Add remaining 15680730 files 301-305/325

second_dataset/15680730_folder/data/Task15_hip_kellgren_lawrence_score/shots-public/nlp-task-configuration.json

@@ -0,0 +1,9 @@
+{
+    "jobid": 15,
+    "task_name": "Task15_hip_kellgren_lawrence_score",
+    "task_description": "Predict the Kellgren-Lawrence score based on the radiology report. The predictions should be provided as a list containing two stings. The first entry relates to the left hip and the second to the right. These entries can be either a string of a number between '0' and '4' signifying the Kellgren-Lawrence score, the letter 'p' when there is a prosthesis, or the letter 'n' when there is not enough information in the report to make the assessment.",
+    "input_name": "text",
+    "label_name": "multi_label_multi_class_classification_target",
+    "recommended_truncation_side": "left",
+    "version": "1.0"
+}

second_dataset/15680730_folder/data/Task15_hip_kellgren_lawrence_score/shots-public/nlp-test-dataset.json

@@ -0,0 +1,14 @@
+[
+    {
+        "uid": "Task018_osteoarthritis_clf_case1188",
+        "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nMedische gegevens:\ndegeneratieve veranderingen?\n\nVerslag:\nX-bekken AP. Ter vergelijking onderzoek van 14 december.\n\nNormale botmineralisatie. Normale botmatrix. Ongewijzigd geringe\nosteofytaire aanpunting acetabulumdak beiderzijds met minimale\nexcentrische versmalling. Ongewijzigde degeneratie van de SI-gewrichten en\nde symphysis pubis. Geen weke delenzwelling of weke delencalcificaties.\n\nImpressie:\nOngewijzigd geringe osteofytaire aanpunting acetabulumdak beiderzijds met\nminimale gewrichtsspleetversmalling."
+    },
+    {
+        "uid": "Task018_osteoarthritis_clf_case986",
+        "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nMedische gegevens: Heupklachten.\n\nVerslag: Normale vorm en botstructuur van het bekken. Lichte coxartrose duplex, vooral rechts. Ook wat degeneratieve SI-gewrichten. Verder geen opvallende ossale pathologie."
+    },
+    {
+        "uid": "Task018_osteoarthritis_clf_case2090",
+        "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nVergeleken wordt met onderzoek van 02.07.2023.\n\nX-bekken in AP richting en FP richting beiderzijds.\n\nNormale kalkhoudendheid van skelet. Status na gecementeerde THP links.\nGeen aanwijzingen voor materiaalbreuk. Ongewijzigde grensvlakken.\nOngewijzigd lucent gebied bij de acetabulum cup. Goede stand . Geen\naanwijzing voor periprostethische fracturen. Forse laterale\ngewrichtsspleetversmalling van rechter heupgewricht met subchondrale\nsclerose en osteofytaire aanpunting. Geen aanwijzing voor\ncortexonderbrekingen. In essentie ongewijzigde scherp afgrensbare\nsclerotische afwijking bij rechter trochanter major. Normaal aspect van de\nsymphysis pubis.\n\nImpressie:\nStatus quo ante bij ongecompliceerde follow up totale heupprothese links\nen forse coxartrose rechts."
+    }
+]

second_dataset/15680730_folder/data/Task15_hip_kellgren_lawrence_score/shots-public/nlp-training-dataset.json

