|
Download docs/PL_benchmark_regressor_ablation.md from QPromaQ/Docking_project: direct link, hf CLI and curl.
- Browser
- Download file 2 kB
-
https://huggingface.co/datasets/QPromaQ/Docking_project/resolve/main/docs/PL_benchmark_regressor_ablation.md
- Command line
-
hf download hf://datasets/QPromaQ/Docking_project/docs/PL_benchmark_regressor_ablation.md
-
curl -L -o PL_benchmark_regressor_ablation.md https://huggingface.co/datasets/QPromaQ/Docking_project/resolve/main/docs/PL_benchmark_regressor_ablation.md
2 kB
| # Benchmark regressor ablation | |
| ## Po co jest ablation | |
| Celem jest sprawdzenie, czy regresor SCORE wnosi stabilną wartość ponad classifier-only adaptive. | |
| ## Warianty | |
| 1. `classifier_only_no_fallback` | |
| 2. `classifier_only_union_fallback` | |
| 3. `classifier_regressor_no_fallback` | |
| 4. `classifier_regressor_union_fallback` | |
| 5. `cluster_only_triage` | |
| 6. `diverse_random_cost_balanced` | |
| 7. `single_fidelity_cost_balanced` | |
| ## Co porównujemy | |
| - best filtered score | |
| - top5 mean filtered score | |
| - top10 mean filtered score | |
| - reduction fraction | |
| - total runs spent | |
| - optional recall, jeśli `reference_mode=sampled` | |
| ## Fixed regressor | |
| Domyślny regresor: | |
| - nazwa: `fixed_score_regressor_v1` | |
| - target: `component_sane_affinity_like` | |
| To znaczy, że model uczy się nie surowego `SCORE`, ale przekształconego targetu o poprawnym znaku, zgodnym z tym że niższy `SCORE` oznacza lepszy wynik. | |
| ## Jak sprawdzamy znak regresora | |
| Liczone są między innymi: | |
| - `Spearman(predicted_score, observed_score)` | |
| - `Spearman(-predicted_score, observed_score)` | |
| - `Spearman(predicted_score, -observed_score)` | |
| - `Spearman(predicted_affinity_like, observed_affinity_like)` | |
| Jeżeli poprawny znak nie daje dodatniego sygnału, regresor nie jest uznawany za przydatny. | |
| ## Kiedy regresor zostaje | |
| Regresor zostaje tylko wtedy, gdy: | |
| - poprawia `top5_mean_filtered_score` | |
| - poprawia `top10_mean_filtered_score` | |
| - poprawa jest stabilna na seedach | |
| - nie psuje znacząco redukcji lub kosztu | |
| Jeżeli poprawia tylko pojedynczy best hit: | |
| - `REGRESSOR_NOT_PROVEN_USEFUL` | |
| Jeżeli poprawia top-k stabilnie: | |
| - `REGRESSOR_ADDS_VALUE` | |
| ## Jak czytać wykresy | |
| - `ablation_best_score_by_strategy.png`: najlepszy pojedynczy hit | |
| - `ablation_top5_mean_by_strategy.png`: jakość top-5 | |
| - `ablation_top10_mean_by_strategy.png`: jakość top-10 | |
| - `ablation_reduction_vs_top10.png`: tradeoff koszt vs jakość | |
| - `regressor_predicted_vs_observed.png`: czy regresor ma poprawny trend | |
| - `regressor_target_comparison_spearman.png`: czy znak i target są sensowne | |