8439123687111912,78,False,0.68,0.3466666666666667,0.88,0.18666666666666668,0.6,10.422343324250681,1585.0,1276.5
|
| 82 |
+
scsemi5nt,C141_2001,covid_positive,1500,3028,150,0.31333333333333335,0.3543593130779392,0.014,0.014200792602377808,0.226,0.35402906208718626,0.4046666666666667,0.10997357992073976,0.03133333333333333,0.04722589167767503,0.010666666666666666,0.1202113606340819,0.5893861734918537,0.613976619042163,0.9220511421569854,39,False,0.8866666666666667,0.6533333333333333,0.9066666666666666,0.7466666666666667,22.6,35.402906208718626,1585.0,1203.0
|
| 83 |
+
scsemi5nt,C141_2201,covid_positive,1500,2514,150,0.30666666666666664,0.37748607796340494,0.03933333333333333,0.07438345266507558,0.08866666666666667,0.31145584725536996,0.5106666666666667,0.11177406523468576,0.020666666666666667,0.0588703261734288,0.034,0.066030230708035,0.7977852028639619,0.44375679851794403,0.8680120165342727,24,False,0.78,0.6533333333333333,0.8466666666666667,0.2866666666666667,8.866666666666667,31.145584725536995,1585.5,892.0
|
| 84 |
+
scsemi5nt,C141_3001,covid_positive,1500,1237,150,0.43466666666666665,0.3556992724333064,0.03666666666666667,0.116410670978173,0.46,0.28698464025869036,0.05533333333333333,0.09215844785772029,0.013333333333333334,0.02263540824575586,0.0,0.12611156022635409,0.5039655079493398,0.45903704034951187,0.71934104218116,96,False,0.6933333333333334,0.20666666666666667,0.8866666666666667,0.24,46.0,28.698464025869036,1585.0,1561.0
|
| 85 |
+
scsemi5nt,C141_0202,covid_positive,1500,1025,150,0.8926666666666667,0.5629268292682926,0.04933333333333333,0.041951219512195125,0.022,0.15609756097560976,0.018666666666666668,0.18341463414634146,0.013333333333333334,0.02048780487804878,0.004,0.0351219512195122,0.6742439024390245,0.21723565821695923,0.6904764456792903,69,False,0.74,0.38,0.94,0.1,2.1999999999999997,15.609756097560975,1584.0,1487.0
|
| 86 |
+
scsemi5nt,C142_3004,covid_negative,1500,10903,150,0.66,0.5483811794918829,0.004,0.10841052921214345,0.04,0.1384022746033202,0.2613333333333333,0.17169586352380078,0.020666666666666667,0.03182610290745666,0.014,0.001284050261395946,0.42794448011250735,0.12904424771331338,0.8950942990911841,28,False,0.7533333333333333,0.17333333333333334,0.86,0.5333333333333333,4.0,13.840227460332018,1584.0,1617.0
|
| 87 |
+
scsemi5nt,C145_3004,covid_negative,1500,743,150,0.8146666666666667,0.6002691790040376,0.10466666666666667,0.05787348586810229,0.006,0.033647375504710635,0.054,0.26648721399730824,0.02,0.018842530282637954,0.0006666666666666666,0.02288021534320323,0.5246962763571109,0.4289253776320984,0.8115977797564119,74,False,0.68,0.38666666666666666,0.8866666666666667,0.14666666666666667,0.6,3.3647375504710633,1585.0,894.0
|
| 88 |
+
scsemi5nt,C145_0701,covid_positive,1500,1110,150,0.298,0.3036036036036036,0.07933333333333334,0.26306306306306304,0.08466666666666667,0.1963963963963964,0.486,0.1972972972972973,0.03266666666666666,0.03063063063063063,0.019333333333333334,0.009009009009009009,0.6021261261261261,0.39556148279729975,0.9246955838612959,30,False,0.9,0.66,0.8666666666666667,0.7266666666666667,8.466666666666667,19.63963963963964,1583.0,848.5
|
| 89 |
+
scsemi5nt,C145_1201,covid_positive,1500,347,150,0.29133333333333333,0.207492795389049,0.07266666666666667,0.5504322766570605,0.08066666666666666,0.0345821325648415,0.5126666666666667,0.14697406340057637,0.024,0.02881844380403458,0.018666666666666668,0.03170028818443804,0.9912353506243996,0.899803041952596,0.8769259382543007,135,False,0.8066666666666666,0.49333333333333335,0.8333333333333334,0.5733333333333334,8.066666666666666,3.45821325648415,1584.0,627.0
|
| 90 |
+
scsemi5nt,C145_1401,covid_positive,1500,1060,150,0.304,0.2169811320754717,0.03866666666666667,0.2650943396226415,0.08933333333333333,0.22641509433962265,0.5206666666666667,0.24716981132075472,0.016666666666666666,0.016037735849056604,0.030666666666666665,0.02830188679245283,0.7270188679245283,0.5872520526466065,0.8286747135255608,88,False,0.5066666666666667,0.2733333333333333,0.64,0.2,8.933333333333334,22.641509433962266,1583.0,861.0
|
| 91 |
+
scsemi5nt,C145_1901,covid_positive,1500,1173,150,0.852,0.32821824381926684,0.072,0.24296675191815856,0.013333333333333334,0.216538789428815,0.04133333333333333,0.16112531969309463,0.017333333333333333,0.0247229326513214,0.004,0.026427962489343565,1.0475635123614662,0.35644541917546774,0.6664674117781489,93,False,0.42,0.28,0.9133333333333333,0.06666666666666667,1.3333333333333335,21.653878942881498,1582.0,1148.0
|
| 92 |
+
scsemi5nt,C145_2301,covid_positive,1500,958,150,0.572,0.5198329853862212,0.034666666666666665,0.1638830897703549,0.21333333333333335,0.10334029227557412,0.16266666666666665,0.1826722338204593,0.012,0.009394572025052192,0.005333333333333333,0.020876826722338204,0.3295309672929715,0.18847852539946988,0.7786327156363778,74,False,0.5533333333333333,0.35333333333333333,0.74,0.15333333333333332,21.333333333333336,10.334029227557412,1584.0,1421.0
|
| 93 |
+
scsemi5nt,C146_3004,covid_negative,1500,2608,150,0.814,0.7346625766871165,0.058,0.049079754601226995,0.04066666666666666,0.125,0.017333333333333333,0.05253067484662577,0.054,0.03450920245398773,0.016,0.004217791411042945,0.23906134969325152,0.5105936195323817,0.7041229014004764,42,False,0.5533333333333333,0.41333333333333333,0.9533333333333334,0.16,4.066666666666666,12.5,1582.0,845.5
|
| 94 |
+
scsemi5nt,C146_1201,covid_positive,1500,3205,150,0.30933333333333335,0.5691107644305772,0.074,0.10452418096723869,0.08333333333333333,0.2343213728549142,0.4746666666666667,0.05585023400936037,0.03666666666666667,0.027769110764430577,0.022,0.008424336973478939,0.8825793031721267,0.29109922930812887,0.9329260989141968,19,False,0.84,0.5333333333333333,0.8066666666666666,0.7,8.333333333333332,23.432137285491418,1583.0,854.0
|
| 95 |
+
scsemi5nt,C146_1401,covid_positive,1500,1733,150,0.34933333333333333,0.6641661858049625,0.06066666666666667,0.09001731102135026,0.08066666666666666,0.14945181765724178,0.4553333333333333,0.06520484708597807,0.032,0.029428736295441432,0.022,0.0017311021350259665,0.8259372956337755,0.3636108109257552,0.9258298189264502,8,False,0.7533333333333333,0.66,0.7866666666666666,0.76,8.066666666666666,14.945181765724177,1583.0,758.0
|
| 96 |
+
scsemi5nt,C146_1601,covid_positive,1500,363,150,0.304,0.4573002754820937,0.074,0.2975206611570248,0.09,0.06336088154269973,0.4746666666666667,0.1322314049586777,0.03333333333333333,0.0440771349862259,0.024,0.005509641873278237,0.7751294765840221,0.3734091327576773,0.9061944138645314,111,False,0.8933333333333333,0.4266666666666667,0.8933333333333333,0.48,9.0,6.336088154269973,1585.0,577.0
|
| 97 |
+
scsemi5nt,C146_1901,covid_positive,1500,2803,150,0.7513333333333333,0.708169818052087,0.09133333333333334,0.13877987870139136,0.056666666666666664,0.06814127720299679,0.09066666666666667,0.06778451658936853,0.007333333333333333,0.00856225472707813,0.0026666666666666666,0.00856225472707813,0.13209133071708884,0.4824197513596202,0.762801128317832,74,False,0.38666666666666666,0.48,0.7333333333333333,0.11333333333333333,5.666666666666666,6.814127720299679,1582.0,820.0
|
| 98 |
+
scsemi5nt,C146_2301,covid_positive,1500,1330,150,0.314,0.649624060150376,0.016666666666666666,0.13458646616541353,0.22333333333333333,0.0518796992481203,0.4013333333333333,0.1443609022556391,0.03333333333333333,0.006015037593984963,0.011333333333333334,0.013533834586466165,0.9114887218045113,0.3569414104842424,0.9308570178717781,32,False,0.78,0.2733333333333333,0.8666666666666667,0.3933333333333333,22.333333333333332,5.18796992481203,1585.0,953.5
|
| 99 |
+
scsemi5nt,C146_2701,covid_positive,1500,1109,150,0.422,0.4211000901713255,0.029333333333333333,0.16050495942290352,0.478,0.3155996393146979,0.054,0.06492335437330929,0.014666666666666666,0.019837691614066726,0.002,0.018034265103697024,0.32660054102795316,0.3602617412647088,0.7292893630923383,73,False,0.74,0.21333333333333335,0.92,0.2,47.8,31.55996393146979,1584.0,1485.0
|
| 100 |
+
scsemi5nt,C146_2502,recovery,1500,5129,150,0.764,0.71475921232209,0.07733333333333334,0.04679274712419575,0.06066666666666667,0.14837200233963735,0.04533333333333334,0.06336517839734841,0.048666666666666664,0.01852212906999415,0.004,0.008188730746734256,0.21985182296744005,0.46479686396001035,0.7500571396689358,38,False,0.7,0.22666666666666666,0.88,0.15333333333333332,6.066666666666666,14.837200233963735,1586.0,1290.0
|
| 101 |
+
scsemi5nt,C147_3004,covid_negative,1500,2048,150,0.78,0.59375,0.06666666666666667,0.1328125,0.046,0.109375,0.035333333333333335,0.1259765625,0.06133333333333333,0.0322265625,0.010666666666666666,0.005859375,0.44032812500000007,0.228767250582626,0.6862776929304154,65,False,0.5933333333333334,0.3,0.9666666666666667,0.10666666666666667,4.6,10.9375,1583.0,1014.0
