Archive 4 checkpoints (1-4)

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T022410Z-deconv-scsemi-deck/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled/arms/scsemi__raw/labels/labels.manifest.json

@@ -0,0 +1,152 @@
+{
+  "dataset_id": "Giroux2022",
+  "split": "generated",
+  "input_h5ad": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled/arms/scsemi__raw/query.h5ad",
+  "method": "scsemi__raw",
+  "out_parquet": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled/arms/scsemi__raw/labels/labels.parquet",
+  "training_source": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/reference/aifi_reference_f01common.h5ad",
+  "target_truth_used_for_fitting": false,
+  "classifier": "aifi_scanvi_rebuild_20260916_frozen_predict[aifi_scanvi_f01common_v1]",
+  "labels": [
+    "T cell",
+    "B cell",
+    "Monocyte",
+    "NK cell",
+    "DC",
+    "Other"
+  ],
+  "l2_labels": [
+    "ASDC",
+    "CD14 monocyte",
+    "CD16 monocyte",
+    "CD56bright NK cell",
+    "CD56dim NK cell",
+    "CD8aa",
+    "DN T cell",
+    "Effector B cell",
+    "Erythrocyte",
+    "ILC",
+    "Intermediate monocyte",
+    "MAIT",
+    "Memory B cell",
+    "Memory CD4 T cell",
+    "Memory CD8 T cell",
+    "Naive B cell",
+    "Naive CD4 T cell",
+    "Naive CD8 T cell",
+    "Plasma cell",
+    "Platelet",
+    "Progenitor cell",
+    "Proliferating NK cell",
+    "Proliferating T cell",
+    "Transitional B cell",
+    "Treg",
+    "cDC1",
+    "cDC2",
+    "gdT",
+    "pDC"
+  ],
+  "n_cells": 36000,
+  "n_genes": 1005,
+  "note": "Evaluation-only annotation with a frozen AIFI scANVI (zero query-training epochs); L1 outside PBMC5 -> Other, never dropped.",
+  "label_source_column": "AIFI_L2 (reference) -> AIFI_L2_TO_L1 -> PBMC5 + Other",
+  "query_train_epochs": 0,
+  "confidence_threshold": 0.0,
+  "subset": false,
+  "evaluator_aligned": true,
+  "gene_space": {
+    "join_key": "ensembl_id",
+    "model_genes": 1005,
+    "query_genes": 1006,
+    "model_genes_missing_from_query_zero_padded": 0,
+    "query_genes_outside_model_dropped": 1,
+    "rule": "query is subset/reordered to the model's gene list; zero-padding of absent model genes is refused unless --allow-missing-genes"
+  },
+  "readout": null,
+  "query_build": {
+    "kind": "generated_npz",
+    "poisson_note": "one draw over the whole NPZ, then the scored donors' rows",
+    "readout": "poisson",
+    "seed": 20260916,
+    "set": "scsemi__raw",
+    "source_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/pooled_scsemi_cv_20261002/scsemi__raw.npz",
+    "source_sha256": "4c2f9e7c193605a0f6c5bda6a759730190e40bb3a4d4210e86c7cb0bdb9a7dd9"
+  },
+  "model": {
+    "scanvi_model_dir": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/runs/aifi_scanvi_f01common_v1/scanvi_model",
+    "model_pt_sha256": "bf3655899e5abee435340fc008656c4a17342da0f30b70cfd43de8e9223e1930",
+    "model_manifest": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/runs/aifi_scanvi_f01common_v1/MODEL_MANIFEST.json",
+    "held_out_summary": {
+      "l2_accuracy": 0.8692869740488788,
