Spaces:
Sleeping
Sleeping
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117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 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1093 1094 1095 1096 1097 1098 1099 1100 1101 1102 1103 1104 1105 1106 1107 1108 1109 1110 1111 1112 1113 1114 1115 1116 1117 1118 1119 1120 1121 1122 1123 1124 1125 1126 1127 1128 1129 1130 1131 1132 1133 1134 1135 1136 1137 1138 1139 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1146 1147 1148 1149 1150 1151 1152 1153 1154 1155 1156 1157 1158 1159 1160 1161 1162 1163 1164 1165 1166 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215 1216 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230 1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1242 1243 1244 1245 1246 1247 1248 1249 1250 1251 1252 1253 1254 1255 1256 1257 1258 1259 1260 1261 1262 1263 1264 1265 1266 1267 1268 1269 1270 1271 1272 1273 1274 1275 1276 1277 1278 1279 1280 1281 1282 1283 1284 1285 1286 1287 1288 1289 1290 1291 1292 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import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.ticker as mticker
import seaborn as sns
import plotly.express as px
import plotly.graph_objects as go
from plotly.subplots import make_subplots
import json
import warnings
import os
from time import perf_counter, sleep
from datetime import datetime
from pathlib import Path
warnings.filterwarnings("ignore")
from pathlib import Path
import json
DATASET_PATH = "hf://datasets/ryanxely/medical_dataset_3M/medical_dataset.csv"
# Config Section
DATA_PATH = Path("/data")
KPIS_PATH = DATA_PATH / "kpis_export.json"
MOCK_KPIS_PATH = DATA_PATH / "kpis_export_mock.json"
LOG_PATH = DATA_PATH / "trace.log"
WORKING_DIR = DATA_PATH
# In[3]:
# Fonctions et variables utiles
start_time = 0
def start():
global start_time
start_time = perf_counter()
def time_lapse(display=True):
time_elapsed = perf_counter() - start_time
hours, rem = divmod(time_elapsed, 3600)
minutes, seconds = divmod(rem, 60)
if display:
return f"{int(hours)}h {int(minutes)}m {seconds:.2f}s"
return int(hours), int(minutes), seconds
def log(message):
with open(LOG_PATH, "a", encoding="utf-8") as logger:
logger.writelines([f"[{datetime.now().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S')}] : {message}"])
def extract_kpis():
start()
log("KPIs Extraction started...")
# Configuration globale des graphes matplotlib
log("Configuration globale des graphes matplotlib...")
matplotlib.rcParams.update({
"figure.dpi": 120,
"figure.facecolor": "white",
"axes.facecolor": "white",
"axes.grid": True,
"grid.alpha": 0.3,
"font.size": 10,
"axes.titlesize": 12,
"axes.labelsize": 10,
})
# Palette de couleurs cohérente pour tous les graphes
PALETTE_PRINCIPALE = "steelblue"
PALETTE_CATEGORIELLE = "tab10"
PALETTE_DIVERGENTE = "coolwarm"
PALETTE_SEQUENTIELLE = "YlOrRd"
print("Imports effectues avec succes.")
log("Imports effectues avec succes.")
print(f"Pandas version : {pd.__version__}")
print(f"NumPy version : {np.__version__}")
# In[4]:
# Chargement et Aperçu de la Dataset
print(f"Chemin de la dataset : {DATASET_PATH}")
print("Chargement du fichier...")
log("Chargement de la dataset...")
with open(KPIS_PATH, "r", encoding="utf-8") as f:
data = json.load(f)
df = pd.read_csv(DATASET_PATH, low_memory=False)
print(f"\nDataset charge avec succes.")
log("Dataset chargée avec succes.")
print(f"Dimensions : {df.shape[0]:,} lignes x {df.shape[1]} colonnes")
# Apercu des premieres lignes
print("\nApercu des 5 premieres lignes :")
print(df.head())
# Types de colonnes
print("\nTypes de donnees par colonne (extrait) :")
print(df.dtypes.value_counts())
# Identification des colonnes symptomes
# Les colonnes symptomes sont toutes celles hors des 4 colonnes descriptives
COLONNES_META = ["disease", "age", "sex", "medical_history"]
symptom_cols = [c for c in df.columns if c not in COLONNES_META]
print(f"\nNombre de colonnes symptomes identifiees : {len(symptom_cols)}")
print(f"Exemples : {symptom_cols[:5]}")
# Résumé
log("Affichage du résumé...")
symptom_cols = df.columns[4:].tolist()
meta = {
"shape": df.shape,
"diseases": df["disease"].nunique(),
"disease_list": df["disease"].unique().tolist(),
"age_range": [int(df["age"].min()), int(df["age"].max())],
"sex_values": df["sex"].unique().tolist(),
"medical_history_values": df["medical_history"].unique().tolist(),
"symptom_count": len(symptom_cols),
"symptom_columns": symptom_cols,
"missing_values": df.isnull().sum()[df.isnull().sum() > 0].to_dict(),
"missing_total_pct": round(df.isnull().sum().sum() / df.size * 100, 2),
"disease_distribution_top20": df["disease"].value_counts().head(20).to_dict()
}
print("\nRésumé de la dataset", json.dumps(meta, indent=2, ensure_ascii=False))
with open(f"{WORKING_DIR}/dataset_summary.json", "w", encoding="utf-8") as f:
json.dump(meta, f, indent=2, ensure_ascii=False)
log("Résumé exporté avec succès.")