|
| 102 |
+
scsemi5nt,C147_1401,covid_positive,1500,2973,150,0.2986666666666667,0.2263706693575513,0.012666666666666666,0.2472250252270434,0.23133333333333334,0.3871510258997645,0.4146666666666667,0.110326269761184,0.018,0.02119071644803229,0.024666666666666667,0.007736293306424487,0.7871335351496804,0.6778529772816538,0.9050423713301045,63,False,0.9466666666666667,0.54,0.9466666666666667,0.49333333333333335,23.133333333333333,38.71510258997645,1582.0,1017.0
|
| 103 |
+
scsemi5nt,C147_1901,covid_positive,1500,3691,150,0.44666666666666666,0.42021132484421564,0.025333333333333333,0.24735843944730426,0.45666666666666667,0.04958005960444324,0.05466666666666667,0.21376320780276348,0.014666666666666666,0.006502302898943376,0.002,0.06258466540232999,0.8834126253047956,0.4398736507585447,0.6763113490832183,134,False,0.5733333333333334,0.66,0.8266666666666667,0.11333333333333333,45.666666666666664,4.958005960444324,1585.0,844.0
|
| 104 |
+
scsemi5nt,C152_0405,covid_negative,1500,4046,150,0.82,0.8826000988630747,0.104,0.014335145823035097,0.004,0.04572417202174987,0.056666666666666664,0.04745427582797825,0.015333333333333332,0.009886307464162136,0.0,0.0,0.20864854176964912,0.7913152006274942,0.8355401782210589,17,False,0.5666666666666667,0.22666666666666666,0.9,0.3,0.4,4.572417202174988,1582.0,1464.5
|
| 105 |
+
scsemi5nt,C161_1105,covid_negative,1500,820,150,0.41933333333333334,0.6743902439024391,0.028666666666666667,0.06341463414634146,0.474,0.20853658536585365,0.06133333333333333,0.00975609756097561,0.009333333333333334,0.03902439024390244,0.007333333333333333,0.004878048780487805,0.6389918699186992,0.4579421716735993,0.8395644224074679,47,False,0.4533333333333333,0.18,0.7066666666666667,0.49333333333333335,47.4,20.853658536585364,1585.0,1665.0
|
| 106 |
+
scsemi5nt,C164_1105,covid_negative,1500,5983,150,0.588,0.8880160454621427,0.034,0.018051144910579978,0.2,0.04579642319906402,0.152,0.03359518636135718,0.026,0.010864114992478689,0.0,0.0036770850743774027,0.6073862610730403,0.8022223153061729,0.8349730370405781,22,False,0.6266666666666667,0.30666666666666664,0.8,0.4533333333333333,20.0,4.579642319906402,1582.0,1565.0
|
| 107 |
+
scsemi5nt,C167_1205,covid_negative,1500,9978,150,0.792,0.7162758067749048,0.106,0.03487672880336741,0.004,0.08819402685909,0.07733333333333334,0.149929845660453,0.019333333333333334,0.008719182200841852,0.0013333333333333333,0.0020044097013429546,0.3149232311084386,0.45635655683881876,0.8377921375166979,19,False,0.6666666666666666,0.4066666666666667,0.88,0.32,0.4,8.819402685909001,1581.5,1452.0
|
| 108 |
+
scsemi5nt,C168_1205,covid_negative,1500,2323,150,0.5566666666666666,0.49978476108480413,0.03666666666666667,0.05337925096857512,0.206,0.21437795953508396,0.18333333333333332,0.16272061988807576,0.016666666666666666,0.06371071889797675,0.0006666666666666666,0.006026689625484288,0.1549892380542402,0.16540688633951323,0.826425109291573,33,False,0.74,0.38666666666666666,0.8666666666666667,0.21333333333333335,20.599999999999998,21.437795953508395,1581.0,781.0
|
| 109 |
+
scsemi5nt,C168_2001,covid_positive,1500,2751,150,0.55,0.3300617957106507,0.04533333333333334,0.31842966194111233,0.20533333333333334,0.18684114867320975,0.17933333333333334,0.11959287531806616,0.012,0.03744093057070156,0.008,0.007633587786259542,0.5970745183569611,0.44005150828823636,0.863309936888887,65,False,0.6133333333333333,0.24666666666666667,0.7533333333333333,0.14,20.533333333333335,18.684114867320975,1585.0,945.0
|
| 110 |
+
scsemi5nt,C168_2301,covid_positive,1500,901,150,0.30466666666666664,0.42730299667036625,0.086,0.19200887902330743,0.08,0.051054384017758046,0.464,0.2885682574916759,0.04066666666666666,0.03551609322974473,0.024666666666666667,0.005549389567147614,0.4572904180540141,0.3927249213326825,0.9317228760124137,14,False,0.9466666666666667,0.5466666666666666,0.9733333333333334,0.7333333333333333,8.0,5.105438401775805,1580.0,853.0
|
| 111 |
+
scsemi5nt,C168_3001,covid_positive,1500,1160,150,0.434,0.3931034482758621,0.042666666666666665,0.10775862068965517,0.452,0.28706896551724137,0.05533333333333333,0.1310344827586207,0.014666666666666666,0.06810344827586207,0.0013333333333333333,0.01293103448275862,0.4116551724137931,0.3094553616188909,0.7560834457605955,51,False,0.6866666666666666,0.2733333333333333,0.8866666666666667,0.22,45.2,28.706896551724135,1583.0,837.0
|
| 112 |
+
scsemi5nt,C168_0202,covid_positive,1500,651,150,0.718,0.2903225806451613,0.13,0.18125960061443933,0.024666666666666667,0.3302611367127496,0.114,0.09984639016897082,0.012666666666666666,0.09831029185867896,0.0006666666666666666,0.0,0.884995391705069,0.5742900842899248,0.7300247710116011,115,False,0.7066666666666667,0.24,0.92,0.1,2.466666666666667,33.026113671274956,1585.0,670.0
|
| 113 |
+
scsemi5nt,C168_0403,recovery,1500,2526,150,0.426,0.29493269992082344,0.03266666666666666,0.08036421219319081,0.48,0.4398258115597783,0.05,0.1421219319081552,0.01,0.0344418052256532,0.0013333333333333333,0.00831353919239905,0.34248297703879654,0.5476457676035469,0.739485976413001,38,False,0.6266666666666667,0.30666666666666664,0.8866666666666667,0.14666666666666667,48.0,43.982581155977826,1586.0,1080.0
|
| 114 |
+
scsemi5nt,C169_1205,covid_negative,1500,1252,150,0.6593333333333333,0.444888178913738,0.0033333333333333335,0.11421725239616613,0.04133333333333333,0.15175718849840256,0.25533333333333336,0.2340255591054313,0.021333333333333333,0.031150159744408944,0.019333333333333334,0.023961661341853034,0.4715058572949948,0.1553496749145957,0.8928381384990235,12,False,0.6533333333333333,0.5933333333333334,0.84,0.56,4.133333333333333,15.175718849840255,1583.0,1000.0
|
| 115 |
+
scsemi5nt,C169_2001,covid_positive,1500,755,150,0.5766666666666667,0.5814569536423841,0.034666666666666665,0.1827814569536424,0.18933333333333333,0.052980132450331126,0.17733333333333334,0.14437086092715232,0.016666666666666666,0.030463576158940398,0.005333333333333333,0.007947019867549669,0.33863134657836647,0.3041367378155473,0.8287583281796103,103,False,0.64,0.26,0.84,0.14666666666666667,18.933333333333334,5.298013245033113,1585.0,586.0
|
| 116 |
+
scsemi5nt,C169_2301,covid_positive,1500,3773,150,0.7026666666666667,0.5139146567717996,0.13266666666666665,0.08666843360720912,0.025333333333333333,0.04320169626292075,0.12866666666666668,0.31221839385104694,0.010666666666666666,0.028624436787702094,0.0,0.015372382719321495,0.4695004859086493,0.34456704081871203,0.7438775270665551,83,False,0.6466666666666666,0.5866666666666667,0.86,0.09333333333333334,2.533333333333333,4.320169626292075,1584.0,886.0
|
| 117 |
+
scsemi5nt,C169_0202,covid_positive,1500,1286,150,0.674,0.5256609642301711,0.0033333333333333335,0.14774494556765164,0.03866666666666667,0.14074650077760498,0.25,0.12052877138413685,0.022,0.04821150855365474,0.012,0.017107309486780714,0.5556205287713841,0.1616479797323185,0.9032202354313574,19,False,0.68,0.48,0.8,0.4866666666666667,3.8666666666666667,14.074650077760499,1584.0,841.0
|
| 118 |
+
scsemi5nt,C169_0403,recovery,1500,4368,150,0.6713333333333333,0.5057234432234432,0.0026666666666666666,0.1201923076923077,0.03933333333333333,0.12248168498168498,0.24866666666666667,0.21268315018315018,0.024,0.023351648351648352,0.014,0.015567765567765568,0.4044835164835165,0.12950489208309388,0.9082859997947826,12,False,0.6466666666666666,0.36,0.8,0.31333333333333335,3.933333333333333,12.248168498168498,1585.0,992.0
|
| 119 |
+
scsemi5nt,C170_1205,covid_negative,1500,953,150,0.574,0.5204616998950682,0.03866666666666667,0.02098635886673662,0.19466666666666665,0.21720881427072403,0.17333333333333334,0.19832109129066108,0.018666666666666668,0.03882476390346275,0.0006666666666666666,0.004197271773347324,0.14243721580972366,0.23181090342880245,0.802845137992529,49,False,0.58,0.46,0.7533333333333333,0.14,19.466666666666665,21.720881427072403,1582.0,736.0
|
| 120 |
+
scsemi5nt,C170_2301,covid_positive,1500,1055,150,0.31,0.4199052132701422,0.07333333333333333,0.0947867298578199,0.08,0.07109004739336493,0.47733333333333333,0.37156398104265403,0.035333333333333335,0.03981042654028436,0.024,0.002843601895734597,0.27167140600315953,0.4358515389449017,0.929808320771631,17,False,0.8466666666666667,0.41333333333333333,0.8733333333333333,0.46,8.0,7.109004739336493,1585.0,548.0
|
| 121 |
+
scsemi5nt,C170_0202,covid_positive,1500,5621,150,0.7273333333333334,0.4090019569471624,0.12866666666666668,0.10745418964597046,0.022,0.13271659847002312,0.102,0.26845756982743285,0.02,0.07987902508450453,0.0,0.0024906600249066002,0.6790877068137343,0.30977591360289974,0.7459063979529577,60,False,0.8133333333333334,0.22,0.9466666666666667,0.14666666666666667,2.1999999999999997,13.271659847002311,1584.0,840.0
