Add remaining 15680730 files 306-310/325

second_dataset/15680730_folder/data/Task18_predicting_prostate_volume_psa_and_psa_density/shots-public/nlp-training-dataset.json

@@ -0,0 +1,29 @@
+[
+  {
+    "uid": "Task18_few_shot_check_case0",
+    "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nKlinische gegevens:\n24 febr 2020: Re in 10 mei 2019 GG1\n15-05 was MRI: geen significant Ca PIRARDS 1; iets vergrote klier\n7.5 mm arteria Ileaca Re.\n\nNu PSA 21,4; cT1c\n\nVerslag locale MRI:\nEr werd gescand met het detectie-protocol: locale prostaat T2WI (drie\nrichtingen), DWI en DCE (Gadovist i.v.).\n\nBevindingen:\nAfwijking nr. 1: ter plaatse van: basis, CZ/PZ, 5-6 uur.\nScore T2W: 2,\nScore DWI: 4 , de minimale ADC waarde is 700.\nScore DCE:-,\nBeeld past bij Forse CZ (PIRADS 2), onveranderd t.o.v. 04 sep 2011.\n\nAfwijking nr. 2: ter plaatse van: mid-prostaat, PZ,, 7 uur.\nScore T2W: 4 ,\nScore DWI: 2 , de minimale ADC waarde is 1100 .\nScore DCE: + ,\nBeeld past bij prostatitis (PIRADS 2), onveranderd.\n\nVerslag MRI-bot-klier:\nEr werd gescand met het bot-en klierprotocol: 3DT1-gewogen en DWI door\nhet kleine bekken, T1 en T2 gewogen door de gehele wervelkolom en \"whole\nbody\" VIBE's (van nek tot os pubis).\n\nBevindingen:\nNu signaal rijk gebied achterzijde corpus C5 (zowel op T1W als T2W: past\nbij eiwithoudend vocht). Dit was in 16 oktober op beide opnamen donker\n(sclerose?).\n\nOngewijzigd beeld van de iets forse klier rechts II (nu krap 7 mm), met\nrestrictie.\n\nImpressie:\n1. De prostaat heeft een volume van 65 cc. PSA densiteit: 0,33!\n2. Beeld van chronische prostatitis, onveranderd t.o.v. 30/01/2019 (PIRADS 2 ).\n3. Iets marginale klier IIR, onveranderd t.o.v. 22 sep 2014.\n4. Nu signaal rijk gebied achterzijde corpus C5 (zowel op T1W als T2W:\npast bij eiwithoudend vocht). Dit was in 04.07 op beide opnamen donker\n(sclerose?). Dit verdient nadere evaluatie.",
+    "multi_label_regression_target": [
+      65.0,
+      null,
+      null
+    ]
+  },
+  {
+    "uid": "Task18_few_shot_check_case1",
+    "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nKlinische gegevens:\nPSA 43, afwijkend RT\n\nVerslag:\nEr werd gescand met het detectie-protocol: 3T zonder endorectale spoel.\nVan de locale prostaat zijn er T2-, diffusie gewogen (DWI)-en dynamische\n(DCE) opnamen tijdens contrasttoediening (15 ml Dotarem i.v.) gemaakt.\n\nGeen eerder onderzoek ter vergelijking.\n\nDe prostaat heeft een volume van 75 cc. PSA densiteit: 0,58.\n\nDe de prostaat is diffuus afwijkend, er is nog discreet normaal\nprostaatweefsel aanwezig in de perifere zone rechts geheel lateraal (score\nT2: 5; DWI: 5, DCE: +; PIRADS 5.\nForse bulging van het kapsel, extracapsulaire tumor uitbreiding links,\ntumorinvasie in het vesiculum links en waarschijnlijk ook minimaal rechts.\nTekenen van ingroei in de blaashals. Directe relatie met de bekkenbodem\nlinks alsook anterieure rectumwand, cave ingroei.\nIn het minimaal meegescande kleine bekken geen vergrote lymfklieren.\nHerniatie van minimaal mesenteriaal vet in het lieskanaal links. Ter\nhoogte van het lieskanaal links lateraal laag signaal afwijkingen,\nfibrose? Postoperatief?\n\nImpressie:\nSignificant prostaatcarcinoom diffuus in vrijwel de gehele prostaat met\nextracapsulaire uitbreiding posterior en neurovasculaire bundel links,\ningroei in vesiculae seminales links meer dan rechts, ingroei in de\nblaashals, directe relatie met de bekkenbodem links alsook anterieure\nrectumwand, cave ingroei.\nPIRADS 5.",
