Archive 4 checkpoints (1-4)

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261001T200638Z-extra-realism-metrics/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw3/manifest.json

@@ -0,0 +1,86 @@
+{
+ "schema": "paired_ft_extra_metrics.v1",
+ "dataset": "giroux2022",
+ "design": "fewshot",
+ "unit": "draw3",
+ "written_utc": "2026-10-01T15:18:14.701533+00:00",
+ "command": [
+  "tools/extra_metrics.py",
+  "--design",
+  "fewshot",
+  "--dataset",
+  "giroux2022",
+  "--draws",
+  "0,1,2,3,4",
+  "--threads",
+  "6",
+  "--fetch-dir",
+  "/tmp/claude-1000/-home-sj-server-1/c8102cb0-e04f-4e04-adda-0728604e4435/scratchpad/fetch"
+ ],
+ "threads": 6,
+ "donors": [
+  "0B943B_d0",
+  "0B943B_d14",
+  "2AD75E_d0",
+  "2AD75E_d7",
+  "2AD75E_d14",
+  "82CCF5_d0",
+  "82CCF5_d7",
+  "82CCF5_d14",
+  "0BF51C_d0",
+  "0BF51C_d7",
+  "0BF51C_d14"
+ ],
+ "n_samples": 11,
+ "calls": {
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/fewshot_n5/draw3": {
+   "arms": [
+    "zs_raw",
+    "zs_cal",
+    "lora5",
+    "zs_pseudo"
+   ],
+   "summary_sha256": "e261bbf84166bd24750336bf0fa74a59d39b6a0df2341a55443cb8587027c380"
+  },
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores/giroux2022/fewshot_n5/draw3_scsemi5": {
+   "arms": [
+    "scsemi5"
+   ],
+   "summary_sha256": "0d77ea97ed98ff594511592063843af4d2772083216721cb434633312809dec4"
+  }
+ },
+ "reference_sha256": "dd0152f7bde41da80e1c71dabf54ee561982f36dc99a336b65fca419880a1593",
+ "bandwidth_m": 33.22011635865223,
+ "params": {
+  "seed": 20261001,
+  "ks": [
+   3,
+   5,
+   10
+  ],
+  "knn_c2st_k": 5,
+  "rf_trees": 300,
+  "cv_folds": 5,
+  "bw_multiples": [
+   0.5,
+   1.0,
+   2.0
+  ],
+  "bw_max_cells": 4000,
+  "en_pcs": 100,
+  "en_lb_max_queries_all_cells": 20000,
+  "en_all_cells": true
+ },
+ "n_representative_rows": 13,
+ "fetched_from_server2": [],
+ "code_sha256": {
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/extra_metrics.py": "b65e022452d8fccbd2e9b349265d54d3833faf1876dbfd753cf0279678d02671",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/ft_common.py": "4a6366b0f22208cd58714fc0261b8840c643b9d4569704d560cfd93534cbc747",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/tools/score_ft.py": "ec5f40b4cea6d5062d0138f3b934abb6465e34cbfeac869c8a0906924c033aec",
+  "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/utility_studies_final6k_20260925/umap/cell_immicro_5arm/tools/stage_b_embed.py": "d056cfdf38fb0e5f478756f370174e993b75d0c973c48e02e21749175a4ca2da"
+ },
+ "seconds": 259.5,
+ "max_abs_diff_k10_pooled": 0.0,
+ "extra_metrics_py_sha256_ran": "ca3804cffbaa2fcdbb067a1d62c0ab0f365493837c6ca217f910a5e96fe362f9",
+ "code_sha256_note": "code_sha256 was hashed when the unit finished; extra_metrics_py_sha256_ran is the file the process loaded at start (scores_extra/_code/). v1-v3 differ only in the collector and the per-unit lock; metric code identical (scores_extra/_code/README.md)"
+}

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261001T200638Z-extra-realism-metrics/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw3/metrics.csv

@@ -0,0 +1,25 @@
+dataset,design,unit,label,set,real_side,mode,n_real,n_gen,precision_k3,coverage_k3,density_k3,expected_coverage_identical_k3,precision_k5,coverage_k5,density_k5,expected_coverage_identical_k5,precision_k10,coverage_k10,density_k10,expected_coverage_identical_k10,c2st_knn_auc,c2st_knn_auc_sd,c2st_rf_auc,c2st_rf_auc_sd,nn1_acc,nn1_acc_real,nn1_acc_gen,mmd2_bw0.5,mmd2_bw1,mmd2_bw2,mmd2_sum,mmd_bandwidth_m,seconds
+giroux2022,fewshot,draw3,Real vs real control (held-out real cells),real_R2,R1,raw,1650,1650,0.9890909090909091,0.9963636363636363,7.78,0.8752273071416298,0.9957575757575757,1.0,6.792484848484849,0.9688919592358399,0.9987878787878788,1.0,5.4827272727272724,0.9990396297778593,0.5810192837465564,0.018793151333195764,0.9328135904499539,0.006901687388673533,0.5251515151515151,0.10484848484848484,0.9454545454545454,0.011322452373883074,0.002109621040054188,0.00018118556317392454,0.013613258977111187,33.22011635865223,3.8