# In[ ]:
# KPI A1 — Inventaire general du dataset
print("\n=== KPI A1 : Inventaire general ===\n")
log("Chargement du KPI A1 : Inventaire general")
nb_lignes = df.shape[0]
nb_colonnes = df.shape[1]
nb_symptomes = len(symptom_cols)
memoire_mb = df.memory_usage(deep=True).sum() / 1024**2 # conversion en Mo
inventaire = pd.DataFrame({
"Indicateur": [
"Nombre de lignes",
"Nombre de colonnes total",
"Colonnes descriptives patient",
"Colonnes symptomes binaires",
"Memoire consommee (Mo)"
],
"Valeur": [
f"{nb_lignes:,}",
nb_colonnes,
len(COLONNES_META),
nb_symptomes,
f"{memoire_mb:.1f}"
]
})
print(inventaire.to_string(index=False))
# In[ ]:
# KPI A2 — Valeurs manquantes
print("\n=== KPI A2 : Valeurs manquantes ===\n")
log("Chargement du KPI A2 : Valeurs manquantes")
# Calcul du taux de valeurs manquantes par colonne (uniquement colonnes avec manquants)
manquants = df.isnull().sum()
manquants = manquants[manquants > 0].sort_values(ascending=False)
taux_manquants = (manquants / nb_lignes * 100).round(4)
df_manquants = pd.DataFrame({
"Colonne": manquants.index,
"Nb valeurs manquantes": manquants.values,
"Taux (%)": taux_manquants.values
})
print(df_manquants.to_string(index=False))
# Taux global de valeurs manquantes sur tout le dataset
total_cellules = nb_lignes * nb_colonnes
total_manquants = df.isnull().sum().sum()
taux_global = total_manquants / total_cellules * 100
print(f"\nTaux global de valeurs manquantes : {taux_global:.4f}%")
# Graphe — Barres horizontales des colonnes avec valeurs manquantes
if len(df_manquants) > 0:
fig, ax = plt.subplots(figsize=(8, max(2, len(df_manquants) * 0.5)))
sns.barplot(
data=df_manquants, y="Colonne", x="Taux (%)",
color=PALETTE_PRINCIPALE, ax=ax
)
ax.set_title("Taux de valeurs manquantes par colonne (%)")
ax.set_xlabel("Taux (%)")
ax.set_ylabel("")
ax.set_xlim(0, 100)
for bar, val in zip(ax.patches, df_manquants["Taux (%)"]):
ax.text(bar.get_width() + 0.1, bar.get_y() + bar.get_height() / 2,
f"{val:.2f}%", va="center", fontsize=9)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_a2_valeurs_manquantes.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_a2_valeurs_manquantes.png")
# In[ ]:
# KPI A3 — Integrite des colonnes symptomes
print("\n=== KPI A3 : Integrite des colonnes symptomes ===\n")
log("Chargement du KPI A3 : Integrite des colonnes symptomes")
# Verification que chaque colonne symptome ne contient que 0 et 1
colonnes_corrompues = []
for col in symptom_cols:
valeurs_uniques = set(df[col].dropna().unique())
if not valeurs_uniques.issubset({0, 1, 0.0, 1.0}):
colonnes_corrompues.append((col, valeurs_uniques))
if len(colonnes_corrompues) == 0:
print("Integrite binaire validee : toutes les colonnes symptomes contiennent uniquement 0 ou 1.")
else:
print(f"ATTENTION : {len(colonnes_corrompues)} colonne(s) avec des valeurs non binaires :")
for col, vals in colonnes_corrompues[:10]:
print(f" - {col} : {vals}")
# Resume des types de colonnes
types_resume = pd.DataFrame({
"Type": ["Variable cible (disease)", "Numerique (age)", "Categorielle binaire (sex)",
"Categorielle (medical_history)", "Binaire symptomes (0/1)"],
"Nb colonnes": [1, 1, 1, 1, nb_symptomes]
})
print("\nRepartition des types de colonnes :")
print(types_resume.to_string(index=False))
# In[ ]:
# KPI B1 : Distribution des maladies
print("\n=== KPI B1 : Distribution des maladies ===\n")
log("Chargement du KPI B1 - Distribution des maladies...")
counts_maladies = df["disease"].value_counts()
nb_maladies_distinctes = counts_maladies.shape[0]
print(f"Nombre de maladies distinctes : {nb_maladies_distinctes}")
print(f"Statistiques des effectifs par maladie :")
print(counts_maladies.describe().round(2))
# Top 20 maladies les plus frequentes
top20 = counts_maladies.head(20).reset_index()
top20.columns = ["Maladie", "Nb_cas"]
fig, ax = plt.subplots(figsize=(12, 6))
sns.barplot(data=top20, x="Nb_cas", y="Maladie", color=PALETTE_PRINCIPALE, ax=ax)
ax.set_title("Top 20 maladies les plus frequentes")
ax.set_xlabel("Nombre de cas")
ax.set_ylabel("")
ax.set_xlim(top20["Nb_cas"].min() / 1.001, top20["Nb_cas"].max() * 1.001)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_b1_top20_maladies.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_b1_top20_maladies.png")
# Bottom 20 maladies les moins frequentes
bottom20 = counts_maladies.tail(20).reset_index()
bottom20.columns = ["Maladie", "Nb_cas"]
fig, ax = plt.subplots(figsize=(12, 6))
sns.barplot(data=bottom20, x="Nb_cas", y="Maladie", color="salmon", ax=ax)
ax.set_title("Bottom 20 maladies les moins frequentes")
ax.set_xlabel("Nombre de cas")
ax.set_ylabel("")
ax.set_xlim(bottom20["Nb_cas"].min() / 1.001, bottom20["Nb_cas"].max() * 1.001)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_b1_bottom20_maladies.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_b1_bottom20_maladies.png")
# In[ ]:
# KPI B2 : Coefficient de desequilibre
print("\n=== KPI B2 : Coefficient de desequilibre ===\n")
log("Chargement du KPI B2 - Coefficient de desequilibre...")
ratio_desequilibre = counts_maladies.max() / counts_maladies.min()
# Indice de Gini de desequilibre (1 = parfaitement desequilibre, 0 = parfaitement equilibre)
N = nb_lignes
proportions = counts_maladies / N
gini = 1 - (proportions ** 2).sum()
print(f"Effectif maximum (maladie la plus frequente) : {counts_maladies.max():,}")
print(f"Effectif minimum (maladie la moins frequente) : {counts_maladies.min():,}")
print(f"Ratio de desequilibre (max/min) : {ratio_desequilibre:.2f}")
print(f"Indice de Gini d'equilibre : {gini:.4f}")
if ratio_desequilibre < 1.5:
message = "Notre dataset est bien équilibré et favorable pour l'entraînement ML."
elif ratio_desequilibre < 3:
message = "Notre dataset est en déséquilibre modéré. Il faut surveiller les classes minoritaires."
else:
message = "Notre dataset est en déséquilibre significatif. Nous devons envisager oversampling ou class_weight."
print(f"\nSelon le ratio de déséquilibre, {message}")
if gini == 1 :
print("Selon l'indice de Gini, notre dataset est parfaitement equilibré.")
elif gini == 0 :
print("Selon l'indice de Gini, notre dataset est parfaitement déséquilibré.")
# Histogramme de la distribution des effectifs par maladie
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10, 5))
ax.hist(counts_maladies.values, bins=50, color=PALETTE_PRINCIPALE, edgecolor="white")
ax.set_title("Distribution des effectifs par maladie")
ax.set_xlabel("Nombre de cas")
ax.set_ylabel("Nombre de maladies")
ax.axvline(counts_maladies.mean(), color="red", linestyle="--",
label=f"Moyenne : {counts_maladies.mean():.0f}")
ax.legend()
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_b2_distribution_effectifs.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_b2_distribution_effectifs.png")
# In[ ]:
# KPI C1 : Distribution de l'age
print("\n=== KPI C1 : Distribution de l'age ===\n")
log("Chargement du KPI C1 - Distribution de l'age...")
