Archive 4 checkpoints (1-4)

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T105229Z-deck-cross-cohort-loco-k1000/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_crosscohort_20261002/scores/ye2026_sepsis/zs_K2000/per_donor.csv

@@ -0,0 +1,83 @@
+arm,donor,group,n_generated_cells,n_observed_cells,n_reference_cells,gen_T cell,obs_T cell,gen_B cell,obs_B cell,gen_Monocyte,obs_Monocyte,gen_NK cell,obs_NK cell,gen_DC,obs_DC,gen_Other,obs_Other,comp_l1,comp_l1_obs_loo_null,pb_r,pb_own_rank,pb_top1,precision,coverage,precision_depth_matched,coverage_depth_matched,mono_pct_gen,mono_pct_obs,median_umi_gen,median_umi_obs
+zs_K2000,Abd-PS04,ped_sepsis,1500,5449,150,0.066,0.14094329234721967,0.024666666666666667,0.17030647825289044,0.8473333333333334,0.5608368507983116,0.03,0.02147182969352175,0.008666666666666666,0.003853918150119288,0.023333333333333334,0.10258763075793724,0.5996748027160946,0.8240358281801887,0.8729867248509317,6,False,0.6733333333333333,0.03333333333333333,0.5666666666666667,0.04,84.73333333333333,56.083685079831156,1199.5,2716.0
+zs_K2000,Abd-PS05,ped_sepsis,1500,6924,150,0.3333333333333333,0.30387059503177355,0.19733333333333333,0.5060658578856152,0.284,0.07019064124783363,0.122,0.0891103408434431,0.0006666666666666666,0.008954361640670132,0.06266666666666666,0.021808203350664357,0.6340404390525706,0.6987393915367811,0.829648558733787,68,False,0.84,0.04,0.8533333333333334,0.03333333333333333,28.4,7.0190641247833625,402.5,2313.0
+zs_K2000,Abd-PS07,ped_sepsis,1500,3472,150,0.5953333333333334,0.8626152073732719,0.04933333333333333,0.023329493087557603,0.14466666666666667,0.002304147465437788,0.202,0.09331797235023041,0.0026666666666666666,0.0002880184331797235,0.006,0.018145161290322582,0.5588540706605224,0.7909717817075781,0.8309425919015117,67,False,0.8466666666666667,0.07333333333333333,0.8333333333333334,0.05333333333333334,14.466666666666667,0.2304147465437788,496.5,1614.0
+zs_K2000,Abd-PS19,ped_sepsis,1500,7984,150,0.36133333333333334,0.4622995991983968,0.186,0.11209919839679358,0.31266666666666665,0.2937124248496994,0.108,0.05586172344689379,0.008666666666666666,0.0156563126252505,0.023333333333333334,0.06037074148296593,0.28998663994655977,0.218193607618059,0.8760898384425697,21,False,0.74,0.08,0.6666666666666666,0.09333333333333334,31.266666666666666,29.37124248496994,575.0,2111.0
+zs_K2000,Abd-PS20,ped_sepsis,1500,7286,150,0.33066666666666666,0.30496843261048584,0.6173333333333333,0.5780949766675817,0.012666666666666666,0.08770244304144935,0.03133333333333333,0.007823222618720834,0.002,0.0005489980785067252,0.006,0.02086192698325556,0.1797954067160764,0.8206851316278935,0.8784301529915862,2,False,0.29333333333333333,0.04666666666666667,0.38666666666666666,0.04,1.2666666666666666,8.770244304144935,1667.0,1820.0
+zs_K2000,Abd-PS23,ped_sepsis,1500,4309,150,0.36666666666666664,0.2529589231840334,0.18933333333333333,0.3272220932931075,0.25533333333333336,0.32142028312833604,0.07866666666666666,0.013460199582269667,0.0033333333333333335,0.002088651659317707,0.10666666666666667,0.08284984915293572,0.4079514195095536,0.6120732295054894,0.8574799408583283,35,False,0.8333333333333334,0.03333333333333333,0.8,0.04666666666666667,25.533333333333335,32.1420283128336,353.5,1832.0
+zs_K2000,Abd-PS27,ped_sepsis,1500,9427,150,0.6813333333333333,0.6126021003500584,0.09666666666666666,0.06078285774901877,0.12933333333333333,0.13196138750397793,0.06866666666666667,0.010289593720165482,0.0026666666666666666,0.0029701920016972526,0.021333333333333333,0.1813938686750822,0.3259842296948481,0.5288253850706728,0.8682134369645207,37,False,0.5533333333333333,0.02,0.54,0.013333333333333334,12.933333333333334,13.196138750397793,1464.0,2356.0
+zs_K2000,Abd-S102,adult_sepsis,1500,9512,150,0.156,0.47981497056349875,0.10466666666666667,0.39318755256518084,0.5853333333333334,0.0053616484440706475,0.10333333333333333,0.095878889823381,0.006666666666666667,0.0007359125315391085,0.044,0.02502102607232969,1.2246717129240259,0.47699080006140543,0.7846077655176257,72,False,0.7133333333333334,0.04,0.6933333333333334,0.04666666666666667,58.53333333333334,0.5361648444070648,687.0,1646.0
+zs_K2000,Abd-S103,adult_sepsis,1500,9423,150,0.36133333333333334,0.4813753581661891,0.14,0.14782977820227103,0.26666666666666666,0.0024408362517245037,0.17066666666666666,0.04393505253104107,0.006,0.00021224663058473945,0.05533333333333333,0.3242067282181895,0.7934903958399661,0.5587060076493682,0.8084480524247315,76,False,0.76,0.04666666666666667,0.74,0.06,26.666666666666668,0.24408362517245036,454.0,971.0
+zs_K2000,Abd-S120,adult_sepsis,1500,5783,150,0.22866666666666666,0.3140238630468615,0.08866666666666667,0.11049628220646723,0.57,0.46446481065191075,0.08466666666666667,0.07297250561992046,0.01,0.0008646031471554556,0.018,0.03717793532768459,0.2527294944953599,0.5189164550921991,0.8931210361079465,4,False,0.6533333333333333,0.02666666666666667,0.6466666666666666,0.04,56.99999999999999,46.44648106519107,897.5,2845.0
+zs_K2000,Abd-S123,adult_sepsis,1500,6299,150,0.20866666666666667,0.16986823305286552,0.042,0.08779171297031275,0.6346666666666667,0.5027782187648833,0.07666666666666666,0.10938244165740593,0.004666666666666667,0.0007937767899666614,0.03333333333333333,0.1293856167645658,0.34911954278456914,0.8187693250726966,0.8834278415727974,9,False,0.68,0.06666666666666667,0.7,0.07333333333333333,63.46666666666667,50.277821876488325,724.0,2261.0
+zs_K2000,Abd-S156,adult_sepsis,1500,7004,150,0.088,0.3343803540833809,0.03,0.08209594517418618,0.786,0.39406053683609366,0.06533333333333333,0.0910908052541405,0.012,0.0012849800114220445,0.018666666666666668,0.0970873786407767,0.8053089663049686,0.4962206922485184,0.8779659675012269,17,False,0.6,0.07333333333333333,0.58,0.08,78.60000000000001,39.406053683609365,1600.5,1821.0
+zs_K2000,Abd-S39,adult_sepsis,1500,4291,150,0.13733333333333334,0.13819622465625728,0.04466666666666667,0.06152412025168958,0.7126666666666667,0.6933115823817292,0.05533333333333333,0.049638778839431366,0.005333333333333333,0.0013982754602656724,0.04466666666666667,0.05593101841062689,0.05796939330381419,0.9977910325594677,0.8888896842297925,6,False,0.64,0.09333333333333334,0.5466666666666666,0.11333333333333333,71.26666666666667,69.33115823817292,1186.5,3523.0
+zs_K2000,Abd-S42,adult_sepsis,1500,6567,150,0.3253333333333333,0.5748439165524593,0.07733333333333334,0.09760925841327851,0.35333333333333333,0.17039744175422566,0.212,0.05862646566164154,0.018666666666666668,0.0016750418760469012,0.013333333333333334,0.0968478757423481,0.7066021014161719,0.2811971753944427,0.8784132160886208,28,False,0.5,0.04,0.5333333333333333,0.04666666666666667,35.333333333333336,17.039744175422566,1319.0,1982.0