+giroux2022,fewshot,draw3,Real vs real control (held-out real cells),real_R2,R1,dm,1650,1650,0.9890909090909091,0.996969696969697,7.59030303030303,0.8752273071416298,0.996969696969697,0.9993939393939394,6.609818181818182,0.9688919592358399,0.9993939393939394,1.0,5.389454545454546,0.9990396297778593,0.5908916437098254,0.02191748292877248,0.929485766758494,0.010702884596727056,0.5315151515151515,0.11333333333333333,0.9496969696969697,0.01128917029177201,0.002102617897468795,0.00017818456474594235,0.013569972753986748,33.22011635865223,3.8
+giroux2022,fewshot,draw3,Real vs real control (out-of-sample: R2 vs R3),real_R3,R2,raw,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.4865105601469238,0.012489122072069864,0.4937943067033975,0.016729903974702344,0.48818181818181816,0.4903030303030303,0.4860606060606061,-3.019047721242174e-05,-3.603310563971007e-05,-1.1989704953307978e-05,-7.821328780543979e-05,33.22011635865223,3.1
+giroux2022,fewshot,draw3,Real vs real control (out-of-sample: R2 vs R3),real_R3,R2,dm,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.4878089990817263,0.010196061978069363,0.49060238751147844,0.021142314796594078,0.4912121212121212,0.49272727272727274,0.4896969696969697,-6.210674183881881e-05,-5.101622298764319e-05,-1.5925224913670988e-05,-0.000129048189740133,33.22011635865223,2.9
+giroux2022,fewshot,draw3,"Zero-shot, real bulk",zs_raw,R1,raw,1650,1650,0.8654545454545455,0.263030303030303,1.517777777777778,0.8752273071416298,0.9266666666666666,0.3187878787878788,1.3894545454545455,0.9688919592358399,0.9666666666666667,0.40424242424242424,1.2066060606060607,0.9990396297778593,0.968119375573921,0.005625486303999729,0.9975142332415059,0.0017789125697306406,0.916060606060606,0.8351515151515152,0.996969696969697,0.1390090085914561,0.10982143886787687,0.03877857848704358,0.28760902594637655,33.22011635865223,2.5
+giroux2022,fewshot,draw3,"Zero-shot, real bulk",zs_raw,R1,dm,1650,1650,0.9436363636363636,0.3018181818181818,3.523838383838384,0.8752273071416298,0.9775757575757575,0.36727272727272725,3.1013333333333333,0.9688919592358399,0.9927272727272727,0.4824242424242424,2.5784242424242425,0.9990396297778593,0.9398181818181819,0.010350935253871468,0.9975500459136823,0.0012471782250947658,0.8930303030303031,0.7866666666666666,0.9993939393939394,0.12263124990518703,0.08625041260329303,0.02917785147121066,0.23805951397969072,33.22011635865223,2.8
+giroux2022,fewshot,draw3,"Zero-shot, real bulk",zs_raw,R2,raw,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.9959669421487602,0.002577558710221818,0.996900826446281,0.0017289168799232012,0.9718181818181818,0.9654545454545455,0.9781818181818182,0.15432053025570552,0.1117978196745677,0.038369111774751996,0.3044874617050252,33.22011635865223,2.6
+giroux2022,fewshot,draw3,"Zero-shot, real bulk",zs_raw,R2,dm,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.9905482093663913,0.005197805620583992,0.9942966023875115,0.00246962351866309,0.9609090909090909,0.94,0.9818181818181818,0.12316203922387492,0.08538857925615129,0.028758249565755012,0.23730886804578122,33.22011635865223,2.7
+giroux2022,fewshot,draw3,Zero-shot + calibration,zs_cal,R1,raw,1650,1650,0.9454545454545454,0.7830303030303031,3.6383838383838385,0.8752273071416298,0.9763636363636363,0.8775757575757576,3.481575757575757,0.9688919592358399,0.9915151515151515,0.9448484848484848,3.159818181818182,0.9990396297778593,0.8809100091827364,0.011048690673944227,0.9780578512396694,0.006960655819179206,0.7369696969696969,0.4793939393939394,0.9945454545454545,0.0645596350024758,0.03285882704744414,0.009735045979215595,0.10715350802913554,33.22011635865223,3.4
+giroux2022,fewshot,draw3,Zero-shot + calibration,zs_cal,R1,dm,1650,1650,0.9193939393939394,0.7515151515151515,2.2975757575757574,0.8752273071416298,0.9575757575757575,0.8569696969696969,2.226909090909091,0.9688919592358399,0.9806060606060606,0.9303030303030303,2.108909090909091,0.9990396297778593,0.8992341597796143,0.013835610459372429,0.9634269972451792,0.006610694641539825,0.7545454545454545,0.5333333333333333,0.9757575757575757,0.04904881284518131,0.02639690538794892,0.008177088864527171,0.0836228070976574,33.22011635865223,3.3
+giroux2022,fewshot,draw3,Zero-shot + calibration,zs_cal,R2,raw,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.9480780532598715,0.007161425210194422,0.9528108356290174,0.009103547669925875,0.8621212121212121,0.8587878787878788,0.8654545454545455,0.05777871976355198,0.03143284157249049,0.009725375754530585,0.09893693709057305,33.22011635865223,2.9