+    "multi_label_regression_target": [
+      75.0,
+      43.0,
+      null
+    ]
+  },
+  {
+    "uid": "Task18_few_shot_check_case2",
+    "text": "##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nKlinische gegevens:\nMogelijk prostaat carcinoom;\nPSA: 3,4,\n1 maal negatieve (TRUS) biopten,\n\nVerslag:\nEr werd gescand met het detectie-protocol: 3T zonder endorectale spoel.\nVan de locale prostaat zijn er T2-, diffusie gewogen (DWI)-en dynamische\n(DCE) opnamen tijdens contrasttoediening (15 ml Dotarem i.v.) gemaakt.\n\nBevindingen:13\nDe prostaat heeft een volume van 61 cc. PSA densiteit: 0,05.\n\nAfwijking nr. 1: ter plaatse van de perifere zone rechts.\nScore T2W: 5,\nScore DCE: +,\nScore DWI: 5, minimale ADC waarde 844.\nBeeld past het best bij intermediair gradig prostaatcarcinoom met\npostinflammatoire veranderingen met atrofie in de perifere zone rechts.\n(PIRADS 5).\nDe afmeting van de tumor (gemeten op de ADC opnamen) is : 22 x 8 mm.\n\nBreedbasisch contact met het kapsel, geen bulging. De afwijking grenst tot\naan de vesiculae seminalis rechts.\n\nAfwijking 2: tumor links ter plaatse van het blaasdak, met afmetingen van\n16 x 9 mm.\n\nAfwijking 3: bolvormige afwijking craniaal van de vesiculae seminalis\nrechts met een diameter van 7 mm, mogelijk nog een lymfklier. Op dit\nniveau zijn geen DWI opnamen vervaardigd.\n\nImpressie:\nAfwijking(en) passend bij intermediair gradig prostaatcarcinoom met\npostinflammatoire en atrofische veranderingen in de perifere zone rechts\n(PIRADS 5). Advies: gerichte biopten. Geen aanwijzingen voor extra\nprostatische uitbreiding. Blaastumor, advies scopie.",
+    "multi_label_regression_target": [
+      61.0,
+      null,
+      null
+    ]
+  }
+]

second_dataset/15680730_folder/data/Task19_anonymizing_report/shots-public/nlp-task-configuration.json

@@ -0,0 +1,9 @@
+{
+    "jobid": 19,
+    "task_name": "Task19_anonymizing_report",
+    "task_description": "Find and anonymize words that are considered personally identifiable information (PII). Predefined PII Categories: 1. Dates (<DATUM>): Includes specific calendar dates, such as 'March 5, 2023', '05/03/2023', or '2023-03-05'. 2. Person Names (<PERSOON>): Full names or identifiable portions of names (e.g., 'John Doe', 'Dr. Smith', or 'Mr. Johnson'). 3. Report Identifiers (<RAPPORT_ID>): Alphanumeric or symbolic identifiers assigned to reports (e.g., 'RPT-12345' or 'Report #6789'). 4. Places (<PLAATS>): Names of locations such as cities, countries, addresses, or landmarks (e.g., 'New York', '123 Elm Street', or 'Mount Everest'). 5. Personally Identifying Numbers (<PHINUMMER>): Numbers uniquely tied to an individual, including Social Security Numbers (SSNs), Tax Identification Numbers (TINs), passport numbers, or other similar identifiers (e.g., '123-45-6789', 'A1234567'). 6. Clinical Trial Names (<STUDIE_NAAM>): Official names of clinical trials or studies (e.g., 'Study XYZ-123', 'Phase III Trial of ABC'). 7. Hospital Accreditation Numbers (<ACCREDITATIE_NUMMER>): Unique codes or numbers issued to hospitals or healthcare institutions as part of accreditation (e.g., 'HOSP-98765'). 8. Times (<TIJD>): Specific times of day, including those with time zones (e.g., '3:45 PM', '15:45 UTC'). 9. Patient Ages (<LEEFTIJD>): Exact ages or references to ages that directly identify an individual (e.g., '42 years old', 'Age: 7'). Replace any PII found in the text with its corresponding tag. It is possible for no PII to be present in a given text.",
