Archive 4 checkpoints (1-4)

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T022410Z-deconv-scsemi-deck/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/logs/extra-scsemi-cv_20261008T110221.log

@@ -0,0 +1,81 @@
+JOB_START 2026-10-08T11:02:21+09:00 --design scored --dataset giroux2022 --score-dir scores/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled --arms scsemi__raw --unit scsemi_cv_20261002/pooled --threads 8
+11:02:22 giroux2022 scored : 24 scored samples; fitting the scorer's view
+11:02:22 bandwidth m (median pairwise distance of R1, PCA-50) = 31.3964
+11:02:25 observed cells: 254250 in 24 samples; R1/R2 rebuilt = reference.npz; R3 3600 cells (0 samples with fewer than n)
+11:02:43   real_R2 [R1 raw] P/C k10 0.9981/1.0000 k5 0.9922/0.9978 k3 0.9775/0.9872 | AUC knn 0.566 rf 0.844 | 1-NN 0.527 | MMD2 0.0006 (6.3 s)
+11:02:49   real_R2 [R1 dm] P/C k10 0.9981/1.0000 k5 0.9906/0.9983 k3 0.9778/0.9853 | AUC knn 0.571 rf 0.840 | 1-NN 0.527 | MMD2 0.0006 (6.2 s)
+11:02:54   real_R3 [R2 raw] AUC knn 0.501 rf 0.490 | 1-NN 0.501 | MMD2 -0.0000 (4.6 s)
+11:02:59   real_R3 [R2 dm] AUC knn 0.502 rf 0.495 | 1-NN 0.503 | MMD2 -0.0000 (4.5 s)
+11:03:03   real_R2 E_N[pc] sq 0.3928 (LB 373.930 UB 513.218 Dif 428.646) l2 0.3992 (4.4 s)
+11:03:35   real_R2 E_N[all] sq 0.2773 (LB 266.170 UB 341.663 Dif 287.103) l2 0.2770 (26.6 s)
+11:03:38 scsemi__raw: scsemi__raw.npz sha 4c2f9e7c1936 (receipt verified), 36000 scored cells, 3600 in the P/C subsample (same rows as the scorer)
+11:03:42   scsemi__raw [R1 raw] P/C k10 0.8722/0.3542 k5 0.7019/0.2414 k3 0.5153/0.1761 | AUC knn 0.990 rf 0.999 | 1-NN 0.962 | MMD2 0.0774 (4.0 s)
+11:03:46   scsemi__raw [R1 dm] P/C k10 0.3442/0.1686 k5 0.2308/0.1100 k3 0.1706/0.0758 | AUC knn 0.996 rf 0.999 | 1-NN 0.982 | MMD2 0.1026 (3.9 s)
+11:03:49   scsemi__raw [R2 raw] AUC knn 0.997 rf 0.999 | 1-NN 0.987 | MMD2 0.0788 (3.5 s)
+11:03:53   scsemi__raw [R2 dm] AUC knn 0.997 rf 0.999 | 1-NN 0.985 | MMD2 0.1047 (3.6 s)
+11:03:57   scsemi__raw E_N[pc] sq 1.6310 (LB 330.135 UB 513.596 Dif 629.362) l2 1.5374 (3.9 s)
+11:04:30   scsemi__raw E_N[all] sq 3.3321 (LB 258.064 UB 342.314 Dif 538.792) l2 2.9124 (32.9 s)
+11:04:30 scsemi__raw done in 55 s
+11:04:30 unit scsemi_cv_20261002/pooled of giroux2022 written to /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled in 128.5 s (k=10 max |diff| vs scorer 0.00e+00)
+JOB_EXIT 0 129s --design scored --dataset giroux2022 --score-dir scores/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled --arms scsemi__raw --unit scsemi_cv_20261002/pooled --threads 8
+JOB_START 2026-10-08T11:04:30+09:00 --design scored --dataset ji2025_chili --score-dir scores/ji2025_chili/scsemi_cv_20261002/pooled --arms scsemi__raw --unit scsemi_cv_20261002/pooled --threads 8
+11:04:31 ji2025_chili scored : 33 scored samples; fitting the scorer's view
+11:04:32 bandwidth m (median pairwise distance of R1, PCA-50) = 29.1327
+11:04:34 observed cells: 124341 in 33 samples; R1/R2 rebuilt = reference.npz; R3 4950 cells (0 samples with fewer than n)
+11:04:49   real_R2 [R1 raw] P/C k10 0.9962/1.0000 k5 0.9826/0.9972 k3 0.9628/0.9754 | AUC knn 0.541 rf 0.765 | 1-NN 0.523 | MMD2 0.0001 (8.4 s)
+11:04:58   real_R2 [R1 dm] P/C k10 0.9968/1.0000 k5 0.9800/0.9976 k3 0.9582/0.9768 | AUC knn 0.540 rf 0.756 | 1-NN 0.520 | MMD2 0.0001 (8.4 s)