+giroux2022,fewshot,draw3,Zero-shot + calibration,zs_cal,R2,dm,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.9308953168044077,0.006771909377121755,0.9426629935720843,0.008656462572989585,0.8233333333333334,0.8224242424242424,0.8242424242424242,0.04993976480985807,0.026720210034802294,0.008261650326410797,0.08492162517107116,33.22011635865223,3.0
+giroux2022,fewshot,draw3,"LoRA, 5 donors",lora5,R1,raw,1650,1650,0.9793939393939394,0.826060606060606,6.225454545454546,0.8752273071416298,0.9939393939393939,0.9084848484848485,5.672606060606061,0.9688919592358399,0.9993939393939394,0.9624242424242424,4.891515151515152,0.9990396297778593,0.8271772268135905,0.01599019854796377,0.9745335169880625,0.005908790875002949,0.6966666666666667,0.4072727272727273,0.9860606060606061,0.06430014079230556,0.026665222836541824,0.006999583333260118,0.0979649469621075,33.22011635865223,3.3
+giroux2022,fewshot,draw3,"LoRA, 5 donors",lora5,R1,dm,1650,1650,0.94,0.8303030303030303,2.9672727272727273,0.8752273071416298,0.98,0.9042424242424243,2.8484848484848486,0.9688919592358399,0.9951515151515151,0.9690909090909091,2.5806666666666667,0.9990396297778593,0.8174325068870523,0.01876050092806288,0.9234830119375573,0.011409868111516704,0.6896969696969697,0.4387878787878788,0.9406060606060606,0.021339611241819045,0.008597756361103936,0.002382132329636466,0.03231949993255945,33.22011635865223,3.0
+giroux2022,fewshot,draw3,"LoRA, 5 donors",lora5,R2,raw,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.8908714416896235,0.008757010592315985,0.9108080808080808,0.005949583282540274,0.7936363636363636,0.7890909090909091,0.7981818181818182,0.040799709848629684,0.021783861998833975,0.006633012559240425,0.06921658440670408,33.22011635865223,2.7
+giroux2022,fewshot,draw3,"LoRA, 5 donors",lora5,R2,dm,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.8248393021120293,0.013599917516698845,0.8660844811753904,0.007364307317533798,0.7251515151515151,0.7278787878787879,0.7224242424242424,0.014128584993898685,0.007173784665251759,0.0021906250750682865,0.02349299473421873,33.22011635865223,2.8
+giroux2022,fewshot,draw3,"Zero-shot, sc pseudobulk input (reference)",zs_pseudo,R1,raw,1650,1650,0.96,0.7915151515151515,5.1989898989898995,0.8752273071416298,0.9787878787878788,0.8618181818181818,4.863393939393939,0.9688919592358399,0.9921212121212121,0.9296969696969697,4.291818181818182,0.9990396297778593,0.8525335169880626,0.010587949188464901,0.9774894398530762,0.0031075413341643565,0.713030303030303,0.43272727272727274,0.9933333333333333,0.06689763462720733,0.02554712556857197,0.006454377240690645,0.09889913743646994,33.22011635865223,3.5
+giroux2022,fewshot,draw3,"Zero-shot, sc pseudobulk input (reference)",zs_pseudo,R1,dm,1650,1650,0.9193939393939394,0.8187878787878788,2.675757575757576,0.8752273071416298,0.9551515151515152,0.9006060606060606,2.66230303030303,0.9688919592358399,0.9793939393939394,0.9521212121212121,2.4975151515151515,0.9990396297778593,0.8486694214876034,0.014628166329005193,0.9344793388429753,0.005047125716412246,0.7093939393939394,0.4636363636363636,0.9551515151515152,0.03923130981715928,0.018964789558933104,0.005663913553947131,0.06386001293003951,33.22011635865223,2.6
+giroux2022,fewshot,draw3,"Zero-shot, sc pseudobulk input (reference)",zs_pseudo,R2,raw,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.9284931129476585,0.006905318140802244,0.9461689623507805,0.0051368901987181815,0.8333333333333334,0.826060606060606,0.8406060606060606,0.04867385491329279,0.02331433955748996,0.00684790561121118,0.07883610008199393,33.22011635865223,2.3
+giroux2022,fewshot,draw3,"Zero-shot, sc pseudobulk input (reference)",zs_pseudo,R2,dm,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.8703682277318642,0.007768450135087069,0.8965325987144169,0.014594320028678444,0.7612121212121212,0.7436363636363637,0.7787878787878788,0.038461140874169186,0.020063167756792843,0.006140661009109927,0.06466496964007196,33.22011635865223,2.4