+    "input_name": "text",
+    "label_name": "tagged_text_target",
+    "recommended_truncation_side": "left",
+    "version": "1.0"
+}

second_dataset/15680730_folder/data/Task19_anonymizing_report/shots-public/nlp-test-dataset.json

@@ -0,0 +1,6 @@
+[
+  {
+    "uid":"Task19_anonymizing_report_case3369",
+    "text":"##############################\nDISCLAIMER: \nTHIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.\nANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.\n##############################\n\nSAMENVATTING: Patholoog: mevrouw Goverdina Boer Datum ontvangst: 30-03 Datum antwoord : 23\/01\/2019 Aard materiaal : long Klinische gegevens: Materiaal voor biobank->Nee Verkrijgingswijze resectie Klinische gegevens st na prostaat CA; nu adenoCA van de LBK. M14DP-1! Vraagstelling maligniteit? kliermeta's? anders? Inzending I klierstation 11 links Inzending II LBK Inzending III klierstation 5 links Inzending IV klierstation 7 Ter informatie: dit verslag is elektronisch aangemaakt middels een spraakherkenningsysteem en elektronisch geautoriseerd. CONCLUSIE: DIT IS EEN GEWIJZIGDE CONCLUSIE (26 oktober 2020). Lobectomie linkerbovenkwab: goed\/matig gedifferentieerd mucineus adenocarcinoom; diameter 3,1 cm. Groeiwijze; acinair; papillair (predominant); micropapillair. Pleura visceralis: PL 0; grote hilusvaten: vrij. (overig) longweefsel: emfyseem. Snijvlakken; bronchussnijvlak vrij op => 1 cm; peribronchiaal; hilusvaten: vrij. Station 11: interlobair, links; negatief. Peribronchiale lymfklieren; negatief. Station 5: subaortaal (AP-venster); macrometastase. Station 7: subcarinaal; negatief. Extranodale groei: niet aangetroffen. TNM-stadium (8e editie UICC): ypT2aN2PL0. De tumor toont beperkte reactie op neoadjuvante immuuntherapie (ca. 90% vitale rest tumor). . Voorts een tweede niet-mucineus adenocarcinoom (diameter 1,9 cm) met een predominant papillaire groeiwijze. Deze toont geen therapierespons (100% vitale resttumor). Mede gezien de uitslag van het clonaal vergelijk passend bij een tweede primaire tumor. pT1bN0PL0. . Moleculaire analyse (1e bep) d.d. 15 mrt. NGS analyse m.b.v. PATHv3D panel op T 83-222501 II3 (MUMC, Limburg Zkh):.-Er is een pathogene mutatie aangetoond in STK11 en een variant in KEAP1 waarvan de pathogeniciteit nog onduidelijk is.-Er zijn geen mutaties aangetoond in BRAF, EGFR, ERBB2 (HER2), KRAS, MET (exon 14), NRAS, PIK3CA of TP53.-Er is amplificatie aangetoond van MYC. .-Er is geen MSI aangetoond.-Overweeg RET FISH bij afwezigheid van drivers in de andere analyses. Moleculaire analyse (2e bep) d.d. 14 maart. NGS analyse m.b.v. PATHv3D panel op T 29-748262 II4 (Dirksland, Van Weel-Bethesda zkh):.-Er is een pathogene mutatie aangetoond in KRAS (p.G12C) en STK11. Daarnaast is er nog een variant aangetoond in KEAP1 waarvan de pathogeniciteit nog onduidelijk is.-Er zijn geen mutaties aangetoond in BRAF, EGFR, ERBB2 (HER2), MET (exon 14), NRAS, PIK3CA of TP53.-Er zijn geen aanwijzingen voor amplificaties.-Er is geen MSI aangetoond. Clonaal vergelijk T63-914431 II3 en T62-094772 II4 (beide noord-brabant etz zkh).