|
| 122 |
+
scsemi5nt,C170_0402,covid_positive,1500,808,150,0.6766666666666666,0.5742574257425742,0.0026666666666666666,0.054455445544554455,0.03933333333333333,0.017326732673267328,0.25133333333333335,0.3193069306930693,0.019333333333333334,0.03094059405940594,0.010666666666666666,0.0037128712871287127,0.2627392739273927,0.4839905286030099,0.8820603271104069,62,False,0.5533333333333333,0.24666666666666667,0.7733333333333333,0.2866666666666667,3.933333333333333,1.7326732673267329,1583.0,907.0
|
| 123 |
+
scsemi5nt,C170_0403,recovery,1500,3745,150,0.6746666666666666,0.6101468624833111,0.0033333333333333335,0.015487316421895861,0.03866666666666667,0.06809078771695594,0.248,0.2809078771695594,0.021333333333333333,0.021628838451268357,0.014,0.003738317757009346,0.14956297285269243,0.47844841473242045,0.9141144805803679,2,False,0.6533333333333333,0.32,0.7866666666666666,0.44,3.8666666666666667,6.809078771695594,1584.0,984.0
|
| 124 |
+
scsemi5nt,C187_2605,covid_negative,1500,1867,150,0.552,0.129084092126406,0.038,0.04124263524370648,0.21533333333333332,0.5243706480985538,0.184,0.11355115158007499,0.01,0.17621853240492769,0.0006666666666666666,0.015532940546331012,0.9867295125870381,1.0026378005180598,0.828346365281734,72,False,0.6,0.46,0.7666666666666667,0.31333333333333335,21.53333333333333,52.437064809855386,1583.0,783.0
|
| 125 |
+
scsemi5nt,C187_1201,covid_positive,1500,1985,150,0.25933333333333336,0.05994962216624685,0.07333333333333333,0.02518891687657431,0.09333333333333334,0.23425692695214106,0.508,0.6392947103274559,0.034666666666666665,0.031234256926952142,0.03133333333333333,0.010075566750629723,0.5444366078925272,1.1008724855255,0.9458658574783189,11,False,0.9333333333333333,0.76,0.9266666666666666,0.84,9.333333333333334,23.425692695214106,1582.0,706.0
|
| 126 |
+
scsemi5nt,C187_1401,covid_positive,1500,3155,150,0.28933333333333333,0.10998415213946117,0.015333333333333332,0.041521394611727415,0.22666666666666666,0.22060221870047544,0.42933333333333334,0.5670364500792393,0.03,0.04659270998415214,0.009333333333333334,0.014263074484944533,0.37082725832012675,0.9597634546401358,0.9535396924918486,1,True,0.9133333333333333,0.72,0.88,0.7866666666666666,22.666666666666664,22.060221870047545,1583.0,671.0
|
| 127 |
+
scsemi5nt,C187_1901,covid_positive,1500,1966,150,0.29,0.08748728382502544,0.015333333333333332,0.07019328585961343,0.22466666666666665,0.1958290946083418,0.428,0.5635808748728383,0.03333333333333333,0.049338758901322485,0.008666666666666666,0.0335707019328586,0.46270057646659885,0.9468118831724387,0.9447265622773728,6,False,0.9133333333333333,0.7,0.92,0.7466666666666667,22.466666666666665,19.58290946083418,1583.0,904.5
|
| 128 |
+
scsemi5nt,C187_2301,covid_positive,1500,529,150,0.42866666666666664,0.16446124763705103,0.042,0.17391304347826086,0.456,0.06994328922495274,0.06066666666666667,0.5311909262759924,0.011333333333333334,0.03780718336483932,0.0013333333333333333,0.022684310018903593,1.3005242596093256,0.8819503227918507,0.7074502389959092,134,False,0.52,0.44666666666666666,0.84,0.26666666666666666,45.6,6.994328922495274,1584.0,695.0
|
| 129 |
+
scsemi5nt,C187_2502,recovery,1500,5693,150,0.56,0.284559985947655,0.03933333333333333,0.018443702792903565,0.20666666666666667,0.2466186544879677,0.18066666666666667,0.39030388196030213,0.012,0.04268399789214825,0.0013333333333333333,0.017389776919023364,0.5926592891855496,0.6561656450605993,0.822228488872094,42,False,0.6933333333333334,0.35333333333333333,0.7866666666666666,0.15333333333333332,20.666666666666668,24.661865448796767,1584.0,985.0
|
| 130 |
+
scsemi5nt,C190_2605,covid_negative,1500,1791,150,0.436,0.04578447794528197,0.034,0.0893355667225014,0.45466666666666666,0.4712451144611949,0.05733333333333333,0.3405918481295366,0.014,0.0413176996091569,0.004,0.011725293132328308,0.7804310441094361,0.9984234729080901,0.7223951573911301,27,False,0.64,0.23333333333333334,0.8533333333333334,0.18666666666666668,45.46666666666667,47.124511446119485,1583.0,1186.0
|
| 131 |
+
scsemi5nt,C190_2901,covid_positive,1500,1527,150,0.44466666666666665,0.0412573673870334,0.03133333333333333,0.3798297314996726,0.456,0.3700065487884741,0.054,0.16110019646365423,0.012666666666666666,0.04191224623444663,0.0013333333333333333,0.005893909626719057,0.9788055009823183,0.9766415961256385,0.7244135207223016,83,False,0.6733333333333333,0.22,0.9133333333333333,0.09333333333333334,45.6,37.00065487884741,1583.0,1198.0
|
| 132 |
+
scsemi5nt,C190_0102,covid_positive,1500,4868,150,0.5526666666666666,0.03594905505341003,0.04066666666666666,0.3769515201314708,0.21,0.33340180772391126,0.18133333333333335,0.20336894001643385,0.014,0.042317173377156944,0.0013333333333333333,0.00801150369761709,1.0334352232265134,0.9718184476710967,0.8309858895182578,57,False,0.8066666666666666,0.19333333333333333,0.8666666666666667,0.2,21.0,33.34018077239113,1584.0,1038.0
|
| 133 |
+
scsemi5nt,C190_0302,covid_positive,1500,2220,150,0.78,0.11576576576576576,0.13466666666666666,0.3342342342342342,0.010666666666666666,0.3045045045045045,0.04933333333333333,0.20315315315315316,0.013333333333333334,0.03333333333333333,0.012,0.009009009009009009,1.3344504504504504,0.8101900156236014,0.6921747852546449,70,False,0.7066666666666667,0.31333333333333335,0.9533333333333334,0.12,1.0666666666666667,30.45045045045045,1584.0,1175.5
|
| 134 |
+
scsemi5nt,C190_0502,covid_positive,1500,2030,150,0.74,0.05172413793103448,0.12666666666666668,0.24778325123152709,0.019333333333333334,0.5167487684729064,0.09733333333333333,0.10541871921182266,0.014666666666666666,0.07389162561576355,0.002,0.004433497536945813,1.376551724137931,1.069991833720846,0.7081874377493202,112,False,0.7533333333333333,0.23333333333333334,0.96,0.04666666666666667,1.9333333333333333,51.67487684729064,1583.0,799.0
|
| 135 |
+
scsemi5nt,C190_0802,covid_positive,1500,1447,150,0.422,0.038700760193503804,0.03933333333333333,0.2156185210780926,0.464,0.5929509329647547,0.058666666666666666,0.0912232204561161,0.014,0.05459571527297857,0.002,0.006910850034554251,0.7665984796129923,1.1194748817121036,0.7394375134550955,73,False,0.7133333333333334,0.16666666666666666,0.98,0.15333333333333332,46.400000000000006,59.295093296475464,1585.0,854.0
|
| 136 |
+
scsemi5nt,C190_1002,covid_positive,1500,4052,150,0.43866666666666665,0.044669299111549855,0.029333333333333333,0.12043435340572557,0.458,0.6414116485686081,0.058,0.12709772951628825,0.014,0.06071076011846002,0.002,0.005676209279368213,0.7879947351102335,1.0382580672660393,0.7653012013478185,22,False,0.6866666666666666,0.25333333333333335,0.92,0.22666666666666666,45.800000000000004,64.14116485686081,1583.0,994.0
|
| 137 |
+
scsemi5nt,C190_0903,recovery,1500,1371,150,0.554,0.0962800875273523,0.03266666666666666,0.24288840262582057,0.21266666666666667,0.4062727935813275,0.17733333333333334,0.1560904449307075,0.014666666666666666,0.07221006564551423,0.008666666666666666,0.0262582056892779,0.9579256017505471,0.8583309048021495,0.8492252386314275,33,False,0.6133333333333333,0.4666666666666667,0.7466666666666667,0.35333333333333333,21.266666666666666,40.62727935813275,1585.0,998.0
|
| 138 |
+
scsemi5nt,C193_2605,covid_negative,1500,5566,150,0.5546666666666666,0.40837226015091627,0.04066666666666666,0.03557312252964427,0.20933333333333334,0.34441250449155586,0.18133333333333335,0.17714696370822852,0.013333333333333334,0.02982393100970176,0.0006666666666666666,0.004671218109953288,0.3111486405557552,0.3638504481477879,0.8489969774597794,4,False,0.62,0.24,0.84,0.4866666666666667,20.933333333333334,34.44125044915559,1583.0,2119.5
|
| 139 |
+
scsemi5nt,C195_2605,covid_negative,1500,7759,150,0.6813333333333333,0.5532929501224385,0.0013333333333333333,0.038407011212785155,0.034666666666666665,0.08815569016625854,0.25,0.3107359195772651,0.02266666666666667,0.008248485629591443,0.01,0.0011599432916612965,0.30259724191261755,0.4174386246939299,0.8799581574811434,2,False,0.5933333333333334,0.32,0.8333333333333334,0.72,3.4666666666666663,8.815569016625854,1581.0,1513.0
|
| 140 |
+
scsemi5nt,C197_2605,covid_negative,1500,2835,150,0.4226666666666667,0.6052910052910053,0.03,0.13015873015873017,0.4593333333333333,0.1347442680776014,0.07333333333333333,0.08677248677248678,0.012,0.01869488536155203,0.0026666666666666666,0.02433862433862434,0.6491781305114639,0.26533844425892933,0.7620126016151029,27,False,0.6533333333333333,0.30666666666666664,0.8533333333333334,0.5333333333333333,45.93333333333333,13.474426807760139,1584.0,1812.0
|
| 141 |
+