# Verification des valeurs aberrantes
nb_ages_invalides = ((df["age"] < 0) | (df["age"] > 100)).sum()
print(f"Valeurs d'age hors plage [0, 100] : {nb_ages_invalides}")
print("\nStatistiques descriptives de l'age :")
print(df["age"].describe().round(2))
# Creation des tranches d'age — colonne utilisee dans les KPIs suivants
tranches_bins = [0, 12, 18, 35, 50, 65, 100]
tranches_labels = ["Enfant (0-12)", "Adolescent (13-18)", "Jeune adulte (19-35)",
"Adulte (36-50)", "Senior (51-65)", "Tres age (66+)"]
df["age_group"] = pd.cut(df["age"], bins=tranches_bins, labels=tranches_labels, right=True)
# Distribution par tranche d'age
dist_age = df["age_group"].value_counts().sort_index().reset_index()
dist_age.columns = ["Tranche", "Nb_patients"]
dist_age["Pct"] = (dist_age["Nb_patients"] / nb_lignes * 100).round(2)
print("\nDistribution par tranche d'age :")
print(dist_age.to_string(index=False))
# Histogramme interactif (plotly)
fig_plotly = px.histogram(
df, x="age", nbins=20,
title="Distribution de l'age des patients",
labels={"age": "Age", "count": "Nombre de patients"},
color_discrete_sequence=["steelblue"]
)
fig_plotly.update_layout(bargap=0.05)
fig_plotly.update_yaxes(
range=[
int(df["age"].value_counts().min()),
int(df["age"].value_counts().max()) * 1.00001
]
)
fig_plotly.write_html(f"{WORKING_DIR}/kpi_c1_age.html")
fig_plotly.show()
print("Fichier sauvegarde : kpi_c1_age.html\n")
# Graphe barres par tranche
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10, 5))
sns.barplot(data=dist_age, x="Tranche", y="Nb_patients", color=PALETTE_PRINCIPALE, ax=ax)
ax.set_title("Nombre de patients par tranche d'age")
ax.set_xlabel("Tranche d'age")
ax.set_ylabel("Nombre de patients")
ax.tick_params(axis="x", rotation=20)
for bar, row in zip(ax.patches, dist_age.itertuples()):
ax.text(bar.get_x() + bar.get_width() / 2, bar.get_height() + 1000,
f"{row.Pct}%", ha="center", fontsize=8)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_c1_tranches_age.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_c1_tranches_age.png")
# In[ ]:
# KPI C2 : Repartition par sexe
print("\n=== KPI C2 : Repartition par sexe ===\n")
log("Chargement du KPI C2 - Repartition par sexe...")
# Repartition globale
dist_sexe = df["sex"].value_counts()
dist_sexe_pct = (dist_sexe / nb_lignes * 100).round(2)
print("Repartition globale par sexe :")
for sexe, nb in dist_sexe.items():
print(f" {sexe} : {nb:,} ({dist_sexe_pct[sexe]}%)")
# Pie chart global
fig, ax = plt.subplots(figsize=(6, 6))
ax.pie(dist_sexe.values, labels=dist_sexe.index, autopct="%1.1f%%",
colors=["#5b9bd5", "#ed7d31"], startangle=90)
ax.set_title("Repartition globale par sexe")
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_c2_sexe_global.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_c2_sexe_global.png")
# Ratio homme/femme par maladie
sexe_par_maladie = df.groupby("disease")["sex"].value_counts(normalize=True).unstack(fill_value=0)
# S'assurer que les deux colonnes existent
for col in ["Female", "Male"]:
if col not in sexe_par_maladie.columns:
sexe_par_maladie[col] = 0.0
sexe_par_maladie["ratio_F_M"] = sexe_par_maladie.get("Female", 0) / \
(sexe_par_maladie.get("Male", 0) + 1e-9)
# Top 10 maladies a dominante feminine (ratio F/M le plus eleve)
top10_fem = sexe_par_maladie["ratio_F_M"].nlargest(10).reset_index()
top10_fem.columns = ["Maladie", "Ratio_F_M"]
print("\nTop 10 maladies a dominante feminine (ratio F/M) :")
print(top10_fem.to_string(index=False))
# Top 10 maladies a dominante masculine (ratio F/M le plus faible)
top10_masc = sexe_par_maladie["ratio_F_M"].nsmallest(10).reset_index()
top10_masc.columns = ["Maladie", "Ratio_F_M"]
print("\nTop 10 maladies a dominante masculine (ratio F/M) :")
print(top10_masc.to_string(index=False))
# Analyse
# Si ratio_F_M > 2 : la maladie touche majoritairement les femmes.
# Si ratio_F_M < 0.5 : la maladie touche majoritairement les hommes.
# Si ratio_F_M entre 0.8 et 1.2 : distribution equilibree entre les sexes.
# Barres empilees pour les 20 maladies les plus frequentes
top20_noms = list(top20["Maladie"])
sexe_top20 = sexe_par_maladie.loc[
sexe_par_maladie.index.isin(top20_noms), ["Female", "Male"]
].reset_index()
fig, ax = plt.subplots(figsize=(12, 6))
sexe_top20.set_index("disease")[["Female", "Male"]].plot(
kind="barh", stacked=True, ax=ax,
color=["#5b9bd5", "#ed7d31"]
)
ax.set_title("Repartition homme/femme pour les 20 maladies les plus frequentes (proportion)")
ax.set_xlabel("Proportion")
ax.set_ylabel("")
ax.legend(["Femme", "Homme"], loc="lower right")
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_c2_sexe_top20_maladies.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_c2_sexe_top20_maladies.png")
# In[ ]:
sexe_par_maladie["ratio_F_M"]
# In[ ]:
# KPI C3 : Antecedents medicaux
print("\n=== KPI C3 : Antecedents medicaux ===\n")
log("Chargement du KPI C3 - Antecedents medicaux...")
# Traiter les NaN comme une categorie explicite
df["medical_history_filled"] = df["medical_history"].fillna("Aucun antecedent connu")
dist_antecedents = df["medical_history_filled"].value_counts().reset_index()
dist_antecedents.columns = ["Antecedent", "Nb_patients"]
dist_antecedents["Pct"] = (dist_antecedents["Nb_patients"] / nb_lignes * 100).round(2)
print("Distribution des antecedents medicaux :")
print(dist_antecedents.to_string(index=False))
# Taux de NaN reel
taux_nan_antecedents = df["medical_history"].isna().sum() / nb_lignes * 100
print(f"\nTaux de valeurs manquantes dans medical_history : {taux_nan_antecedents:.2f}%")
# Graphe barres horizontales
fig, ax = plt.subplots(figsize=(12, 6))
sns.barplot(
data=dist_antecedents, y="Antecedent", x="Nb_patients",
color=PALETTE_PRINCIPALE, ax=ax
)
ax.set_title("Distribution des antecedents medicaux (y compris valeurs manquantes)")
ax.set_xlabel("Nombre de patients")
ax.set_ylabel("")
ax.set_xlim(dist_antecedents["Nb_patients"].min() / 1.001, dist_antecedents["Nb_patients"].max() * 1.001)
for bar, row in zip(ax.patches, dist_antecedents.itertuples()):
ax.text(bar.get_width() + 1000, bar.get_y() + bar.get_height() / 2,
f"{row.Pct}%", va="center", fontsize=9)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_c3_antecedents.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_c3_antecedents.png")
# In[ ]:
# KPI C4 : Age moyen par maladie
print("\n=== KPI C4 : Age moyen par maladie ===\n")
log("Chargement du KPI C4 - Age moyen par maladie...")
