diffusers/main/ar/api/models/rfd4_proteina_autoencoder.md

RFD4ProteinaAutoencoder

المشفّر-المفكّك التلقائي لـ RFD4-Proteína. يحوّل encode إحداثيات atom37 إلى كامنات محلية لكل رمز، بينما يعيد decode الكامنات ومواقع الهيكل العظمي إلى بنية atom37 وهويات البقايا. وهو مسجّل في خط الأنابيب باسم vae.

from diffusers import RFD4ProteinaAutoencoder

vae = RFD4ProteinaAutoencoder.from_pretrained("nvidia/RFD4-Proteina-Diffusers", subfolder="vae")

RFD4ProteinaAutoencoder[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder]]

diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder]]

diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder(atom37_mask: collections.abc.Sequence[collections.abc.Sequence[bool]], allowed_residue_types: collections.abc.Sequence[collections.abc.Sequence[bool]], latent_dim: int = 32, n_residue_types: int = 147, num_token_types: int = 7, nlayers: int = 12, token_dim: int = 768, nheads: int = 12, dim_cond: int = 128, pair_repr_dim: int = 256, token_type_emb_dim: int = 32, encoder_feats_seq: tuple[str, ...] = ('token_type', 'x1_a37coors_nm', 'x1_a37coors_nm_rel', 'chain_idx_seq', 'incident_bond_type_counts', 'atom37_element_charge_embedding'), decoder_feats_seq: tuple[str, ...] = ('ca_coors_nm', 'z_latent_seq', 'token_type', 'cond_residue_type'))

المصدر

المعاملات:

latent_dim (int، القيمة الافتراضية 32) : عرض الكامن المحلي لكل رمز.

n_residue_types (int، القيمة الافتراضية 147) : حجم مفردات البقايا.

num_token_types (int، القيمة الافتراضية 7) : حجم مفردات نوع الرمز: بروتين، RNA، DNA، ذرّي، غير معروف، غليكاني، وحمض أميني غير قياسي.

allowed_residue_types (list[list[bool]]) : جدول بأبعاد (num_token_types, n_residue_types) يوضح فئات البقايا التي يمكن لكل نوع من أنواع الرموز فك ترميزها إليها.

nlayers (int، القيمة الافتراضية 12) : طبقات الجذع في كل من المُشفِّر والمُفكِّك.

token_dim (int، القيمة الافتراضية 768) : عرض تمثيل الرمز.

nheads (int، القيمة الافتراضية 12) : عدد رؤوس الانتباه في كل طبقة.

dim_cond (int، القيمة الافتراضية 128) : عرض متجه الشرط (غير المستخدم، صفري).

pair_repr_dim (int، القيمة الافتراضية 256) : عرض الأزواج التي تُبنى بها طبقات الجذع. لا يستخدم مُشفِّر/مفكِّك الترميز المُطلَق انحيازًا للأزواج، لذا لا يحتوي هذا المعامل على أي معاملات.

token_type_emb_dim (int، القيمة الافتراضية 32) : عرض تضمين نوع الرمز.

encoder_feats_seq, decoder_feats_seq (list[str]) : الميزات المُسقطَة إلى مدخلات المُشفِّر والمُفكِّك.

atom37_mask (list[list[bool]]) : فتحات atom37 الصالحة لكل نوع من بقايا الأحماض الأمينية، على شكل (n_residue_types, 37).

مُشفِّر جزيئي مُزاوج ومُفكِّك atom37.

الإحداثيات المُقدَّمة إلى هذا النموذج والمُعاد إرجاعها منه تكون بالنانومتر.

ترميز[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.encode]]

encode(coords_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, generator: typing.Union[torch.Generator, list[torch.Generator], NoneType] = None, return_dict: bool = True)

المصدر

المعاملات:

coords_nm (torch.Tensor) : (batch, tokens, 37, 3) إحداثيات atom37 بالنانومتر.

padding_mask (torch.Tensor) : (batch, tokens)، تكون قيمته صحيحة (true) حيث يكون الرمز (token) حقيقيًا وليس تعبئة (padding).

token_type (torch.Tensor، اختياري) : رموز أنواع الرموز (batch, tokens).

atom37_mask (torch.Tensor، اختياري) : (batch, tokens, 37)، تكون القيمة صحيحة حيث يُستخدم خانة ذرة.

conditioning (dict[str, Any]، اختياري) : متجهات البنية topology وشروط المعالجة المتبقية، تحت المفاتيح التي يصدرها المعالج المسبق.

generator (torch.Generator أو list[torch.Generator]، اختياري) : مولّد واحد لكل صف في الدفعة للحصول على عينات كامنة عشوائية مستقلة. في حال عدم توفيره، يتم السحب من التدفق العام.

return_dict (bool، القيمة الافتراضية True) : إرجاع مخرجات مُنمّطة، أو مجموعة (tuple) من حقولها.