+giroux2022,fewshot,draw3,"scSemiProfiler, 5 donors",scsemi5,R1,raw,1650,1650,0.8654545454545455,0.37333333333333335,1.19010101010101,0.8752273071416298,0.9418181818181818,0.4727272727272727,1.2183030303030304,0.9688919592358399,0.9890909090909091,0.6290909090909091,1.227030303030303,0.9990396297778593,0.9672910927456382,0.005922725313519645,0.9988668503213958,0.0005377039131728961,0.9066666666666666,0.813939393939394,0.9993939393939394,0.11280918754076374,0.06923583360877483,0.022420438009456367,0.20446545915899494,33.22011635865223,2.6
+giroux2022,fewshot,draw3,"scSemiProfiler, 5 donors",scsemi5,R1,dm,1650,1650,0.21454545454545454,0.10424242424242425,0.14242424242424243,0.8752273071416298,0.3115151515151515,0.14909090909090908,0.16399999999999998,0.9688919592358399,0.44181818181818183,0.23212121212121212,0.18884848484848485,0.9990396297778593,0.9945335169880625,0.003445410564905308,0.9989889807162534,0.0004455803998795171,0.9742424242424242,0.9527272727272728,0.9957575757575757,0.15176206008552462,0.08748295147094676,0.027425819007311114,0.2666708305637825,33.22011635865223,2.8
+giroux2022,fewshot,draw3,"scSemiProfiler, 5 donors",scsemi5,R2,raw,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.9967768595041322,0.0019208882183282482,0.9983691460055096,0.00027349297180609086,0.9845454545454545,0.9763636363636363,0.9927272727272727,0.1141962515593774,0.069410607208088,0.02245248948297518,0.2060593482504406,33.22011635865223,2.6
+giroux2022,fewshot,draw3,"scSemiProfiler, 5 donors",scsemi5,R2,dm,1650,1650,,,,,,,,,,,,,0.9963617998163453,0.002882407804279802,0.9991864095500459,0.0006590524866468124,0.980909090909091,0.9696969696969697,0.9921212121212121,0.16836400102090843,0.08952701082324732,0.027381010940101813,0.28527202278425756,33.22011635865223,2.6

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261001T200638Z-extra-realism-metrics/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw3/per_donor.csv

@@ -0,0 +1,67 @@
+dataset,design,unit,donor,set,precision_k3_raw,coverage_k3_raw,precision_k5_raw,coverage_k5_raw,precision_k10_raw,coverage_k10_raw,precision_k3_dm,coverage_k3_dm,precision_k5_dm,coverage_k5_dm,precision_k10_dm,coverage_k10_dm
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d0,real_R2,0.98,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9666666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d14,real_R2,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d0,real_R2,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d7,real_R2,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9866666666666667,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d14,real_R2,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d0,real_R2,0.9866666666666667,0.9933333333333333,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,0.9866666666666667,0.9866666666666667,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d7,real_R2,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d14,real_R2,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d0,real_R2,0.9533333333333334,0.98,0.9733333333333334,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9733333333333334,0.98,0.9866666666666667,0.9933333333333333,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d7,real_R2,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d14,real_R2,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d0,zs_raw,0.88,0.31333333333333335,0.9133333333333333,0.37333333333333335,0.9733333333333334,0.5266666666666666,0.92,0.3333333333333333,0.9666666666666667,0.41333333333333333,0.9866666666666667,0.6066666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d14,zs_raw,0.92,0.24666666666666667,0.9466666666666667,0.28,0.9866666666666667,0.3466666666666667,0.96,0.30666666666666664,0.9933333333333333,0.38,1.0,0.49333333333333335
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d0,zs_raw,0.8666666666666667,0.18,0.92,0.2,0.98,0.26,0.9333333333333333,0.22666666666666666,0.9733333333333334,0.25333333333333335,1.0,0.31333333333333335
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d7,zs_raw,0.9733333333333334,0.12666666666666668,0.9866666666666667,0.16666666666666666,0.9933333333333333,0.19333333333333333,0.9866666666666667,0.14666666666666667,0.9866666666666667,0.22666666666666666,1.0,0.31333333333333335