age_par_maladie = df.groupby("disease")["age"].agg(["mean", "median", "std"]).round(2)
age_par_maladie.columns = ["Age_moyen", "Age_median", "Ecart_type"]
# Top 10 maladies touchant les patients les plus jeunes
top10_jeunes = age_par_maladie.nsmallest(10, "Age_moyen").reset_index()
print("Top 10 maladies touchant les plus jeunes (age moyen) :")
print(top10_jeunes.to_string(index=False))
# Top 10 maladies touchant les patients les plus ages
top10_ages = age_par_maladie.nlargest(10, "Age_moyen").reset_index()
print("\nTop 10 maladies touchant les plus ages (age moyen) :")
print(top10_ages.to_string(index=False))
# Analyse
# Commentons sur 10 maladies au hasard
# print("\nCommentaires sur 10 maladies au hasard")
# sample = age_par_maladie.sample(n=10, random_state=402)
# for i in range(len(sample)):
# record = sample.iloc[i]
# if record["Ecart_type"] > 20:
# print(f"\tLa maladie {record.name} touche toutes les tranches d'âge de manière relativement indiscriminée.")
# elif record["Ecart_type"] < 10:
# print(f"\tLa maladie {record.name} est fortement concentrée sur une tranche d'âge spécifique.")
# else:
# print(f"\tLa maladie {record.name} présente une dispersion modérée selon les tranches d'âge.")
# Boxplot des 20 maladies les plus frequentes par age
df_top20 = df[df["disease"].isin(top20_noms)]
df_top20_only = (
df[df["disease"].isin(top20_noms)]
.drop_duplicates(subset=["disease"])
)
fig, ax = plt.subplots(figsize=(14, 8))
sns.boxplot(
data=df_top20, y="disease", x="age",
order=top20_noms, palette="tab20", ax=ax,
showfliers=True, whis=np.inf,
)
ax.set_title("Distribution de l'age pour les 20 maladies les plus frequentes")
ax.set_xlabel("Age")
ax.set_ylabel("")
ax.set_xlim(df_top20_only["age"].min()/1.001, df_top20_only["age"].max()*1.001)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_c4_age_par_maladie.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_c4_age_par_maladie.png")
# # Scatterplot des repartitions
# disease_codes = {
# disease: i
# for i, disease in enumerate(df["disease"].unique())
# }
# df["disease_index"] = df["disease"].map(disease_codes)
# fig, ax = plt.subplots(figsize=(14, 8))
# sns.scatterplot(
# data=df,
# x="disease_index",
# y="age",
# alpha=0.5,
# ax=ax
# )
# ax.set_title("Répartition des âges selon les maladies")
# ax.set_xlabel("Index des maladies")
# ax.set_ylabel("Âge")
# plt.tight_layout()
# plt.show()
# In[ ]:
# KPI D1 : Prevalence globale des symptomes
print("\n=== KPI D1 : Prevalence globale des symptomesKPI ===\n")
log("Chargement du KPI D1 - Prevalence globale des symptomes...")
# Taux de presence de chaque symptome (en %) sur l'ensemble du dataset
prevalence_symptomes = (df[symptom_cols].mean() * 100).sort_values(ascending=False)
print(f"Nombre total de symptomes : {len(prevalence_symptomes)}")
print(f"Symptome le plus frequent : {prevalence_symptomes.index[0]} ({prevalence_symptomes.iloc[0]:.2f}%)")
print(f"Symptome le plus rare : {prevalence_symptomes.index[-1]} ({prevalence_symptomes.iloc[-1]:.2f}%)")
# Symptomes quasi-absents (< 1%) et quasi-universels (> 90%)
quasi_absents = prevalence_symptomes[prevalence_symptomes < 1]
quasi_universels = prevalence_symptomes[prevalence_symptomes > 90]
print(f"\nSymptomes avec prevalence < 1% : {len(quasi_absents)}")
print(f"Symptomes avec prevalence > 90% : {len(quasi_universels)}")
# Top 20 symptomes les plus frequents
top20_symp = prevalence_symptomes.head(20).reset_index()
top20_symp.columns = ["Symptome", "Prevalence_pct"]
fig, ax = plt.subplots(figsize=(12, 7))
sns.barplot(data=top20_symp, x="Prevalence_pct", y="Symptome",
color=PALETTE_PRINCIPALE, ax=ax)
ax.set_title("Top 20 symptomes les plus frequents (% de patients concernes)")
ax.set_xlabel("Prevalence (%)")
ax.set_ylabel("")
ax.set_xlim(top20_symp["Prevalence_pct"].min() / 1.01, top20_symp["Prevalence_pct"].max() * 1.01)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_d1_top20_symptomes.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_d1_top20_symptomes.png")
# Bottom 20 symptomes les plus rares
bottom20_symp = prevalence_symptomes.tail(20).reset_index()
bottom20_symp.columns = ["Symptome", "Prevalence_pct"]
fig, ax = plt.subplots(figsize=(12, 7))
sns.barplot(data=bottom20_symp, x="Prevalence_pct", y="Symptome",
color="salmon", ax=ax)
ax.set_title("Bottom 20 symptomes les plus rares (% de patients concernes)")
ax.set_xlabel("Prevalence (%)")
ax.set_ylabel("")
ax.set_xlim(bottom20_symp["Prevalence_pct"].min() / 1.001, bottom20_symp["Prevalence_pct"].max() * 1.001)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_d1_bottom20_symptomes.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_d1_bottom20_symptomes.png")
# In[ ]:
# KPI D2 : Nombre de symptomes par patient
print("\n=== KPI D2 : Nombre de symptomes par patient ===\n")
log("Chargement du KPI D2 - Nombre de symptomes par patient...")