+      "l2_macro_f1": 0.8500925599737216,
+      "l1_accuracy": 0.9918367346938776,
+      "l1_macro_f1": 0.9715232379009036,
+      "pbmc5_other_accuracy": 0.9920886873267826,
+      "pbmc5_other_macro_f1": 0.9812088972148597
+    }
+  },
+  "label_counts": {
+    "celltype_l1_pred": {
+      "T cell": 19963,
+      "Monocyte": 8378,
+      "NK cell": 4657,
+      "B cell": 2042,
+      "Other": 736,
+      "DC": 224
+    },
+    "aifi_l1": {
+      "T cell": 19963,
+      "Monocyte": 8378,
+      "NK cell": 4657,
+      "B cell": 2042,
+      "Platelet": 529,
+      "DC": 224,
+      "Erythrocyte": 158,
+      "ILC": 49
+    },
+    "aifi_l2": {
+      "CD8aa": 6898,
+      "Intermediate monocyte": 5759,
+      "Memory CD4 T cell": 4073,
+      "CD56dim NK cell": 3653,
+      "Memory CD8 T cell": 2522,
+      "MAIT": 2333,
+      "CD16 monocyte": 1400,
+      "gdT": 1359,
+      "CD14 monocyte": 1219,
+      "Naive B cell": 1176,
+      "Naive CD8 T cell": 1092,
+      "Proliferating T cell": 1025,
+      "Proliferating NK cell": 831,
+      "Transitional B cell": 751,
+      "Platelet": 529,
+      "DN T cell": 481,
+      "CD56bright NK cell": 173,
+      "Naive CD4 T cell": 164,
+      "Erythrocyte": 158,
+      "pDC": 104,
+      "cDC2": 101,
+      "Effector B cell": 84,
+      "ILC": 49,
+      "Plasma cell": 31,
+      "cDC1": 19,
+      "Treg": 16
+    }
+  },
+  "confidence": {
+    "mean_l2_max_prob": 0.8491351462010708,
+    "mean_l1_mass": 0.9753945469856262,
+    "frac_l2_max_prob_ge_0.5": 0.9355
+  },
+  "timings_s": {
+    "predict": 0.2,
+    "total": 0.5
+  },
+  "versions": {
+    "scvi-tools": "1.4.1",
+    "torch": "2.11.0+cu130",
+    "anndata": "0.12.19"
+  },
+  "device": "cpu",
+  "created_at_utc": "2026-10-08T01:56:54.380043+00:00"
+}

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T022410Z-deconv-scsemi-deck/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled/arms/scsemi__raw/labels/labels.parquet

@@ -0,0 +1,3 @@
+version https://git-lfs.github.com/spec/v1
+oid sha256:23223713098301087649b703a06a4ab470080a101fec7d7b72198208db32e3e7
+size 946404

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T022410Z-deconv-scsemi-deck/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled/contrast.csv

@@ -0,0 +1,14 @@
+arm,celltype,statistic,n_genes,r_generated,r_broadcast,partial_r_generated_given_broadcast,r_generated_vs_broadcast,n_case_donors_obs,n_control_donors_obs,n_case_donors_gen,n_control_donors_gen,n_cells_obs,n_cells_gen,deg_scored,top50_overlap,top50_jaccard,obs_top_list_size,gen_top_list_size,n_sig_obs,n_sig_gen,top50_overlap_broadcast,top50_jaccard_broadcast,broadcast_top_list_size,n_sig_broadcast
+scsemi__raw,T cell,mean_cp10k,2908,0.5930522689696107,0.6665223768938867,0.4155752893755541,0.48269792775845904,11,13,11,13,145034,19963,,,,,,,,,,,
+scsemi__raw,T cell,pseudobulk_log1p_cpm,2908,0.48222885035463436,0.829771536027708,0.2547387294920712,0.4261589225484577,11,13,11,13,145034,19963,,,,,,,,,,,
+scsemi__raw,B cell,mean_cp10k,3053,0.40125283720248145,0.5741068019580355,0.27010482520482965,0.3361090700602138,11,13,11,13,17383,2042,,,,,,,,,,,