scsemi5nt,C212_2705,covid_negative,1500,1150,150,0.5553333333333333,0.5417391304347826,0.038,0.0817391304347826,0.20866666666666667,0.15478260869565216,0.17866666666666667,0.18869565217391304,0.018666666666666668,0.026956521739130435,0.0006666666666666666,0.00608695652173913,0.13495652173913045,0.14839497708009441,0.867672960088832,6,False,0.7333333333333333,0.26,0.8933333333333333,0.7066666666666667,20.866666666666667,15.478260869565217,1583.0,1861.5
|
| 142 |
+
scsemi5nt,C214_2705,covid_negative,1500,6279,150,0.7653333333333333,0.3494186972447842,0.08333333333333333,0.08138238573021182,0.058666666666666666,0.3817486860965122,0.044,0.14667940754897277,0.042666666666666665,0.03567447045707915,0.006,0.005096352922439879,0.8515228539576364,0.4280220433537199,0.7491943654656804,23,False,0.72,0.2,0.94,0.23333333333333334,5.866666666666666,38.17486860965122,1586.0,1795.0
|
| 143 |
+
scsemi5nt,C234_2805,covid_negative,1500,9882,150,0.5466666666666666,0.609492005666869,0.037333333333333336,0.08429467719085205,0.22,0.16636308439587127,0.18,0.12001619105444242,0.015333333333333332,0.016798218984011334,0.0006666666666666666,0.0030358227079538553,0.22724144909937258,0.24130584627402454,0.9067227755389687,2,False,0.7266666666666667,0.38,0.8666666666666667,0.6666666666666666,22.0,16.63630843958713,1584.0,1650.0
|
| 144 |
+
scsemi5nt,C237_2805,covid_negative,1500,5071,150,0.5633333333333334,0.5912048905541314,0.04,0.08913429303884836,0.19933333333333333,0.15519621376454348,0.18066666666666667,0.14789982252021297,0.015333333333333332,0.014198382961940446,0.0013333333333333333,0.0023663971603234074,0.1560778281732729,0.2044776283386501,0.8978335749402446,3,False,0.47333333333333333,0.3333333333333333,0.7,0.6066666666666667,19.933333333333334,15.519621376454348,1582.0,1379.0
|
| 145 |
+
scsemi5nt,C238_2905,covid_negative,1500,7843,150,0.562,0.8912405967104424,0.035333333333333335,0.034298100216753794,0.21,0.03735815376769094,0.178,0.023842917251051893,0.014,0.010455182965701899,0.0006666666666666666,0.002805049088359046,0.6627579582642696,0.8087162032367765,0.8716455319154698,17,False,0.7466666666666667,0.21333333333333335,0.8,0.6266666666666667,21.0,3.735815376769094,1584.0,1738.0
|
| 146 |
+
scsemi5nt,C246_2905,covid_negative,1500,769,150,0.8406666666666667,0.7451235370611183,0.07066666666666667,0.013003901170351105,0.03266666666666666,0.08972691807542263,0.048,0.13394018205461639,0.007333333333333333,0.015604681404421327,0.0006666666666666666,0.002600780234070221,0.3064117902037278,0.5144526803318877,0.8634749029681794,5,False,0.49333333333333335,0.38666666666666666,0.8266666666666667,0.44,3.266666666666666,8.972691807542263,1585.0,1382.0
|
paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3_scsemi5nt/summary.json
ADDED
|
@@ -0,0 +1,1015 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
{
|
| 2 |
+
"schema": "paired_ft_scores.v1",
|
| 3 |
+
"dataset": "imperial_eskd",
|
| 4 |
+
"written_utc": "2026-10-03T17:24:32.579519+00:00",
|
| 5 |
+
"command": [
|
| 6 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py",
|
| 7 |
+
"--dataset",
|
| 8 |
+
"imperial_eskd",
|
| 9 |
+
"--out",
|
| 10 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3_scsemi5nt",
|
| 11 |
+
"--threads",
|
| 12 |
+
"6",
|
| 13 |
+
"--donors",
|
| 14 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3/test_samples.txt",
|
| 15 |
+
"--case-groups",
|
| 16 |
+
"covid_positive",
|
| 17 |
+
"--control-groups",
|
| 18 |
+
"covid_negative",
|
| 19 |
+
"--arm",
|
| 20 |
+
"scsemi5nt=/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3/scsemi5nt__raw.npz"
|
| 21 |
+
],
|
| 22 |
+
"arms": [
|
| 23 |
+
"scsemi5nt"
|
| 24 |
+
],
|
| 25 |
+
"donors": [
|
| 26 |
+
"C20_1004",
|
| 27 |
+
"C20_1404",
|
| 28 |
+
"C21_1004",
|
| 29 |
+
"C21_1704",
|
| 30 |
+
"C21_2504",
|
| 31 |
+
"C23_2204",
|
| 32 |
+
"C33_1401",
|
| 33 |
+
"C33_1601",
|
| 34 |
+
"C33_1901",
|
| 35 |
+
"C34_1404",
|
| 36 |
+
"C34_2104",
|
| 37 |
+
"C34_2504",
|
| 38 |
+
"C36_1504",
|
| 39 |
+
"C36_1704",
|
| 40 |
+
"C36_2104",
|
| 41 |
+
"C42_1504",
|
| 42 |
+
"C42_2204",
|
| 43 |
+
"C42_2704",
|
| 44 |
+
"C58_1604",
|
| 45 |
+
"C58_2501",
|
| 46 |
+
"C58_2901",
|
| 47 |
+
"C58_0102",
|
| 48 |
+
"C58_0402",
|
| 49 |
+
"C58_1003",
|
| 50 |
+
"C60_2504",
|
| 51 |
+
"C63_1704",
|
| 52 |
+
"C63_2404",
|
| 53 |
+
"C63_2904",
|
| 54 |
+
"C65_1704",
|
| 55 |
+
"C65_2104",
|
| 56 |
+
"C65_2504",
|
| 57 |
+
"C69_1804",
|
| 58 |
+
"C82_2504",
|
| 59 |
+
"C85_2004",
|
| 60 |
+
"C93_2104",
|
| 61 |
+
"C93_2704",
|
| 62 |
+
"C93_0405",
|
| 63 |
+
"C101_0601",
|
| 64 |
+
"C101_1101",
|
| 65 |
+
"C101_1301",
|
| 66 |
+
"C101_1801",
|
| 67 |
+
"C101_2001",
|
| 68 |
+
"C101_2502",
|
| 69 |
+
"C103_2204",
|
| 70 |
+
"C104_2204",
|
| 71 |
+
"C106_2204",
|
| 72 |
+
"C113_0605",
|
| 73 |
+
"C123_2404",
|
| 74 |
+
"C123_2904",
|
| 75 |
+
"C123_0505",
|
| 76 |
+
"C124_2404",
|
| 77 |
+
"C124_2704",
|
| 78 |
+
"C124_0105",
|
| 79 |
+
"C126_2504",
|
| 80 |
+
"C126_3004",
|
| 81 |
+
"C126_0605",
|
| 82 |
+
"C127_2504",
|
| 83 |
+
"C127_0405",
|
| 84 |
+
"C127_1105",
|
| 85 |
+
"C128_2504",
|
| 86 |
+
"C128_0405",
|
| 87 |
+
"C128_1105",
|
| 88 |
+
"C132_2804",
|
| 89 |
+
"C132_0205",
|
| 90 |
+
"C132_1105",
|
| 91 |
+
"C137_3004",
|
| 92 |
+
"C137_2502",
|
| 93 |
+
"C138_3004",
|
| 94 |
+
"C138_2301",
|
| 95 |
+
"C138_3001",
|
| 96 |
+
"C138_0202",
|
| 97 |
+
"C138_0402",
|
| 98 |
+
"C140_3004",
|
| 99 |
+
"C140_2801",
|
| 100 |
+
"C140_3001",
|
| 101 |
+
"C140_0202",
|
| 102 |
+
"C140_0402",
|
| 103 |
+
"C140_0602",
|
| 104 |
+
"C140_0902",
|
| 105 |
+
"C140_1103",
|
| 106 |
+
"C141_2001",
|
| 107 |
+
"C141_2201",
|
| 108 |
+
"C141_3001",
|
| 109 |
+
"C141_0202",
|
| 110 |
+
"C142_3004",
|
| 111 |
+
"C145_3004",
|
| 112 |
+
"C145_0701",
|
| 113 |
+
"C145_1201",
|
| 114 |
+
"C145_1401",
|
| 115 |
+
"C145_1901",
|
| 116 |
+
"C145_2301",
|
| 117 |
+
"C146_3004",
|
| 118 |
+
"C146_1201",
|
| 119 |
+
"C146_1401",
|
| 120 |
+
"C146_1601",
|
| 121 |
+
"C146_1901",
|
| 122 |
+
"C146_2301",
|
| 123 |
+
"C146_2701",
|
| 124 |
+
"C146_2502",
|
| 125 |
+
"C147_3004",
|
| 126 |
+
"C147_1401",
|
| 127 |
+
"C147_1901",
|
| 128 |
+
"C152_0405",
|
| 129 |
+
"C161_1105",
|
| 130 |
+
"C164_1105",
|
| 131 |
+
"C167_1205",
|
| 132 |
+
"C168_1205",
|
| 133 |
+
"C168_2001",
|
| 134 |
+
"C168_2301",
|
| 135 |
+
"C168_3001",
|
| 136 |
+
"C168_0202",
|
| 137 |
+
"C168_0403",
|
| 138 |
+
"C169_1205",
|
| 139 |
+
"C169_2001",
|
| 140 |
+
"C169_2301",
|
| 141 |
+
"C169_0202",
|
| 142 |
+
"C169_0403",
|
| 143 |
+
"C170_1205",
|
| 144 |
+
"C170_2301",
|
| 145 |
+
"C170_0202",
|
| 146 |
+
"C170_0402",
|
| 147 |
+
"C170_0403",
|
| 148 |
+
"C187_2605",
|
| 149 |
+
"C187_1201",
|
| 150 |
+
"C187_1401",
|
| 151 |
+
"C187_1901",
|
| 152 |
+
"C187_2301",
|
| 153 |
+
"C187_2502",
|
| 154 |
+
"C190_2605",
|
| 155 |
+
"C190_2901",
|
| 156 |
+
"C190_0102",
|
| 157 |
+
"C190_0302",
|
| 158 |
+
"C190_0502",
|
| 159 |
+
"C190_0802",
|
| 160 |
+
"C190_1002",
|
| 161 |
+
"C190_0903",
|
| 162 |
+
"C193_2605",
|
| 163 |
+
"C195_2605",
|
| 164 |
+
"C197_2605",
|
| 165 |
+
"C212_2705",
|
| 166 |
+
"C214_2705",
|
| 167 |
+
"C234_2805",
|
| 168 |
+
"C237_2805",
|
| 169 |
+
"C238_2905",
|
| 170 |
+
"C246_2905"
|
| 171 |
+
],
|
| 172 |
+
"n_donors": 145,
|
| 173 |
+
"reference": {
|
| 174 |
+
"cache": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd",
|
| 175 |
+
"reference_sha256": "34b4caa3f8a60b46d5faf58f09cdaa5622bcce19e4c45d9902a711fead96375e",
|
| 176 |
+
"features_sha256": "e46e5bb1a24eae045efe75125d20e3accaa8f68a1006eb2f60d24159013d4aa7",
|
| 177 |
+
"n_r1_cells": 21682,
|
| 178 |
+
"pca": {
|
| 179 |
+
"n_components": 50,
|
| 180 |
+
"explained_variance_ratio_sum": 0.258540540933609,
|
| 181 |
+
"n_fit_cells": 21682
|
| 182 |
+
},
|
| 183 |
+
"r2_control": {
|
| 184 |
+
"precision": 0.9691449128309196,
|
| 185 |
+
"coverage": 0.9997693939673462,
|
| 186 |
+
"density": 1.2893321649294345,
|
| 187 |
+
"n_query": 21682,
|
| 188 |
+
"depth_matched": {
|
| 189 |
+
"precision": 0.9692832764505119,
|
| 190 |
+
"coverage": 0.9997232727608154,
|
| 191 |
+
"density": 1.2884881468499216
|
| 192 |
+
}
|
| 193 |
+
},
|
| 194 |
+
"observed_l1_loo_null_mean": 0.5045022619268063
|
| 195 |
+
},
|
| 196 |
+
"contrast_definition": {
|
| 197 |
+
"enabled": true,
|
| 198 |
+
"rule": "explicit --case-groups / --control-groups",
|
| 199 |
+
"group_source": "features groups",
|
| 200 |
+
"case_groups": [
|
| 201 |
+
"covid_positive"
|
| 202 |
+
],
|
| 203 |
+
"control_groups": [
|
| 204 |
+
"covid_negative"
|
| 205 |
+
],
|
| 206 |
+
"n_case_donors": 104,
|
| 207 |
+
"n_control_donors": 31,
|
| 208 |
+
"n_donors_in_neither": 10,
|
| 209 |
+
"case": [
|
| 210 |
+
true,
|
