Buckets:

hf-doc-build/doc / diffusers /main /tr /api /models /rfd4_proteina_autoencoder.md
mishig's picture
|
download
raw
10.1 kB
# RFD4ProteinaAutoencoder
[RFD4-Proteína](../pipelines/rfd4_proteina) otomatik kodlayıcısı. `encode`, atom37 koordinatlarını token başına yerel gizli değişkenlere (latents) eşler ve `decode`, gizli değişkenleri ile iskelet konumlarını atom37 yapısına ve kalıntı kimliklerine geri dönüştürür. Hattın (pipeline) içinde `vae` olarak kayıtlıdır.
```py
from diffusers import RFD4ProteinaAutoencoder
vae = RFD4ProteinaAutoencoder.from_pretrained("nvidia/RFD4-Proteina-Diffusers", subfolder="vae")
```
## RFD4ProteinaAutoencoder[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder]]
#### diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder]]
```python
diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder(atom37_mask: Sequence, allowed_residue_types: Sequence, latent_dim: int = 32, n_residue_types: int = 147, num_token_types: int = 7, nlayers: int = 12, token_dim: int = 768, nheads: int = 12, dim_cond: int = 128, pair_repr_dim: int = 256, token_type_emb_dim: int = 32, encoder_feats_seq: tuple = ('token_type', 'x1_a37coors_nm', 'x1_a37coors_nm_rel', 'chain_idx_seq', 'incident_bond_type_counts', 'atom37_element_charge_embedding'), decoder_feats_seq: tuple = ('ca_coors_nm', 'z_latent_seq', 'token_type', 'cond_residue_type'))
```
[Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L500)
**Parametreler:**
latent_dim (`int`, varsayılan `32`) : Token başına yerel latentin genişliği.
n_residue_types (`int`, varsayılan `147`) : Kalıntı sözlük boyutu.
num_token_types (`int`, varsayılan `7`) : Token-türü sözlüğünün boyutu: protein, RNA, DNA, atomize, bilinmeyen, glikan ve non-kanonik amino asit.
allowed_residue_types (`list[list[bool]]`) : Her token türünün çözümlenebileceği kalıntı sınıflarını gösteren `(num_token_types, n_residue_types)` tablosu.
nlayers (`int`, varsayılan `12`) : Kodlayıcı ve çözücüdeki gövde katmanları.
token_dim (`int`, varsayılan `768`) : Token temsil genişliği.
nheads (`int`, varsayılan `12`) : Katman başına dikkat başı sayısı.
dim_cond (`int`, varsayılan `128`) : (kullanılmayan, sıfır) koşullandırma vektörünün genişliği.
pair_repr_dim (`int`, varsayılan `256`) : Gövde katmanlarının oluşturulduğu çift genişliği. Yayınlanan oto-kodlayıcı çift önyargısı kullanmadığından, bu parametre içermez.
token_type_emb_dim (`int`, varsayılan `32`) : Token-türü gömme genişliği.
encoder_feats_seq, decoder_feats_seq (`list[str]`) : Encoder ve decoder girdilerine yansıtılmış özellikler.
atom37_mask (`list[list[bool]]`) : Her kalıntı tipi için geçerli atom37 yuvaları, şekli `(n_residue_types, 37)`.
Eşleşmiş moleküler kodlayıcı ve atom37 çözücü.
Bu modele sağlanan ve bu model tarafından döndürülen koordinatlar nanometre cinsindendir.
#### encode[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.encode]]
```python
encode(coords_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, generator: typing.Union[torch.Generator, list[torch.Generator], NoneType] = None, return_dict: bool = True)
```
[Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L583)
**Parametreler:**
coords_nm (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 37, 3)` nanometre cinsinden atom37 koordinatları.
padding_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)`, bir token'ın dolgu (padding) değil de gerçek olduğu yerlerde true.
token_type (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens)` token-türü kodları.
atom37_mask (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens, 37)`, bir atom yuvasının kullanıldığı yerlerde true.
conditioning (`dict[str, Any]`, *isteğe bağlı*) : Ön işleyicinin yayınladığı anahtarlar altında kalan topoloji ve koşullama tensörleri.
generator (`torch.Generator` veya `list[torch.Generator]`, *opsiyonel*) : Bağımsız stokastik latent örnekler için her batch satırı için bir üreteç. Üreteç yoksa, örnekler global akımdan çekilir.
return_dict (`bool`, varsayılan `True`) : Tipi belirlenmiş bir çıktı veya alanlarının bir demetini döndürür.
**Dönüş:** `RFD4ProteinaEncoderOutput` veya `tuple`
`(batch, tokens, latent_dim)` biçiminde latent, ortalama ve log-ölçek tensörleri.
Hazırlanmış koordinatları ve koşullandırmayı, örneklenen token başına yerel latentlere kodlayın.
#### decode[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.decode]]
```python
decode(z_latent: Tensor, ca_coors_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, return_dict: bool = True)
```
[Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L624)