+zs_K2000,Abd-S47,adult_sepsis,1500,7971,150,0.5753333333333334,0.7027976414502571,0.3406666666666667,0.20474219044034625,0.015333333333333332,0.03224187680341237,0.054,0.019069125580228326,0.0033333333333333335,0.0006272738677706687,0.011333333333333334,0.040521891857985194,0.3471228202233094,0.5066504444101315,0.8702945271421944,8,False,0.3466666666666667,0.02,0.3933333333333333,0.013333333333333334,1.5333333333333332,3.224187680341237,1372.5,2030.0
+zs_K2000,Abd-S51,adult_sepsis,1500,6865,150,0.15266666666666667,0.25273124544792425,0.20133333333333334,0.269482884195193,0.5273333333333333,0.3551347414420976,0.07533333333333334,0.03670793882010197,0.024666666666666667,0.0014566642388929353,0.018666666666666668,0.08448652585579024,0.46806797766448166,0.566744289390268,0.8757058530340639,30,False,0.5133333333333333,0.04,0.47333333333333333,0.03333333333333333,52.733333333333334,35.51347414420976,1277.5,1849.0
+zs_K2000,Abd-S54,adult_sepsis,1500,7818,150,0.322,0.4854182655410591,0.156,0.1364799181376311,0.29733333333333334,0.012918905090816066,0.196,0.340752110514198,0.013333333333333334,0.0011511895625479663,0.015333333333333332,0.023279611153747763,0.6322333077513431,0.5282421545274274,0.8600820315042085,56,False,0.6,0.03333333333333333,0.6133333333333333,0.03333333333333333,29.733333333333334,1.2918905090816066,1071.5,1933.5
+zs_K2000,Abd-S57,adult_sepsis,1500,14291,150,0.30933333333333335,0.8422783570079071,0.058666666666666666,0.009026660135749773,0.49066666666666664,0.016164019312854244,0.10933333333333334,0.10671051710866979,0.015333333333333332,0.0012595339724302008,0.016666666666666666,0.024560912462388916,1.0816785389405918,0.7769117061577538,0.8287684874906042,69,False,0.6533333333333333,0.006666666666666667,0.6266666666666667,0.013333333333333334,49.06666666666666,1.6164019312854245,973.0,852.0
+zs_K2000,Abd-S66,adult_sepsis,1500,7946,150,0.08733333333333333,0.49295242889504154,0.062,0.23873647118046817,0.7353333333333333,0.03788069468915178,0.092,0.18688648376541656,0.012,0.0003775484520513466,0.011333333333333334,0.04316637301787063,1.4181501803842602,0.36555500348083114,0.8349022134283176,56,False,0.6133333333333333,0.02666666666666667,0.46,0.03333333333333333,73.53333333333333,3.7880694689151775,1338.5,1821.0
+zs_K2000,Abd-S79,adult_sepsis,1500,8044,150,0.18933333333333333,0.5500994530084535,0.198,0.30892590750870214,0.4673333333333333,0.024365987071108902,0.11533333333333333,0.09373446046742914,0.014,0.00012431626056688214,0.016,0.022749875683739432,0.9568838057351235,0.43476793794453494,0.8577275576805855,59,False,0.4666666666666667,0.006666666666666667,0.4266666666666667,0.02,46.733333333333334,2.4365987071108903,1381.0,2389.5
+zs_K2000,Abd-S83,adult_sepsis,1500,6209,150,0.098,0.3924947656627476,0.037333333333333336,0.16991464003865356,0.8046666666666666,0.049927524561120956,0.034,0.3013367692059913,0.006666666666666667,0.0009663391850539539,0.019333333333333334,0.0853599613464326,1.5208789391743165,0.5217899477442837,0.8099980229517378,59,False,0.6133333333333333,0.04,0.5533333333333333,0.04,80.46666666666667,4.992752456112096,1137.0,1649.0
+zs_K2000,Abd-S98,adult_sepsis,1500,5010,150,0.19,0.7477045908183633,0.04466666666666667,0.10958083832335329,0.6686666666666666,0.019560878243512974,0.06933333333333333,0.11037924151696607,0.014,0.0015968063872255488,0.013333333333333334,0.011177644710578843,1.3273293413173652,0.5928570536623884,0.8151635172387555,68,False,0.5933333333333334,0.04666666666666667,0.5,0.04666666666666667,66.86666666666666,1.9560878243512974,1358.0,2016.0
+zs_K2000,HC01,adult_HC,1500,10173,150,0.5173333333333333,0.5901897178806645,0.132,0.09938071365378945,0.2806666666666667,0.1862774009633343,0.052,0.06772830040302762,0.014,0.028408532389658903,0.004,0.028015334709525212,0.25401710409908584,0.2601909590581835,0.8924364504805262,5,False,0.5066666666666667,0.07333333333333333,0.47333333333333333,0.05333333333333334,28.066666666666666,18.62774009633343,1297.5,2276.0
+zs_K2000,HC05,adult_HC,1500,11075,150,0.6046666666666667,0.6924604966139954,0.152,0.09498871331828443,0.13533333333333333,0.08099322799097065,0.09333333333333334,0.10455981941309254,0.009333333333333334,0.01164785553047404,0.005333333333333333,0.015349887133182845,0.2227027840481564,0.4815848585147374,0.8991547731427475,1,True,0.6333333333333333,0.08666666666666667,0.6866666666666666,0.08666666666666667,13.533333333333333,8.099322799097065,905.0,2040.0
+zs_K2000,HC07,adult_HC,1500,9812,150,0.4266666666666667,0.3848348960456584,0.07266666666666667,0.03770892784345699,0.348,0.21962902568283735,0.12866666666666668,0.3080921320831635,0.018,0.019262128006522626,0.006,0.03047289033836119,0.41032096752276126,0.5113311371323015,0.8994975440700769,1,True,0.5066666666666667,0.07333333333333333,0.4866666666666667,0.06,34.8,21.962902568283734,1155.5,2035.0
+zs_K2000,HC09,adult_HC,1500,4839,150,0.5766666666666667,0.6319487497416821,0.086,0.06013639181649101,0.23266666666666666,0.1529241578838603,0.086,0.11365984707584212,0.013333333333333334,0.012399256044637322,0.005333333333333333,0.028931597437487085,0.2130803885100227,0.3790133490573834,0.8978998045451312,3,False,0.44666666666666666,0.12,0.4666666666666667,0.09333333333333334,23.266666666666666,15.29241578838603,1261.0,2510.0
+zs_K2000,HC12,adult_HC,1500,3720,150,0.5326666666666666,0.5456989247311828,0.10666666666666667,0.05725806451612903,0.21266666666666667,0.14623655913978495,0.12266666666666666,0.2196236559139785,0.017333333333333333,0.008870967741935484,0.008,0.022311827956989248,0.24860215053763443,0.4117843869103385,0.8961335877424914,2,False,0.5666666666666667,0.09333333333333334,0.5866666666666667,0.07333333333333333,21.266666666666666,14.623655913978496,959.5,2457.5
+zs_K2000,HC13,adult_HC,1500,10111,150,0.5513333333333333,0.5676985461378696,0.17266666666666666,0.0842646622490357,0.144,0.11433092671348037,0.11066666666666666,0.20393630699238452,0.008666666666666666,0.008109979230540996,0.012666666666666666,0.021659578676688756,0.2372555302805525,0.42302402359782665,0.8884613214573508,2,False,0.7,0.04,0.6933333333333334,0.04,14.399999999999999,11.433092671348037,696.5,2055.0
+zs_K2000,HC16,adult_HC,1500,9614,150,0.66,0.511441647597254,0.06466666666666666,0.05325566881630955,0.14733333333333334,0.1367796962762638,0.11666666666666667,0.28073642604535054,0.004666666666666667,0.010609527771999168,0.006666666666666667,0.007177033492822967,0.3410459746203454,0.4696785189660315,0.8987859102741953,2,False,0.5866666666666667,0.04666666666666667,0.6666666666666666,0.04,14.733333333333334,13.67796962762638,1210.0,1764.0