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d14,zs_raw,0.8533333333333334,0.08,0.9466666666666667,0.09333333333333334,0.98,0.12666666666666668,0.9533333333333334,0.13333333333333333,0.9866666666666667,0.17333333333333334,0.9933333333333333,0.24666666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d0,zs_raw,0.92,0.4066666666666667,0.9666666666666667,0.48,0.98,0.5466666666666666,0.96,0.44666666666666666,0.98,0.5133333333333333,1.0,0.6066666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d7,zs_raw,0.84,0.2,0.9066666666666666,0.2733333333333333,0.94,0.3466666666666667,0.9666666666666667,0.24,0.9666666666666667,0.31333333333333335,0.98,0.47333333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d14,zs_raw,0.86,0.46,0.92,0.5133333333333333,0.98,0.5866666666666667,0.98,0.5333333333333333,1.0,0.5933333333333334,1.0,0.66
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d0,zs_raw,0.5466666666666666,0.21333333333333335,0.7266666666666667,0.29333333333333333,0.8266666666666667,0.44666666666666666,0.78,0.22,0.94,0.28,0.9666666666666667,0.41333333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d7,zs_raw,0.9133333333333333,0.4,0.9733333333333334,0.47333333333333333,0.9933333333333333,0.5666666666666667,0.9733333333333334,0.38666666666666666,0.9866666666666667,0.4666666666666667,1.0,0.6133333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d14,zs_raw,0.9466666666666667,0.26666666666666666,0.9866666666666667,0.36,1.0,0.5,0.9666666666666667,0.3466666666666667,0.9733333333333334,0.4266666666666667,0.9933333333333333,0.5666666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d0,zs_cal,0.9666666666666667,0.8133333333333334,0.9933333333333333,0.9,1.0,0.9666666666666667,0.9533333333333334,0.8866666666666667,0.9866666666666667,0.9533333333333334,1.0,0.9733333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d14,zs_cal,0.9733333333333334,0.8533333333333334,1.0,0.9466666666666667,1.0,0.9866666666666667,0.94,0.8333333333333334,0.9666666666666667,0.9266666666666666,0.9933333333333333,0.9733333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d0,zs_cal,0.98,0.7733333333333333,1.0,0.88,1.0,0.9533333333333334,0.9466666666666667,0.6666666666666666,0.9733333333333334,0.82,0.98,0.8933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d7,zs_cal,0.9933333333333333,0.7,1.0,0.8133333333333334,1.0,0.9466666666666667,0.98,0.54,0.9933333333333333,0.7,1.0,0.8466666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d14,zs_cal,0.9933333333333333,0.76,1.0,0.8733333333333333,1.0,0.9533333333333334,0.9733333333333334,0.6866666666666666,0.9933333333333333,0.8133333333333334,1.0,0.92
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d0,zs_cal,1.0,0.82,1.0,0.9333333333333333,1.0,0.9733333333333334,0.9533333333333334,0.8933333333333333,0.9866666666666667,0.9466666666666667,1.0,0.98
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d7,zs_cal,0.9533333333333334,0.9066666666666666,0.9933333333333333,0.96,1.0,0.9866666666666667,0.9266666666666666,0.88,0.98,0.9533333333333334,0.9866666666666667,0.9933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d14,zs_cal,0.98,0.8866666666666667,1.0,0.9466666666666667,1.0,0.9933333333333333,0.9266666666666666,0.8866666666666667,0.98,0.9466666666666667,1.0,0.9933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d0,zs_cal,0.6,0.5133333333333333,0.76,0.6333333333333333,0.9066666666666666,0.7266666666666667,0.5866666666666667,0.5066666666666667,0.6933333333333334,0.6,0.8266666666666667,0.7133333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d7,zs_cal,0.9733333333333334,0.8,0.9933333333333333,0.8933333333333333,1.0,0.9666666666666667,0.9466666666666667,0.7733333333333333,0.9866666666666667,0.8866666666666667,1.0,0.98