+11:05:05   real_R3 [R2 raw] AUC knn 0.494 rf 0.506 | 1-NN 0.499 | MMD2 -0.0000 (6.8 s)
+11:05:12   real_R3 [R2 dm] AUC knn 0.494 rf 0.501 | 1-NN 0.493 | MMD2 -0.0000 (6.8 s)
+11:05:17   real_R2 E_N[pc] sq 0.2086 (LB 222.929 UB 360.292 Dif 251.576) l2 0.2220 (5.2 s)
+11:05:35   real_R2 E_N[all] sq 0.0743 (LB 178.989 UB 264.184 Dif 185.318) l2 0.0732 (14.2 s)
+11:05:40 scsemi__raw: scsemi__raw.npz sha 2d64f4f9a0c2 (receipt verified), 49500 scored cells, 4950 in the P/C subsample (same rows as the scorer)
+11:05:46   scsemi__raw [R1 raw] P/C k10 0.8580/0.1669 k5 0.7051/0.1184 k3 0.5398/0.0909 | AUC knn 0.993 rf 0.999 | 1-NN 0.978 | MMD2 0.1378 (6.2 s)
+11:05:52   scsemi__raw [R1 dm] P/C k10 0.5529/0.1517 k5 0.4008/0.0960 k3 0.2796/0.0681 | AUC knn 0.996 rf 0.999 | 1-NN 0.984 | MMD2 0.1091 (6.0 s)
+11:05:58   scsemi__raw [R2 raw] AUC knn 0.996 rf 0.999 | 1-NN 0.987 | MMD2 0.1393 (5.4 s)
+11:06:03   scsemi__raw [R2 dm] AUC knn 0.994 rf 0.999 | 1-NN 0.985 | MMD2 0.1106 (5.4 s)
+11:06:09   scsemi__raw E_N[pc] sq 1.9981 (LB 166.455 UB 349.141 Dif 531.489) l2 1.7254 (5.1 s)
+11:06:27   scsemi__raw E_N[all] sq 4.1316 (LB 146.520 UB 229.717 Dif 490.259) l2 3.0820 (18.3 s)
+11:06:27 scsemi__raw done in 52 s
+11:06:27 unit scsemi_cv_20261002/pooled of ji2025_chili written to /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/ji2025_chili/scsemi_cv_20261002/pooled in 116.4 s (k=10 max |diff| vs scorer 0.00e+00)
+JOB_EXIT 0 117s --design scored --dataset ji2025_chili --score-dir scores/ji2025_chili/scsemi_cv_20261002/pooled --arms scsemi__raw --unit scsemi_cv_20261002/pooled --threads 8
+JOB_START 2026-10-08T11:06:27+09:00 --design scored --dataset ye2026_sepsis --score-dir scores/ye2026_sepsis/scsemi_cv_20261002/pooled --arms scsemi__raw --unit scsemi_cv_20261002/pooled --threads 8
+11:06:28 ye2026_sepsis scored : 82 scored samples; fitting the scorer's view
+11:06:32 bandwidth m (median pairwise distance of R1, PCA-50) = 27.9359
+11:06:39 observed cells: 589478 in 82 samples; R1/R2 rebuilt = reference.npz; R3 12300 cells (0 samples with fewer than n)
+11:07:42   real_R2 [R1 raw] P/C k10 0.9805/0.9997 k5 0.9363/0.9869 k3 0.8677/0.9219 | AUC knn 0.517 rf 0.587 | 1-NN 0.508 | MMD2 0.0000 (26.6 s)
+11:08:08   real_R2 [R1 dm] P/C k10 0.9796/0.9998 k5 0.9327/0.9854 k3 0.8682/0.9211 | AUC knn 0.514 rf 0.581 | 1-NN 0.503 | MMD2 0.0000 (26.2 s)
+11:08:33   real_R3 [R2 raw] AUC knn 0.506 rf 0.497 | 1-NN 0.503 | MMD2 -0.0000 (23.6 s)
+11:08:57   real_R3 [R2 dm] AUC knn 0.503 rf 0.502 | 1-NN 0.502 | MMD2 -0.0000 (23.5 s)
+11:09:06   real_R2 E_N[pc] sq 0.2239 (LB 154.922 UB 297.587 Dif 186.861) l2 0.2390 (8.9 s)
+11:10:27   real_R2 E_N[all] sq 0.1100 (LB 124.464 UB 209.197 Dif 133.786) l2 0.1151 (63.1 s)
+11:10:35 scsemi__raw: scsemi__raw.npz sha 9eb870cbc6b5 (receipt verified), 123000 scored cells, 12300 in the P/C subsample (same rows as the scorer)
+11:10:56   scsemi__raw [R1 raw] P/C k10 0.7597/0.0960 k5 0.5755/0.0693 k3 0.4298/0.0513 | AUC knn 0.996 rf 0.999 | 1-NN 0.987 | MMD2 0.1402 (18.9 s)
+11:11:15   scsemi__raw [R1 dm] P/C k10 0.5473/0.2099 k5 0.4102/0.1380 k3 0.3141/0.0966 | AUC knn 0.994 rf 0.999 | 1-NN 0.976 | MMD2 0.0855 (19.6 s)
+11:11:34   scsemi__raw [R2 raw] AUC knn 0.997 rf 1.000 | 1-NN 0.989 | MMD2 0.1408 (16.7 s)
+11:11:52   scsemi__raw [R2 dm] AUC knn 0.994 rf 0.999 | 1-NN 0.976 | MMD2 0.0856 (18.2 s)