-De tumoren in T08-538303 II-3 (LBK long kleine tumor) en T52-02892 II-4 (LBK long grote tumor) hebben verschillende mutaties in KEAP1 en STK11. .-Er is een KRAS (p.G12C) mutatie aangetoond in T 37-234789 II-4 (LBK long grote tumor) die niet aanwezig is in T73-02191 II-3 (LBK long kleine tumor).-T67-82721 II-3 (LBK long kleine tumor) bevat een amplificatie van MYC welke niet aanwezig is in T 11-376473 II-4 (LBK long grote tumor). .-Ondanks dat er geen TP53 mutatie aanwezig is in beide weefsels, ondersteunen deze bevindingen dat beide tumoren waarschijnlijk niet clonaal verwant zijn. Overige predictieve diagnostiek: Grote tumor, mucineus adenocarcinoom (II-4): ALK rearrangement immuunhistochemisch negatief. ROS1 rearrangement immuunhistochemisch negatief. TRK rearrangement immuunhistochemisch negatief. PD-L1 positief (25-50%). Kleine tumor, papillair predominant niet-mucineus adenocarcinoom (II-3): ALK rearrangement mogelijk deels positief. FISH ALK volgt. ROS1 rearrangement immuunhistochemisch negatief. TRK rearrangement immuunhistochemisch negatief. PD-L1 mogelijk net positief (>1%). 14 jul AANVULLING (KIEt): ALK rearrangement in FISH negatief (kleinere tumor). FISH analyse op RET rearrangement (kleinere tumor) volgt. 23 12 2006 RET rearrangement in FISH negatief (kleinere tumor). MACROSCOPIE: 12 07 Vers ontvangen. I: weefsel ontvangen op fysiologisch zout. Op formaline. Rest macro volgt. II: linkerbovenkwab. Er worden overzichtsfoto's vervaardigd. Caudale deel uit tumor wordt afgestaan voor N12IGP trial. Vooraf wordt weefsel afgenomen voor vries, tumor (vries 1) en normaal ogend long parenchym (vries 2). Beide delen worden opgespoten met formaline. Op formaline. Rest macro volgt. III en IV: weefsel ontvangen op fysiologisch zout. Op formaline. Rest macro volgt. VaShu 19 sep I: 3 anthracotische weefselfragmentjes van maximaal 1 cm. Cassette 1 en 2: de fragmentjes onaangesneden ingesloten T.i. 2b. II:resectiepreparaat van de linkerbovenkwab. Het preparaat is reeds deels gelamelleerd waarbij er van lamel is meegegaan voor de 4M. Zie macrofoto. Na reconstructie van de kwab heeft deze afmetingen van craniocaudaal ca. 10 cm, dorsoventraal ca. 5 cm en lateromediaal ca.11 cm. Bij de hilus zijn er enkele staplenaden met een maximale 2,5 cm. Er is een dicht gestaplede bronchus stomp die ca. 8 mm uit steekt. Tevens enkele dicht gestaplede vaat resectievlakken. Deze steken maximaal 1 mm uit. Het preparaat is op ca. 1 cm van de hilus doormidden gesneden vanwege de studie. Hier zien we de tumor reeds zitten. Deze ligt dus op 1 cm afstand van de hilus. Tevens zien we aan de andere zijde van de hilus, op 4 cm van de hilus, tegen de pleura aan de craniale zijde een bolvormige wittig gebied. Pleura is overal intact. De staplenaden worden afgenomen en het nieuw ontstane resectievlak wordt zwart geinkt. Vervolgens wordt het preparaat parallel aan de reeds gemaakte snede verder gelamelleerd. Zie macrofoto's van de lamellen. De grootste tumor die ook voor de CAELC is gebruikt bevindt zich in lamel 15 t\/m 18. Deze heeft hiermee een maximale diameter van 3,1 cm de maximale diameter in de lamellen bevindt zich in lamel 15 die ook met de onderzoeker is mee geweest. Deze lamel zal worden ingesloten in een megacassette. In lamel 16 reikt de tumor tot op minder dan 1 mm van de pleura. De andere plaatsen lijkt het pleura niet bedreigd. De kleinere tumor die zich geheel craniaal bevindt licht tegen de