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d14,zs_cal,0.9866666666666667,0.7866666666666666,1.0,0.8733333333333333,1.0,0.94,0.98,0.7133333333333334,0.9933333333333333,0.88,1.0,0.9666666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d0,lora5,0.98,0.8133333333333334,0.9866666666666667,0.9066666666666666,1.0,0.96,0.9333333333333333,0.9066666666666666,0.98,0.9466666666666667,0.9933333333333333,0.9933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d14,lora5,0.9533333333333334,0.9,0.9933333333333333,0.9533333333333334,1.0,1.0,0.9533333333333334,0.88,0.9666666666666667,0.96,0.9933333333333333,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d0,lora5,0.98,0.84,0.9933333333333333,0.9133333333333333,1.0,0.98,0.94,0.8266666666666667,0.9733333333333334,0.9133333333333333,0.9933333333333333,0.9666666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d7,lora5,0.9866666666666667,0.8066666666666666,0.9933333333333333,0.9266666666666666,1.0,0.98,0.9533333333333334,0.74,0.9866666666666667,0.84,1.0,0.9533333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d14,lora5,0.9933333333333333,0.9,1.0,0.9466666666666667,1.0,0.98,0.98,0.7866666666666666,1.0,0.86,1.0,0.9733333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d0,lora5,0.9733333333333334,0.8733333333333333,1.0,0.9466666666666667,1.0,0.9933333333333333,0.9066666666666666,0.92,0.98,0.9666666666666667,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d7,lora5,1.0,0.9066666666666666,1.0,0.9666666666666667,1.0,1.0,0.9666666666666667,0.9333333333333333,0.98,0.98,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d14,lora5,0.9933333333333333,0.9133333333333333,1.0,0.9666666666666667,1.0,0.9866666666666667,0.9733333333333334,0.9533333333333334,1.0,0.98,1.0,0.9933333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d0,lora5,0.9266666666666666,0.4533333333333333,0.9733333333333334,0.5866666666666667,0.9933333333333333,0.74,0.8066666666666666,0.5266666666666666,0.9333333333333333,0.64,0.9733333333333334,0.8133333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d7,lora5,1.0,0.8666666666666667,1.0,0.9466666666666667,1.0,0.9866666666666667,0.9666666666666667,0.8133333333333334,0.9866666666666667,0.94,1.0,0.98
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d14,lora5,0.9866666666666667,0.8133333333333334,0.9933333333333333,0.9333333333333333,1.0,0.98,0.96,0.8466666666666667,0.9933333333333333,0.92,0.9933333333333333,0.9866666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d0,zs_pseudo,0.9866666666666667,0.7266666666666667,0.9866666666666667,0.82,1.0,0.9466666666666667,0.9533333333333334,0.8933333333333333,0.98,0.9333333333333333,1.0,0.9866666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d14,zs_pseudo,1.0,0.8533333333333334,1.0,0.8933333333333333,1.0,0.9266666666666666,0.9733333333333334,0.86,0.9933333333333333,0.9333333333333333,1.0,0.9866666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d0,zs_pseudo,0.9733333333333334,0.82,1.0,0.9,1.0,0.9533333333333334,0.94,0.78,0.9733333333333334,0.9133333333333333,0.9933333333333333,0.96
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d7,zs_pseudo,0.9866666666666667,0.8866666666666667,1.0,0.9533333333333334,1.0,0.9933333333333333,0.9866666666666667,0.8266666666666667,0.9933333333333333,0.9333333333333333,1.0,0.9866666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d14,zs_pseudo,0.98,0.92,0.9933333333333333,0.96,1.0,0.98,0.9666666666666667,0.8266666666666667,0.9933333333333333,0.92,1.0,0.9733333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d0,zs_pseudo,0.9933333333333333,0.7866666666666666,1.0,0.8533333333333334,1.0,0.92,0.9666666666666667,0.8666666666666667,1.0,0.94,1.0,0.9666666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d7,zs_pseudo,0.9866666666666667,0.8933333333333333,1.0,0.9333333333333333,1.0,0.9666666666666667,0.9466666666666667,0.9333333333333333,0.9866666666666667,0.9933333333333333,1.0,1.0
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d14,zs_pseudo,0.98,0.8266666666666667,0.9866666666666667,0.8933333333333333,1.0,0.9533333333333334,0.9466666666666667,0.8466666666666667,0.9733333333333334,0.9266666666666666,1.0,0.98
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d0,zs_pseudo,0.68,0.4666666666666667,0.8066666666666666,0.5866666666666667,0.9133333333333333,0.74,0.4866666666666667,0.5133333333333333,0.62,0.5933333333333334,0.78,0.7266666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d7,zs_pseudo,1.0,0.7533333333333333,1.0,0.8466666666666667,1.0,0.9333333333333333,0.9666666666666667,0.84,0.9933333333333333,0.9266666666666666,1.0,0.9533333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d14,zs_pseudo,0.9933333333333333,0.7733333333333333,0.9933333333333333,0.84,1.0,0.9133333333333333,0.98,0.82,1.0,0.8933333333333333,1.0,0.9533333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d0,scsemi5,0.8,0.25333333333333335,0.92,0.3466666666666667,0.9933333333333333,0.43333333333333335,0.21333333333333335,0.02666666666666667,0.37333333333333335,0.04666666666666667,0.4866666666666667,0.08
