Projects/docs/Structure.md

ie-blog-platform/
├── backend/                           # Java backend (custom HTTP server)
│   ├── pom.xml                        # Maven dependencies
│   ├── src/
│   │   ├── main/
│   │   │   ├── java/ir/ac/ut/ece/ie/
│   │   │   │   ├── model/             # All entity classes
│   │   │   │   │   ├── User.java
│   │   │   │   │   ├── Article.java
│   │   │   │   │   ├── Comment.java
│   │   │   │   │   ├── Conversation.java
│   │   │   │   │   ├── Message.java
│   │   │   │   │   ├── Group.java
│   │   │   │   │   ├── Notification.java
│   │   │   │   │   ├── PeerReviewSubmission.java
│   │   │   │   │   ├── PeerReview.java
│   │   │   │   │   ├── Chemical.java
│   │   │   │   │   ├── Project.java
│   │   │   │   │   ├── Task.java
│   │   │   │   │   ├── ResearchObject.java
│   │   │   │   │   ├── Protocol.java
│   │   │   │   │   ├── Poll.java
│   │   │   │   │   ├── Grant.java
│   │   │   │   │   ├── GraphNode.java
│   │   │   │   │   ├── GraphEdge.java
│   │   │   │   │   └── ... (all models)
│   │   │   │   ├── repository/        # Thread‑safe in‑memory storage
│   │   │   │   │   ├── UserRepository.java
│   │   │   │   │   ├── ArticleRepository.java
│   │   │   │   │   ├── MessageRepository.java
│   │   │   │   │   ├── NotificationRepository.java
│   │   │   │   │   ├── PeerReviewRepository.java
│   │   │   │   │   ├── ChemicalRepository.java
│   │   │   │   │   ├── ProjectRepository.java
│   │   │   │   │   └── ...
│   │   │   │   ├── service/           # Business logic
│   │   │   │   │   ├── AuthService.java
│   │   │   │   │   ├── ArticleService.java
│   │   │   │   │   ├── MessageService.java
│   │   │   │   │   ├── NotificationService.java
│   │   │   │   │   ├── PeerReviewService.java
│   │   │   │   │   ├── LabInventoryService.java
│   │   │   │   │   ├── RAGService.java (LLM calls)
│   │   │   │   │   ├── GrantService.java
│   │   │   │   │   ├── GapAnalysisService.java
│   │   │   │   │   ├── ProjectService.java
│   │   │   │   │   ├── DataHubService.java
│   │   │   │   │   └── ...
│   │   │   │   ├── routing/           # Custom HTTP router
│   │   │   │   │   ├── Router.java
│   │   │   │   │   ├── Route.java (annotation)
│   │   │   │   │   └── DynamicRouterInitializer.java
│   │   │   │   ├── routes/            # All endpoint implementations
│   │   │   │   │   ├── AuthRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── ArticleRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── MessageRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── GroupRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── NotificationRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── PeerReviewRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── LabInventoryRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── GrantRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── GapAnalysisRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── RAGRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── ProjectRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── DataHubRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── PollRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── AdminRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── TwoFactorRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── VoiceSettingsRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── RecentItemsRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── SearchRoutes.java
│   │   │   │   │   ├── RecommendationRoutes.java
│   │   │   │   │   └── ...
│   │   │   │   ├── server/            # HTTP server core
│   │   │   │   │   ├── DynamicContentServer.java
│   │   │   │   │   ├── RequestHandler.java
│   │   │   │   │   └── WebSocket/     # WebSocket manager
│   │   │   │   │       ├── WebSocketServer.java
│   │   │   │   │       └── WebSocketHandler.java
│   │   │   │   ├── security/          # Auth, rate limiting, firewall
│   │   │   │   │   ├── AuthFilter.java
│   │   │   │   │   ├── CsrfFilter.java
│   │   │   │   │   ├── RateLimiter.java
│   │   │   │   │   ├── Firewall.java
│   │   │   │   │   └── PasswordUtils.java
│   │   │   │   ├── search/            # Inverted index (messages)
│   │   │   │   │   ├── InvertedIndex.java
│   │   │   │   │   └── IndexingWorker.java
│   │   │   │   ├── recommendation/    # Graph & GNN recommenders
│   │   │   │   │   ├── HybridRecommender.java
│   │   │   │   │   ├── GNNRecommender.java
│   │   │   │   │   └── PageRank.java
│   │   │   │   ├── util/              # Helpers (JSON, file upload, TOTP)
│   │   │   │   │   ├── JsonUtils.java
│   │   │   │   │   ├── MultipartParser.java
│   │   │   │   │   ├── TotpUtil.java
│   │   │   │   │   └── ...
│   │   │   │   └── config/            # Configuration loader
│   │   │   │       ├── Config.java
│   │   │   │       └── FirewallConfig.java
│   │   │   └── resources/             # Static resources
│   │   │       ├── firewall.properties
│   │   │       ├── banned_keywords.txt
│   │   │       └── log4j2.xml
│   │   └── test/                      # Unit & integration tests
│   │       ├── java/ir/ac/ut/ece/ie/
│   │       │   ├── routes/
│   │       │   ├── service/
│   │       │   └── ...
│   │       └── resources/
│   └── uploads/                       # Stored files (avatars, manuscripts, etc.)