+zs_K2000,IC10,adult_ICU_ctrl,1500,7504,150,0.486,0.5834221748400853,0.18266666666666667,0.12526652452025586,0.17,0.16977611940298507,0.13733333333333334,0.09461620469083155,0.008666666666666666,0.003598081023454158,0.015333333333333332,0.02332089552238806,0.21081947405828005,0.22832058131765207,0.876994624742977,31,False,0.56,0.013333333333333334,0.5733333333333334,0.006666666666666667,17.0,16.977611940298505,966.5,2052.0
+zs_K2000,IC15,adult_ICU_ctrl,1500,15576,150,0.382,0.5791602465331279,0.04933333333333333,0.045839753466872114,0.37466666666666665,0.278954802259887,0.16666666666666666,0.04840780688238315,0.020666666666666667,0.0104648176682075,0.006666666666666667,0.03717257318952234,0.4553323061119671,0.3448451438836425,0.8991328322572871,1,True,0.48,0.13333333333333333,0.58,0.16,37.46666666666666,27.8954802259887,1421.0,1517.0
+zs_K2000,IC16,adult_ICU_ctrl,1500,5750,150,0.064,0.3391304347826087,0.07933333333333334,0.1537391304347826,0.768,0.3226086956521739,0.04066666666666666,0.15878260869565217,0.011333333333333334,0.003130434782608696,0.03666666666666667,0.022608695652173914,0.9353043478260868,0.38974835300582655,0.8554575691682891,19,False,0.6,0.006666666666666667,0.4666666666666667,0.013333333333333334,76.8,32.26086956521739,871.5,1942.0
+zs_K2000,IC19,adult_ICU_ctrl,1500,7135,150,0.18066666666666667,0.3690259285213735,0.13333333333333333,0.09067974772249475,0.5613333333333334,0.4583041345480028,0.08266666666666667,0.045269796776454096,0.022,0.0005606166783461808,0.02,0.03615977575332866,0.409038075216071,0.5064429874250274,0.8875892567056687,10,False,0.5333333333333333,0.04666666666666667,0.49333333333333335,0.04,56.13333333333333,45.83041345480028,1114.0,2329.0
+zs_K2000,IC22,adult_ICU_ctrl,1500,2107,150,0.19333333333333333,0.16753678215472234,0.051333333333333335,0.01613668723303275,0.678,0.722828666350261,0.052,0.019933554817275746,0.015333333333333332,0.04129093497864262,0.01,0.0322733744660655,0.1861192849232716,1.1144041863467784,0.9104631778920168,1,True,0.58,0.18666666666666668,0.5133333333333333,0.14,67.80000000000001,72.2828666350261,1316.0,3217.0
+zs_K2000,IC23,adult_ICU_ctrl,1500,13774,150,0.3486666666666667,0.42819805430521274,0.22466666666666665,0.11986351096268331,0.31666666666666665,0.3843473210396399,0.07266666666666667,0.024466385944533178,0.018,0.007840859590532889,0.019333333333333334,0.03528386815739799,0.32632515367116793,0.3613578530802122,0.9025737968978335,1,True,0.6533333333333333,0.18,0.6133333333333333,0.18,31.666666666666664,38.434732103963995,1039.0,1894.0
+zs_K2000,PHC01,ped_HC,1500,8497,150,0.486,0.5416029186771801,0.30466666666666664,0.15381899493939039,0.134,0.06731787689772861,0.056666666666666664,0.10862657408497117,0.009333333333333334,0.014240320112981052,0.009333333333333334,0.11439331528774861,0.43505958965909536,0.3235262915405157,0.8812715212403394,18,False,0.5466666666666666,0.06,0.66,0.04666666666666667,13.4,6.731787689772862,1087.5,461.0
+zs_K2000,PHC02,ped_HC,1500,6519,150,0.5653333333333334,0.5781561589200798,0.202,0.16643657002607762,0.138,0.16612977450529223,0.086,0.057984353428439946,0.0033333333333333335,0.006749501457278723,0.005333333333333333,0.02454364166283172,0.12715815309096487,0.19197386347242731,0.8869481731118934,1,True,0.6266666666666667,0.12,0.6266666666666667,0.11333333333333333,13.8,16.612977450529222,636.0,1516.0
+zs_K2000,PHC03,ped_HC,1500,9638,150,0.518,0.6757626063498651,0.362,0.17804523760116206,0.06466666666666666,0.055613197758871136,0.04066666666666666,0.07273293214359826,0.006666666666666667,0.011516912222452791,0.008,0.006329113924050633,0.3893582347651655,0.40995721160748755,0.8912214396836551,1,True,0.44666666666666666,0.09333333333333334,0.4666666666666667,0.08666666666666667,6.466666666666667,5.561319775887114,1472.0,1660.5
+zs_K2000,PHC05,ped_HC,1500,10918,150,0.5153333333333333,0.5524821395860048,0.18933333333333333,0.07748671917933687,0.19533333333333333,0.19893753434695,0.07466666666666667,0.11467301703608719,0.014666666666666666,0.01731086279538377,0.010666666666666666,0.03910972705623741,0.22369322830799293,0.23011383442863667,0.898117622666584,5,False,0.29333333333333333,0.16666666666666666,0.34,0.16666666666666666,19.53333333333333,19.893753434695,1640.5,1645.0
+zs_K2000,PIC01,ped_ICU_ctrl,1500,8345,150,0.5826666666666667,0.647813061713601,0.172,0.07070101857399641,0.106,0.12055122828040743,0.108,0.11024565608148593,0.008,0.004313960455362493,0.023333333333333334,0.04637507489514679,0.20997004194128221,0.3903370686673297,0.8877462762186475,11,False,0.44666666666666666,0.1,0.4666666666666667,0.13333333333333333,10.6,12.055122828040743,1568.5,2157.0
+zs_K2000,PIC02,ped_ICU_ctrl,1500,6570,150,0.38266666666666665,0.4786910197869102,0.41733333333333333,0.2785388127853881,0.10533333333333333,0.14170471841704718,0.07533333333333334,0.036225266362252664,0.002,0.0030441400304414,0.017333333333333333,0.06179604261796043,0.35580517503805176,0.24158171563383773,0.8662206516307898,18,False,0.88,0.06666666666666667,0.8533333333333334,0.05333333333333334,10.533333333333333,14.170471841704718,508.0,1062.5
+zs_K2000,PIC04,ped_ICU_ctrl,1500,11535,150,0.262,0.36341569137407886,0.194,0.08253142609449501,0.4693333333333333,0.4273948851322063,0.050666666666666665,0.03233636757693975,0.015333333333333332,0.006501950585175552,0.008666666666666666,0.08781967923710446,0.3611374078890333,0.5259001990185228,0.895986202214671,5,False,0.42,0.05333333333333334,0.44,0.05333333333333334,46.93333333333333,42.73948851322063,1536.0,1144.0
+zs_K2000,PIC05,ped_ICU_ctrl,1500,7420,150,0.368,0.5920485175202156,0.344,0.18409703504043126,0.23,0.1637466307277628,0.03666666666666667,0.021024258760107817,0.016,0.011320754716981131,0.005333333333333333,0.027762803234501348,0.49295597484276726,0.25231788297884916,0.8886696542257776,6,False,0.47333333333333333,0.04,0.44666666666666666,0.04666666666666667,23.0,16.37466307277628,1281.0,1666.0
+zs_K2000,Res-PS02,ped_sepsis,1500,6473,150,0.332,0.5892167464854009,0.26866666666666666,0.33848292909006644,0.24533333333333332,0.012050054070755446,0.12066666666666667,0.05051753437355168,0.008666666666666666,0.0,0.024666666666666667,0.009732735980225553,0.6540660178176014,0.5474679056980042,0.8465960176307404,68,False,0.7333333333333333,0.04666666666666667,0.7333333333333333,0.04666666666666667,24.53333333333333,1.2050054070755445,711.0,1680.0