+11:12:00   scsemi__raw E_N[pc] sq 2.0968 (LB 123.944 UB 283.898 Dif 459.333) l2 1.9020 (8.3 s)
+11:13:08   scsemi__raw E_N[all] sq 3.6148 (LB 112.287 UB 196.696 Dif 417.410) l2 2.8857 (66.9 s)
+11:13:08 scsemi__raw done in 161 s
+11:13:08 unit scsemi_cv_20261002/pooled of ye2026_sepsis written to /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/ye2026_sepsis/scsemi_cv_20261002/pooled in 400.0 s (k=10 max |diff| vs scorer 0.00e+00)
+JOB_EXIT 0 401s --design scored --dataset ye2026_sepsis --score-dir scores/ye2026_sepsis/scsemi_cv_20261002/pooled --arms scsemi__raw --unit scsemi_cv_20261002/pooled --threads 8
+JOB_START 2026-10-08T11:13:08+09:00 --design scored --dataset immicro --score-dir scores/immicro/scsemi_cv_20261002/pooled --arms scsemi__raw --unit scsemi_cv_20261002/pooled --threads 8
+11:13:09 immicro scored : 107 scored samples; fitting the scorer's view
+11:13:14 bandwidth m (median pairwise distance of R1, PCA-50) = 21.6919
+11:13:18 observed cells: 392251 in 107 samples; R1/R2 rebuilt = reference.npz; R3 16050 cells (0 samples with fewer than n)
+11:14:19   real_R2 [R1 raw] P/C k10 0.9634/0.9999 k5 0.9054/0.9875 k3 0.8328/0.9305 | AUC knn 0.504 rf 0.581 | 1-NN 0.499 | MMD2 0.0000 (38.5 s)
+11:14:57   real_R2 [R1 dm] P/C k10 0.9635/0.9997 k5 0.9051/0.9874 k3 0.8292/0.9285 | AUC knn 0.507 rf 0.577 | 1-NN 0.498 | MMD2 0.0000 (38.2 s)
+11:15:33   real_R3 [R2 raw] AUC knn 0.505 rf 0.507 | 1-NN 0.497 | MMD2 -0.0000 (33.8 s)
+11:16:07   real_R3 [R2 dm] AUC knn 0.503 rf 0.499 | 1-NN 0.497 | MMD2 -0.0000 (33.9 s)
+11:16:15   real_R2 E_N[pc] sq 0.5153 (LB 145.646 UB 208.210 Dif 177.887) l2 0.5304 (8.5 s)
+11:17:03   real_R2 E_N[all] sq 0.3833 (LB 125.548 UB 174.691 Dif 144.385) l2 0.3975 (36.5 s)
+11:17:16 scsemi__raw: scsemi__raw.npz sha 437caa3b0d78 (receipt verified), 160500 scored cells, 16050 in the P/C subsample (same rows as the scorer)
+11:17:47   scsemi__raw [R1 raw] P/C k10 0.5054/0.0384 k5 0.3228/0.0267 k3 0.2175/0.0206 | AUC knn 0.998 rf 1.000 | 1-NN 0.994 | MMD2 0.1824 (29.2 s)
+11:18:19   scsemi__raw [R1 dm] P/C k10 0.8207/0.2770 k5 0.7076/0.1940 k3 0.6062/0.1459 | AUC knn 0.988 rf 0.999 | 1-NN 0.964 | MMD2 0.0924 (32.0 s)
+11:18:48   scsemi__raw [R2 raw] AUC knn 0.998 rf 1.000 | 1-NN 0.995 | MMD2 0.1837 (26.2 s)
+11:19:17   scsemi__raw [R2 dm] AUC knn 0.988 rf 1.000 | 1-NN 0.964 | MMD2 0.0920 (29.6 s)
+11:19:26   scsemi__raw E_N[pc] sq 2.9416 (LB 116.157 UB 198.417 Dif 358.133) l2 2.4203 (9.0 s)
+11:20:16   scsemi__raw E_N[all] sq 3.7658 (LB 104.294 UB 163.018 Dif 325.436) l2 2.9513 (49.2 s)
+11:20:16 scsemi__raw done in 193 s
+11:20:16 unit scsemi_cv_20261002/pooled of immicro written to /home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/immicro/scsemi_cv_20261002/pooled in 427.6 s (k=10 max |diff| vs scorer 0.00e+00)
+JOB_EXIT 0 428s --design scored --dataset immicro --score-dir scores/immicro/scsemi_cv_20261002/pooled --arms scsemi__raw --unit scsemi_cv_20261002/pooled --threads 8
+UNIT_EXIT 0

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T022410Z-deconv-scsemi-deck/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled/metrics.csv

@@ -0,0 +1,9 @@
+dataset,design,unit,label,set,real_side,mode,n_real,n_gen,precision_k3,coverage_k3,density_k3,expected_coverage_identical_k3,precision_k5,coverage_k5,density_k5,expected_coverage_identical_k5,precision_k10,coverage_k10,density_k10,expected_coverage_identical_k10,c2st_knn_auc,c2st_knn_auc_sd,c2st_rf_auc,c2st_rf_auc_sd,nn1_acc,nn1_acc_real,nn1_acc_gen,mmd2_bw0.5,mmd2_bw1,mmd2_bw2,mmd2_sum,mmd_bandwidth_m,seconds