| 211 |
+
true,
|
| 212 |
+
true,
|
| 213 |
+
true,
|
| 214 |
+
true,
|
| 215 |
+
true,
|
| 216 |
+
true,
|
| 217 |
+
true,
|
| 218 |
+
true,
|
| 219 |
+
true,
|
| 220 |
+
true,
|
| 221 |
+
true,
|
| 222 |
+
true,
|
| 223 |
+
true,
|
| 224 |
+
true,
|
| 225 |
+
true,
|
| 226 |
+
true,
|
| 227 |
+
true,
|
| 228 |
+
false,
|
| 229 |
+
true,
|
| 230 |
+
true,
|
| 231 |
+
true,
|
| 232 |
+
true,
|
| 233 |
+
false,
|
| 234 |
+
true,
|
| 235 |
+
true,
|
| 236 |
+
true,
|
| 237 |
+
true,
|
| 238 |
+
true,
|
| 239 |
+
true,
|
| 240 |
+
true,
|
| 241 |
+
false,
|
| 242 |
+
true,
|
| 243 |
+
false,
|
| 244 |
+
true,
|
| 245 |
+
true,
|
| 246 |
+
true,
|
| 247 |
+
true,
|
| 248 |
+
true,
|
| 249 |
+
true,
|
| 250 |
+
true,
|
| 251 |
+
true,
|
| 252 |
+
false,
|
| 253 |
+
false,
|
| 254 |
+
false,
|
| 255 |
+
false,
|
| 256 |
+
true,
|
| 257 |
+
true,
|
| 258 |
+
true,
|
| 259 |
+
true,
|
| 260 |
+
true,
|
| 261 |
+
true,
|
| 262 |
+
true,
|
| 263 |
+
true,
|
| 264 |
+
true,
|
| 265 |
+
true,
|
| 266 |
+
true,
|
| 267 |
+
true,
|
| 268 |
+
true,
|
| 269 |
+
true,
|
| 270 |
+
true,
|
| 271 |
+
true,
|
| 272 |
+
true,
|
| 273 |
+
true,
|
| 274 |
+
true,
|
| 275 |
+
false,
|
| 276 |
+
false,
|
| 277 |
+
false,
|
| 278 |
+
true,
|
| 279 |
+
true,
|
| 280 |
+
true,
|
| 281 |
+
true,
|
| 282 |
+
false,
|
| 283 |
+
true,
|
| 284 |
+
true,
|
| 285 |
+
true,
|
| 286 |
+
true,
|
| 287 |
+
true,
|
| 288 |
+
true,
|
| 289 |
+
false,
|
| 290 |
+
true,
|
| 291 |
+
true,
|
| 292 |
+
true,
|
| 293 |
+
true,
|
| 294 |
+
false,
|
| 295 |
+
false,
|
| 296 |
+
true,
|
| 297 |
+
true,
|
| 298 |
+
true,
|
| 299 |
+
true,
|
| 300 |
+
true,
|
| 301 |
+
false,
|
| 302 |
+
true,
|
| 303 |
+
true,
|
| 304 |
+
true,
|
| 305 |
+
true,
|
| 306 |
+
true,
|
| 307 |
+
true,
|
| 308 |
+
false,
|
| 309 |
+
false,
|
| 310 |
+
true,
|
| 311 |
+
true,
|
| 312 |
+
false,
|
| 313 |
+
false,
|
| 314 |
+
false,
|
| 315 |
+
false,
|
| 316 |
+
false,
|
| 317 |
+
true,
|
| 318 |
+
true,
|
| 319 |
+
true,
|
| 320 |
+
true,
|
| 321 |
+
false,
|
| 322 |
+
false,
|
| 323 |
+
true,
|
| 324 |
+
true,
|
| 325 |
+
true,
|
| 326 |
+
false,
|
| 327 |
+
false,
|
| 328 |
+
true,
|
| 329 |
+
true,
|
| 330 |
+
true,
|
| 331 |
+
false,
|
| 332 |
+
false,
|
| 333 |
+
true,
|
| 334 |
+
true,
|
| 335 |
+
true,
|
| 336 |
+
true,
|
| 337 |
+
false,
|
| 338 |
+
false,
|
| 339 |
+
true,
|
| 340 |
+
true,
|
| 341 |
+
true,
|
| 342 |
+
true,
|
| 343 |
+
true,
|
| 344 |
+
true,
|
| 345 |
+
false,
|
| 346 |
+
false,
|
| 347 |
+
false,
|
| 348 |
+
false,
|
| 349 |
+
false,
|
| 350 |
+
false,
|
| 351 |
+
false,
|
| 352 |
+
false,
|
| 353 |
+
false,
|
| 354 |
+
false
|
| 355 |
+
],
|
| 356 |
+
"ctrl": [
|
| 357 |
+
false,
|
| 358 |
+
false,
|
| 359 |
+
false,
|
| 360 |
+
false,
|
| 361 |
+
false,
|
| 362 |
+
false,
|
| 363 |
+
false,
|
| 364 |
+
false,
|
| 365 |
+
false,
|
| 366 |
+
false,
|
| 367 |
+
false,
|
| 368 |
+
false,
|
| 369 |
+
false,
|
| 370 |
+
false,
|
| 371 |
+
false,
|
| 372 |
+
false,
|
| 373 |
+
false,
|
| 374 |
+
false,
|
| 375 |
+
true,
|
| 376 |
+
false,
|
| 377 |
+
false,
|
| 378 |
+
false,
|
| 379 |
+
false,
|
| 380 |
+
false,
|
| 381 |
+
false,
|
| 382 |
+
false,
|
| 383 |
+
false,
|
| 384 |
+
false,
|
| 385 |
+
false,
|
| 386 |
+
false,
|
| 387 |
+
false,
|
| 388 |
+
true,
|
| 389 |
+
false,
|
| 390 |
+
true,
|
| 391 |
+
false,
|
| 392 |
+
false,
|
| 393 |
+
false,
|
| 394 |
+
false,
|
| 395 |
+
false,
|
| 396 |
+
false,
|
| 397 |
+
false,
|
| 398 |
+
false,
|
| 399 |
+
false,
|
| 400 |
+
true,
|
| 401 |
+
true,
|
| 402 |
+
true,
|
| 403 |
+
false,
|
| 404 |
+
false,
|
| 405 |
+
false,
|
| 406 |
+
false,
|
| 407 |
+
false,
|
| 408 |
+
false,
|
| 409 |
+
false,
|
| 410 |
+
false,
|
| 411 |
+
false,
|
| 412 |
+
false,
|
| 413 |
+
false,
|
| 414 |
+
false,
|
| 415 |
+
false,
|
| 416 |
+
false,
|
| 417 |
+
false,
|
| 418 |
+
false,
|
| 419 |
+
false,
|
| 420 |
+
false,
|
| 421 |
+
false,
|
| 422 |
+
true,
|
| 423 |
+
false,
|
| 424 |
+
true,
|
| 425 |
+
false,
|
| 426 |
+
false,
|
| 427 |
+
false,
|
| 428 |
+
false,
|
| 429 |
+
true,
|
| 430 |
+
false,
|
| 431 |
+
false,
|
| 432 |
+
false,
|
| 433 |
+
false,
|
| 434 |
+
false,
|
| 435 |
+
false,
|
| 436 |
+
false,
|
| 437 |
+
false,
|
| 438 |
+
false,
|
| 439 |
+
false,
|
| 440 |
+
false,
|
| 441 |
+
true,
|
| 442 |
+
true,
|
| 443 |
+
false,
|
| 444 |
+
false,
|
| 445 |
+
false,
|
| 446 |
+
false,
|
| 447 |
+
false,
|
| 448 |
+
true,
|
| 449 |
+
false,
|
| 450 |
+
false,
|
| 451 |
+
false,
|
| 452 |
+
false,
|
| 453 |
+
false,
|
| 454 |
+
false,
|
| 455 |
+
false,
|
| 456 |
+
true,
|
| 457 |
+
false,
|
| 458 |
+
false,
|
| 459 |
+
true,
|
| 460 |
+
true,
|
| 461 |
+
true,
|
| 462 |
+
true,
|
| 463 |
+
true,
|
| 464 |
+
false,
|
| 465 |
+
false,
|
| 466 |
+
false,
|
| 467 |
+
false,
|
| 468 |
+
false,
|
| 469 |
+
true,
|
| 470 |
+
false,
|
| 471 |
+
false,
|
| 472 |
+
false,
|
| 473 |
+
false,
|
| 474 |
+
true,
|
| 475 |
+
false,
|
| 476 |
+
false,
|
| 477 |
+
false,
|
| 478 |
+
false,
|
| 479 |
+
true,
|
| 480 |
+
false,
|
| 481 |
+
false,
|
| 482 |
+
false,
|
| 483 |
+
false,
|
| 484 |
+
false,
|
| 485 |
+
true,
|
| 486 |
+
false,
|
| 487 |
+
false,
|
| 488 |
+
false,
|
| 489 |
+
false,
|
| 490 |
+
false,
|
| 491 |
+
false,
|
| 492 |
+
false,
|
| 493 |
+
true,
|
| 494 |
+
true,
|
| 495 |
+
true,
|
| 496 |
+
true,
|
| 497 |
+
true,
|
| 498 |
+
true,
|
| 499 |
+
true,
|
| 500 |
+
true,
|
| 501 |
+
true
|
| 502 |
+
],
|
| 503 |
+
"groups": [
|
| 504 |
+
"covid_positive",
|
| 505 |
+
"covid_positive",
|
| 506 |
+
"covid_positive",
|
| 507 |
+
"covid_positive",
|
| 508 |
+
"covid_positive",
|
| 509 |
+
"covid_positive",
|
| 510 |
+
"covid_positive",
|
| 511 |
+
"covid_positive",
|
| 512 |
+
"covid_positive",
|
| 513 |
+
"covid_positive",
|
| 514 |
+
"covid_positive",
|
| 515 |
+
"covid_positive",
|
| 516 |
+
"covid_positive",
|
| 517 |
+
"covid_positive",
|
| 518 |
+
"covid_positive",
|
| 519 |
+
"covid_positive",
|
| 520 |
+
"covid_positive",
|
| 521 |
+
"covid_positive",
|
| 522 |
+
"covid_negative",
|
| 523 |
+
"covid_positive",
|
| 524 |
+
"covid_positive",
|
| 525 |
+
"covid_positive",
|
| 526 |
+
"covid_positive",
|
| 527 |
+
"recovery",
|
| 528 |
+
"covid_positive",
|
| 529 |
+
"covid_positive",
|
| 530 |
+
"covid_positive",
|
| 531 |
+
"covid_positive",
|
| 532 |
+
"covid_positive",
|
| 533 |
+
"covid_positive",
|
| 534 |
+
"covid_positive",
|
| 535 |
+
"covid_negative",
|
| 536 |
+
"covid_positive",
|
| 537 |
+
"covid_negative",
|
| 538 |
+
"covid_positive",
|
| 539 |
+
"covid_positive",
|
| 540 |
+
"covid_positive",
|
| 541 |
+
"covid_positive",
|
| 542 |
+
"covid_positive",
|
| 543 |
+
"covid_positive",
|
| 544 |
+
"covid_positive",
|
| 545 |
+
"covid_positive",
|
| 546 |
+
"recovery",
|
| 547 |
+
"covid_negative",
|
| 548 |
+
"covid_negative",
|
| 549 |
+
"covid_negative",
|
| 550 |
+
"covid_positive",
|
| 551 |
+
"covid_positive",
|
| 552 |
+
"covid_positive",
|
| 553 |
+
"covid_positive",
|
| 554 |
+
"covid_positive",
|
| 555 |
+
"covid_positive",
|
| 556 |
+
"covid_positive",
|
| 557 |
+
"covid_positive",
|
| 558 |
+
"covid_positive",
|
| 559 |
+
"covid_positive",
|
| 560 |
+
"covid_positive",
|
| 561 |
+
"covid_positive",
|
| 562 |
+
"covid_positive",
|
| 563 |
+
"covid_positive",
|
| 564 |
+
"covid_positive",
|
| 565 |
+
"covid_positive",
|
| 566 |
+
"covid_positive",
|
| 567 |
+
"covid_positive",
|
| 568 |
+
"covid_positive",
|
| 569 |
+
"covid_negative",
|
| 570 |
+
"recovery",
|
| 571 |
+
"covid_negative",
|
| 572 |
+
"covid_positive",
|
| 573 |
+
"covid_positive",
|
| 574 |
+
"covid_positive",
|
| 575 |
+
"covid_positive",
|
| 576 |
+
"covid_negative",
|
| 577 |
+
"covid_positive",
|
| 578 |
+
"covid_positive",
|
| 579 |
+
"covid_positive",
|
| 580 |
+
"covid_positive",
|
| 581 |
+
"covid_positive",
|
| 582 |
+
"covid_positive",
|
| 583 |
+
"recovery",
|
| 584 |
+
"covid_positive",
|
| 585 |
+
"covid_positive",
|
| 586 |
+
"covid_positive",
|
| 587 |
+
"covid_positive",
|
| 588 |
+
"covid_negative",
|
| 589 |
+
"covid_negative",
|
| 590 |
+
"covid_positive",
|
| 591 |
+
"covid_positive",
|
| 592 |
+
"covid_positive",
|
| 593 |
+
"covid_positive",
|
| 594 |
+
"covid_positive",
|
| 595 |
+
"covid_negative",
|
| 596 |
+
"covid_positive",
|
| 597 |
+
"covid_positive",
|
| 598 |
+
"covid_positive",
|
| 599 |
+
"covid_positive",
|
| 600 |
+
"covid_positive",
|
| 601 |
+
"covid_positive",
|
| 602 |
+
"recovery",
|
| 603 |
+
"covid_negative",
|
| 604 |
+
"covid_positive",
|
| 605 |
+
"covid_positive",
|
| 606 |
+
"covid_negative",
|
| 607 |
+
"covid_negative",
|
| 608 |
+
"covid_negative",
|
| 609 |
+
"covid_negative",
|
| 610 |
+
"covid_negative",
|
| 611 |
+
"covid_positive",