pleura aan, mogelijk ook pleurale betrokkenheid. Deze tumor bevindt zich in lamel 1 t\/m 4 en heeft hiermee een maximale diameter van 1,9 cm. Cassette 1: bronchus-en vaatresectievlakken Cassette 2: de kleine tumor uit lamel 2 en 3, inclusief EVG Cassette 3: de kleine tumor uit lamel 3 en 4, inclusief EVG Cassette 4: doorsnede uit de grote tumor, lamel 16. Inclusief EVG vanwege mogelijke relatie met pleura Megacassette 5: doorsnede door tumor uit lamel 15 Cassette 6: doorsnede uit tumor uit lamel 17 Cassette 7: doorsnede uit tumor uit lamel 18 Cassette 8: doorsnede uit macroscopisch normaal longparenchym uit lamel 2 Cassette 9: doorsnede uit macroscopisch normaal longparenchym uit lamel 20 Cassette 10: doorsnede door mogelijke lymfklieren uit het hilus gebied Gedeeltelijk 10b. III: 2 weefselfragmentjes van respectievelijk 5 mm en 1 cm. Cassette 1: het grotere fragment eenmaal overlangs aangesneden Cassette 2: het kleine fragment onaangesneden ingesloten T.i. 2b IV: 2 anthracotische weefselfragmentjes van maximaal 1 diameter. Cassette 1: de fragmentjes onaangesneden ingesloten T.i. 1b. SNNUe\/AiaL 15-03-2014 I: 3 anthracotische weefselfragmentjes van maximaal 1 cm. Cassette 1 en 2: de fragmentjes onaangesneden ingesloten T.i. 2b. II:resectiepreparaat van de linkerbovenkwab. Het preparaat is reeds deels gelamelleerd waarbij er van lamel is meegegaan voor de DARANA, studie. Zie macrofoto. Na reconstructie van de kwab heeft deze afmetingen van craniocaudaal ca. 10 cm, dorsoventraal ca. 5 cm en lateromediaal ca.11 cm. Bij de hilus zijn er enkele staplenaden met een maximale 2,5 cm. Er is een dicht gestaplede bronchus stomp die ca. 8 mm uit steekt. Tevens enkele dicht gestaplede vaat resectievlakken. Deze steken maximaal 1 mm uit. Het preparaat is op ca. 1 cm van de hilus doormidden gesneden vanwege de studie. Hier zien we de tumor reeds zitten. Deze ligt dus op 1 cm afstand van de hilus. Tevens zien we aan de andere zijde van de hilus, op 4 cm van de hilus, tegen de pleura aan de craniale zijde een bolvormige wittig gebied. Pleura is overal intact. De staplenaden worden afgenomen en het nieuw ontstane resectievlak wordt zwart geinkt. Vervolgens wordt het preparaat parallel aan de reeds gemaakte snede verder gelamelleerd. Zie macrofoto's van de lamellen. De grootste tumor die ook voor de Luctas studie is gebruikt bevindt zich in lamel 15 t\/m 18. Deze heeft hiermee een maximale diameter van 3,1 cm de maximale diameter in de lamellen bevindt zich in lamel 15 die ook met de onderzoeker is mee geweest. Deze lamel zal worden ingesloten in een megacassette. In lamel 16 reikt de tumor tot op minder dan 1 mm van de pleura. De andere plaatsen lijkt het pleura niet bedreigd. De kleinere tumor die zich geheel craniaal bevindt licht tegen de pleura aan, mogelijk ook pleurale betrokkenheid. Deze tumor bevindt zich in lamel 1 t\/m 4 en heeft hiermee een maximale diameter van 1,9 cm. Cassette 1: bronchus-en vaatresectievlakken Cassette 2: de kleine tumor uit lamel 2 en 3, inclusief EVG Cassette 3: de kleine tumor uit lamel 3 en 4, inclusief EVG Cassette 4: doorsnede uit de grote tumor, lamel 16. Inclusief EVG vanwege mogelijke relatie met pleura Megacassette 5: doorsnede door tumor uit lamel 15 Cassette 6: doorsnede uit tumor uit lamel 17 Cassette 7: doorsnede uit tumor uit lamel 18 Cassette 8: doorsnede uit macroscopisch normaal longparenchym