# Calcul du nombre de symptomes presents par ligne patient
df["nb_symptomes"] = df[symptom_cols].sum(axis=1)
# Verification de coherence : lignes sans aucun symptome
nb_sans_symptome = (df["nb_symptomes"] == 0).sum()
print(f"Patients sans aucun symptome (valeur 0 partout) : {nb_sans_symptome}")
if nb_sans_symptome > 0:
print(" ATTENTION : ces lignes sont medicalement incoherentes et devront etre examinees.")
print("\nStatistiques globales du nombre de symptomes par patient :")
print(df["nb_symptomes"].describe().round(2))
# Histogramme de la distribution
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10, 5))
ax.hist(df["nb_symptomes"], bins=50, color=PALETTE_PRINCIPALE, edgecolor="white")
ax.set_title("Distribution du nombre de symptomes par patient")
ax.set_xlabel("Nombre de symptomes")
ax.set_ylabel("Nombre de patients")
ax.axvline(df["nb_symptomes"].mean(), color="red", linestyle="--",
label=f"Moyenne : {df['nb_symptomes'].mean():.1f}")
ax.legend()
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_d2_nb_symptomes_distribution.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_d2_nb_symptomes_distribution.png")
# Complexite symptomatique par maladie
complexite_par_maladie = df.groupby("disease")["nb_symptomes"].mean().sort_values()
top10_simple = complexite_par_maladie.head(10).reset_index()
top10_simple.columns = ["Maladie", "Nb_symptomes_moyen"]
top10_complexe = complexite_par_maladie.tail(10).reset_index()
top10_complexe.columns = ["Maladie", "Nb_symptomes_moyen"]
print("\nTop 10 maladies avec le moins de symptomes (les plus simples) :")
print(top10_simple.to_string(index=False))
print("\nTop 10 maladies avec le plus de symptomes (les plus complexes) :")
print(top10_complexe.to_string(index=False))
# Graphe comparatif
fig, axes = plt.subplots(1, 2, figsize=(14, 6))
sns.barplot(data=top10_simple, x="Nb_symptomes_moyen", y="Maladie",
color="steelblue", ax=axes[0])
axes[0].set_title("10 maladies les plus simples (symptomes)")
axes[0].set_xlabel("Nb moyen de symptomes")
sns.barplot(data=top10_complexe, x="Nb_symptomes_moyen", y="Maladie",
color="coral", ax=axes[1])
axes[1].set_title("10 maladies les plus complexes (symptomes)")
axes[1].set_xlabel("Nb moyen de symptomes")
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_d2_complexite_maladies.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_d2_complexite_maladies.png")
# In[ ]:
# KPI D3 : Symptomes par maladie (taux d'occurrence)
print("\n=== KPI D3 : Symptomes par maladie (taux d'occurrence) ===\n")
print("Calcul en cours — operation longue sur 773 maladies x 328 symptomes...")
log("Chargement du KPI D3 - Symptomes par maladie (taux d'occurrence)...")
# DataFrame (773 x 328) : chaque cellule = % de patients de cette maladie avec ce symptome
taux_symptomes_par_maladie = df.groupby("disease")[symptom_cols].mean() * 100
taux_symptomes_par_maladie = taux_symptomes_par_maladie.round(2)
print(f"Tableau calcule : {taux_symptomes_par_maladie.shape}")
print("Apercu (5 maladies x 5 symptomes) :")
print(taux_symptomes_par_maladie.iloc[:5, :5])
# Heatmap limitee aux 20 maladies les plus frequentes x 30 symptomes les plus discriminants
# (les symptomes discriminants sont determines au KPI D4 — on les pre-calcule ici)
variance_symptomes = taux_symptomes_par_maladie.var(axis=0).sort_values(ascending=False)
top30_discriminants = variance_symptomes.head(30).index.tolist()
# Sous-tableau pour la heatmap
heatmap_data = taux_symptomes_par_maladie.loc[
taux_symptomes_par_maladie.index.isin(top20_noms),
top30_discriminants
]
fig, ax = plt.subplots(figsize=(18, 10))
sns.heatmap(
heatmap_data,
annot=False,
cmap=PALETTE_SEQUENTIELLE,
linewidths=0.3,
ax=ax,
cbar_kws={"label": "Taux d'occurrence (%)"}
)
ax.set_title("Taux d'occurrence des 30 symptomes les plus discriminants\npour les 20 maladies les plus frequentes (%)")
ax.set_xlabel("Symptomes")
ax.set_ylabel("Maladies")
ax.tick_params(axis="x", rotation=45, labelsize=7)
ax.tick_params(axis="y", rotation=0, labelsize=8)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_d3_heatmap_symptomes_maladies.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_d3_heatmap_symptomes_maladies.png")
# In[ ]:
# KPI D4 : Symptomes discriminants (variance inter-maladies)
print("\n=== KPI D4 : Symptomes discriminants (variance inter-maladies) ===\n")
log("Chargement du KPI D4 - Symptomes discriminants (variance inter-maladies)...")
# La variance inter-maladies est deja calculee dans la section D3
# (variable : variance_symptomes)
top30_disc_df = pd.DataFrame({
"Symptome": top30_discriminants,
"Variance_inter_maladies": variance_symptomes[top30_discriminants].values
}).round(4)
print("Top 30 symptomes les plus discriminants :")
print(top30_disc_df.to_string(index=False))
# Analyse
# Un symptome avec variance elevee est present dans certaines maladies et absent dans d'autres.
# C'est un signal fort pour la classification ML — ces features auront probablement
# une importance elevee dans un modele Random Forest ou XGBoost.
# Un symptome avec variance proche de 0 est soit present partout soit absent partout
# — il apporte peu d'information discriminante.
fig, ax = plt.subplots(figsize=(12, 9))
sns.barplot(
data=top30_disc_df, x="Variance_inter_maladies", y="Symptome",
color=PALETTE_PRINCIPALE, ax=ax
)
ax.set_title("Top 30 symptomes les plus discriminants (variance du taux d'occurrence entre maladies)")
ax.set_xlabel("Variance inter-maladies")
ax.set_ylabel("")
ax.set_xlim(top30_disc_df["Variance_inter_maladies"].min() / 1.01, top30_disc_df["Variance_inter_maladies"].max() * 1.01)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_d4_symptomes_discriminants.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_d4_symptomes_discriminants.png")
# In[ ]:
# KPI D5 : Correlation entre symptomes
print("\n=== KPI D5 : Correlation entre symptomes ===\n")
print("Calcul de la matrice de correlation sur les 30 symptomes discriminants...")
log("Chargement du KPI D5 - Correlation entre symptomes...")