|
| 612 |
+
"covid_positive",
|
| 613 |
+
"covid_positive",
|
| 614 |
+
"covid_positive",
|
| 615 |
+
"recovery",
|
| 616 |
+
"covid_negative",
|
| 617 |
+
"covid_positive",
|
| 618 |
+
"covid_positive",
|
| 619 |
+
"covid_positive",
|
| 620 |
+
"recovery",
|
| 621 |
+
"covid_negative",
|
| 622 |
+
"covid_positive",
|
| 623 |
+
"covid_positive",
|
| 624 |
+
"covid_positive",
|
| 625 |
+
"recovery",
|
| 626 |
+
"covid_negative",
|
| 627 |
+
"covid_positive",
|
| 628 |
+
"covid_positive",
|
| 629 |
+
"covid_positive",
|
| 630 |
+
"covid_positive",
|
| 631 |
+
"recovery",
|
| 632 |
+
"covid_negative",
|
| 633 |
+
"covid_positive",
|
| 634 |
+
"covid_positive",
|
| 635 |
+
"covid_positive",
|
| 636 |
+
"covid_positive",
|
| 637 |
+
"covid_positive",
|
| 638 |
+
"covid_positive",
|
| 639 |
+
"recovery",
|
| 640 |
+
"covid_negative",
|
| 641 |
+
"covid_negative",
|
| 642 |
+
"covid_negative",
|
| 643 |
+
"covid_negative",
|
| 644 |
+
"covid_negative",
|
| 645 |
+
"covid_negative",
|
| 646 |
+
"covid_negative",
|
| 647 |
+
"covid_negative",
|
| 648 |
+
"covid_negative"
|
| 649 |
+
]
|
| 650 |
+
},
|
| 651 |
+
"deg_definition": {
|
| 652 |
+
"enabled": true,
|
| 653 |
+
"score": "top-50 DEG overlap per cell type (benchmark total_top50_overlap, Welch backend)",
|
| 654 |
+
"source": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py",
|
| 655 |
+
"functions": [
|
| 656 |
+
"welch_bh_deg",
|
| 657 |
+
"top_deg_genes",
|
| 658 |
+
"jaccard"
|
| 659 |
+
],
|
| 660 |
+
"reproduces": "utility_studies_final6k_20260925/sle top-50 DEG 81 (1,006 genes) / 84 (2,279 genes) = sum over the six gated types of top50_overlap_count",
|
| 661 |
+
"top_n": 50,
|
| 662 |
+
"fdr": 0.05,
|
| 663 |
+
"n_genes": 5927,
|
| 664 |
+
"types": [
|
| 665 |
+
"T cell",
|
| 666 |
+
"B cell",
|
| 667 |
+
"Monocyte",
|
| 668 |
+
"NK cell",
|
| 669 |
+
"DC"
|
| 670 |
+
],
|
| 671 |
+
"aggregates_source": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd/deg_reference.npz",
|
| 672 |
+
"aggregates_sha256": "8fada1ace7530b79bfc5c5201b9cb60399ff77d083dd8b53b13cfbe900cda55c",
|
| 673 |
+
"aggregates_note": null,
|
| 674 |
+
"types_not_scored_observed": [],
|
| 675 |
+
"observed": {
|
| 676 |
+
"T cell": {
|
| 677 |
+
"n_significant": 873,
|
| 678 |
+
"n_tested": 5747,
|
| 679 |
+
"n_case_donors": 104,
|
| 680 |
+
"n_control_donors": 31,
|
| 681 |
+
"n_cells": 241386,
|
| 682 |
+
"top_list_size": 50
|
| 683 |
+
},
|
| 684 |
+
"B cell": {
|
| 685 |
+
"n_significant": 215,
|
| 686 |
+
"n_tested": 5636,
|
| 687 |
+
"n_case_donors": 104,
|
| 688 |
+
"n_control_donors": 31,
|
| 689 |
+
"n_cells": 46374,
|
| 690 |
+
"top_list_size": 50
|
| 691 |
+
},
|
| 692 |
+
"Monocyte": {
|
| 693 |
+
"n_significant": 270,
|
| 694 |
+
"n_tested": 5628,
|
| 695 |
+
"n_case_donors": 103,
|
| 696 |
+
"n_control_donors": 31,
|
| 697 |
+
"n_cells": 74900,
|
| 698 |
+
"top_list_size": 50
|
| 699 |
+
},
|
| 700 |
+
"NK cell": {
|
| 701 |
+
"n_significant": 321,
|
| 702 |
+
"n_tested": 5579,
|
| 703 |
+
"n_case_donors": 104,
|
| 704 |
+
"n_control_donors": 31,
|
| 705 |
+
"n_cells": 67818,
|
| 706 |
+
"top_list_size": 50
|
| 707 |
+
},
|
| 708 |
+
"DC": {
|
| 709 |
+
"n_significant": 272,
|
| 710 |
+
"n_tested": 5426,
|
| 711 |
+
"n_case_donors": 104,
|
| 712 |
+
"n_control_donors": 31,
|
| 713 |
+
"n_cells": 12959,
|
| 714 |
+
"top_list_size": 50
|
| 715 |
+
}
|
| 716 |
+
},
|
| 717 |
+
"broadcast": "welch_bh_deg + top_deg_genes on the arm's condition bulk_counts (scoring genes, case|control donors), one list compared with every type's observed list (sle_broadcast.py broadcast_input_bulk); not part of the published benchmark"
|
| 718 |
+
},
|
| 719 |
+
"headline": {
|
| 720 |
+
"scsemi5nt": {
|
| 721 |
+
"comp_l1": 0.57535259805073,
|
| 722 |
+
"comp_l1_obs_loo_null": 0.5045022619268063,
|
| 723 |
+
"precision": 0.6776127663499677,
|
| 724 |
+
"coverage": 0.34664698828521356,
|
| 725 |
+
"precision_dm": 0.853749654090951,
|
| 726 |
+
"coverage_dm": 0.3798542569873628,
|
| 727 |
+
"pb_r_median": 0.8312914722864273,
|
| 728 |
+
"pb_top1": 0.020689655172413793,
|
| 729 |
+
"mono_pct_gen": 16.72735632183908,
|
| 730 |
+
"mono_pct_obs": 17.381107161241506,
|
| 731 |
+
"median_umi_gen": 1584.0,
|
| 732 |
+
"median_umi_obs": 1331.0,
|
| 733 |
+
"contrast_mean_cp10k_r_gen": 0.699022708566011,
|
| 734 |
+
"contrast_pseudobulk_log1p_cpm_r_gen": 0.48991452975481753,
|
| 735 |
+
"contrast_mean_cp10k_r_broadcast": 0.6538959233815048,
|
| 736 |
+
"contrast_pseudobulk_log1p_cpm_r_broadcast": 0.5814675058221703,
|
| 737 |
+
"deg_top50_T": 31,
|
| 738 |
+
"deg_top50_B": 12,
|
| 739 |
+
"deg_top50_Mono": 24,
|
| 740 |
+
"deg_top50_NK": 23,
|
| 741 |
+
"deg_top50_DC": 12,
|
| 742 |
+
"deg_top50_sum": 102,
|
| 743 |
+
"deg_top50_max": 250,
|
| 744 |
+
"deg_top50_sum_4type": 90,
|
| 745 |
+
"deg_top50_sum_broadcast": 76,
|
| 746 |
+
"seconds": 49.2
|
| 747 |
+
}
|
| 748 |
+
},
|
| 749 |
+
"per_arm": {
|
| 750 |
+
"scsemi5nt": {
|
| 751 |
+
"arm": "scsemi5nt",
|
| 752 |
+
"npz": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3/scsemi5nt__raw.npz",
|
| 753 |
+
"npz_sha256": "a80ba3d4dfd6f2c583397c8dfee76b51be22902e8379e639035c80fb4786115b",
|
| 754 |
+
"receipt_verified": true,
|
| 755 |
+
"generation": {
|
| 756 |
+
"checkpoint": null,
|
| 757 |
+
"checkpoint_sha256": null,
|
| 758 |
+
"input_condition_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3/test_raw.npz",
|
| 759 |
+
"input_condition_sha256": "1bb5ea46702a37ba35cf81b4e82426c5cfa539ef881c477be37e40621df26b7f",
|
| 760 |
+
"seed": 20260927,
|
| 761 |
+
"steps": null,
|
| 762 |
+
"support_readout": "no output threshold: the upstream model's ZINB mean on every modeled gene (sample(bound=0), no xsemi > 10 step); read-out sensitivity variant, not the official output",
|
| 763 |
+
"weights": null
|
| 764 |
+
},
|
| 765 |
+
"condition_for_broadcast": {
|
| 766 |
+
"path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3/test_raw.npz",
|
| 767 |
+
"sha256": "1bb5ea46702a37ba35cf81b4e82426c5cfa539ef881c477be37e40621df26b7f"
|
| 768 |
+
},
|
| 769 |
+
"poisson": {
|
| 770 |
+
"seed": 20260916,
|
| 771 |
+
"rule": "whole NPZ, rows in NPZ order",
|
| 772 |
+
"nnz_whole_npz": 43404400,
|
| 773 |
+
"median_library_whole_npz_panel": 1584.0,
|
| 774 |
+
"n_rows_whole_npz": 217500
|
| 775 |
+
},
|
| 776 |
+
"annotation": {
|
| 777 |
+
"model_pt_sha256": "bf3655899e5abee435340fc008656c4a17342da0f30b70cfd43de8e9223e1930",
|
| 778 |
+
"zero_padded_model_genes": 0,
|
| 779 |
+
"label_counts": {
|
| 780 |
+
"T cell": 121933,
|
| 781 |
+
"NK cell": 40676,
|
| 782 |
+
"Monocyte": 36382,
|
| 783 |
+
"B cell": 12396,
|
| 784 |
+
"DC": 4287,
|
| 785 |
+
"Other": 1826
|
| 786 |
+
},
|
| 787 |
+
"mean_l2_max_prob": 0.9392663236259043,
|
| 788 |
+
"predict_seconds": 6.8
|
| 789 |
+
},
|
| 790 |
+
"n_donors": 145,
|
| 791 |
+
"n_generated_cells": 217500,
|
| 792 |
+
"composition": {
|
| 793 |
+
"l1_mean": 0.57535259805073,
|
| 794 |
+
"l1_median": 0.5556205287713841,
|
| 795 |
+
"l1_obs_loo_null_mean": 0.5045022619268063,
|
| 796 |
+
"l1_generated_loo_mean_vs_observed_mean": 0.5021960390954497,
|
| 797 |
+
"composition_top1": 0.0,
|
| 798 |
+
"mean_fraction_generated": {
|
| 799 |
+
"T cell": 0.560611,
|
| 800 |
+
"B cell": 0.056993,
|
| 801 |
+
"Monocyte": 0.167274,
|
| 802 |
+
"NK cell": 0.187016,
|
| 803 |
+
"DC": 0.01971,
|
| 804 |
+
"Other": 0.008395
|
| 805 |
+
},
|
| 806 |
+
"mean_fraction_observed": {
|
| 807 |
+
"T cell": 0.489671,
|
| 808 |
+
"B cell": 0.123619,
|
| 809 |
+
"Monocyte": 0.173811,
|
| 810 |
+
"NK cell": 0.167078,
|
| 811 |
+
"DC": 0.031077,
|
| 812 |
+
"Other": 0.014744
|
| 813 |
+
}
|
| 814 |
+
},
|
| 815 |
+
"pseudobulk": {
|
| 816 |
+
"n_genes": 5927,
|
| 817 |
+
"r_median": 0.8312914722864273,
|
| 818 |
+
"r_mean": 0.8239950248780242,
|
| 819 |
+
"top1": 0.020689655172413793,
|
| 820 |
+
"n_top1": 3,
|
| 821 |
+
"own_rank_median": 42.0,
|
| 822 |
+
"chance_top1": 0.006896551724137931
|
| 823 |
+
},
|
| 824 |
+
"precision_coverage": {
|
| 825 |
+
"precision": 0.6776127663499677,
|
| 826 |
+
"coverage": 0.34664698828521356,
|
| 827 |
+
"density": 0.27467484549395815,
|
| 828 |
+
"n_query": 21682,
|
| 829 |
+
"n_reference": 21682
|
| 830 |
+
},
|
| 831 |
+
"precision_coverage_depth_matched": {
|
| 832 |
+
"precision": 0.853749654090951,
|
| 833 |
+
"coverage": 0.3798542569873628,
|
| 834 |
+
"density": 0.519647633982105,
|
| 835 |
+
"detected_median_before": {
|
| 836 |
+
"R1": 344.0,
|
| 837 |
+
"Q": 177.0
|
| 838 |
+
},
|
| 839 |
+
"detected_median_after": {
|
| 840 |
+
"R1": 177.0,
|
| 841 |
+
"Q": 177.0
|
| 842 |
+
}
|
| 843 |
+
},
|
| 844 |
+
"monocyte_pct": {
|
| 845 |
+