+zs_K2000,Res-PS03,ped_sepsis,1500,5934,150,0.23333333333333334,0.15267947421638017,0.32266666666666666,0.8156386922817661,0.36866666666666664,0.009605662285136502,0.04666666666666667,0.014492753623188406,0.012666666666666666,0.0,0.016,0.007583417593528817,0.9859440512301988,1.3016378397850077,0.8084807971889709,75,False,0.7933333333333333,0.04,0.72,0.04666666666666667,36.86666666666667,0.9605662285136503,711.0,1871.0
+zs_K2000,Res-PS12,ped_sepsis,1500,7200,150,0.37466666666666665,0.18319444444444444,0.382,0.7847222222222222,0.166,0.0025,0.048,0.02277777777777778,0.009333333333333334,0.0005555555555555556,0.02,0.00625,0.8054444444444445,1.2390415300348199,0.8330746031342836,75,False,0.6733333333333333,0.02666666666666667,0.6066666666666667,0.013333333333333334,16.6,0.25,843.0,2224.5
+zs_K2000,Res-PS16,ped_sepsis,1500,7403,150,0.654,0.4078076455491017,0.2866666666666667,0.5172227475347831,0.016,0.0009455626097528029,0.034666666666666665,0.017695528839659597,0.0013333333333333333,0.00013508037282182898,0.007333333333333333,0.05619343509388086,0.558832365257328,0.7134994645838593,0.840773533379969,39,False,0.66,0.06666666666666667,0.5666666666666667,0.07333333333333333,1.6,0.09455626097528029,859.5,1895.0
+zs_K2000,Res-PS21,ped_sepsis,1500,6455,150,0.258,0.2689388071262587,0.10466666666666667,0.19550735863671573,0.4246666666666667,0.339426800929512,0.174,0.06893880712625872,0.004,0.002168861347792409,0.034666666666666665,0.12501936483346243,0.3842643945262071,0.46722943947278567,0.8737279326451042,40,False,0.7133333333333334,0.02666666666666667,0.62,0.03333333333333333,42.46666666666667,33.9426800929512,802.5,1720.0
+zs_K2000,Res-PS22,ped_sepsis,1500,7585,150,0.36666666666666664,0.5011206328279499,0.08466666666666667,0.08147659854976928,0.43066666666666664,0.33579433091628214,0.10666666666666667,0.05945945945945946,0.006666666666666667,0.013183915622940013,0.004666666666666667,0.00896506262359921,0.2905392221489783,0.3074268490265529,0.8930814820070141,2,False,0.5666666666666667,0.08,0.4866666666666667,0.08,43.06666666666666,33.57943309162821,978.5,1514.0
+zs_K2000,Res-PS25,ped_sepsis,1500,6203,150,0.3893333333333333,0.3562792197323876,0.49066666666666664,0.42447202966306624,0.06866666666666667,0.18458810253103336,0.034666666666666665,0.0095115266806384,0.007333333333333333,0.005642431081734645,0.009333333333333334,0.01950669031113977,0.2521895856843462,0.509849526063178,0.8849785363284263,4,False,0.4866666666666667,0.08,0.5,0.08666666666666667,6.866666666666667,18.458810253103337,1400.5,2342.0
+zs_K2000,Res-PS26,ped_sepsis,1500,6291,150,0.544,0.7475759020823398,0.37866666666666665,0.16436178667938325,0.03,0.035606421872516295,0.03666666666666667,0.03195040534096328,0.0006666666666666666,0.001271657924018439,0.01,0.01923382610077889,0.43804228262597356,0.5325516298801166,0.8668954008712705,6,False,0.5133333333333333,0.3,0.5333333333333333,0.28,3.0,3.5606421872516294,1041.0,988.0
+zs_K2000,Res-S10,adult_sepsis,1500,8489,150,0.5373333333333333,0.7626339969372129,0.11866666666666667,0.0871716338791377,0.11533333333333333,0.01401814112380728,0.164,0.08646483684768524,0.0033333333333333335,0.00011779950524207798,0.06133333333333333,0.04959359170691483,0.4506013272077591,0.5773643681004013,0.8399800627035249,71,False,0.7466666666666667,0.0,0.72,0.0,11.533333333333333,1.401814112380728,549.0,2651.0
+zs_K2000,Res-S125,adult_sepsis,1500,3975,150,0.4093333333333333,0.510188679245283,0.324,0.24125786163522012,0.152,0.14440251572327045,0.10266666666666667,0.0810062893081761,0.0033333333333333335,0.0015094339622641509,0.008666666666666666,0.021635220125786163,0.22764779874213834,0.19118341337010872,0.8777543012205147,16,False,0.6733333333333333,0.006666666666666667,0.6733333333333333,0.006666666666666667,15.2,14.440251572327046,815.5,1933.0
+zs_K2000,Res-S127,adult_sepsis,1500,2869,150,0.10533333333333333,0.28302544440571625,0.10066666666666667,0.08051585918438481,0.6893333333333334,0.5137678633670268,0.06866666666666667,0.06099686301847333,0.021333333333333333,0.006273963053328686,0.014666666666666666,0.05542000697107006,0.4368909027535727,0.6347178807920787,0.8785652747866425,12,False,0.56,0.02666666666666667,0.46,0.04666666666666667,68.93333333333334,51.376786336702686,1120.0,2020.0
+zs_K2000,Res-S136,adult_sepsis,1500,2882,150,0.16066666666666668,0.3650242886884108,0.056666666666666664,0.04996530187369882,0.7053333333333334,0.4961832061068702,0.054,0.034004163775156145,0.016,0.004857737682165163,0.007333333333333333,0.04996530187369882,0.4939791811242193,0.5865881779775779,0.8953430887232853,5,False,0.41333333333333333,0.013333333333333334,0.3,0.02,70.53333333333333,49.61832061068702,1593.5,3386.0
+zs_K2000,Res-S139,adult_sepsis,1500,2657,150,0.362,0.3522770041400075,0.037333333333333336,0.06925103500188182,0.4026666666666667,0.26345502446368085,0.17933333333333334,0.29055325555137373,0.004666666666666667,0.00978547233722243,0.014,0.014678208505833647,0.2978692761259566,0.5453671435406914,0.8788275006582021,5,False,0.78,0.08,0.7733333333333333,0.07333333333333333,40.266666666666666,26.345502446368087,573.0,1637.0
+zs_K2000,Res-S146,adult_sepsis,1500,7172,150,0.20466666666666666,0.5679029559397658,0.108,0.1100111544896821,0.5266666666666666,0.23243167875069715,0.10666666666666667,0.04294478527607362,0.03266666666666666,0.013943112102621304,0.021333333333333333,0.032766313441160065,0.7533608477412159,0.2349001114691405,0.8858117279583323,14,False,0.5466666666666666,0.013333333333333334,0.49333333333333335,0.013333333333333334,52.666666666666664,23.243167875069716,1221.0,2707.0
+zs_K2000,Res-S149,adult_sepsis,1500,7304,150,0.10733333333333334,0.37089266155531214,0.028666666666666667,0.10282037239868565,0.7133333333333334,0.40963855421686746,0.1,0.06489594742606791,0.027333333333333334,0.003696604600219058,0.023333333333333334,0.04805585980284775,0.7248711208470245,0.40791020749532125,0.8891136319178903,5,False,0.54,0.02,0.48,0.02666666666666667,71.33333333333334,40.963855421686745,1445.5,2356.0
+zs_K2000,Res-S150,adult_sepsis,1500,3212,150,0.23266666666666666,0.1229763387297634,0.06933333333333333,0.2966998754669988,0.5773333333333334,0.47447073474470736,0.08333333333333333,0.07503113325031133,0.0026666666666666666,0.0,0.034666666666666665,0.030821917808219176,0.4547330842673309,0.7901222651685249,0.8553585814134738,26,False,0.5733333333333334,0.09333333333333334,0.5133333333333333,0.05333333333333334,57.733333333333334,47.447073474470734,579.0,1993.5