@@ -0,0 +1,26 @@
+[
+    {
+        "uid": "Task018_osteoarthritis_clf_case875",
+        "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nSpA. Wervelcompressie fractuur? Spondylodiscitis?\n\nLWK twee richtingen:\nVijf corpora lumbale type. Corpora hoogte. Geen tussenwervelruimteversmalling. Spondylofytose. Sclerosering van bijzijn SI-gewrichten.\n\nX-bekken:\nDe sclerosering van beide SI-gewrichten, rechts meer uitgesproken dan links, zeer wel mogelijk kader van sacro-iliitis, d.d. iliitis condensans links. Matige coxarthrosis rechts met geodevorming, subchondrale sclerosering evenals randwoekering. Lichte\ncoxarthrosis links. IUD. Geringe degeneratieve afwijkingen symphysis pubis.\n\nConclusie:\nWaarschijnlijk sacro-iliitis duplex, rechts meer uitgesproken dan links.\nMatige tot forse coxarthrosis rechts, geringe links.",
+        "multi_label_multi_class_classification_target": [
+            "2",
+            "4"
+        ]
+    },
+    {
+        "uid": "Task018_osteoarthritis_clf_case44",
+        "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nMedische gegevens:\npijn lage rug. Tevens pijn linkerheup/beeld regio.\n\nVerslag:\nBekken voorachterwaarts en linkerheup faux profiel:\nGeen eerdere opnamen ter vergelijking beschikbaar. Beiderzijds minimale excentrische versmalling van de coxofemorale gewrichtsspleet. Symmetrisch, normaal aspect van de SI-gewrichten. Geen focale ossale afwijkingen, welke zouden kunnen passen bij\nmetastatische lokalisaties.\nLumbale wervelkolom voorachterwaarts en lateraal:\nGeen eerdere opnamen ter vergelijking. Dextroconvexe lumbale degeneratieve scoliose met torsiecomponent graad twee. Forse versmalling van de tussenwervelruimte L4-L5 en L5-S1 en in mindere mate ook alle andere lumbale niveaus. Degeneratieve afwijkingen\nop alle lumbale niveaus. Op deze conventionele opnamen vermoeden van nauw spinaalkanaal met name op de laaglumbale niveaus. Met name laaglumbaal forse hypertrofische facetartrose. De pedikels zijn overigens symmetrisch aanwezig. Geen op metastasen\nverdachte focale ossale afwijkingen.\n\nConclusie:\nDegeneratieve afwijkingen als boven omschreven. Op deze conventionele opnamen geen duidelijke aanwijzingen voor ossale metastasen.",
+        "multi_label_multi_class_classification_target": [
+            "2",
+            "2"
+        ]
+    },
+    {
+        "uid": "Task018_osteoarthritis_clf_case3345",
+        "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nTer vergelijking 30-04.\n\nIntacte benige bekkenring. Normale SI-gewrichten. Bekende lumbalisatie S1\n(zie X-wervelkolom onderzoek d.d. 16-05-2024), hierbij geringe degeneratie\nvan de laaglumbale facetcomplexen. Normaal aspect symfyse pubis.\nBeiderzijds normaal aspect van de heupgewrichten, geen evidente\ncoxartrose.",
+        "multi_label_multi_class_classification_target": [
+            "1",
+            "1"
+        ]
+    }
+]

second_dataset/15680730_folder/data/Task18_predicting_prostate_volume_psa_and_psa_density/shots-public/nlp-task-configuration.json

@@ -0,0 +1,9 @@
+{
+    "jobid": 18,
+    "task_name": "Task18_predicting_prostate_volume_psa_and_psa_density",
+    "task_description": "Task 18 in the UNICORN challenge is a combination of T19 (Prostate volume extraction), T20 (Prostate specific antigen extraction) and T21 (Prostate specific antigen density extraction) of the DRAGON challenge. The goal is to predict the prostate volume (in cm3), PSA level (in ng/ml) and PSA density (in ng/ml/ml) based on the radiology report. When a value is not explicitly stated, it should be denoted as 'NaN'. When dimensions are given (e.g., “3 x 4 x 5 mm”), we used the ellipsoid formula to calculate the volume (π⋅l⋅w⋅h/6), with l, w, and h the spatial dimensions in mm. When a range is given (e.g., “PSA: 4-5”), provide the average (i.e., 4.5). The prediction target is the list of prostate volume, PSA level and PSA density (in this order).",
+    "input_name": "text",
+    "label_name": "multi_label_regression_target",
+    "recommended_truncation_side": "right",
+    "version": "1.0"
+}

second_dataset/15680730_folder/data/Task18_predicting_prostate_volume_psa_and_psa_density/shots-public/nlp-test-dataset.json