"generated_mean_over_donors": 16.72735632183908,
|
| 846 |
+
"observed_mean_over_donors": 17.381107161241506,
|
| 847 |
+
"generated_pooled_cells": 16.72735632183908
|
| 848 |
+
},
|
| 849 |
+
"median_umi_per_cell_scoring_genes": {
|
| 850 |
+
"generated_pooled": 1584.0,
|
| 851 |
+
"observed_pooled": 1331.0,
|
| 852 |
+
"generated_mean_of_donor_medians": 1583.641357421875,
|
| 853 |
+
"observed_mean_of_donor_medians": 1258.7103448275861
|
| 854 |
+
},
|
| 855 |
+
"contrast": {
|
| 856 |
+
"mean_cp10k": {
|
| 857 |
+
"per_type": {
|
| 858 |
+
"T cell": {
|
| 859 |
+
"r_generated": 0.737724420686492,
|
| 860 |
+
"r_broadcast": 0.6363131785460265,
|
| 861 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.7085206456544535,
|
| 862 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.35700658625871573,
|
| 863 |
+
"n_genes": 3031
|
| 864 |
+
},
|
| 865 |
+
"B cell": {
|
| 866 |
+
"r_generated": 0.6296998188371284,
|
| 867 |
+
"r_broadcast": 0.6181604529907424,
|
| 868 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.4985133262135762,
|
| 869 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.4537835374413586,
|
| 870 |
+
"n_genes": 3186
|
| 871 |
+
},
|
| 872 |
+
"Monocyte": {
|
| 873 |
+
"r_generated": 0.6586766737476113,
|
| 874 |
+
"r_broadcast": 0.7038117222497147,
|
| 875 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.3886891525124981,
|
| 876 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.6317571445558192,
|
| 877 |
+
"n_genes": 2879
|
| 878 |
+
},
|
| 879 |
+
"NK cell": {
|
| 880 |
+
"r_generated": 0.7699899209928126,
|
| 881 |
+
"r_broadcast": 0.6572983397395356,
|
| 882 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.690300361895073,
|
| 883 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.47493885047069795,
|
| 884 |
+
"n_genes": 2964
|
| 885 |
+
}
|
| 886 |
+
},
|
| 887 |
+
"mean_r_generated": 0.699022708566011,
|
| 888 |
+
"mean_r_broadcast": 0.6538959233815048,
|
| 889 |
+
"mean_partial_r": 0.5715058715689002
|
| 890 |
+
},
|
| 891 |
+
"pseudobulk_log1p_cpm": {
|
| 892 |
+
"per_type": {
|
| 893 |
+
"T cell": {
|
| 894 |
+
"r_generated": 0.6408655751488717,
|
| 895 |
+
"r_broadcast": 0.6151584600190607,
|
| 896 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.5458938385641605,
|
| 897 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.40081523001508823,
|
| 898 |
+
"n_genes": 3031
|
| 899 |
+
},
|
| 900 |
+
"B cell": {
|
| 901 |
+
"r_generated": 0.22676270525083134,
|
| 902 |
+
"r_broadcast": 0.4479445109520174,
|
| 903 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.10390330806347428,
|
| 904 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.30899534690738684,
|
| 905 |
+
"n_genes": 3186
|
| 906 |
+
},
|
| 907 |
+
"Monocyte": {
|
| 908 |
+
"r_generated": 0.5472697251447488,
|
| 909 |
+
"r_broadcast": 0.6894081488945825,
|
| 910 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.3069451368706395,
|
| 911 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.5179433629530379,
|
| 912 |
+
"n_genes": 2879
|
| 913 |
+
},
|
| 914 |
+
"NK cell": {
|
| 915 |
+
"r_generated": 0.5447601134748183,
|
| 916 |
+
"r_broadcast": 0.5733589034230205,
|
| 917 |
+
"partial_r_generated_given_broadcast": 0.41428480789562355,
|
| 918 |
+
"r_generated_vs_broadcast": 0.4102330037011771,
|
| 919 |
+
"n_genes": 2964
|
| 920 |
+
}
|
| 921 |
+
},
|
| 922 |
+
"mean_r_generated": 0.48991452975481753,
|
| 923 |
+
"mean_r_broadcast": 0.5814675058221703,
|
| 924 |
+
"mean_partial_r": 0.34275677284847444
|
| 925 |
+
}
|
| 926 |
+
},
|
| 927 |
+
"deg_top50": {
|
| 928 |
+
"types_scored": [
|
| 929 |
+
"T cell",
|
| 930 |
+
"B cell",
|
| 931 |
+
"Monocyte",
|
| 932 |
+
"NK cell",
|
| 933 |
+
"DC"
|
| 934 |
+
],
|
| 935 |
+
"types_not_scored": {},
|
| 936 |
+
"per_type": {
|
| 937 |
+
"T cell": {
|
| 938 |
+
"deg_scored": true,
|
| 939 |
+
"top50_overlap": 31,
|
| 940 |
+
"top50_jaccard": 0.4492753623188406,
|
| 941 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 942 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 943 |
+
"top50_overlap_broadcast": 16,
|
| 944 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.19047619047619047,
|
| 945 |
+
"n_cells_obs": 241386,
|
| 946 |
+
"n_cells_gen": 112092
|
| 947 |
+
},
|
| 948 |
+
"B cell": {
|
| 949 |
+
"deg_scored": true,
|
| 950 |
+
"top50_overlap": 12,
|
| 951 |
+
"top50_jaccard": 0.13636363636363635,
|
| 952 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 953 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 954 |
+
"top50_overlap_broadcast": 13,
|
| 955 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.14942528735632185,
|
| 956 |
+
"n_cells_obs": 46374,
|
| 957 |
+
"n_cells_gen": 11744
|
| 958 |
+
},
|
| 959 |
+
"Monocyte": {
|
| 960 |
+
"deg_scored": true,
|
| 961 |
+
"top50_overlap": 24,
|
| 962 |
+
"top50_jaccard": 0.3157894736842105,
|
| 963 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 964 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 965 |
+
"top50_overlap_broadcast": 20,
|
| 966 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.25,
|
| 967 |
+
"n_cells_obs": 74900,
|
| 968 |
+
"n_cells_gen": 34011
|
| 969 |
+
},
|
| 970 |
+
"NK cell": {
|
| 971 |
+
"deg_scored": true,
|
| 972 |
+
"top50_overlap": 23,
|
| 973 |
+
"top50_jaccard": 0.2987012987012987,
|
| 974 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 975 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 976 |
+
"top50_overlap_broadcast": 15,
|
| 977 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.17647058823529413,
|
| 978 |
+
"n_cells_obs": 67818,
|
| 979 |
+
"n_cells_gen": 38977
|
| 980 |
+
},
|
| 981 |
+
"DC": {
|
| 982 |
+
"deg_scored": true,
|
| 983 |
+
"top50_overlap": 12,
|
| 984 |
+
"top50_jaccard": 0.13636363636363635,
|
| 985 |
+
"obs_top_list_size": 50,
|
| 986 |
+
"gen_top_list_size": 50,
|
| 987 |
+
"top50_overlap_broadcast": 12,
|
| 988 |
+
"top50_jaccard_broadcast": 0.13636363636363635,
|
| 989 |
+
"n_cells_obs": 12959,
|
| 990 |
+
"n_cells_gen": 3939
|
| 991 |
+
}
|
| 992 |
+
},
|
| 993 |
+
"sum": 102,
|
| 994 |
+
"sum_4type": 90,
|
| 995 |
+
"max": 250,
|
| 996 |
+
"mean": 20.4,
|
| 997 |
+
"sum_broadcast": 76,
|
| 998 |
+
"sum_broadcast_4type": 64,
|
| 999 |
+
"broadcast_n_significant": 2000,
|
| 1000 |
+
"seconds": 0.36
|
| 1001 |
+
},
|
| 1002 |
+
"seconds": 49.2
|
| 1003 |
+
}
|
| 1004 |
+
},
|
| 1005 |
+
"code_sha256": {
|
| 1006 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py": "ec5f40b4cea6d5062d0138f3b934abb6465e34cbfeac869c8a0906924c033aec",
|
| 1007 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/ft_common.py": "4a6366b0f22208cd58714fc0261b8840c643b9d4569704d560cfd93534cbc747",
|
| 1008 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/umap/cell_immicro_5arm/tools/stage_b_embed.py": "d056cfdf38fb0e5f478756f370174e993b75d0c973c48e02e21749175a4ca2da",
|
| 1009 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py": "48b12d794782b840838853e93e0fc55fab00532c4b3698f4588e926b985d2881",
|
| 1010 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/immicro/tools/immicro_common.py": "c5c30e917148cc5e664e91ea30c11bbdff9b6d1f53a3e0a13e16b1917eff37e9",
|
| 1011 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/predict_scanvi.py": "482ee5dcf4d72b54bc36cbb6dcff62e5030bc7afc46cb5fb01eca73a82ee45a5",
|
| 1012 |
+
"/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/poisson_readout.py": "8bfa080942fbcdc89ae23b276524a1a83266fb8cbc56b9af279e50f82e6cde38"
|
| 1013 |
+
},
|
| 1014 |
+
"seconds": 60.5
|
| 1015 |
+
}
|
paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3_scsemi5rt/README.md
ADDED
|
@@ -0,0 +1,73 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
# score_ft.py output: imperial_eskd, 145 scored donors
|
| 2 |
+
|
| 3 |
+
Arms: scsemi5rt. Every arm is scored on the same donors against the same observed reference.
|
| 4 |
+
|
| 5 |
+
## Inputs and fixed contracts
|
| 6 |
+
- Observed reference: `/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd/reference.npz` (sha 34b4caa3f8a6), built from datadir:/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/data/imperial_eskd;
|
| 7 |
+
observed cells sum exactly to the features pseudobulk of every donor. Observed labels: /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd/observed_labels/labels/labels.parquet.
|
| 8 |
+
- Generated cells: `generated_counts` read out once with Poisson(seed 20260916) over the **whole NPZ in row order**
|
| 9 |
+
(`poisson_readout.poisson_integerise`), then the scored donors' rows. These integer counts are used for labels, embedding,
|
| 10 |
+
depth and the contrast. Pseudobulk uses the summed `generated_counts` (rates), as `score_generated.py`.