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,Real vs real control (held-out real cells),real_R2,R1,raw,3600,3600,0.9775,0.9872222222222222,4.581851851851852,0.8751041738984521,0.9922222222222222,0.9977777777777778,4.2588333333333335,0.9688150860696122,0.9980555555555556,1.0,3.7886666666666664,0.9990308797468164,0.5664014274691358,0.010212811030796163,0.8444864969135804,0.004720625306403693,0.5275,0.1786111111111111,0.8763888888888889,0.003366657980866883,0.0006360554681608122,5.892700859511102e-05,0.004061640457622806,31.39639266783558,6.3
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,Real vs real control (held-out real cells),real_R2,R1,dm,3600,3600,0.9777777777777777,0.9852777777777778,4.449722222222222,0.8751041738984521,0.9905555555555555,0.9983333333333333,4.161333333333333,0.9688150860696122,0.9980555555555556,1.0,3.7033611111111115,0.9990308797468164,0.5710248842592593,0.011556193802755238,0.8404976851851853,0.004764674746629793,0.5265277777777778,0.17944444444444443,0.8736111111111111,0.003263656620853206,0.0006202576202083421,5.945750618585599e-05,0.003943371747247404,31.39639266783558,6.2
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,Real vs real control (out-of-sample: R2 vs R3),real_R3,R2,raw,3600,3600,,,,,,,,,,,,,0.5010951003086419,0.015359178811143851,0.48956269290123455,0.019962077697540114,0.5009722222222223,0.5011111111111111,0.5008333333333334,-2.303326183256127e-05,-1.6281318621524932e-05,-5.269607983082736e-06,-4.458418843716894e-05,31.39639266783558,4.6
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,Real vs real control (out-of-sample: R2 vs R3),real_R3,R2,dm,3600,3600,,,,,,,,,,,,,0.5015929783950617,0.014814745641476187,0.49466030092592594,0.016017221356769872,0.5030555555555556,0.5022222222222222,0.5038888888888889,-4.3947062073723675e-05,-2.6610247686909005e-05,-8.054403487722794e-06,-7.861171324835547e-05,31.39639266783558,4.5
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,"scSemiProfiler, all training pairs (5-fold CV)",scsemi__raw,R1,raw,3600,3600,0.5152777777777777,0.1761111111111111,0.32861111111111113,0.8751041738984521,0.7019444444444445,0.24138888888888888,0.3642222222222222,0.9688150860696122,0.8722222222222222,0.3541666666666667,0.38472222222222224,0.9990308797468164,0.9898557098765434,0.0019818009249276307,0.99906925154321,0.00030422793673258675,0.9615277777777778,0.9238888888888889,0.9991666666666666,0.10266620536779208,0.07743620367609472,0.026845860238737584,0.2069482692826244,31.39639266783558,4.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,"scSemiProfiler, all training pairs (5-fold CV)",scsemi__raw,R1,dm,3600,3600,0.17055555555555554,0.07583333333333334,0.09648148148148149,0.8751041738984521,0.23083333333333333,0.11,0.10083333333333333,0.9688150860696122,0.3441666666666667,0.1686111111111111,0.11599999999999999,0.9990308797468164,0.9960569058641975,0.0014740143332070722,0.9993597608024691,0.0003122739737578189,0.9816666666666667,0.9675,0.9958333333333333,0.15826611744711067,0.10255596063671635,0.03312978057614946,0.2939518586599765,31.39639266783558,3.9