+zs_K2000,Res-S164,adult_sepsis,1500,6275,150,0.496,0.5641434262948207,0.156,0.0796812749003984,0.236,0.21529880478087648,0.092,0.08366533864541832,0.008666666666666666,0.020239043824701194,0.011333333333333334,0.03697211155378486,0.21070916334661352,0.21130422149780548,0.8864794398760977,16,False,0.56,0.06666666666666667,0.58,0.06666666666666667,23.599999999999998,21.529880478087648,1106.0,2196.0
+zs_K2000,Res-S166,adult_sepsis,1500,6119,150,0.22133333333333333,0.29874162444843927,0.2793333333333333,0.20934793266873672,0.372,0.3784932178460533,0.08466666666666667,0.07991501879392057,0.016,0.002941657133518549,0.02666666666666667,0.030560549109331592,0.17559078280764828,0.4189366924488431,0.8853955217404876,9,False,0.56,0.06,0.4666666666666667,0.07333333333333333,37.2,37.84932178460533,1090.0,2014.0
+zs_K2000,Res-S174,adult_sepsis,1500,5645,150,0.44733333333333336,0.5465013286093888,0.184,0.09619131975199291,0.22266666666666668,0.20974313551815765,0.10866666666666666,0.047475642161204604,0.014,0.011160318866253321,0.023333333333333334,0.08892825509300266,0.32952583407144964,0.2223365431232828,0.8661710365150042,41,False,0.68,0.06,0.6533333333333333,0.04666666666666667,22.26666666666667,20.974313551815765,656.0,2116.0
+zs_K2000,Res-S177,adult_sepsis,1500,5361,150,0.46266666666666667,0.4982279425480321,0.36933333333333335,0.28968476030591306,0.098,0.09214698750233165,0.062,0.10706957657153517,0.004666666666666667,0.003171050177205745,0.0033333333333333335,0.009699682894982279,0.1739944040290991,0.3177862488619036,0.892200847056054,3,False,0.48,0.02,0.4866666666666667,0.02,9.8,9.214698750233165,1610.0,2223.0
+zs_K2000,Res-S184,adult_sepsis,1500,8044,150,0.426,0.6473147687717553,0.14,0.11163600198906017,0.276,0.05494778717056191,0.12466666666666666,0.18274490303331675,0.009333333333333334,0.000994530084535057,0.024,0.002362008950770761,0.558786010276811,0.5361167780208799,0.871918702668238,39,False,0.72,0.013333333333333334,0.7333333333333333,0.013333333333333334,27.6,5.494778717056191,719.5,1425.0
+zs_K2000,Res-S19,adult_sepsis,1500,8601,150,0.4146666666666667,0.628996628299035,0.114,0.08719916288803628,0.2826666666666667,0.14777351470759215,0.16066666666666668,0.07289850017439832,0.007333333333333333,0.001860248808278107,0.020666666666666667,0.061271945122660154,0.5098704801767238,0.31880942360196857,0.8747338876462213,34,False,0.6733333333333333,0.04666666666666667,0.6533333333333333,0.04666666666666667,28.26666666666667,14.777351470759214,761.5,3805.0
+zs_K2000,Res-S26,adult_sepsis,1500,6036,150,0.4033333333333333,0.6973161033797217,0.124,0.145791915175613,0.30666666666666664,0.023028495692511596,0.134,0.11911862160371106,0.009333333333333334,0.0001656726308813784,0.02266666666666667,0.0145791915175613,0.6315493704440027,0.5085304659375607,0.8623384402499698,55,False,0.6333333333333333,0.006666666666666667,0.66,0.006666666666666667,30.666666666666664,2.3028495692511597,846.5,3953.0
+zs_K2000,Res-S40,adult_sepsis,1500,7105,150,0.38,0.8508092892329345,0.16866666666666666,0.0944405348346235,0.3233333333333333,0.007881773399014778,0.09733333333333333,0.03293455313159747,0.012666666666666666,0.0009852216748768472,0.018,0.01294862772695285,0.941618578465869,0.7415673767035431,0.8323103832014787,73,False,0.62,0.02666666666666667,0.62,0.013333333333333334,32.33333333333333,0.7881773399014778,856.5,2322.0
+zs_K2000,Res-S77,adult_sepsis,1500,7804,150,0.236,0.685033316248078,0.21666666666666667,0.20861096873398258,0.4206666666666667,0.04651460789338801,0.07866666666666666,0.023193234238851872,0.018,0.0012813941568426447,0.03,0.035366478728856995,0.9087995899538698,0.4785162506693779,0.8520473943791772,63,False,0.6,0.02666666666666667,0.5266666666666666,0.02,42.06666666666667,4.651460789338801,1116.0,2095.0
+zs_K2000,Res-S87,adult_sepsis,1500,3841,150,0.30533333333333335,0.3967716740432179,0.054,0.01900546732621713,0.512,0.4712314501431919,0.09866666666666667,0.058318146316063524,0.012,0.014579536579015881,0.018,0.040093725592293676,0.23222320576238825,0.5509151394887768,0.8827967769448793,20,False,0.6666666666666666,0.06666666666666667,0.6,0.04,51.2,47.12314501431919,975.5,1793.0
+zs_K2000,Skin-S140,adult_sepsis,1500,7668,150,0.18133333333333335,0.2646061554512259,0.096,0.23735002608242045,0.5886666666666667,0.3272039645279082,0.05266666666666667,0.042383933229003655,0.005333333333333333,0.0003912363067292645,0.076,0.12806468440271257,0.5533750652060512,0.5333662876282124,0.8675285612512973,30,False,0.76,0.0,0.72,0.0,58.86666666666667,32.720396452790816,743.5,2069.5
+zs_K2000,Skin-S142,adult_sepsis,1500,6090,150,0.094,0.2761904761904762,0.046,0.02857142857142857,0.7826666666666666,0.6172413793103448,0.052,0.0277504105090312,0.016666666666666666,0.007060755336617406,0.008666666666666666,0.04318555008210181,0.43341871921182257,0.8313169698549464,0.8903244151147375,3,False,0.4866666666666667,0.04,0.41333333333333333,0.04666666666666667,78.26666666666667,61.724137931034484,1304.5,2405.5
+zs_K2000,Skin-S152,adult_sepsis,1500,6429,150,0.41,0.3621091927204853,0.10533333333333333,0.07481723440659512,0.3953333333333333,0.4316378908072795,0.06133333333333333,0.1028153678643646,0.018,0.01835433193342666,0.01,0.01026598226784881,0.1568138124125058,0.5231235567932614,0.8994894698813883,1,True,0.5133333333333333,0.1,0.4866666666666667,0.08666666666666667,39.53333333333333,43.16378908072795,1096.5,2447.0
+zs_K2000,Skin-S38,adult_sepsis,1500,9976,150,0.602,0.8330994386527666,0.08066666666666666,0.13572574178027266,0.09533333333333334,0.00020048115477145148,0.19333333333333333,0.02475942261427426,0.0033333333333333335,0.00020048115477145148,0.025333333333333333,0.006014434643143544,0.5723170275327452,0.7057103952819685,0.8308750724544445,71,False,0.8266666666666667,0.02666666666666667,0.8266666666666667,0.013333333333333334,9.533333333333333,0.020048115477145148,449.0,1675.0
+zs_K2000,Skin-S43,adult_sepsis,1500,7439,150,0.416,0.7525205000672134,0.10733333333333334,0.07554778868127436,0.26066666666666666,0.05135098803602635,0.162,0.015459067078908456,0.006,0.0016131200430165346,0.048,0.10350853609356096,0.7840580723215487,0.654423200011956,0.853205453093083,57,False,0.8,0.05333333333333334,0.7866666666666666,0.04,26.066666666666666,5.135098803602635,530.5,2254.0
+zs_K2000,Skin-S46,adult_sepsis,1500,7902,150,0.29933333333333334,0.5565679574791192,0.076,0.120222728423184,0.4713333333333333,0.08225765628954695,0.11133333333333334,0.07314603897747406,0.005333333333333333,0.0013920526449000253,0.03666666666666667,0.16641356618577574,0.862408504176158,0.385043051254867,0.848620313844895,49,False,0.8466666666666667,0.03333333333333333,0.8533333333333334,0.04666666666666667,47.13333333333333,8.225765628954695,583.5,1723.0