|
| 11 |
+
- Labels: frozen f01common scANVI (`predict_scanvi.py`, CPU, zero query epochs), six-type gate ['T cell', 'B cell', 'Monocyte', 'NK cell', 'DC', 'Other']; query genes =
|
| 12 |
+
the 1,006-gene annotation list minus genes the dataset's sc assay did not measure in every sample (1005 genes).
|
| 13 |
+
- Scoring genes: 6k panel genes measured by both assays in every sample of the dataset (5927 genes).
|
| 14 |
+
|
| 15 |
+
## Definitions
|
| 16 |
+
1. **Composition**: fraction of each donor's cells per six-type label (all generated cells; all observed QC cells).
|
| 17 |
+
`comp_l1` = sum over the six labels of |generated - observed| (immicro_common.l1). `comp_l1_obs_loo_null` = L1 of the
|
| 18 |
+
donor's observed composition to the mean of the *other scored donors'* observed compositions. `composition_top1` =
|
| 19 |
+
fraction of donors whose generated composition is closest (L1) to their own observed composition.
|
| 20 |
+
2. **Pseudobulk**: `pb_r` = Pearson r of CPM-log1p(summed generated_counts) vs CPM-log1p(observed pseudobulk) on the scoring
|
| 21 |
+
genes (evaluate_realbulk.cpm_log1p / paired_r). `pb_top1` = the donor's generated pseudobulk is closest (Pearson) to its own
|
| 22 |
+
observed pseudobulk among the 145 scored donors (immicro_common.retrieval = evaluate_realbulk.top1 arithmetic).
|
| 23 |
+
3. **Precision / coverage / density** (stage_b_embed.py functions): per-cell CP10K over the scoring genes + log1p; PCA-50
|
| 24 |
+
(randomized, random_state 20260925) and k = 10 real-real k-NN balls fitted on **R1 of the scored donors only**.
|
| 25 |
+
Reference rule (independent of fold and arm): per donor, cells in canonical order (library_id+barcode), one
|
| 26 |
+
permutation from `default_rng([20260925, uint64(sha256(donor)[:8])])`; R1 = first n, R2 = next n,
|
| 27 |
+
n = min(150, n_cells // 2) (21682 R1 cells here). Generated query: per donor n cells (the donor's R1 size),
|
| 28 |
+
without replacement, `default_rng([20260926, same key])`. Precision = fraction of generated cells inside any R1 ball
|
| 29 |
+
(Kynkaanniemi 2019); coverage = fraction of R1 cells whose ball holds a generated cell; density = Naeem 2020.
|
| 30 |
+
Per-donor precision = that donor's generated cells; per-donor coverage = that donor's R1 cells (the pooled values are
|
| 31 |
+
their n-weighted means; plain means when every donor has 150 reference cells). R2 (held-out real cells of the same donors) is the
|
| 32 |
+
perfect-generator control: precision 0.9691, coverage 0.9998.
|
| 33 |
+
**Depth matched**: stage_b_embed depth matching run pairwise (R1 vs this arm): per donor and within-donor rank of detected
|
| 34 |
+
genes, both cells are thinned by UMI sampling without replacement to the smaller detected-gene count; PCA kept from
|
| 35 |
+
un-thinned R1, radii recomputed on thinned R1; fresh rng(20260929) per arm. R2 control: precision
|
| 36 |
+
0.9693, coverage 0.9997.
|
| 37 |
+
4. **Monocyte %** = 100 x Monocyte fraction (all cells) per donor; **median UMI per cell** = median over cells of the
|
| 38 |
+
Poisson-read (generated) / observed counts summed over the scoring genes (per donor, and pooled).
|
| 39 |
+
5. **Group contrast** (T, B, Monocyte, NK): case groups ['covid_positive'] (n = 104) vs control groups ['covid_negative'] (n = 31); rule: explicit --case-groups / --control-groups; groups from features groups.
|
| 40 |
+
Genes per type = scoring genes detected (count > 0) in >= 1 % of the scored donors' observed
|
| 41 |
+
cells of that type. Primary statistic `mean_cp10k`: per-cell CP10K over the scoring genes; per donor the mean over its
|
| 42 |
+
cells of the type (donors with >= 1 such cell); group mean = mean over the group's donors (donor-balanced);
|
| 43 |
+
logFC = log2(case mean + 1) - log2(control mean + 1). Secondary `pseudobulk_log1p_cpm`: the SLE benchmark evaluator's
|
| 44 |
+
statistic (donor x type summed counts, log1p CPM over the scoring genes, mean case - mean control;
|
| 45 |
+
evaluate_generated_vs_truth.group_log_fold_change). Both are computed on the generated cells (their frozen labels) and on
|
| 46 |
+
the observed cells; `r_generated` = Pearson r of the two logFC vectors. Broadcast baseline `r_broadcast`: the same
|
| 47 |
+
observed vector against the logFC of the input bulk (condition NPZ `bulk_counts` of the arm, scoring genes, per-donor
|
| 48 |
+
CP10K resp. log1p CPM, group means). `partial_r_generated_given_broadcast`: r of the OLS residuals of observed and
|
| 49 |
+
generated logFC on the bulk logFC (residual_specificity.py).
|
| 50 |
+
6. **Top-50 DEG overlap** (contrast.csv rows `statistic = welch_top50_deg`; summary `deg_top50`): the SLE benchmark's score (`total_top50_overlap` of
|
| 51 |
+
`bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py`, Welch backend: the "top-50 DEG 81 / 84" of the final model), run
|
| 52 |
+
with the evaluator's own functions on the same donor x type pseudobulks as the contrast. Per cell type, observed and
|
| 53 |
+
generated separately: donor x type summed counts on all 5927 scoring genes (donors of the two groups with
|
| 54 |
+
>= 1 cell of the type) -> `welch_bh_deg` (log1p CPM, two-sided Welch t-test case vs control, Benjamini-Hochberg over the
|
| 55 |
+
genes with a defined p-value; needs >= 2 donors per group) -> `top_deg_genes` (FDR < 0.05, descending |logFC|,
|
| 56 |
+
first 50; shorter when fewer genes pass). `top50_overlap` = |observed list & generated list|; `top50_jaccard`
|
| 57 |
+
the evaluator's Jaccard. Summary `sum` = total over the scored types (the quantity reported as 81), `max` = the sum of
|
| 58 |
+
the observed list lengths (the "of 262"), `sum_4type` = T + B + Monocyte + NK. A type is scored when its observed test
|
| 59 |
+
is defined; an arm whose generated test is undefined for a scored type gets overlap 0. Types: T cell, B cell, Monocyte, NK cell, DC
|
| 60 |
+
(aggregates: /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/imperial_eskd/deg_reference.npz).
|
| 61 |
+
**Broadcast analogue** (`top50_overlap_broadcast`, as `sle_broadcast.py` `broadcast_input_bulk`; not part of the
|
| 62 |
+
published benchmark): the same test on the arm's condition bulk_counts (scoring genes, the 104 + 31
|
| 63 |
+
donors), one whole-PBMC top-50 list, compared with every type's observed list.
|
| 64 |
+
|
| 65 |
+
## Files
|
| 66 |
+
- `per_donor.csv`: one row per arm x donor (all per-donor quantities above).
|
| 67 |
+
- `summary.json`: per arm the donor means / pooled values, provenance (NPZ sha, receipt check, generation metadata,
|
| 68 |
+
Poisson nnz of the whole NPZ, annotation contract), and the reference block (PCA, R2 control).
|
| 69 |
+
- `contrast.csv`: per arm x cell type x statistic (`mean_cp10k`, `pseudobulk_log1p_cpm`: logFC r; `welch_top50_deg`:
|
| 70 |
+
top-50 DEG overlap, T / B / Monocyte / NK / DC; columns of the other kind are empty).
|
| 71 |
+
- `arms/<arm>/labels/` (predict_scanvi.py labels + manifest), `arms/<arm>/generated_cells.parquet` (NPZ row, donor, label,
|
| 72 |
+
UMI on the scoring genes, P/C subsample flag), `arms/<arm>/deg_top50_lists.csv` (observed, generated and broadcast
|
| 73 |
+
top-50 gene lists, Ensembl ids, rank order).
|
paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T174003Z-scsemi-readout-sensitivity/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/imperial_eskd/fewshot_n5/draw3_scsemi5rt/contrast.csv
ADDED
|
@@ -0,0 +1,14 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
arm,celltype,statistic,n_genes,r_generated,r_broadcast,partial_r_generated_given_broadcast,r_generated_vs_broadcast,n_case_donors_obs,n_control_donors_obs,n_case_donors_gen,n_control_donors_gen,n_cells_obs,n_cells_gen,deg_scored,top50_overlap,top50_jaccard,obs_top_list_size,gen_top_list_size,n_sig_obs,n_sig_gen,top50_overlap_broadcast,top50_jaccard_broadcast,broadcast_top_list_size,n_sig_broadcast
|
| 2 |
+
scsemi5rt,T cell,mean_cp10k,3031,0.6060350721688311,0.6363131785460265,0.5399251070777402,0.3358653310496886,104,31,104,31,241386,116152,,,,,,,,,,,
|
| 3 |
+
scsemi5rt,T cell,pseudobulk_log1p_cpm,3031,0.43162008556884457,0.6151584600190607,0.298483379710261,0.34219015065077757,104,31,104,31,241386,116152,,,,,,,,,,,
|
| 4 |
+
scsemi5rt,B cell,mean_cp10k,3186,0.4915355330827502,0.6181604529907424,0.36040492254672224,0.3692566580191528,104,31,102,29,46374,9952,,,,,,,,,,,
|
| 5 |
+
scsemi5rt,B cell,pseudobulk_log1p_cpm,3186,0.1479403700653546,0.4479445109520174,0.01570824959991736,0.30036020983902023,104,31,102,29,46374,9952,,,,,,,,,,,
|
| 6 |
+
scsemi5rt,Monocyte,mean_cp10k,2879,0.5984583850810195,0.7038117222497147,0.3608968511346213,0.5448620414031753,103,31,102,31,74900,32817,,,,,,,,,,,
|
| 7 |
+
scsemi5rt,Monocyte,pseudobulk_log1p_cpm,2879,0.44181157221579387,0.6894081488945825,0.17373899901378922,0.48078938071512506,103,31,102,31,74900,32817,,,,,,,,,,,
|
| 8 |
+
scsemi5rt,NK cell,mean_cp10k,2964,0.6734645046482207,0.6572983397395356,0.5808423942368478,0.42030601172601745,104,31,103,31,67818,36682,,,,,,,,,,,
|
| 9 |
+
scsemi5rt,NK cell,pseudobulk_log1p_cpm,2964,0.42320651269649356,0.5733589034230205,0.2830152736318047,0.36096827331087095,104,31,103,31,67818,36682,,,,,,,,,,,
|
| 10 |
+
scsemi5rt,T cell,welch_top50_deg,5927,,,,,104,31,104,31,241386,116152,True,16,0.19047619047619047,50,50,873,671,16,0.19047619047619047,50,2000
|
| 11 |
+
scsemi5rt,B cell,welch_top50_deg,5927,,,,,104,31,102,29,46374,9952,True,11,0.12359550561797752,50,50,215,139,13,0.14942528735632185,50,2000
|
| 12 |
+
scsemi5rt,Monocyte,welch_top50_deg,5927,,,,,103,31,102,31,74900,32817,True,14,0.16279069767441862,50,50,270,305,20,0.25,50,2000
|
| 13 |
+
scsemi5rt,NK cell,welch_top50_deg,5927,,,,,104,31,103,31,67818,36682,True,15,0.17647058823529413,50,50,321,542,15,0.17647058823529413,50,2000
|
| 14 |
+
scsemi5rt,DC,welch_top50_deg,5927,,,,,104,31,102,31,12959,4351,True,10,0.1111111111111111,50,50,272,228,12,0.13636363636363635,50,2000
|