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,"scSemiProfiler, all training pairs (5-fold CV)",scsemi__raw,R2,raw,3600,3600,,,,,,,,,,,,,0.9974934413580246,0.0012015702001996892,0.9989959490740741,0.00037009083438160493,0.9869444444444444,0.9780555555555556,0.9958333333333333,0.10958561220392887,0.07877243055432248,0.02694028114657221,0.21529832390482356,31.39639266783558,3.5
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,"scSemiProfiler, all training pairs (5-fold CV)",scsemi__raw,R2,dm,3600,3600,,,,,,,,,,,,,0.9972081404320988,0.0007711836354648296,0.9992411265432098,0.0002833091382197203,0.9848611111111111,0.9747222222222223,0.995,0.17018482976936417,0.1047177383662794,0.03328797132854189,0.30819053946418545,31.39639266783558,3.6

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T022410Z-deconv-scsemi-deck/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled/per_donor.csv

@@ -0,0 +1,49 @@
+dataset,design,unit,donor,set,precision_k3_raw,coverage_k3_raw,precision_k5_raw,coverage_k5_raw,precision_k10_raw,coverage_k10_raw,precision_k3_dm,coverage_k3_dm,precision_k5_dm,coverage_k5_dm,precision_k10_dm,coverage_k10_dm
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,450905_d0,real_R2,0.94,0.94,0.9933333333333333,0.96,0.9933333333333333,1.0,0.9533333333333334,0.9333333333333333,0.9666666666666667,0.9866666666666667,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,450905_d14,real_R2,0.9733333333333334,0.96,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,0.98,0.9733333333333334,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0B943B_d0,real_R2,0.9733333333333334,0.9866666666666667,0.98,1.0,1.0,1.0,0.9666666666666667,0.9866666666666667,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0B943B_d14,real_R2,0.9933333333333333,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,7085CA_d0,real_R2,0.9666666666666667,0.9733333333333334,0.98,0.9933333333333333,1.0,1.0,0.9666666666666667,0.9866666666666667,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,7085CA_d7,real_R2,0.9733333333333334,0.9866666666666667,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,0.9733333333333334,0.9866666666666667,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,7085CA_d14,real_R2,0.9733333333333334,0.9933333333333333,0.9733333333333334,1.0,1.0,1.0,0.96,1.0,0.9733333333333334,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,2AD75E_d0,real_R2,0.9933333333333333,0.98,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,2AD75E_d7,real_R2,0.9933333333333333,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.98,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,2AD75E_d14,real_R2,0.98,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,0.98,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,B85D75_d0,real_R2,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,B85D75_d7,real_R2,0.9533333333333334,0.9866666666666667,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,0.96,0.9733333333333334,0.9866666666666667,1.0,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,180E1A_d0,real_R2,0.9866666666666667,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0,0.98,0.9866666666666667,0.9866666666666667,1.0,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,180E1A_d7,real_R2,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9866666666666667,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,180E1A_d14,real_R2,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,82CCF5_