+zs_K2000,Skin-S52,adult_sepsis,1500,8592,150,0.4746666666666667,0.6380353817504656,0.24933333333333332,0.31797020484171323,0.10733333333333334,0.00034916201117318437,0.11933333333333333,0.02292830540037244,0.0013333333333333333,0.0,0.048,0.020716945996275604,0.4640111731843576,0.6047786391145558,0.8353215946581574,73,False,0.7533333333333333,0.03333333333333333,0.6733333333333333,0.013333333333333334,10.733333333333334,0.034916201117318434,583.5,1988.5
+zs_K2000,Skin-S74,adult_sepsis,1500,4335,150,0.7913333333333333,0.8410611303344867,0.046,0.1061130334486736,0.044,0.001845444059976932,0.11133333333333334,0.04382929642445214,0.0026666666666666666,0.000461361014994233,0.004666666666666667,0.006689734717416378,0.22372779700115336,0.7218303636252043,0.8567949563660604,26,False,0.68,0.08,0.7333333333333333,0.1,4.3999999999999995,0.1845444059976932,614.0,1900.0
+zs_K2000,Uri-S134,adult_sepsis,1500,9030,150,0.27466666666666667,0.3501661129568106,0.07066666666666667,0.038981173864894796,0.56,0.5069767441860465,0.06733333333333333,0.037541528239202655,0.017333333333333333,0.0035437430786267998,0.01,0.06279069767441861,0.25658028792912513,0.63440922928996,0.9014586321241357,3,False,0.5333333333333333,0.12666666666666668,0.4866666666666667,0.12,56.00000000000001,50.697674418604656,1268.5,2577.0
+zs_K2000,Uri-S147,adult_sepsis,1500,7529,150,0.41133333333333333,0.5427015539912339,0.30733333333333335,0.20268295922433258,0.178,0.18262717492362865,0.074,0.031212644441492896,0.008666666666666666,0.004648691725328729,0.020666666666666667,0.036126975693983265,0.3029114092176916,0.17833597203104437,0.8813941096072614,12,False,0.6333333333333333,0.006666666666666667,0.6266666666666667,0.013333333333333334,17.8,18.262717492362864,766.5,2024.0
+zs_K2000,Uri-S157,adult_sepsis,1500,6514,150,0.26666666666666666,0.31393920785999385,0.362,0.3042677310408351,0.292,0.3042677310408351,0.05533333333333333,0.04359840343874731,0.012,0.0033773411114522566,0.012,0.030549585508136322,0.15617971548459728,0.46083628623857587,0.8795715093369814,15,False,0.7266666666666667,0.04666666666666667,0.7266666666666667,0.05333333333333334,29.2,30.42677310408351,822.0,2105.5
+zs_K2000,Uri-S20,adult_sepsis,1500,4516,150,0.2713333333333333,0.41054030115146145,0.10933333333333334,0.0812666076173605,0.456,0.3961470327723649,0.09733333333333333,0.03897254207263064,0.012,0.001550044286979628,0.054,0.07152347209920283,0.31346087983466203,0.4276944432877481,0.889528605057498,4,False,0.7333333333333333,0.08,0.7133333333333334,0.04666666666666667,45.6,39.614703277236494,636.0,4883.5
+zs_K2000,Uri-S93,adult_sepsis,1500,8007,150,0.31,0.5157986761583614,0.14333333333333334,0.3058573747970526,0.398,0.08742350443362058,0.06666666666666667,0.04421131509928812,0.006,0.0012489072061945797,0.076,0.0454602223054827,0.7366454352441614,0.33276229535616775,0.8446105195167352,54,False,0.8133333333333334,0.02,0.84,0.02,39.800000000000004,8.742350443362058,435.5,4595.0

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261003T105229Z-deck-cross-cohort-loco-k1000/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_crosscohort_20261002/scores/ye2026_sepsis/zs_K2000/summary.json

@@ -0,0 +1,767 @@
+{
+ "schema": "paired_ft_scores.v1",
+ "dataset": "ye2026_sepsis",
+ "written_utc": "2026-10-03T10:34:14.616343+00:00",
+ "command": [
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py",
+  "--dataset",
+  "ye2026_sepsis",
+  "--threads",
+  "8",
+  "--donors",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_crosscohort_20261002/data/ye2026_sepsis/usable_samples.txt",
+  "--arm",
+  "zs_K2000=/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_crosscohort_20261002/generated/ye2026_sepsis/zs_K2000.npz",
+  "--case-groups",
+  "adult_sepsis,ped_sepsis",
+  "--control-groups",
+  "adult_HC,adult_ICU_ctrl,ped_HC,ped_ICU_ctrl",
+  "--out",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_crosscohort_20261002/scores/ye2026_sepsis/zs_K2000"
+ ],
+ "arms": [
+  "zs_K2000"
+ ],
+ "donors": [
+  "Abd-PS04",
+  "Abd-PS05",
+  "Abd-PS07",
+  "Abd-PS19",
+  "Abd-PS20",
+  "Abd-PS23",
+  "Abd-PS27",
+  "Abd-S102",
+  "Abd-S103",
+  "Abd-S120",
+  "Abd-S123",
+  "Abd-S156",
+  "Abd-S39",
+  "Abd-S42",
+  "Abd-S47",
+  "Abd-S51",
+  "Abd-S54",
+  "Abd-S57",
+  "Abd-S66",
+  "Abd-S79",
+  "Abd-S83",
+  "Abd-S98",
+  "HC01",
+  "HC05",
+  "HC07",
+  "HC09",
+  "HC12",
+  "HC13",
+  "HC16",
+  "IC10",
+  "IC15",
+  "IC16",
+  "IC19",
+  "IC22",
+  "IC23",
+  "PHC01",
+  "PHC02",
+  "PHC03",
+  "PHC05",
+  "PIC01",
+  "PIC02",
+  "PIC04",
+  "PIC05",
+  "Res-PS02",
+  "Res-PS03",
+  "Res-PS12",
+  "Res-PS16",
+  "Res-PS21",
+  "Res-PS22",
+  "Res-PS25",
+  "Res-PS26",
+  "Res-S10",
+  "Res-S125",
+  "Res-S127",
+  "Res-S136",
+  "Res-S139",
+  "Res-S146",
+  "Res-S149",
+  "Res-S150",
+  "Res-S164",
+  "Res-S166",
+  "Res-S174",
+  "Res-S177",
+  "Res-S184",
+  "Res-S19",
+  "Res-S26",
+  "Res-S40",
+  "Res-S77",
+  "Res-S87",
+  "Skin-S140",
+  "Skin-S142",
+  "Skin-S152",
+  "Skin-S38",
+  "Skin-S43",
+  "Skin-S46",
+  "Skin-S52",
+  "Skin-S74",
+  "Uri-S134",
+  "Uri-S147",
+  "Uri-S157",
+  "Uri-S20",
+  "Uri-S93"
+ ],
+ "n_donors": 82,
+ "reference": {
+  "cache": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/ye2026_sepsis",
+  "reference_sha256": "bac12da8a241652cb75100a1b082b2be56806c9bf2fd20ce6f927f19683ea5b8",
+  "features_sha256": "0cfda4b0cf1caf5e5319d071697c228d894e992fd090e2b3ed450bd6c9887d46",
+  "n_r1_cells": 12300,
+  "pca": {
+   "n_components": 50,
+   "explained_variance_ratio_sum": 0.33549821376800537,
+   "n_fit_cells": 12300
+  },
+  "r2_control": {
+   "precision": 0.9804878048780488,
+   "coverage": 0.9996747967479674,
+   "density": 1.2890731707317074,
+   "n_query": 12300,
+   "depth_matched": {
+    "precision": 0.9795934959349594,
+    "coverage": 0.9998373983739838,
+    "density": 1.2835853658536585
+   }
+  },
+  "observed_l1_loo_null_mean": 0.515468004498372
+ },
+ "contrast_definition": {
+  "enabled": true,
+  "rule": "explicit --case-groups / --control-groups",
+  "group_source": "features groups",
+  "case_groups": [
+   "adult_sepsis",
+   "ped_sepsis"
+  ],
+  "control_groups": [
+   "adult_HC",
+   "adult_ICU_ctrl",
+   "ped_HC",
+   "ped_ICU_ctrl"
+  ],
+  "n_case_donors": 61,
+  "n_control_donors": 21,
+  "n_donors_in_neither": 0,
+  "case": [
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true
+  ],
+  "ctrl": [