@@ -0,0 +1,14 @@
+[
+  {
+    "uid": "Task18_check_case0",
+    "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nKlinische gegevens:\nPSA 7,8. Klinisch stadium T0. Prostatitis.\nAanwijzing voor significante afwijkingen?\n\nVerslag:\nEr werd gescand met het detectie-protocol: 3T zonder endorectale spoel.\nVan de locale prostaat zijn er T2-, diffusie gewogen (DWI)-en dynamische\n(DCE) opnamen tijdens contrasttoediening (15 ml Dotarem i.v.) gemaakt.\n\nBevindingen:\nDe prostaat heeft een volume van 35 cc. PSA densiteit: 0,23.\n\nAfwijking nr. 1: ter plaatse van perifere zone beiderzijds posterieur mid\nprostaat.\nScore T2W: 2, natalie koning:-, f. f. Creatini: 2, minimale ADC waarde 1221.\nBeeld past het best bij geringe fibrotische veranderingen post\ninflammatoir (PIRADS 2).\n\nAfwijking nr. 2: ter plaatse van anterieure transitie zone mid prostaat.\nScore T2W: 2, Mylene, huisarts: +/-, O. Z. Q. de Wit, intensiviste: 2, minimale ADC waarde 864.\nBeeld past het best bij beginnend BPH met geringe proliferatieve\nveranderingen (PIRADS 2).\n\nnormaal aspect van de vesicula seminalis.\n\nImpressie:\nGeen significant carcinoom. Geringe fibrotische veranderingen perifere\nzone beiderzijds posterieur en minimaal beginnend BPH.\nPIRADS 2."
+  },
+  {
+    "uid": "Task18_check_case1",
+    "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nRelevante voorgeschiedenis: prostaatcarcinoom Gleasonscore 3+3=6 waarvoor\nactive surveillance sinds 11.11.2003\nGerichte vraagstelling: prostaatcarcinoom?\n\nKlinische gegevens:\nPSA: 12 (23.06),\nEerdere TRUS biopt(en) elders: Prostaatcarcinoom Gleason 3+3=6 rechts\n(24 10 biopten).\n\nVerslag:\nEr werd gescand met het detectie-protocol: locale prostaat T2WI (drie\nrichtingen), DWI en DCE (Gadovist i.v.).\nGeen eerdere beeldvorming ter vergelijk.\n\nDe prostaat heeft een volume van 42 cc. PSA densiteit: 0,29.\n\nBevindingen:\nAfwijking nr. 1: ter plaatse van de perifere zone midprostaat rechts, 7-9\nuur.\nScore T2W: 3,\nScore DWI: 4, de minimale ADC waarde is 607.\nScore DCE: +,\nBeeld past bij significant prostaatcarcinoom (PIRADS 4).\nDe afmeting van de afwijking (gemeten op de ADC opnamen) is: 14 x 8 mm.\nEr is breedbasisch contact met het kapsel, maar geen macroscopische\nextracapsulaire uitbreiding.\nEr is geen aanwijzing op vesicula seminalis uitbreiding.\n\nVerder diffuse T2-hypointensiteit van vrijwel de gehele dorsale perifere\nzone beiderzijds, zonder diffusie-restrictie of focale\ncontrastaankleuring; passend bij (post)inflammatoire veranderingen dd/\nlaaggradig prostaatcarcinoom (PIRADS 2).\nBPH in de transitiezone (PIRADS 1).\n\nGeen vergrote lymfklieren.\nGeen relevante nevenbevindingen.\n\nImpressie:\nDe prostaat heeft een volume van 42 cc. PSA densiteit: 0,29.\n1. Beeld van significant prostaatcarcinoom (PIRADS 4) ter plaatse van de\nperifere zone midprostaat rechts, 7-9 uur. Breedbasisch contact met het\nkapsel, geen macroscopisch ECE.\n2. (Post-)inflammatoire veranderingen dd/laaggradig prostaatcarcinoom\n(PIRADS 2) in vrijwel de gehele dorsale perifere zone beiderzijds."
+  },
+  {
+    "uid": "Task18_check_case2",
+    "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nco-assistent ilse 885248 Friesland Antonius\nGeboortedatum: 20 jan Accessionnummer: 1762532 Aanvrager: ada van den berg ,\nBSN: 49846127 Categorie: Poliklinisch order Afdeling:\nOnderzoeksdatum: 17-07-2003 Dicterend radioloog: F. L. van de Berg\nOnderzoek(en): MRI prostaat + endocoil Typist(e):\n\nKlinische Gegevens:\nschommelend PSA 4-13 zonder progressie\n\nIndicatie/Vraagstelling:\nafwijkingen in de prostaat verdacht voor maligniteit ?\n\nVerslag:\nGeen eerder onderzoek ter vergelijking.\n\nOpnamen met ERC. T2 sagittaal, axiaal en coronaal; 3D T1; DWI; T1 dynamisch postgadolinium.\n\nProstaatafmetingen: 6,1 x 5,2 x 6,5 cm.\n\nZeer smalle perifere zone ten gevolge van compressie van BPH. Geen suspecte afwijkingen op de T2-opnamen. Geen suspecte diffusierestrictie. Geen focale versterkte aankleuring. Normale prostaatcontour. Geen aanwijzing voor vesicula seminales invasie. Geen lymfadenopathie.\n\nConclusie:\nUitgebreide BPH-component. Geen aanwijzing voor prostaatcarcinoom.\n\n\n\n"
+  }
+]