d0,real_R2,0.98,0.9866666666666667,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,0.98,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,82CCF5_d7,real_R2,0.98,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,0.98,0.9866666666666667,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,82CCF5_d14,real_R2,0.9866666666666667,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9666666666666667,0.98,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,BAAF62_d0,real_R2,0.9733333333333334,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.98,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,BAAF62_d7,real_R2,0.9733333333333334,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9733333333333334,0.9866666666666667,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,BAAF62_d14,real_R2,0.9866666666666667,0.9866666666666667,0.9866666666666667,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9866666666666667,0.9733333333333334,0.9866666666666667,1.0,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0BF51C_d0,real_R2,0.9333333333333333,0.98,0.96,1.0,0.9866666666666667,1.0,0.94,0.9733333333333334,0.96,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0BF51C_d7,real_R2,0.98,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,0.9866666666666667,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0BF51C_d14,real_R2,0.9866666666666667,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,450905_d0,scsemi__raw,0.5666666666666667,0.26666666666666666,0.8133333333333334,0.31333333333333335,0.9466666666666667,0.41333333333333333,0.22666666666666666,0.18666666666666668,0.28,0.26,0.41333333333333333,0.32666666666666666
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,450905_d14,scsemi__raw,0.42,0.13333333333333333,0.5533333333333333,0.19333333333333333,0.76,0.24666666666666667,0.08666666666666667,0.07333333333333333,0.14,0.12,0.3333333333333333,0.18
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0B943B_d0,scsemi__raw,0.5,0.06666666666666667,0.6333333333333333,0.12666666666666668,0.7933333333333333,0.2,0.16666666666666666,0.02,0.22,0.04666666666666667,0.36,0.08666666666666667
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0B943B_d14,scsemi__raw,0.4866666666666667,0.2,0.7066666666666667,0.3,0.8733333333333333,0.44,0.10666666666666667,0.06,0.17333333333333334,0.1,0.25333333333333335,0.12666666666666668
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,7085CA_d0,scsemi__raw,0.64,0.2866666666666667,0.84,0.36666666666666664,0.9666666666666667,0.5,0.3,0.22,0.36,0.28,0.4666666666666667,0.4
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,7085CA_d7,scsemi__raw,0.43333333333333335,0.17333333333333334,0.6266666666666667,0.25333333333333335,0.8133333333333334,0.36666666666666664,0.17333333333333334,0.02666666666666667,0.23333333333333334,0.06666666666666667,0.34,0.11333333333333333
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,7085CA_d14,scsemi__raw,0.5466666666666666,0.14666666666666667,0.7133333333333334,0.19333333333333333,0.9066666666666666,0.3466666666666667,0.16,0.1,0.20666666666666667,0.12,0.31333333333333335,0.17333333333333334
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,2AD75E_d0,scsemi__raw,0.5866666666666667,0.12,0.7333333333333333,0.21333333333333335,0.9,0.28,0.22666666666666666,0.04666666666666667,0.29333333333333333,0.06666666666666667,0.47333333333333333,0.10666666666666667