# Matrice de correlation limitee aux 30 symptomes discriminants (328x328 = trop large)
corr_matrix_30 = df[top30_discriminants].corr().round(3)
# Paires avec correlation forte (r > 0.7 en valeur absolue, hors diagonale)
mask_upper = np.triu(np.ones(corr_matrix_30.shape), k=1).astype(bool)
corr_upper = corr_matrix_30.where(mask_upper)
paires_fortes = corr_upper[corr_upper.abs() > 0.7].stack().reset_index()
paires_fortes.columns = ["Symptome_A", "Symptome_B", "Correlation"]
paires_fortes = paires_fortes.sort_values("Correlation", key=abs, ascending=False)
print(f"Paires de symptomes avec |r| > 0.7 : {len(paires_fortes)}")
if len(paires_fortes) > 0:
print(paires_fortes.head(20).to_string(index=False))
# Heatmap de correlation
fig, ax = plt.subplots(figsize=(16, 14))
mask_diag = np.eye(corr_matrix_30.shape[0], dtype=bool)
sns.heatmap(
corr_matrix_30, mask=mask_diag,
cmap=PALETTE_DIVERGENTE, center=0,
vmin=-1, vmax=1,
annot=False, linewidths=0.2,
ax=ax, cbar_kws={"label": "Coefficient de correlation"}
)
ax.set_title("Matrice de correlation — 30 symptomes les plus discriminants")
ax.tick_params(axis="x", rotation=45, labelsize=7)
ax.tick_params(axis="y", rotation=0, labelsize=7)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_d5_correlation_symptomes.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_d5_correlation_symptomes.png")
# In[ ]:
# KPI E1 : Maladies dominantes par tranche d'age
print("\n=== KPI E1 : Maladies dominantes par tranche d'age ===\n")
log("Chargement du KPI E1 - Maladies dominantes par tranche d'age...")
# Top 5 maladies par tranche d'age
top5_par_tranche = (
df.groupby(["age_group", "disease"], observed=True)
.size()
.reset_index(name="nb_cas")
.sort_values(["age_group", "nb_cas"], ascending=[True, False])
.groupby("age_group", observed=True)
.head(5)
.reset_index(drop=True)
)
print("Top 5 maladies par tranche d'age :")
print(top5_par_tranche.to_string(index=False))
# Graphe interactif plotly (barres groupees par tranche)
fig_plotly = px.bar(
top5_par_tranche,
x="disease", y="nb_cas", color="age_group",
barmode="group",
title="Top 5 maladies par tranche d'age",
labels={"disease": "Maladie", "nb_cas": "Nombre de cas", "age_group": "Tranche d'age"}
)
fig_plotly.update_layout(xaxis_tickangle=-40, bargap=0, bargroupgap=0)
fig_plotly.write_html(f"{WORKING_DIR}/kpi_e1_maladies_par_age.html")
fig_plotly.show()
# In[ ]:
# KPI E2 : Antecedents medicaux x maladies
print("\n=== KPI E2 : Antecedents medicaux x maladies ===\n")
log("Chargement du KPI E2 - Antecedents medicaux x maladies...")
# Top 5 maladies associees a chaque antecedent
top5_par_antecedent = (
df.groupby(["medical_history_filled", "disease"])
.size()
.reset_index(name="nb_cas")
.sort_values(["medical_history_filled", "nb_cas"], ascending=[True, False])
.groupby("medical_history_filled")
.head(5)
.reset_index(drop=True)
)
print("Top 5 maladies par antecedent medical :")
print(top5_par_antecedent.to_string(index=False))
# Graphe : une figure globale avec subplots par antecedent
antecedents_liste = df["medical_history_filled"].unique().tolist()
nb_antecedents = len(antecedents_liste)
ncols = 2
nrows = (nb_antecedents + 1) // ncols
fig, axes = plt.subplots(nrows=nrows, ncols=ncols, figsize=(16, nrows * 4))
axes = axes.flatten()
for i, antecedent in enumerate(sorted(antecedents_liste)):
sous_df = top5_par_antecedent[top5_par_antecedent["medical_history_filled"] == antecedent]
sns.barplot(
data=sous_df, x="nb_cas", y="disease",
color=PALETTE_PRINCIPALE, ax=axes[i]
)
axes[i].set_title(f"Antecedent : {antecedent}")
axes[i].set_xlabel("Nb de cas")
axes[i].set_ylabel("")
# Masquer les axes inutilises si le nombre d'antecedents est impair
for j in range(i + 1, len(axes)):
axes[j].set_visible(False)
plt.suptitle("Top 5 maladies par antecedent medical", fontsize=14, y=1.01)
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_e2_antecedents_maladies.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_e2_antecedents_maladies.png")
# In[ ]:
# KPI E3 : Nombre moyen de symptomes selon l'age et le sexe
print("\n=== KPI E3 : Nombre moyen de symptomes selon l'age et le sexe ===\n")
log("Chargement du KPI E3 - Nombre moyen de symptomes selon l'age et le sexe...")
pivot_e3 = df.groupby(["age_group", "sex"], observed=True)["nb_symptomes"].mean().unstack()
pivot_e3 = pivot_e3.round(2)
print("Nombre moyen de symptomes par tranche d'age et sexe :")
print(pivot_e3)
# Analyse
# Si les valeurs augmentent avec l'age : les patients plus ages presentent plus de symptomes
# simultanement — coherent avec une comorbidite accrue chez les personnes agees.
# Si les valeurs sont similaires entre hommes et femmes : pas de biais de genre dans
# la complexite symptomatique. Sinon, signaler l'ecart.
# Heatmap
fig, ax = plt.subplots(figsize=(8, 6))
sns.heatmap(
pivot_e3, annot=True, fmt=".2f",
cmap=PALETTE_SEQUENTIELLE, ax=ax,
cbar_kws={"label": "Nb moyen de symptomes"}
)
ax.set_title("Nombre moyen de symptomes par tranche d'age et sexe")
ax.set_xlabel("Sexe")
ax.set_ylabel("Tranche d'age")
plt.tight_layout()
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_e3_symptomes_age_sexe.png")
plt.show()
print("Graphe sauvegarde : kpi_e3_symptomes_age_sexe.png")
# In[ ]:
# KPI F1 : Dashboard de synthese
print("\n=== KPI F1 : Dashboard de synthese ===\n")
log("Chargement du KPI F1 - Dashboard de synthese...")
