Buckets:
| # RFD4ProteinaAutoencoder | |
| [RFD4-Proteína](../pipelines/rfd4_proteina) otomatik kodlayıcısı. `encode`, atom37 koordinatlarını token başına yerel gizli değişkenlere (latents) eşler ve `decode`, gizli değişkenleri ile iskelet konumlarını atom37 yapısına ve kalıntı kimliklerine geri dönüştürür. Hattın (pipeline) içinde `vae` olarak kayıtlıdır. | |
| ```py | |
| from diffusers import RFD4ProteinaAutoencoder | |
| vae = RFD4ProteinaAutoencoder.from_pretrained("nvidia/RFD4-Proteina-Diffusers", subfolder="vae") | |
| ``` | |
| ## RFD4ProteinaAutoencoder[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder]] | |
| #### diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder]] | |
| ```python | |
| diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder(atom37_mask: Sequence, allowed_residue_types: Sequence, latent_dim: int = 32, n_residue_types: int = 147, num_token_types: int = 7, nlayers: int = 12, token_dim: int = 768, nheads: int = 12, dim_cond: int = 128, pair_repr_dim: int = 256, token_type_emb_dim: int = 32, encoder_feats_seq: tuple = ('token_type', 'x1_a37coors_nm', 'x1_a37coors_nm_rel', 'chain_idx_seq', 'incident_bond_type_counts', 'atom37_element_charge_embedding'), decoder_feats_seq: tuple = ('ca_coors_nm', 'z_latent_seq', 'token_type', 'cond_residue_type')) | |
| ``` | |
| [Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L500) | |
| **Parametreler:** | |
| latent_dim (`int`, varsayılan `32`) : Token başına yerel latentin genişliği. | |
| n_residue_types (`int`, varsayılan `147`) : Kalıntı sözlük boyutu. | |
| num_token_types (`int`, varsayılan `7`) : Token-türü sözlüğünün boyutu: protein, RNA, DNA, atomize, bilinmeyen, glikan ve non-kanonik amino asit. | |
| allowed_residue_types (`list[list[bool]]`) : Her token türünün çözümlenebileceği kalıntı sınıflarını gösteren `(num_token_types, n_residue_types)` tablosu. | |
| nlayers (`int`, varsayılan `12`) : Kodlayıcı ve çözücüdeki gövde katmanları. | |
| token_dim (`int`, varsayılan `768`) : Token temsil genişliği. | |
| nheads (`int`, varsayılan `12`) : Katman başına dikkat başı sayısı. | |
| dim_cond (`int`, varsayılan `128`) : (kullanılmayan, sıfır) koşullandırma vektörünün genişliği. | |
| pair_repr_dim (`int`, varsayılan `256`) : Gövde katmanlarının oluşturulduğu çift genişliği. Yayınlanan oto-kodlayıcı çift önyargısı kullanmadığından, bu parametre içermez. | |
| token_type_emb_dim (`int`, varsayılan `32`) : Token-türü gömme genişliği. | |
| encoder_feats_seq, decoder_feats_seq (`list[str]`) : Encoder ve decoder girdilerine yansıtılmış özellikler. | |
| atom37_mask (`list[list[bool]]`) : Her kalıntı tipi için geçerli atom37 yuvaları, şekli `(n_residue_types, 37)`. | |
| Eşleşmiş moleküler kodlayıcı ve atom37 çözücü. | |
| Bu modele sağlanan ve bu model tarafından döndürülen koordinatlar nanometre cinsindendir. | |
| #### encode[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.encode]] | |
| ```python | |
| encode(coords_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, generator: typing.Union[torch.Generator, list[torch.Generator], NoneType] = None, return_dict: bool = True) | |
| ``` | |
| [Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L583) | |
| **Parametreler:** | |
| coords_nm (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 37, 3)` nanometre cinsinden atom37 koordinatları. | |
| padding_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)`, bir token'ın dolgu (padding) değil de gerçek olduğu yerlerde true. | |
| token_type (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens)` token-türü kodları. | |
| atom37_mask (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens, 37)`, bir atom yuvasının kullanıldığı yerlerde true. | |
| conditioning (`dict[str, Any]`, *isteğe bağlı*) : Ön işleyicinin yayınladığı anahtarlar altında kalan topoloji ve koşullama tensörleri. | |
| generator (`torch.Generator` veya `list[torch.Generator]`, *opsiyonel*) : Bağımsız stokastik latent örnekler için her batch satırı için bir üreteç. Üreteç yoksa, örnekler global akımdan çekilir. | |
| return_dict (`bool`, varsayılan `True`) : Tipi belirlenmiş bir çıktı veya alanlarının bir demetini döndürür. | |
| **Dönüş:** `RFD4ProteinaEncoderOutput` veya `tuple` | |
| `(batch, tokens, latent_dim)` biçiminde latent, ortalama ve log-ölçek tensörleri. | |
| Hazırlanmış koordinatları ve koşullandırmayı, örneklenen token başına yerel latentlere kodlayın. | |
| #### decode[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.decode]] | |
| ```python | |
| decode(z_latent: Tensor, ca_coors_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, return_dict: bool = True) | |
| ``` | |
| [Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L624) | |
| **Parametreler:** | |
| z_latent (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, latent_dim)` token başına yerel latentler. | |
| ca_coors_nm (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 3)` nanometre cinsinden backbone CA konumları. | |