+scsemi__raw,B cell,pseudobulk_log1p_cpm,3053,0.2361635067863163,0.7295906969005199,0.07480498415972965,0.25590936160244165,11,13,11,13,17383,2042,,,,,,,,,,,
+scsemi__raw,Monocyte,mean_cp10k,3056,0.5922693774883422,0.6998157471451955,0.4763092837467804,0.40092358621603236,11,13,11,13,47311,8378,,,,,,,,,,,
+scsemi__raw,Monocyte,pseudobulk_log1p_cpm,3056,0.29841805289083734,0.8460762046394,0.15081008939555585,0.26098482906040044,11,13,11,13,47311,8378,,,,,,,,,,,
+scsemi__raw,NK cell,mean_cp10k,2955,0.5358277265379021,0.6119759414285395,0.41616911282923963,0.3775451429663273,11,13,11,13,29061,4657,,,,,,,,,,,
+scsemi__raw,NK cell,pseudobulk_log1p_cpm,2955,0.32126590272735384,0.7735167267842559,0.18744192685094438,0.2673422678090412,11,13,11,13,29061,4657,,,,,,,,,,,
+scsemi__raw,T cell,welch_top50_deg,5563,,,,,11,13,11,13,145034,19963,True,4,0.0784313725490196,50,5,306,5,10,0.1724137931034483,18,18
+scsemi__raw,B cell,welch_top50_deg,5563,,,,,11,13,11,13,17383,2042,True,1,0.1111111111111111,9,1,9,1,7,0.35,18,18
+scsemi__raw,Monocyte,welch_top50_deg,5563,,,,,11,13,11,13,47311,8378,True,0,0.0,7,0,7,0,7,0.3888888888888889,18,18
+scsemi__raw,NK cell,welch_top50_deg,5563,,,,,11,13,11,13,29061,4657,True,1,0.02,50,1,83,1,10,0.1724137931034483,18,18
+scsemi__raw,DC,welch_top50_deg,5563,,,,,11,13,11,13,4328,224,True,0,0.0,7,0,7,0,5,0.25,18,18

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T022410Z-deconv-scsemi-deck/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled/per_donor.csv

@@ -0,0 +1,25 @@
+arm,donor,group,n_generated_cells,n_observed_cells,n_reference_cells,gen_T cell,obs_T cell,gen_B cell,obs_B cell,gen_Monocyte,obs_Monocyte,gen_NK cell,obs_NK cell,gen_DC,obs_DC,gen_Other,obs_Other,comp_l1,comp_l1_obs_loo_null,pb_r,pb_own_rank,pb_top1,precision,coverage,precision_depth_matched,coverage_depth_matched,mono_pct_gen,mono_pct_obs,median_umi_gen,median_umi_obs
+scsemi__raw,450905_d0,mild,1500,5914,150,0.21533333333333332,0.30943523841731485,0.023333333333333334,0.036185322962461956,0.5913333333333334,0.4293202570172472,0.16133333333333333,0.12089956036523504,0.002,0.009976327358809604,0.006666666666666667,0.09418329387893135,0.4048936985683689,0.6266504923198378,0.6187504078474927,1,True,0.9466666666666667,0.41333333333333333,0.41333333333333333,0.32666666666666666,59.13333333333334,42.93202570172472,481.0,574.5
+scsemi__raw,450905_d14,mild,1500,7407,150,0.484,0.4422843256379101,0.035333333333333335,0.02929661131362225,0.24133333333333334,0.27420008100445525,0.21,0.15782368030241664,0.01,0.02983664101525584,0.019333333333333334,0.06655866072633995,0.1998574321587687,0.36155260046011806,0.5878660853992073,3,False,0.76,0.24666666666666667,0.3333333333333333,0.18,24.133333333333333,27.420008100445525,481.0,558.0
+scsemi__raw,0B943B_d0,mild,1500,11344,150,0.49666666666666665,0.6220028208744711,0.028,0.08312764456981664,0.2846666666666667,0.12588152327221439,0.168,0.11865303244005641,0.010666666666666666,0.023977433004231313,0.012,0.026357545839210156,0.41626422190879186,0.1791278384873501,0.5930900079662251,18,False,0.7933333333333333,0.2,0.36,0.08666666666666667,28.46666666666667,12.588152327221438,457.0,539.0