fig = plt.figure(figsize=(20, 24))
fig.suptitle("Dashboard KPI — Dataset Medical", fontsize=16, fontweight="bold", y=0.98)
# Panneau 1 : Top 20 maladies
ax1 = fig.add_subplot(3, 2, 1)
sns.barplot(data=top20, x="Nb_cas", y="Maladie", color="steelblue", ax=ax1)
ax1.set_title("Top 20 maladies (effectif)")
ax1.set_xlabel("Nb de cas")
ax1.set_ylabel("")
# Panneau 2 : Repartition par sexe
ax2 = fig.add_subplot(3, 2, 2)
ax2.pie(dist_sexe.values, labels=dist_sexe.index, autopct="%1.1f%%",
colors=["#5b9bd5", "#ed7d31"], startangle=90)
ax2.set_title("Repartition par sexe")
# Panneau 3 : Distribution de l'age
ax3 = fig.add_subplot(3, 2, 3)
ax3.hist(df["age"], bins=50, color="steelblue", edgecolor="white")
ax3.set_title("Distribution de l'age")
ax3.set_xlabel("Age")
ax3.set_ylabel("Nb de patients")
# Panneau 4 : Top 20 symptomes
ax4 = fig.add_subplot(3, 2, 4)
top20_symp_dash = prevalence_symptomes.head(20).reset_index()
top20_symp_dash.columns = ["Symptome", "Prevalence"]
sns.barplot(data=top20_symp_dash, x="Prevalence", y="Symptome",
color="teal", ax=ax4)
ax4.set_title("Top 20 symptomes (prevalence %)")
ax4.set_xlabel("Prevalence (%)")
ax4.set_ylabel("")
# Panneau 5 : Antecedents medicaux
ax5 = fig.add_subplot(3, 2, 5)
sns.barplot(data=dist_antecedents, y="Antecedent", x="Nb_patients",
color="mediumpurple", ax=ax5)
ax5.set_title("Antecedents medicaux")
ax5.set_xlabel("Nb de patients")
ax5.set_ylabel("")
# Panneau 6 : Distribution effectifs par maladie
ax6 = fig.add_subplot(3, 2, 6)
ax6.hist(counts_maladies.values, bins=50, color="coral", edgecolor="white")
ax6.set_title("Distribution des effectifs par maladie")
ax6.set_xlabel("Nb de cas")
ax6.set_ylabel("Nb de maladies")
plt.tight_layout(rect=[0, 0, 1, 0.97])
plt.savefig(f"{WORKING_DIR}/kpi_f1_dashboard_synthese.png", dpi=150, bbox_inches="tight")
plt.show()
print("Dashboard sauvegarde : kpi_f1_dashboard_synthese.png")
# In[ ]:
# KPI F2 : Export JSON
print("\n=== KPI F2 : Export JSON ===\n")
log("Exportation...")
# -------------------------------------------------------------------------
# SECTION 1 : Données brutes (KPIs calculés — inchangé)
# -------------------------------------------------------------------------
kpis_export = {
"meta": {
"nb_lignes": int(nb_lignes),
"nb_colonnes": int(nb_colonnes),
"nb_symptomes": int(nb_symptomes),
"nb_maladies_distinctes": int(nb_maladies_distinctes),
"taux_manquants_global_pct": round(float(taux_global), 4),
"taux_manquants_medical_history_pct": round(float(taux_nan_antecedents), 2)
},
"maladies": {
"distribution_stats": {
"min_cas": int(counts_maladies.min()),
"max_cas": int(counts_maladies.max()),
"moyenne_cas": round(float(counts_maladies.mean()), 2),
"mediane_cas": round(float(counts_maladies.median()), 2),
"ecart_type_cas": round(float(counts_maladies.std()), 2),
"ratio_desequilibre": round(float(ratio_desequilibre), 4),
"gini": round(float(gini), 4)
},
"top20": top20.to_dict(orient="records"),
"bottom20": bottom20.to_dict(orient="records")
},
"demographie": {
"age": {
"min": float(df["age"].min()),
"max": float(df["age"].max()),
"moyenne": round(float(df["age"].mean()), 2),
"mediane": round(float(df["age"].median()), 2),
"ecart_type": round(float(df["age"].std()), 2),
"par_tranche": dist_age.to_dict(orient="records")
},
"sexe": {
"global_pct": dist_sexe_pct.to_dict(),
"top10_dominante_feminine": top10_fem.to_dict(orient="records"),
"top10_dominante_masculine": top10_masc.to_dict(orient="records")
},
"antecedents": {
"distribution": dist_antecedents.to_dict(orient="records"),
"taux_manquants_pct": round(float(taux_nan_antecedents), 2)
},
"age_par_maladie": {
"top10_plus_jeunes": top10_jeunes.to_dict(orient="records"),
"top10_plus_ages": top10_ages.to_dict(orient="records")
}
},
"symptomes": {
"nb_symptomes_par_patient": {
"min": int(df["nb_symptomes"].min()),
"max": int(df["nb_symptomes"].max()),
"moyenne": round(float(df["nb_symptomes"].mean()), 2),
"mediane": float(df["nb_symptomes"].median()),
"patients_sans_symptome": int(nb_sans_symptome)
},
"prevalence_globale": {
"top20": top20_symp.to_dict(orient="records"),
"bottom20": bottom20_symp.to_dict(orient="records"),
"nb_quasi_absents_inf1pct": int(len(quasi_absents)),
"nb_quasi_universels_sup90pct": int(len(quasi_universels))
},
"top30_discriminants": top30_disc_df.to_dict(orient="records"),
"complexite_par_maladie": {
"top10_simples": top10_simple.to_dict(orient="records"),
"top10_complexes": top10_complexe.to_dict(orient="records")
}
},
"croisements": {
"top5_maladies_par_tranche_age": top5_par_tranche.to_dict(orient="records"),
"top5_maladies_par_antecedent": top5_par_antecedent.to_dict(orient="records"),
"nb_symptomes_moyen_age_sexe": pivot_e3.reset_index().to_dict(orient="records")
}
}
# -------------------------------------------------------------------------
# SECTION 2 : Données pré-formatées Chart.js (nouvelles clés)
#
# Ces clés sont consommées directement par les composants DataChart du
# frontend Vue sans aucune transformation côté client. Chaque objet suit
# exactement la structure { labels: [...], datasets: [{ label, data }] }
# attendue par Chart.js v3+.
# -------------------------------------------------------------------------
kpis_export["chartjs"] = {
# --- DataChart B1 : Top 20 maladies — graphe en barres verticales ---
# Colonne "Maladie" = labels de l'axe X
# Colonne "Nb_cas" = valeurs de la série
# [ACTION MANUELLE] : si le nom de colonne dans top20 diffère
# ("disease" au lieu de "Maladie"), ajuster les clés ci-dessous.
"top20_maladies": {
"labels": top20["Maladie"].tolist(),
"datasets": [{
"label": "Nombre de cas",
"data": top20["Nb_cas"].tolist()
}]
},
# --- DataChart C2 : Répartition par sexe — graphe en anneau (doughnut) ---
# dist_sexe_pct est un dict {"Female": 54.8, "Male": 45.2}
# L'ordre des clés est préservé par Python 3.7+ (insertion order).
"sexe_global": {
"labels": list(dist_sexe_pct.keys()),
"datasets": [{
"data": [round(float(v), 1) for v in dist_sexe_pct.values()]
}]