**Parametreler:**
z_latent (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, latent_dim)` token başına yerel latentler.
ca_coors_nm (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 3)` nanometre cinsinden backbone CA konumları.
padding_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)`, bir token'ın dolgu (padding) değil de gerçek olduğu yerlerde true.
token_type (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens)` token-türü kodları.
atom37_mask (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens, 37)`, bir atom yuvasının kullanıldığı yerlerde true.
conditioning (`dict[str, Any]`, *isteğe bağlı*) : Ön işleyicinin yayınladığı anahtarlar altında kalan topoloji ve koşullandırma tensörleri. Sıra koşulu buradan okunur.
return_dict (`bool`, varsayılan `True`) : Tipi belirlenmiş bir çıktı veya alanlarının bir demetini döndürür.
**Dönüş:** `RFD4ProteinaDecoderOutput` veya `tuple`
Nanometre cinsinden `(batch, tokens, 37, 3)` koordinatları, `(batch, tokens)` rezidü türleri, `(batch, tokens)` emisyon maskesi ve `(batch, tokens, 37)` atom maskesi. Emisyon yapılmayan atom koordinatları sıfırdır.
Token başına latentleri ve omurga konumlarını atom37 yapısına çözümlen.
#### forward[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.forward]]
```python
forward(z_latent: Tensor, ca_coors_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, return_dict: bool = True)
```
[Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L666)
**Parametreler:**
z_latent (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, latent_dim)` token başına yerel latentler.
ca_coors_nm (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 3)` nanometre cinsinden backbone CA konumları.
padding_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)`, bir token'ın dolgu (padding) değil de gerçek olduğu yerlerde true.
token_type (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens)` token-türü kodları.
atom37_mask (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens, 37)`, bir atom yuvasının kullanıldığı yerlerde true.
conditioning (`dict[str, Any]`, *isteğe bağlı*) : Kalan topoloji ve koşullandırma tensörleri.
return_dict (`bool`, varsayılan `True`) : Tipi belirlenmiş bir çıktı veya alanlarının bir demetini döndürür.
**Dönüş:** `RFD4ProteinaDecoderOutput` veya `tuple`
Çözümlenmiş koordinatlar, kalıntı türleri ve atom/emit maskeleri.
Token başına latentleri ve omurga konumlarını çözümlen; [decode()](/docs/diffusers/main/tr/api/models/rfd4_proteina_autoencoder#diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.decode) çağrısına eşdeğerdir.
## RFD4ProteinaEncoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput]]
#### diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput]]
```python
diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput(latent: Tensor, mean: typing.Optional[torch.Tensor] = None, log_scale: typing.Optional[torch.Tensor] = None)
```
[Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L469)
**Parametreler:**
latent (`torch.Tensor`) : `mean + noise * exp(log_scale)` örneklemi, yayınlanan gizli tokenlar dışında sıfır.
mean (`torch.Tensor`) : Gauss ortalaması, yayılan gizli tokenların dışında sıfır.
log_scale (`torch.Tensor`) : Log standart sapma, çıkarılan gizli tokenların dışında sıfır.
Her biri `(batch, tokens, latent_dim)` biçiminde olan örneklenmiş latent ve Gauss parametreleri.
## RFD4ProteinaDecoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput]]
#### diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput]]
```python
diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput(coordinates: Tensor, residue_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, emit_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None)
```
[Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L484)
**Parametreler:**
coordinates (`torch.Tensor`) : Nanometre cinsinden `(batch, tokens, 37, 3)` koordinatları; yayılmayan atomlar sıfırdır.
residue_type (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)` biçiminde şekillendirilmiş kalıntı sözlük dizinleri.
emit_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)` biçiminde, Boolean tipinde emitted-token maskesi.
atom_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 37)` biçiminde Boolean geçerli atom maskesi.
Çözümlenmiş moleküler koordinatlar ve ayrık atom37 topolojisi.

Xet Storage Details

Size:
10.1 kB
·
Xet hash:
f301199f3823423f60e6155cb9f5ee47bc42c1a160db1973cd20fa2340c49202

Xet efficiently stores files, intelligently splitting them into unique chunks and accelerating uploads and downloads. More info.