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,2AD75E_d7,scsemi__raw,0.62,0.26666666666666666,0.86,0.36,0.9533333333333334,0.5066666666666667,0.24,0.07333333333333333,0.3333333333333333,0.09333333333333334,0.4533333333333333,0.18666666666666668
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,2AD75E_d14,scsemi__raw,0.58,0.34,0.78,0.41333333333333333,0.8866666666666667,0.56,0.22666666666666666,0.05333333333333334,0.32,0.1,0.46,0.14
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,B85D75_d0,scsemi__raw,0.6533333333333333,0.12,0.84,0.18666666666666668,0.9533333333333334,0.32666666666666666,0.26666666666666666,0.03333333333333333,0.36666666666666664,0.03333333333333333,0.52,0.07333333333333333
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,B85D75_d7,scsemi__raw,0.5466666666666666,0.30666666666666664,0.7066666666666667,0.41333333333333333,0.8666666666666667,0.5,0.16,0.07333333333333333,0.21333333333333335,0.09333333333333334,0.2733333333333333,0.18
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,180E1A_d0,scsemi__raw,0.4266666666666667,0.11333333333333333,0.6533333333333333,0.14666666666666667,0.8266666666666667,0.26,0.12,0.08666666666666667,0.15333333333333332,0.09333333333333334,0.24666666666666667,0.14
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,180E1A_d7,scsemi__raw,0.49333333333333335,0.09333333333333334,0.68,0.14666666666666667,0.8266666666666667,0.26,0.14,0.04,0.16666666666666666,0.07333333333333333,0.29333333333333333,0.11333333333333333
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,180E1A_d14,scsemi__raw,0.4666666666666667,0.15333333333333332,0.7066666666666667,0.22666666666666666,0.9066666666666666,0.30666666666666664,0.16666666666666666,0.09333333333333334,0.25333333333333335,0.12,0.34,0.15333333333333332
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,82CCF5_d0,scsemi__raw,0.4866666666666667,0.15333333333333332,0.7,0.18,0.8933333333333333,0.31333333333333335,0.08666666666666667,0.1,0.11333333333333333,0.13333333333333333,0.18666666666666668,0.19333333333333333
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,82CCF5_d7,scsemi__raw,0.5266666666666666,0.22,0.7066666666666667,0.24666666666666667,0.8933333333333333,0.4066666666666667,0.08666666666666667,0.06,0.12666666666666668,0.06666666666666667,0.18666666666666668,0.16666666666666666
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,82CCF5_d14,scsemi__raw,0.56,0.13333333333333333,0.7133333333333334,0.24,0.8666666666666667,0.36,0.1,0.04666666666666667,0.14,0.09333333333333334,0.22,0.14
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,BAAF62_d0,scsemi__raw,0.43333333333333335,0.20666666666666667,0.6266666666666667,0.30666666666666664,0.8066666666666666,0.37333333333333335,0.08,0.06,0.14,0.09333333333333334,0.22,0.14
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,BAAF62_d7,scsemi__raw,0.5866666666666667,0.10666666666666667,0.7866666666666666,0.13333333333333333,0.9333333333333333,0.18666666666666668,0.12666666666666668,0.02666666666666667,0.2,0.04,0.30666666666666664,0.11333333333333333
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,BAAF62_d14,scsemi__raw,0.5533333333333333,0.19333333333333333,0.7333333333333333,0.22666666666666666,0.9266666666666666,0.3466666666666667,0.18,0.12,0.22,0.18,0.31333333333333335,0.22