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   true,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false,
+   false
+  ],
+  "groups": [
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_HC",
+   "adult_HC",
+   "adult_HC",
+   "adult_HC",
+   "adult_HC",
+   "adult_HC",
+   "adult_HC",
+   "adult_ICU_ctrl",
+   "adult_ICU_ctrl",
+   "adult_ICU_ctrl",
+   "adult_ICU_ctrl",
+   "adult_ICU_ctrl",
+   "adult_ICU_ctrl",
+   "ped_HC",
+   "ped_HC",
+   "ped_HC",
+   "ped_HC",
+   "ped_ICU_ctrl",
+   "ped_ICU_ctrl",
+   "ped_ICU_ctrl",
+   "ped_ICU_ctrl",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "ped_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis",
+   "adult_sepsis"
+  ]
+ },
+ "deg_definition": {
+  "enabled": true,
+  "score": "top-50 DEG overlap per cell type (benchmark total_top50_overlap, Welch backend)",
+  "source": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py",
+  "functions": [
+   "welch_bh_deg",
+   "top_deg_genes",
+   "jaccard"
+  ],
+  "reproduces": "utility_studies_final6k_20260925/sle top-50 DEG 81 (1,006 genes) / 84 (2,279 genes) = sum over the six gated types of top50_overlap_count",
+  "top_n": 50,
+  "fdr": 0.05,
+  "n_genes": 5975,
+  "types": [
+   "T cell",
+   "B cell",
+   "Monocyte",
+   "NK cell",
+   "DC"
+  ],
+  "aggregates_source": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scoring_cache/ye2026_sepsis/deg_reference.npz",
+  "aggregates_sha256": "9886ea64da90b1db6a07984d5d61d7dab04ee0beee7d4094ee3672316c2691d0",
+  "aggregates_note": null,
+  "types_not_scored_observed": [],
+  "observed": {
+   "T cell": {
+    "n_significant": 1578,
+    "n_tested": 5810,
+    "n_case_donors": 61,
+    "n_control_donors": 21,
+    "n_cells": 298117,
+    "top_list_size": 50
+   },
+   "B cell": {
+    "n_significant": 1102,
+    "n_tested": 5752,
+    "n_case_donors": 61,
+    "n_control_donors": 21,
+    "n_cells": 99729,
+    "top_list_size": 50
+   },
+   "Monocyte": {
+    "n_significant": 2459,
+    "n_tested": 5754,
+    "n_case_donors": 61,
+    "n_control_donors": 21,
+    "n_cells": 111269,
+    "top_list_size": 50
+   },
+   "NK cell": {
+    "n_significant": 1235,
+    "n_tested": 5623,
+    "n_case_donors": 61,
+    "n_control_donors": 21,
+    "n_cells": 47832,
+    "top_list_size": 50
+   },
+   "DC": {
+    "n_significant": 1572,
+    "n_tested": 5330,
+    "n_case_donors": 57,
+    "n_control_donors": 21,
+    "n_cells": 3300,
+    "top_list_size": 50
+   }
+  },
+  "broadcast": "welch_bh_deg + top_deg_genes on the arm's condition bulk_counts (scoring genes, case|control donors), one list compared with every type's observed list (sle_broadcast.py broadcast_input_bulk); not part of the published benchmark"
+ },
+ "headline": {
+  "zs_K2000": {
+   "comp_l1": 0.4961155621237927,
+   "comp_l1_obs_loo_null": 0.515468004498372,
+   "precision": 0.6156910569105691,
+   "coverage": 0.05723577235772358,
+   "precision_dm": 0.5948780487804878,
+   "coverage_dm": 0.05544715447154472,
+   "pb_r_median": 0.8778601343608707,
+   "pb_top1": 0.0975609756097561,
+   "mono_pct_gen": 35.39593495934959,
+   "mono_pct_obs": 20.817070783198325,
+   "median_umi_gen": 943.0,
+   "median_umi_obs": 1967.0,
+   "contrast_mean_cp10k_r_gen": -0.03602114990970071,
+   "contrast_pseudobulk_log1p_cpm_r_gen": 0.04150977182469134,
+   "contrast_mean_cp10k_r_broadcast": 0.31594581626202867,
+   "contrast_pseudobulk_log1p_cpm_r_broadcast": 0.29096860411544245,
+   "deg_top50_T": 3,
+   "deg_top50_B": 1,
+   "deg_top50_Mono": 3,
+   "deg_top50_NK": 3,
+   "deg_top50_DC": 0,
+   "deg_top50_sum": 10,
+   "deg_top50_max": 250,
+   "deg_top50_sum_4type": 10,
+   "deg_top50_sum_broadcast": 21,
+   "seconds": 25.9
+  }
+ },
+ "per_arm": {
+  "zs_K2000": {
+   "arm": "zs_K2000",
+   "npz": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_crosscohort_20261002/generated/ye2026_sepsis/zs_K2000.npz",
+   "npz_sha256": "641f4362f0e52d48e6a9369f67e66552a6caf8e25222c2c585ad1f0ebaea4281",
+   "receipt_verified": true,
+   "generation": {
+    "checkpoint": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/runs/f01_6k_1x_seed20260627/checkpoint_epoch_016.pt",
+    "checkpoint_sha256": "8c7cd0e83e2bc19fe03dfcbc084919a1e2f61be8cc8bc12f4caf543dfda91633",
+    "input_condition_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_crosscohort_20261002/data/ye2026_sepsis/test_raw_K2000.npz",
+    "input_condition_sha256": "d4a27c464173e3ec63ee86d0d345c080eb8be3801df3a96221f283c401231148",
+    "seed": 20260927,
+    "steps": 50,
+    "support_readout": "bernoulli",
+    "weights": "ema"
+   },
+   "condition_for_broadcast": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_crosscohort_20261002/data/ye2026_sepsis/test_raw_K2000.npz",
+    "sha256": "d4a27c464173e3ec63ee86d0d345c080eb8be3801df3a96221f283c401231148"
+   },
+   "poisson": {
+    "seed": 20260916,
+    "rule": "whole NPZ, rows in NPZ order",
+    "nnz_whole_npz": 41202022,
+    "median_library_whole_npz_panel": 943.0,
+    "n_rows_whole_npz": 123000
+   },
+   "annotation": {
+    "model_pt_sha256": "bf3655899e5abee435340fc008656c4a17342da0f30b70cfd43de8e9223e1930",
+    "zero_padded_model_genes": 0,
+    "label_counts": {
+     "T cell": 43852,
+     "Monocyte": 43537,
+     "B cell": 20170,
+     "NK cell": 11506,
+     "Other": 2674,
+     "DC": 1261
+    },
+    "mean_l2_max_prob": 0.9342404753560942,
+    "predict_seconds": 5.7
+   },
+   "n_donors": 82,
+   "n_generated_cells": 123000,
+   "composition": {
+    "l1_mean": 0.4961155621237927,
+    "l1_median": 0.42186984336729194,
+    "l1_obs_loo_null_mean": 0.515468004498372,
+    "l1_generated_loo_mean_vs_observed_mean": 0.59594127145713,
+    "composition_top1": 0.06097560975609756,
+    "mean_fraction_generated": {
+     "T cell": 0.35652,
+     "B cell": 0.163984,
+     "Monocyte": 0.353959,
+     "NK cell": 0.093545,
+     "DC": 0.010252,
+     "Other": 0.02174
+    },
+    "mean_fraction_observed": {
+     "T cell": 0.484547,
+     "B cell": 0.172757,
+     "Monocyte": 0.208171,
+     "NK cell": 0.080723,
+     "DC": 0.005542,
+     "Other": 0.04826
+    }
+   },
+   "pseudobulk": {
+    "n_genes": 5975,
+    "r_median": 0.8778601343608707,
+    "r_mean": 0.8697017966363088,
+    "top1": 0.0975609756097561,
+    "n_top1": 8,
+    "own_rank_median": 16.5,
+    "chance_top1": 0.012195121951219513
+   },
+   "precision_coverage": {
+    "precision": 0.6156910569105691,
+    "coverage": 0.05723577235772358,
+    "density": 0.2223821138211382,
+    "n_query": 12300,