},
# --- DataChart D4 : Top 5 symptômes discriminants — barres horizontales ---
# On limite volontairement à 5 pour la lisibilité du graphe frontend.
# Le reste des 30 est disponible dans symptomes.top30_discriminants
# pour un éventuel tableau détaillé ou une vue expandable.
# [DISCUSSION] : Vérifier que la colonne "Score" correspond bien au
# coefficient de discrimination calculé (chi2, mutual info, ou autre).
# Si la colonne s'appelle autrement, adapter la clé ci-dessous.
"top5_discriminants": {
"labels": top30_disc_df["Symptome"].head(5).tolist(),
"datasets": [{
"label": "Score discriminant",
"data": top30_disc_df["Score"].head(5).round(4).tolist()
}]
},
# --- DataChart supplémentaire : Distribution par tranche d'âge ---
# Graphe en barres — utile pour la section démographie de la page.
# dist_age est un DataFrame avec colonnes "Tranche" et "Nb_patients".
# [ACTION MANUELLE] : vérifier les noms de colonnes exacts dans dist_age.
"age_par_tranche": {
"labels": dist_age["Tranche"].tolist(),
"datasets": [{
"label": "Nombre de patients",
"data": dist_age["Nb_patients"].tolist()
}]
},
# --- DataChart supplémentaire : Antécédents médicaux — barres horizontales ---
# dist_antecedents est un DataFrame avec colonnes "Antecedent" et "Nb_patients".
"antecedents": {
"labels": dist_antecedents["Antecedent"].tolist(),
"datasets": [{
"label": "Nombre de patients",
"data": dist_antecedents["Nb_patients"].tolist()
}]
},
# --- DataChart D5 : Top 20 symptômes les plus prévalents — barres horizontales ---
# prevalence_symptomes est une Series indexée par nom de symptôme, valeurs en %.
# On prend les 20 premiers triés par prévalence décroissante.
"top20_symptomes": {
"labels": prevalence_symptomes.head(20).index.tolist(),
"datasets": [{
"label": "Prévalence (%)",
"data": prevalence_symptomes.head(20).round(2).tolist()
}]
},
# --- DataChart E1 : Maladie dominante par tranche d'âge ---
# top5_par_tranche est un DataFrame avec colonnes "Tranche_age", "Maladie", "Nb_cas".
# On extrait la maladie N°1 par tranche (rang 1 après groupby + rank).
# Le graphe est un bar chart simple : une barre par tranche, hauteur = Nb_cas,
# label = nom de la maladie dominante affiché en tooltip.
# [ACTION MANUELLE] : vérifier les noms de colonnes exacts dans top5_par_tranche.
"maladies_par_tranche_age": (lambda df: {
"labels": df["Tranche_age"].tolist(),
"datasets": [{
"label": "Leading disease (case count)",
"data": df["Nb_cas"].tolist(),
"disease_names": df["Maladie"].tolist()
}]
})(top5_par_tranche[top5_par_tranche["Rang"] == 1].sort_values("Tranche_age")),
# --- DataChart E2 : Maladie dominante par antécédent médical ---
# top5_par_antecedent est un DataFrame avec colonnes "Antecedent", "Maladie", "Nb_cas".
# On extrait la maladie N°1 par antécédent.
# [ACTION MANUELLE] : vérifier les noms de colonnes exacts dans top5_par_antecedent.
"maladies_par_antecedent": (lambda df: {
"labels": df["Antecedent"].tolist(),
"datasets": [{
"label": "Leading disease (case count)",
"data": df["Nb_cas"].tolist(),
"disease_names": df["Maladie"].tolist()
}]
})(top5_par_antecedent[top5_par_antecedent["Rang"] == 1]),
# --- DataChart E3 : Nombre moyen de symptômes par tranche d'âge et sexe ---
# pivot_e3 est un pivot table : index = tranche d'âge, colonnes = Female / Male.
# On génère deux datasets (une série par sexe) pour un grouped bar chart.
# [ACTION MANUELLE] : vérifier que pivot_e3.columns contient bien "Female" et "Male".
"symptomes_age_sexe": {
"labels": pivot_e3.index.tolist(),
"datasets": [
{
"label": "Female",
"data": pivot_e3["Female"].round(2).tolist()
},
{
"label": "Male",
"data": pivot_e3["Male"].round(2).tolist()
}
]
}
}
# -------------------------------------------------------------------------
# SECTION 3 : Export du fichier JSON
# -------------------------------------------------------------------------
kpis_export["last_update"] = datetime.now().strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S")
kpis_export["last_update_duration"] = time_lapse()
with open(KPIS_PATH, "w", encoding="utf-8") as f:
json.dump(kpis_export, f, ensure_ascii=False, indent=2)
taille_json_kb = os.path.getsize(KPIS_PATH) / 1024
print(f"Export JSON termine : {KPIS_PATH}")
print(f"Taille du fichier : {taille_json_kb:.1f} Ko")
print(f"\nCles exportees :")
for cle in kpis_export.keys():
if cle == "chartjs":
for sous_cle in kpis_export["chartjs"].keys():
print(f" chartjs.{sous_cle}")
else:
print(f" {cle}")
# -------------------------------------------------------------------------
# SECTION 4 : Verification rapide de coherence
# Controle que les clés Chart.js ont bien la structure attendue avant
# de copier le JSON dans le frontend.
# -------------------------------------------------------------------------
print("\nVerification de coherence Chart.js :")
for nom, obj in kpis_export["chartjs"].items():
nb_labels = len(obj["labels"])
nb_data = len(obj["datasets"][0]["data"])
statut = "OK" if nb_labels == nb_data else "ERREUR — longueurs differentes"
print(f" {nom:30s} labels={nb_labels:3d} data={nb_data:3d} {statut}")
print("\n=== Fin du notebook KPI Medical ===")
print("\nFichiers generes :")
fichiers_generes = [
"kpi_a2_valeurs_manquantes.png",
"kpi_b1_top20_maladies.png",
"kpi_b1_bottom20_maladies.png",
"kpi_b2_distribution_effectifs.png",
"kpi_c1_tranches_age.png",
"kpi_c2_sexe_global.png",
"kpi_c2_sexe_top20_maladies.png",
"kpi_c3_antecedents.png",
"kpi_c4_age_par_maladie.png",
"kpi_d1_top20_symptomes.png",
"kpi_d1_bottom20_symptomes.png",
"kpi_d2_nb_symptomes_distribution.png",
"kpi_d2_complexite_maladies.png",
"kpi_d3_heatmap_symptomes_maladies.png",
"kpi_d4_symptomes_discriminants.png",
"kpi_d5_correlation_symptomes.png",
"kpi_e1_maladies_par_age.html (plotly)",
"kpi_e2_antecedents_maladies.png",
"kpi_e3_symptomes_age_sexe.png",
"kpi_f1_dashboard_synthese.png",
"kpis_export.json"
]
for f in fichiers_generes:
print(f" {f}")
print("Extraction des KPIs Terminée")
log("Extraction des KPIs Terminée")
return 0
|