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0BF51C_d0,scsemi__raw,0.43333333333333335,0.09333333333333334,0.6066666666666667,0.13333333333333333,0.8466666666666667,0.29333333333333333,0.2733333333333333,0.13333333333333333,0.32,0.22,0.38,0.32
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0BF51C_d7,scsemi__raw,0.38666666666666666,0.17333333333333334,0.5866666666666667,0.25333333333333335,0.8,0.35333333333333333,0.16666666666666666,0.05333333333333334,0.28,0.06,0.5,0.12
+giroux2022,scored,scsemi_cv_20261002/pooled,0BF51C_d14,scsemi__raw,0.43333333333333335,0.16,0.54,0.22,0.7866666666666666,0.35333333333333333,0.22666666666666666,0.03333333333333333,0.2866666666666667,0.08666666666666667,0.4066666666666667,0.13333333333333333

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261008T022410Z-deconv-scsemi-deck/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled/repro.json

@@ -0,0 +1,126 @@
+{
+ "unit": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/scsemi_cv_20261002/pooled",
+ "pca": {
+  "ours": {
+   "n_components": 50,
+   "explained_variance_ratio_sum": 0.23158283531665802,
+   "n_fit_cells": 3600
+  },
+  "scorer": {
+   "n_components": 50,
+   "explained_variance_ratio_sum": 0.23158283531665802,
+   "n_fit_cells": 3600
+  }
+ },
+ "r2_control": {
+  "ours": {
+   "precision": 0.9980555555555556,
+   "coverage": 1.0,
+   "density": 3.7886666666666664,
+   "n_query": 3600,
+   "depth_matched": {
+    "precision": 0.9980555555555556,
+    "coverage": 1.0,
+    "density": 3.7033611111111115
+   }
+  },
+  "scorer": {
+   "precision": 0.9980555555555556,
+   "coverage": 1.0,
+   "density": 3.7886666666666664,
+   "n_query": 3600,
+   "depth_matched": {
+    "precision": 0.9980555555555556,
+    "coverage": 1.0,
+    "density": 3.7033611111111115
+   }
+  }
+ },
+ "arms": {
+  "real_R2": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9980555555555556,
+    "scorer": 0.9980555555555556,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage": {
+    "ours": 1.0,
+    "scorer": 1.0,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9980555555555556,
+    "scorer": 0.9980555555555556,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 1.0,
+    "scorer": 1.0,
+    "abs_diff": 0.0
+   }
+  },
+  "scsemi__raw": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.8722222222222222,
+    "scorer": 0.8722222222222222,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.3541666666666667,
+    "scorer": 0.3541666666666667,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 8.326672684688674e-17,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.3441666666666667,
+    "scorer": 0.3441666666666667,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 8.326672684688674e-17,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.1686111111111111,
+    "scorer": 0.1686111111111111,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 8.326672684688674e-17,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/pooled_scsemi_cv_20261002/scsemi__raw.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/pooled_scsemi_cv_20261002/scsemi__raw.npz",
+    "sha256": "4c2f9e7c193605a0f6c5bda6a759730190e40bb3a4d4210e86c7cb0bdb9a7dd9"
+   }
+  }
+ },
+ "max_abs_diff_k10_pooled": 0.0,
+ "oos_r3": {
+  "n_r3": [
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150
+  ],
+  "short_samples": []
+ },
+ "pca_equal": true
+}