يعيد: RFD4ProteinaEncoderOutput أو tuple

متجهات كامنة ومتوسطة ومقياس لوغاريتمي بأشكال (batch, tokens, latent_dim).

ترميز الإحداثيات المُعدّة والشروط إلى كامنات محلية مُستخرجة لكل رمز.

فك الترميز[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.decode]]

decode(z_latent: Tensor, ca_coors_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, return_dict: bool = True)

المصدر

المعاملات:

z_latent (torch.Tensor) : (batch, tokens, latent_dim) متغيرات محلية لكل رمز.

ca_coors_nm (torch.Tensor) : (batch, tokens, 3) مواضع CA في العمود الفقري بالنانومتر.

padding_mask (torch.Tensor) : (batch, tokens)، تكون قيمته صحيحة (true) حيث يكون الرمز (token) حقيقيًا وليس تعبئة (padding).

token_type (torch.Tensor، اختياري) : رموز أنواع الرموز (batch, tokens).

atom37_mask (torch.Tensor، اختياري) : (batch, tokens, 37)، تكون القيمة صحيحة حيث يُستخدم خانة ذرة.

conditioning (dict[str, Any]، اختياري) : متجهات البنية topology وشروط التكييف المتبقية، تحت المفاتيح التي يصدرها المعالج المسبق. تُقرأ حالة التسلسل من هنا.

return_dict (bool، القيمة الافتراضية True) : إرجاع مخرجات مُنمّطة، أو مجموعة (tuple) من حقولها.

يعيد: RFD4ProteinaDecoderOutput أو tuple

إحداثيات (batch, tokens, 37, 3) بالنانومتر، وأنواع البقايا (batch, tokens)، وقناع الانبعاث (batch, tokens)، وقناع الذرات (batch, tokens, 37). إحداثيات الذرات غير المنبعثة تساوي صفراً.

فكّ تشفير الكمون لكل رمز ومواقع العمود الفقري إلى بنية atom37.

forward[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.forward]]

forward(z_latent: Tensor, ca_coors_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, return_dict: bool = True)

المصدر

المعاملات:

z_latent (torch.Tensor) : (batch, tokens, latent_dim) متغيرات محلية لكل رمز.

ca_coors_nm (torch.Tensor) : (batch, tokens, 3) مواضع CA في العمود الفقري بالنانومتر.

padding_mask (torch.Tensor) : (batch, tokens)، تكون قيمته صحيحة (true) حيث يكون الرمز (token) حقيقيًا وليس تعبئة (padding).

token_type (torch.Tensor، اختياري) : رموز أنواع الرموز (batch, tokens).

atom37_mask (torch.Tensor، اختياري) : (batch, tokens, 37)، تكون القيمة صحيحة حيث يُستخدم خانة ذرة.

conditioning (dict[str, Any]، اختياري) : متجهات البنية المتبقية والشروط.

return_dict (bool، القيمة الافتراضية True) : إرجاع مخرجات مُنمّطة، أو مجموعة (tuple) من حقولها.

يعيد: RFD4ProteinaDecoderOutput أو tuple

إحداثيات مفكوكة، أنواع بقايا، وأقنعة ذرة/إصدار.

فكّ تشفير الكمونيات (latents) ومواقع العمود الفقري (backbone) لكل رمز؛ ما يعادل استدعاء decode().

RFD4ProteinaEncoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput]]

diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput]]

diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput(latent: Tensor, mean: typing.Optional[torch.Tensor] = None, log_scale: typing.Optional[torch.Tensor] = None)

المصدر

المعاملات:

latent (torch.Tensor) : عينة mean + noise * exp(log_scale)، صفر خارج الرموز الكامنة المُصدَرة.

mean (torch.Tensor) : متوسط غاوسي، صفر خارج الرموز الكامنة المُخرَجة.

log_scale (torch.Tensor) : الانحراف المعياري اللوغاريتمي، صفر خارج الرموز الكامنة المُخرَجة.

معاملات مُسحبة كامنة وغاوسية، كلٌّ منها على شكل (batch, tokens, latent_dim).

RFD4ProteinaDecoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput]]

diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput]]

diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput(coordinates: Tensor, residue_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, emit_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None)

المصدر

المعاملات:

coordinates (torch.Tensor) : إحداثيات (batch, tokens, 37, 3) بالنانومتر؛ الذرات غير المُخرَجة تساوي صفراً.

residue_type (torch.Tensor) : فهارس مفردات بقايا على شكل (batch, tokens).

emit_mask (torch.Tensor) : قناع الرموز الصادرة من نوع منطقي، بأبعاد (batch, tokens).

atom_mask (torch.Tensor) : قناع ذرات صالحة من نوع منطقي (Boolean) بأبعاد (batch, tokens, 37).

إحداثيات جزيئية مفكوكة الشفرة وطوبولوجيا ذرّية منفصلة37.