+scsemi__raw,0B943B_d14,mild,1500,15650,150,0.528,0.5652396166134185,0.126,0.11175718849840256,0.18866666666666668,0.17086261980830672,0.10466666666666667,0.09789137380191694,0.0026666666666666666,0.009968051118210863,0.05,0.04428115015974441,0.08908200212992537,0.10063602424453227,0.6581692262493687,7,False,0.8733333333333333,0.44,0.25333333333333335,0.12666666666666668,18.866666666666667,17.08626198083067,458.0,461.0
+scsemi__raw,7085CA_d0,mild,1500,12585,150,0.21666666666666667,0.21660707191100517,0.020666666666666667,0.024791418355184745,0.6073333333333333,0.5874453714739769,0.126,0.13198251887167262,0.002,0.017719507350019866,0.027333333333333334,0.021454112038140644,0.051653555820421124,0.8829287440863147,0.665253870794892,1,True,0.9666666666666667,0.5,0.4666666666666667,0.4,60.73333333333333,58.74453714739769,459.0,640.0
+scsemi__raw,7085CA_d7,mild,1500,9515,150,0.5226666666666666,0.521492380451918,0.03133333333333333,0.0722017866526537,0.20733333333333334,0.10110352075669994,0.21466666666666667,0.2725170782974251,0.009333333333333334,0.019863373620599055,0.014666666666666666,0.012821860220704152,0.21849781047468902,0.3632282731474772,0.6151883643710102,1,True,0.8133333333333334,0.36666666666666664,0.34,0.11333333333333333,20.733333333333334,10.110352075669994,460.0,502.0
+scsemi__raw,7085CA_d14,mild,1500,11887,150,0.54,0.472533019264743,0.03333333333333333,0.07133843694792631,0.21266666666666667,0.16210986792294102,0.19266666666666668,0.24270211155043325,0.008,0.018591738874400604,0.013333333333333334,0.032724825439555814,0.2360475589579653,0.2993283707516418,0.6396572707706992,1,True,0.9066666666666666,0.3466666666666667,0.31333333333333335,0.17333333333333334,21.266666666666666,16.2109867922941,459.0,536.0
+scsemi__raw,2AD75E_d0,mild,1500,7693,150,0.6733333333333333,0.6034056934875861,0.03666666666666667,0.06408423241908229,0.164,0.14064734173924348,0.10866666666666666,0.15949564539191471,0.0013333333333333333,0.025347718705316522,0.016,0.007019368256856883,0.20452185969929376,0.20681142084856263,0.5917595856033825,3,False,0.9,0.28,0.47333333333333333,0.10666666666666667,16.400000000000002,14.064734173924348,487.0,532.0
+scsemi__raw,2AD75E_d7,mild,1500,10499,150,0.6953333333333334,0.5808172206876845,0.04066666666666666,0.14372797409277074,0.14066666666666666,0.10277169254214687,0.10333333333333333,0.14715687208305553,0.006666666666666667,0.013715591961139155,0.013333333333333334,0.011810648633203162,0.30786754294059765,0.27874882058987843,0.6062670315494059,1,True,0.9533333333333334,0.5066666666666667,0.4533333333333333,0.18666666666666668,14.066666666666666,10.277169254214687,487.0,443.0
+scsemi__raw,2AD75E_d14,mild,1500,13692,150,0.6933333333333334,0.5811422728600643,0.043333333333333335,0.12503651767455448,0.15066666666666667,0.14198071866783524,0.08733333333333333,0.12496348232544552,0.007333333333333333,0.016579024247735902,0.018,0.010297984224364592,0.25715804849547186,0.19762923258298543,0.591443566405085,2,False,0.8866666666666667,0.56,0.46,0.14,15.066666666666666,14.198071866783524,487.0,428.0