+giroux2022,fewshot,draw3,0B943B_d14,scsemi5,0.88,0.4266666666666667,0.9333333333333333,0.52,0.9866666666666667,0.6933333333333334,0.3466666666666667,0.12,0.4866666666666667,0.14,0.6066666666666667,0.2733333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d0,scsemi5,0.9266666666666666,0.30666666666666664,0.9933333333333333,0.41333333333333333,0.9933333333333333,0.58,0.19333333333333333,0.07333333333333333,0.2866666666666667,0.11333333333333333,0.44666666666666666,0.2
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d7,scsemi5,0.9533333333333334,0.42,1.0,0.54,1.0,0.72,0.24666666666666667,0.11333333333333333,0.29333333333333333,0.16666666666666666,0.5133333333333333,0.2733333333333333
+giroux2022,fewshot,draw3,2AD75E_d14,scsemi5,0.92,0.44,0.9866666666666667,0.5733333333333334,1.0,0.78,0.25333333333333335,0.05333333333333334,0.36666666666666664,0.06666666666666667,0.5066666666666667,0.14666666666666667
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d0,scsemi5,0.8933333333333333,0.36666666666666664,0.96,0.44666666666666666,1.0,0.5866666666666667,0.32,0.12666666666666668,0.43333333333333335,0.17333333333333334,0.5266666666666666,0.24
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d7,scsemi5,0.9266666666666666,0.44,0.98,0.54,0.9933333333333333,0.7133333333333334,0.06666666666666667,0.11333333333333333,0.13333333333333333,0.20666666666666667,0.26,0.3
+giroux2022,fewshot,draw3,82CCF5_d14,scsemi5,0.92,0.44666666666666666,0.9733333333333334,0.54,0.9933333333333333,0.7,0.07333333333333333,0.12,0.10666666666666667,0.15333333333333332,0.17333333333333334,0.23333333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d0,scsemi5,0.5666666666666667,0.26666666666666666,0.7066666666666667,0.3466666666666667,0.9333333333333333,0.4666666666666667,0.28,0.22666666666666666,0.34,0.30666666666666664,0.4266666666666667,0.38666666666666666
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d7,scsemi5,0.8266666666666667,0.38,0.9333333333333333,0.4866666666666667,1.0,0.6466666666666666,0.20666666666666667,0.07333333333333333,0.32666666666666666,0.10666666666666667,0.49333333333333335,0.17333333333333334
+giroux2022,fewshot,draw3,0BF51C_d14,scsemi5,0.9066666666666666,0.36,0.9733333333333334,0.44666666666666666,0.9866666666666667,0.6,0.16,0.1,0.28,0.16,0.42,0.24666666666666667

paper-releases/pbisc-diffusion/updates/20261001T200638Z-extra-realism-metrics/diffusion/dataset/server_1/model8/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw3/repro.json

@@ -0,0 +1,241 @@
+{
+ "unit": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/scores_extra/giroux2022/fewshot_n5/draw3",
+ "pca": {
+  "ours": {
+   "n_components": 50,
+   "explained_variance_ratio_sum": 0.2550526559352875,
+   "n_fit_cells": 1650
+  },
+  "scorer": {
+   "n_components": 50,
+   "explained_variance_ratio_sum": 0.2550526559352875,
+   "n_fit_cells": 1650
+  }
+ },
+ "r2_control": {
+  "ours": {
+   "precision": 0.9987878787878788,
+   "coverage": 1.0,
+   "density": 5.4827272727272724,
+   "n_query": 1650,
+   "depth_matched": {
+    "precision": 0.9993939393939394,
+    "coverage": 1.0,
+    "density": 5.389454545454546
+   }
+  },
+  "scorer": {
+   "precision": 0.9987878787878788,
+   "coverage": 1.0,
+   "density": 5.4827272727272724,
+   "n_query": 1650,
+   "depth_matched": {
+    "precision": 0.9993939393939394,
+    "coverage": 1.0,
+    "density": 5.389454545454546
+   }
+  }
+ },
+ "arms": {
+  "real_R2": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9987878787878788,
+    "scorer": 0.9987878787878788,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage": {
+    "ours": 1.0,
+    "scorer": 1.0,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9993939393939394,
+    "scorer": 0.9993939393939394,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 1.0,
+    "scorer": 1.0,
+    "abs_diff": 0.0
+   }
+  },
+  "zs_raw": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9666666666666667,