│
├── frontend/                          # Vite + React frontend
│   ├── index.html
│   ├── package.json
│   ├── pnpm-lock.yaml
│   ├── tsconfig.json
│   ├── vite.config.ts
│   ├── .env                           # Environment variables
│   ├── public/                        # Public assets
│   └── src/
│       ├── main.tsx                   # Entry point
│       ├── App.tsx                    # Root component, providers, routes
│       ├── index.css                  # Global styles (Tailwind)
│       ├── vite-env.d.ts
│       ├── lib/                       # Core utilities
│       │   ├── api.ts                 # Axios instance (mock/real)
│       │   ├── auth.tsx               # AuthProvider, useAuth
│       │   ├── useWebSocket.ts        # WebSocket hook
│       │   ├── useSecretChat.ts       # E2E encryption
│       │   ├── normalize.ts           # Array normalisation
│       │   └── mockApi.ts             # Mock API for offline dev
│       ├── hooks/                     # All custom hooks
│       │   ├── useAuth.ts
│       │   ├── useMessaging.ts
│       │   ├── useUnifiedInbox.ts
│       │   ├── useArticle.ts
│       │   ├── useArticles.ts
│       │   ├── useDashboard.ts
│       │   ├── useNotifications.ts
│       │   ├── usePeerReview.ts
│       │   ├── useLabInventory.ts
│       │   ├── useProjectSpace.ts
│       │   ├── useCollaborativeEditor.ts
│       │   ├── useRagSystem.ts
│       │   ├── useGapAnalysis.ts
│       │   ├── useGrantAssistant.ts
│       │   ├── useDataHub.ts
│       │   ├── useVoiceAssistant.ts
│       │   ├── useDragDropOverlay.ts
│       │   └── ... (all hooks)
│       ├── components/                # Reusable UI components
│       │   ├── layout/               # MainLayout, LoadingScreen
│       │   ├── messages/             # ChatSidebar, ChatArea, MessageBubble...
│       │   ├── unified-chat/         # UnifiedInbox, BroadcastChannelView
│       │   ├── voice/                # VoiceAssistantWidget, VoiceRecorder
│       │   ├── notifications/        # SmartNotificationCenter
│       │   ├── command-palette/      # CommandPaletteProvider
│       │   ├── dashboard/            # Widgets (streak, kanban, etc.)
│       │   ├── article/              # Article components
│       │   ├── gap-analysis/         # GraphCanvas, SearchBar
│       │   ├── grant/                # GrantAssistantDashboard
│       │   ├── lab/                  # LabInventoryDashboard, ChemicalFormModal
│       │   ├── peer-review/          # PeerReviewDashboard
│       │   ├── rag/                  # RagAssistantPanel
│       │   ├── authoring/            # CollaborativeAuthoringStudio
│       │   ├── data-hub/             # RepositoryBrowser, ProtocolsWorkspace
│       │   ├── project/              # ProjectWorkspace
│       │   ├── genui/                # Generative UI components
│       │   ├── collaboration/        # ScientificEditor
│       │   ├── workspace/            # SmartGlassWorkspace, PanelManager
│       │   ├── social/               # LiveVideoRoom, PollWidget
│       │   ├── flow/                 # FlowPreservationProvider
│       │   ├── async/                # OfflineCollaborationQueue, MultiAgentDebatePanel
│       │   └── ...
│       ├── pages/                     # Route pages (each exports default)
│       │   ├── SmartGlassPage.tsx
│       │   ├── UnifiedInboxPage.tsx
│       │   ├── DashboardPage.tsx
│       │   ├── MessagesPage.tsx
│       │   ├── ArticlesPage.tsx
│       │   ├── ArticleDetailPage.tsx
│       │   ├── LabInventoryPage.tsx
│       │   ├── PeerReviewPage.tsx
│       │   ├── ResearchAssistantPage.tsx
│       │   ├── GapAnalysisPage.tsx
│       │   ├── GrantAssistantPage.tsx
│       │   ├── AuthoringStudioPage.tsx
│       │   ├── ProjectWorkspacePage.tsx
│       │   ├── NetworkingPage.tsx
│       │   ├── DataHubPage.tsx
│       │   ├── DiscoveryPage.tsx
│       │   ├── AICoScientistPage.tsx
│       │   ├── AboutPage.tsx
│       │   ├── LoginPage.tsx
│       │   ├── RegisterPage.tsx
│       │   ├── SettingsPage.tsx
│       │   ├── ProfileHubPage.tsx
│       │   ├── NotFound.tsx
│       │   └── ...
│       ├── types/                     # TypeScript type definitions
│       │   ├── index.ts
│       │   ├── user.ts
│       │   ├── article.ts
│       │   ├── message.ts
│       │   ├── notification.ts
│       │   ├── peer-review.ts
│       │   ├── lab.ts
│       │   ├── project.ts
│       │   ├── rag.ts
│       │   ├── workspace.ts
│       │   └── ...
│       └── workers/                   # Web Workers (e.g., rag-worker.ts)
│
├── nginx/                             # Nginx production config (optional)
│   ├── nginx.conf
│   └── sites-enabled/
│       └── blog-api.conf
│
├── scripts/                           # Utility scripts
│   ├── start-backend.sh
│   ├── start-frontend.sh
│   └── start-yjs-websocket.sh
│
├── firewall.properties                # Shared config (symlink or copy)
├── banned_keywords.txt
├── README.md
└── .gitignore