+    "n_reference": 12300
+   },
+   "precision_coverage_depth_matched": {
+    "precision": 0.5948780487804878,
+    "coverage": 0.05544715447154472,
+    "density": 0.19478861788617888,
+    "detected_median_before": {
+     "R1": 411.0,
+     "Q": 334.0
+    },
+    "detected_median_after": {
+     "R1": 328.0,
+     "Q": 328.0
+    }
+   },
+   "monocyte_pct": {
+    "generated_mean_over_donors": 35.39593495934959,
+    "observed_mean_over_donors": 20.817070783198325,
+    "generated_pooled_cells": 35.395934959349596
+   },
+   "median_umi_per_cell_scoring_genes": {
+    "generated_pooled": 943.0,
+    "observed_pooled": 1967.0,
+    "generated_mean_of_donor_medians": 996.25,
+    "observed_mean_of_donor_medians": 2112.9146341463415
+   },
+   "contrast": {
+    "mean_cp10k": {
+     "per_type": {
+      "T cell": {
+       "r_generated": -0.11331966602484936,
+       "r_broadcast": 0.2548893770824626,
+       "partial_r_generated_given_broadcast": -0.1807522006028498,
+       "r_generated_vs_broadcast": 0.2237483321783157,
+       "n_genes": 3258
+      },
+      "B cell": {
+       "r_generated": 0.030784318945438476,
+       "r_broadcast": 0.27458639801653467,
+       "partial_r_generated_given_broadcast": -0.028893086191909282,
+       "r_generated_vs_broadcast": 0.21101283588046793,
+       "n_genes": 3310
+      },
+      "Monocyte": {
+       "r_generated": 0.029192894930124776,
+       "r_broadcast": 0.5481103923782986,
+       "partial_r_generated_given_broadcast": -0.10394679690789198,
+       "r_generated_vs_broadcast": 0.2083991061332747,
+       "n_genes": 3289
+      },
+      "NK cell": {
+       "r_generated": -0.09074214748951676,
+       "r_broadcast": 0.1861970975708186,
+       "partial_r_generated_given_broadcast": -0.14865163472666984,
+       "r_generated_vs_broadcast": 0.2682925414061618,
+       "n_genes": 3240
+      }
+     },
+     "mean_r_generated": -0.03602114990970071,
+     "mean_r_broadcast": 0.31594581626202867,
+     "mean_partial_r": -0.11556092960733022
+    },
+    "pseudobulk_log1p_cpm": {
+     "per_type": {
+      "T cell": {
+       "r_generated": -0.002628389305314757,
+       "r_broadcast": 0.2164745523777111,
+       "partial_r_generated_given_broadcast": -0.06512612212746181,
+       "r_generated_vs_broadcast": 0.2706142729459768,
+       "n_genes": 3258
+      },
+      "B cell": {
+       "r_generated": 0.06801856418839654,
+       "r_broadcast": 0.2711145517540278,
+       "partial_r_generated_given_broadcast": 0.01082217891262597,
+       "r_generated_vs_broadcast": 0.21334723705484795,
+       "n_genes": 3310
+      },
+      "Monocyte": {
+       "r_generated": 0.1498323178567419,
+       "r_broadcast": 0.6203629305570988,
+       "partial_r_generated_given_broadcast": -0.07785576191011019,
+       "r_generated_vs_broadcast": 0.3342925906907161,
+       "n_genes": 3289
+      },
+      "NK cell": {
+       "r_generated": -0.04918340544105835,
+       "r_broadcast": 0.05592238177293225,
+       "partial_r_generated_given_broadcast": -0.06584331221529381,
+       "r_generated_vs_broadcast": 0.25668245205318524,
+       "n_genes": 3240
+      }
+     },
+     "mean_r_generated": 0.04150977182469134,
+     "mean_r_broadcast": 0.29096860411544245,
+     "mean_partial_r": -0.04950075433505996
+    }
+   },
+   "deg_top50": {
+    "types_scored": [
+     "T cell",
+     "B cell",
+     "Monocyte",
+     "NK cell",
+     "DC"
+    ],
+    "types_not_scored": {},
+    "per_type": {
+     "T cell": {
+      "deg_scored": true,
+      "top50_overlap": 3,
+      "top50_jaccard": 0.030927835051546393,
+      "obs_top_list_size": 50,
+      "gen_top_list_size": 50,
+      "top50_overlap_broadcast": 3,
+      "top50_jaccard_broadcast": 0.030927835051546393,
+      "n_cells_obs": 298117,
+      "n_cells_gen": 43852
+     },
+     "B cell": {
+      "deg_scored": true,
+      "top50_overlap": 1,
+      "top50_jaccard": 0.010101010101010102,
+      "obs_top_list_size": 50,
+      "gen_top_list_size": 50,
+      "top50_overlap_broadcast": 2,
+      "top50_jaccard_broadcast": 0.02040816326530612,
+      "n_cells_obs": 99729,
+      "n_cells_gen": 20170
+     },
+     "Monocyte": {
+      "deg_scored": true,
+      "top50_overlap": 3,
+      "top50_jaccard": 0.030927835051546393,
+      "obs_top_list_size": 50,
+      "gen_top_list_size": 50,
+      "top50_overlap_broadcast": 13,
+      "top50_jaccard_broadcast": 0.14942528735632185,
+      "n_cells_obs": 111269,
+      "n_cells_gen": 43537
+     },
+     "NK cell": {
+      "deg_scored": true,
+      "top50_overlap": 3,
+      "top50_jaccard": 0.030927835051546393,
+      "obs_top_list_size": 50,
+      "gen_top_list_size": 50,
+      "top50_overlap_broadcast": 2,
+      "top50_jaccard_broadcast": 0.02040816326530612,
+      "n_cells_obs": 47832,
+      "n_cells_gen": 11506
+     },
+     "DC": {
+      "deg_scored": true,
+      "top50_overlap": 0,
+      "top50_jaccard": 0.0,
+      "obs_top_list_size": 50,
+      "gen_top_list_size": 19,
+      "top50_overlap_broadcast": 1,
+      "top50_jaccard_broadcast": 0.010101010101010102,
+      "n_cells_obs": 3300,
+      "n_cells_gen": 1261
+     }
+    },
+    "sum": 10,
+    "sum_4type": 10,
+    "max": 250,
+    "mean": 2.0,
+    "sum_broadcast": 21,
+    "sum_broadcast_4type": 20,
+    "broadcast_n_significant": 1378,
+    "seconds": 0.42
+   },
+   "seconds": 25.9
+  }
+ },
+ "code_sha256": {
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py": "ec5f40b4cea6d5062d0138f3b934abb6465e34cbfeac869c8a0906924c033aec",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/ft_common.py": "4a6366b0f22208cd58714fc0261b8840c643b9d4569704d560cfd93534cbc747",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/umap/cell_immicro_5arm/tools/stage_b_embed.py": "d056cfdf38fb0e5f478756f370174e993b75d0c973c48e02e21749175a4ca2da",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/bulk2sc-paper/scripts/evaluate_generated_vs_truth.py": "48b12d794782b840838853e93e0fc55fab00532c4b3698f4588e926b985d2881",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/immicro/tools/immicro_common.py": "c5c30e917148cc5e664e91ea30c11bbdff9b6d1f53a3e0a13e16b1917eff37e9",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/predict_scanvi.py": "482ee5dcf4d72b54bc36cbb6dcff62e5030bc7afc46cb5fb01eca73a82ee45a5",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/aifi_scanvi_rebuild_20260916/poisson_readout.py": "8bfa080942fbcdc89ae23b276524a1a83266fb8cbc56b9af279e50f82e6cde38"
+ },
+ "seconds": 33.2
+}