+    "scorer": 0.9666666666666667,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.40424242424242424,
+    "scorer": 0.40424242424242424,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 8.326672684688674e-17,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9927272727272727,
+    "scorer": 0.9927272727272727,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.4824242424242424,
+    "scorer": 0.4824242424242424,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 8.326672684688674e-17,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/zs__raw_all.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/zs__raw_all.npz",
+    "sha256": "16b110e1effd23cdcdaaa55a28ef83e9a91035e74cdea69dc7706a03552fef5e"
+   }
+  },
+  "zs_cal": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9915151515151515,
+    "scorer": 0.9915151515151515,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 0.0,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.9448484848484848,
+    "scorer": 0.9448484848484848,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9806060606060606,
+    "scorer": 0.9806060606060606,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.9303030303030303,
+    "scorer": 0.9303030303030303,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw3/zs__cal.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw3/zs__cal.npz",
+    "sha256": "4f67667025b168741ae659a080bf683b17e8f7f7fbe94066f5f1addbc9f8ddb9"
+   }
+  },
+  "lora5": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9993939393939394,
+    "scorer": 0.9993939393939394,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.9624242424242424,
+    "scorer": 0.9624242424242424,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9951515151515151,
+    "scorer": 0.9951515151515151,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.9690909090909091,
+    "scorer": 0.9690909090909091,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw3/lora__raw.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw3/lora__raw.npz",
+    "sha256": "493a134f9f9000964f08855c004adaf027d7251e0e2defeebd73e9255f4d3f5e"
+   }
+  },
+  "zs_pseudo": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9921212121212121,
+    "scorer": 0.9921212121212121,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.9296969696969697,
+    "scorer": 0.9296969696969697,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.9793939393939394,
+    "scorer": 0.9793939393939394,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.9521212121212121,
+    "scorer": 0.9521212121212121,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/zs__pseudo_all.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/zs__pseudo_all.npz",
+    "sha256": "b77ee477b7f9e5521636a78d58a20930bcee9b8aa29fe9f9ff87758c8f568c40"
+   }
+  },
+  "scsemi5": {
+   "precision": {
+    "ours": 0.9890909090909091,
+    "scorer": 0.9890909090909091,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_per_donor_max_abs_diff": 1.1102230246251565e-16,
+   "coverage": {
+    "ours": 0.6290909090909091,
+    "scorer": 0.6290909090909091,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_per_donor_max_abs_diff": 5.551115123125783e-17,
+   "precision_depth_matched": {
+    "ours": 0.44181818181818183,
+    "scorer": 0.44181818181818183,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "precision_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 5.551115123125783e-17,
+   "coverage_depth_matched": {
+    "ours": 0.23212121212121212,
+    "scorer": 0.23212121212121212,
+    "abs_diff": 0.0
+   },
+   "coverage_depth_matched_per_donor_max_abs_diff": 8.326672684688674e-17,
+   "rows_and_subsample_equal_scorer": true,
+   "npz": {
+    "path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw3/scsemi5__raw.npz",
+    "scored_path": "/home/sj_server_1/PBISC/immun-pbmc-fm/model_8_sparse_data_diffusion/plans/paired_finetune_intradataset_20260927/generated/giroux2022/fewshot_n5/draw3/scsemi5__raw.npz",
+    "sha256": "0d75cfbab0da689ad49e5cf70e4d82593be189f2d71607a861712ea8d83791d4"
+   }
+  }
+ },
+ "max_abs_diff_k10_pooled": 0.0,
+ "oos_r3": {
+  "n_r3": [
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150,
+   150
+  ],
+  "short_samples": []
+ },
+ "pca_equal": true
+}