+scsemi__raw,B85D75_d0,severe,1500,11441,150,0.5506666666666666,0.7173324010138974,0.014666666666666666,0.031203566121842496,0.30666666666666664,0.11441307578008915,0.10933333333333334,0.06039681845992483,0.015333333333333332,0.016519535005681322,0.0033333333333333335,0.06013460361856481,0.48238021151997207,0.35882358586377083,0.6563597480766664,17,False,0.9533333333333334,0.32666666666666666,0.52,0.07333333333333333,30.666666666666664,11.441307578008916,482.0,347.0
+scsemi__raw,B85D75_d7,severe,1500,12328,150,0.668,0.6435756002595717,0.06733333333333333,0.06448734587929916,0.16733333333333333,0.13741077222582737,0.07066666666666667,0.04201817001946788,0.007333333333333333,0.027741726151849447,0.019333333333333334,0.08476638546398442,0.17168288989833444,0.28301793033829503,0.6302182367785831,5,False,0.8666666666666667,0.5,0.2733333333333333,0.18,16.733333333333334,13.741077222582737,481.0,363.0
+scsemi__raw,180E1A_d0,severe,1500,7157,150,0.6233333333333333,0.7019700992035769,0.09733333333333333,0.04135811094033813,0.162,0.13175911694844208,0.098,0.0655302501047925,0.004666666666666667,0.013273718038284197,0.014666666666666666,0.04610870476456616,0.23737171067952123,0.31372800769589615,0.6142210890148238,17,False,0.8266666666666667,0.26,0.24666666666666667,0.14,16.2,13.175911694844208,485.0,433.0
+scsemi__raw,180E1A_d7,severe,1500,10591,150,0.542,0.7348692285903126,0.034666666666666665,0.04909829100179398,0.214,0.09064299877254273,0.18066666666666667,0.08280615617033331,0.010666666666666666,0.010480596733075253,0.018,0.03210272873194221,0.44280716331476416,0.37628768415060193,0.6136145963010454,13,False,0.8266666666666667,0.26,0.29333333333333333,0.11333333333333333,21.4,9.064299877254273,486.0,408.0
+scsemi__raw,180E1A_d14,severe,1500,12511,150,0.6673333333333333,0.680840860043162,0.10066666666666667,0.05147470226200943,0.12266666666666666,0.12277196067460634,0.08066666666666666,0.0800095915594277,0.006666666666666667,0.009831348413396212,0.022,0.05507153704739829,0.0996980790237924,0.28939519394073066,0.6596975131129077,2,False,0.9066666666666666,0.30666666666666664,0.34,0.15333333333333332,12.266666666666666,12.277196067460634,487.0,342.0
+scsemi__raw,82CCF5_d0,severe,1500,10125,150,0.576,0.5422222222222223,0.114,0.11832098765432099,0.18533333333333332,0.1539753086419753,0.108,0.09303703703703704,0.004,0.016691358024691356,0.012666666666666666,0.07575308641975309,0.1601975308641974,0.18419072822032903,0.6209799784948123,11,False,0.8933333333333333,0.31333333333333335,0.18666666666666668,0.19333333333333333,18.53333333333333,15.397530864197531,470.0,390.0
+scsemi__raw,82CCF5_d7,severe,1500,10860,150,0.668,0.619060773480663,0.05533333333333333,0.09972375690607735,0.14666666666666667,0.14152854511970533,0.08866666666666667,0.09410681399631676,0.0026666666666666666,0.013627992633517496,0.03866666666666667,0.03195211786372008,0.12158379373848988,0.19419086678828923,0.6863528219387598,1,True,0.8933333333333333,0.4066666666666667,0.18666666666666668,0.16666666666666666,14.666666666666666,14.152854511970533,471.0,497.0