uit lamel 2 Cassette 9: doorsnede uit macroscopisch normaal longparenchym uit lamel 20 Cassette 10: doorsnede door mogelijke lymfklieren uit het hilus gebied Gedeeltelijk 10b. III: 2 weefselfragmentjes van respectievelijk 5 mm en 1 cm. Cassette 1: het grotere fragment eenmaal overlangs aangesneden Cassette 2: het kleine fragment onaangesneden ingesloten T.i. 2b IV: 2 anthracotische weefselfragmentjes van maximaal 1 diameter. Cassette 1: de fragmentjes onaangesneden ingesloten T.i. 1b. Pl\/TlESS MICROSCOPIE: Gebaseerd op de richtlijnen kleincellig longcarcinoom versie 1.0 (2011) en niet-kleincellig longcarcinoom versie 2.3 (2015) Klinische Gegevens en Macroscopie Type resectie: lobectomie Welke kwab: linkerbovenkwab Andere organen: lymfklieren Tumor zichtbaar: ja Max. diameter tumor: 3,1 cm Lokalisatie tumor: centraal en perifeer Eerdere therapie: immunotherapie Microscopie Type tumor (WHO): mucineus adenocarcinoom Groeiwijze: acinair, papillair en micropapillair Percentage acinair: 10% Percentage papillair: 55% Percentage micropapillair: 35% Differentiatiegraad: goed\/matig Verspreiding via alveoli: aanwezig Obstructie pneumonie\/atelectase: afwezig Pleura visceralis: PL 0: geen doorgroei van de lamina elastica van de pleura visceralis Grote hilusvaten: vrij Satelliethaard(en): geen (Overige) metastasen: geen (overig) longweefsel: emfyseem Lymfklieren Station 11: interlobair, links: negatief Peribronchiale lymfklieren: negatief Station 5: subaortaal (AP-venster): macrometastase Station 7: subcarinaal: negatief Extranodale groei: niet aangetroffen Snijvlakken Bronchussnijvlak: vrij op => 1 cm Peribronchiaal longsnijvlak: vrij op => 1 cm Snijvlakken hilusvaten: vrij op => 1 cm Aanvulling microscopie II. Voorts een tweede adenocarcinoom, matig gedifferentieerd, 1,9 cm doorsnede met andere morfologie, mogelijk 2de primair tumor in coupes 3 en 4, plaatselijk wel wat mucineus van aspect. Er is papillaire (ca 70%), lepidische (ca. 20%) en micropapillaire groei (ca 10%). Geen pleura-invasie (PL0). Eerdere conclusie(s) gewijzigd op 05 mei 2017 03 uur lobectomie linkerbovenkwab: goed\/matig gedifferentieerd mucineus adenocarcinoom; diameter 3,1 cm groeiwijze; acinair; papillair (predominant); micropapillair pleura visceralis: PL 0; grote hilusvaten: vrij (overig) longweefsel: emfyseem Snijvlakken; bronchussnijvlak vrij op => 1 cm; peribronchiaal; hilusvaten: vrij Station 11: interlobair, links; negatief Peribronchiale lymfklieren; negatief Station 5: subaortaal (AP-venster); macrometastase Station 7: subcarinaal; negatief extranodale groei: niet aangetroffen TNM-stadium (8e editie UICC): ypT2aN2PL0 De tumor toont beperkte reactie op neoadjuvante immuuntherapie (ca. 90% vitale rest tumor). Voorts een tweede adenocarcinoom van 1,9 cm dsn met predominant papillaire groeiwijze. Deze toont geen therapierespons (100% vitale resttumor). De twee tumoren tonen verschillen in morfologie, maar veel overeenkomst in immunoprofiel. Vandaar naast predictieve mutatieanalysen ook clonale verwantschapsanalyse ingezet Moleculaire analyse (1e bep) d.d. 10\/03 NGS analyse m.b.v. PATHv3D panel op Textern 93-313768 II3 (LEEUWARDEN EN HARLINGEN MEDISCH CENTRUM LEEUWARDEN ZIEKENHUIS):-Er is een pathogene mutatie aangetoond in STK11 en een variant in KEAP1 waarvan de pathogeniciteit nog onduidelijk is-Er zijn geen mutaties aangetoond in BRAF, EGFR, ERBB2 (HER2), KRAS, MET (exon 14), NRAS, PIK3CA of TP53-Er is amplificatie aangetoond van MYC.