| padding_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)`, bir token'ın dolgu (padding) değil de gerçek olduğu yerlerde true. | |
| token_type (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens)` token-türü kodları. | |
| atom37_mask (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens, 37)`, bir atom yuvasının kullanıldığı yerlerde true. | |
| conditioning (`dict[str, Any]`, *isteğe bağlı*) : Ön işleyicinin yayınladığı anahtarlar altında kalan topoloji ve koşullandırma tensörleri. Sıra koşulu buradan okunur. | |
| return_dict (`bool`, varsayılan `True`) : Tipi belirlenmiş bir çıktı veya alanlarının bir demetini döndürür. | |
| **Dönüş:** `RFD4ProteinaDecoderOutput` veya `tuple` | |
| Nanometre cinsinden `(batch, tokens, 37, 3)` koordinatları, `(batch, tokens)` rezidü türleri, `(batch, tokens)` emisyon maskesi ve `(batch, tokens, 37)` atom maskesi. Emisyon yapılmayan atom koordinatları sıfırdır. | |
| Token başına latentleri ve omurga konumlarını atom37 yapısına çözümlen. | |
| #### forward[[diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.forward]] | |
| ```python | |
| forward(z_latent: Tensor, ca_coors_nm: Tensor, padding_mask: Tensor, token_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, conditioning: dict[str, typing.Any] | None = None, return_dict: bool = True) | |
| ``` | |
| [Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L666) | |
| **Parametreler:** | |
| z_latent (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, latent_dim)` token başına yerel latentler. | |
| ca_coors_nm (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 3)` nanometre cinsinden backbone CA konumları. | |
| padding_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)`, bir token'ın dolgu (padding) değil de gerçek olduğu yerlerde true. | |
| token_type (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens)` token-türü kodları. | |
| atom37_mask (`torch.Tensor`, *isteğe bağlı*) : `(batch, tokens, 37)`, bir atom yuvasının kullanıldığı yerlerde true. | |
| conditioning (`dict[str, Any]`, *isteğe bağlı*) : Kalan topoloji ve koşullandırma tensörleri. | |
| return_dict (`bool`, varsayılan `True`) : Tipi belirlenmiş bir çıktı veya alanlarının bir demetini döndürür. | |
| **Dönüş:** `RFD4ProteinaDecoderOutput` veya `tuple` | |
| Çözümlenmiş koordinatlar, kalıntı türleri ve atom/emit maskeleri. | |
| Token başına latentleri ve omurga konumlarını çözümlen; [decode()](/docs/diffusers/main/tr/api/models/rfd4_proteina_autoencoder#diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder.decode) çağrısına eşdeğerdir. | |
| ## RFD4ProteinaEncoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput]] | |
| #### diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput]] | |
| ```python | |
| diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput(latent: Tensor, mean: typing.Optional[torch.Tensor] = None, log_scale: typing.Optional[torch.Tensor] = None) | |
| ``` | |
| [Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L469) | |
| **Parametreler:** | |
| latent (`torch.Tensor`) : `mean + noise * exp(log_scale)` örneklemi, yayınlanan gizli tokenlar dışında sıfır. | |
| mean (`torch.Tensor`) : Gauss ortalaması, yayılan gizli tokenların dışında sıfır. | |
| log_scale (`torch.Tensor`) : Log standart sapma, çıkarılan gizli tokenların dışında sıfır. | |
| Her biri `(batch, tokens, latent_dim)` biçiminde olan örneklenmiş latent ve Gauss parametreleri. | |
| ## RFD4ProteinaDecoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput]] | |
| #### diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput[[diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput]] | |
| ```python | |
| diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput(coordinates: Tensor, residue_type: typing.Optional[torch.Tensor] = None, emit_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, atom_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None) | |
| ``` | |
| [Kaynak](https://github.com/huggingface/diffusers/blob/main/src/diffusers/models/autoencoders/autoencoder_rfd4_proteina.py#L484) | |
| **Parametreler:** | |
| coordinates (`torch.Tensor`) : Nanometre cinsinden `(batch, tokens, 37, 3)` koordinatları; yayılmayan atomlar sıfırdır. | |
| residue_type (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)` biçiminde şekillendirilmiş kalıntı sözlük dizinleri. | |
| emit_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens)` biçiminde, Boolean tipinde emitted-token maskesi. | |
| atom_mask (`torch.Tensor`) : `(batch, tokens, 37)` biçiminde Boolean geçerli atom maskesi. | |
| Çözümlenmiş moleküler koordinatlar ve ayrık atom37 topolojisi. | |
Xet Storage Details
- Size:
- 10.1 kB
- Xet hash:
- f301199f3823423f60e6155cb9f5ee47bc42c1a160db1973cd20fa2340c49202
·
Xet efficiently stores files, intelligently splitting them into unique chunks and accelerating uploads and downloads. More info.