+scsemi__raw,82CCF5_d14,severe,1500,11056,150,0.7046666666666667,0.6330499276410999,0.042666666666666665,0.10121201157742403,0.128,0.11369392185238784,0.08733333333333333,0.06828871201157742,0.0033333333333333335,0.014562228654124458,0.034,0.0691931982633864,0.20993487698986968,0.2787071044352101,0.6807957009382283,2,False,0.8666666666666667,0.36,0.22,0.14,12.8,11.369392185238784,470.0,394.0
+scsemi__raw,BAAF62_d0,mild,1500,14741,150,0.5066666666666667,0.5279153381724442,0.07133333333333333,0.0384641476154942,0.11266666666666666,0.1854690997897022,0.2946666666666667,0.1717658232141646,0.008,0.023132758971575875,0.006666666666666667,0.053252832236618954,0.3115400583406824,0.14602913946264867,0.6342838428340984,6,False,0.8066666666666666,0.37333333333333335,0.22,0.14,11.266666666666666,18.54690997897022,470.0,449.0
+scsemi__raw,BAAF62_d7,mild,1500,7297,150,0.578,0.6932986158695355,0.11533333333333333,0.04070165821570509,0.15266666666666667,0.13389063998903658,0.138,0.0941482801151158,0.010666666666666666,0.016033986569823216,0.005333333333333333,0.021926819240783883,0.2745188433602851,0.25991971231178185,0.6395238527372827,10,False,0.9333333333333333,0.18666666666666668,0.30666666666666664,0.11333333333333333,15.266666666666667,13.389063998903659,470.0,580.0
+scsemi__raw,BAAF62_d14,mild,1500,11923,150,0.596,0.5431518913025245,0.104,0.019206575526293717,0.15133333333333332,0.2843244149962258,0.14,0.10416841398976767,0.005333333333333333,0.032793759959741674,0.0033333333333333335,0.016354944225446616,0.3469462383628282,0.2201331132920326,0.6389247386136839,3,False,0.9266666666666666,0.3466666666666667,0.31333333333333335,0.22,15.133333333333333,28.43244149962258,471.0,513.0
+scsemi__raw,0BF51C_d0,severe,1500,6510,150,0.286,0.4012288786482335,0.03333333333333333,0.01674347158218126,0.49933333333333335,0.4609831029185868,0.13933333333333334,0.07726574500768049,0.0006666666666666666,0.006144393241167435,0.04133333333333333,0.03763440860215054,0.24141321044546854,0.5556611725994968,0.6574799900593404,1,True,0.8466666666666667,0.29333333333333333,0.38,0.32,49.93333333333334,46.09831029185868,457.0,628.0
+scsemi__raw,0BF51C_d7,severe,1500,10105,150,0.6053333333333333,0.612370113805047,0.050666666666666665,0.05700148441365661,0.24466666666666667,0.1607125185551707,0.04533333333333334,0.05294408708560119,0.004666666666666667,0.0073231073725878275,0.04933333333333333,0.10964868876793667,0.167908296222992,0.22247826940326798,0.5683029857384005,8,False,0.8,0.35333333333333333,0.5,0.12,24.46666666666667,16.071251855517072,457.0,509.0
+scsemi__raw,0BF51C_d14,severe,1500,11419,150,0.6713333333333333,0.6330676941938874,0.04133333333333333,0.07960416849111131,0.20333333333333334,0.151589456169542,0.04733333333333333,0.07907872843506436,0.005333333333333333,0.010508801120938787,0.03133333333333333,0.04615115158945617,0.18001903260647456,0.1611535225979176,0.6209535406481763,6,False,0.7866666666666666,0.35333333333333333,0.4066666666666667,0.13333333333333333,20.333333333333332,15.1589456169542,456.0,541.0