-Er is geen MSI aangetoond-Overweeg RET FISH bij afwezigheid van drivers in de andere analyses Moleculaire analyse (2e bep) d.d. 04 juli 2018 NGS analyse m.b.v. PATHv3D panel op T72-729516 II4 (Zuid-Holland Ikazia zjiekenhuis):-Er is een pathogene mutatie aangetoond in KRAS (p.G12C) en STK11. Daarnaast is er nog een variant aangetoond in KEAP1 waarvan de pathogeniciteit nog onduidelijk is-Er zijn geen mutaties aangetoond in BRAF, EGFR, ERBB2 (HER2), MET (exon 14), NRAS, PIK3CA of TP53-Er zijn geen aanwijzingen voor amplificaties-Er is geen MSI aangetoond Clonaal vergelijk T 99-993164 II3 en T42-44146 II4 (beide Vithas Hospital Medimar internacipnal, Alicante)-De tumoren in DPA 54-91851 II-3 (LBK long kleine tumor) en T 00-736067 II-4 (LBK long grote tumor) hebben verschillende mutaties in KEAP1 en STK11.-Er is een KRAS (p.G12C) mutatie aangetoond in T 49-017783 II-4 (LBK long grote tumor) die niet aanwezig is in T94-345339 II-3 (LBK long kleine tumor)-T67-466103 II-3 (LBK long kleine tumor) bevat een amplificatie van MYC welke niet aanwezig is in T 78-592761 II-4 (LBK long grote tumor).-Ondanks dat er geen TP53 mutatie aanwezig is in beide weefsels, ondersteunen deze bevindingen dat beide tumoren waarschijnlijk niet clonaal verwant zijn Gebaseerd op de richtlijn verslaglegging Moleculaire technieken (2012) AANVRAAG EN VOORBEWERKING Aanvrager Ziekenhuis IJsselland, Zuid-Holland; Onderzoeksnummer T85-916212 II-3 (Reinier de Graaf), LBK, adenocarcinoom (kleine tumor); long Uitgangsmateriaal: weefsel in paraffine FFPE MOLECULAIRE ANALYSE (1e bep) Reden aanvraag: therapiekeuze Gevraagd onderzoek: sequentie-analyse longcarcinoom Referentienummer: DPA 67-20070; analysenummer: R 59-12769; percentage neoplastische cellen: 40% beoordeeld door Cfo; hoeveelheid DNA: voldoende; kwaliteit DNA: goed Gebruikte techniek: NGS NGS platform: Single molecule Molecular Inversion Probe (smMIP) gebaseerde sequentie-analyse op een NextSeq 500 of NovaSeq 6000, waarmee mutaties met een analytische sensitiviteit van 1% kunnen worden aangetoond. Voor detectie van microsatelliet instabiliteit (MSI) worden 57 markers beoordeeld op afwijkende lengte (zie details datasheet). Middels deze analyse is een MSI analyse met de uitslag 'stabiel' betrouwbaar bij een tumorcelpercentage >30%. De betrouwbaarheid van CNV analyse is doorgaans hoger voor de detectie van amplificaties dan voor de detectie van verlies. De mogelijkheid voor de detectie van bi-allelisch verlies is afhankelijk van het tumorcelpercentage (bij voorkeur >50%), mate van genomische instabiliteit en aanwezigheid van heterozygote SNPs. Verlies wordt alleen gerapporteerd indien er duidelijk sprake is van bi-allelisch verlies of een mutatie in combinatie met mono-allelisch verlies. Sensitiviteit analyse: Voor dit monster geldt dat de kans gemiddeld kleiner is dan 5% dat mutaties met een allelfrequentie >3% zijn gemist voor de onderstaande genen. Uitgaande van het ingeschatte percentage neoplastische cellen, kunnen er in dit materiaal amplificaties aangetoond worden van >12 kopieen. Datasheet Seq analyse panel: https:\/\/www.palga.nl\/datasheet\/Radboudumc\/PATHv3D.pdf Sequentie Panel-(hotspot) mutaties in genen: AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ARAF, B2M, BRAF, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, H3F3B, HIST1H3B, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MTOR, NRAS, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, POLE, PTEN, RAC1, RAF1, RET, ROS1, SMO, STK11, TP53, 57 microsatelliet markers, verlies van genen: CDKN2A, PTEN, amplificaties van genen: BRAF, CCND1, CCND3, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KIT, KRAS, MDM2, MET, MYC, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA MOLECULAIR RESULTAAT (1e bep) KEAP1 [NM_203500]: >95% van coderende sequenties en splice sites (-5\/+5): exon 3: c.1250G>T (p.(Gly417Val))-frequentie 31% STK11 [NM_000455]: >95% van coderende sequenties en splice sites (-5\/+5): exon 4: c.571A>T (p.(Lys191*))-frequentie 19% BRAF [NM_004333]: codon 455-488, 566-580, 594-605: geen mutatie aangetoond EGFR [NM_005228]: codon 434-499, 688-875: geen mutatie aangetoond ERBB2 [NM_004448]: codon 310, 650-883: geen mutatie aangetoond KRAS [NM_004985]: codon 12, 13, 59, 61, 117 en 146: geen mutatie aangetoond MET [NM_001127500]: codon 168, 375, 982-1027, 1230-1284, 1304, inclusief exon 14 (-90, +20bp): geen mutatie aangetoond NRAS [NM_002524]: codon 12, 13, 59, 61, 117 en 146: geen mutatie aangetoond PIK3CA [[NM_006218]: codon 76-118, 345, 420, 539-554, 1043-1050: geen mutatie aangetoond TP53 [NM_000546.5]: >95% van coderende sequenties en splice sites (-5\/+5): geen mutatie aangetoond Overige genen geen aanwijzingen voor een mutatie MYC: amplificatie-Relatieve coverage: 3,58-Z-score: 29,48-aantal kopieen 10-20 MSI: stabiel o.b.v. 57 markers Mediane coverage: 266 MOLECULAIRE INTERPRETATIE (1e bep)-Er is een pathogene mutatie aangetoond in STK11 en een variant in KEAP1 waarvan de pathogeniciteit nog onduidelijk is.-Er zijn geen mutaties aangetoond in BRAF, EGFR, ERBB2 (HER2), KRAS, MET (exon 14), NRAS, PIK3CA of TP53.-Er is amplificatie aangetoond van MYC.-Er is geen MSI aangetoond.-Overweeg RET FISH bij afwezigheid van drivers in de andere analyses. MOLECULAIRE ANALYSE (2e bep.) Onderzoeksnummer T 07-310322 II-4 (st jansdal); long; LBK long adenocarcinoom (grote tumor); Uitgangsmateriaal: weefsel in paraffine FFPE Reden aanvraag: therapiekeuze Gevraagd onderzoek: sequentie-analyse longcarcinoom Referentienummer: DPA27-667753; analysenummer: R 89-407345; percentage neoplastische cellen: 40% beoordeeld door MOllnIe; hoeveelheid DNA: voldoende; kwaliteit DNA: goed Gebruikte techniek: NGS NGS platform: Single molecule Molecular Inversion Probe (smMIP) gebaseerde sequentie-analyse op een NextSeq 500 of NovaSeq 6000, waarmee mutaties met een analytische sensitiviteit van 1% kunnen worden aangetoond. Voor detectie van microsatelliet instabiliteit (MSI) worden 57 markers beoordeeld op afwijkende lengte (zie details datasheet). Middels deze analyse is een MSI analyse met de uitslag 'stabiel' betrouwbaar bij een tumorcelpercentage >30%. De betrouwbaarheid van CNV analyse is doorgaans hoger voor de detectie van amplificaties dan voor de detectie van verlies. De mogelijkheid voor de detectie van bi-allelisch verlies is afhankelijk van het tumorcelpercentage (bij voorkeur >50%), mate van genomische instabiliteit en aanwezigheid van heterozygote SNPs. Verlies wordt alleen gerapporteerd indien er duidelijk sprake is van bi-allelisch verlies of een mutatie in combinatie met mono-allelisch verlies. Sensitiviteit analyse: Voor dit monster geldt dat de kans gemiddeld kleiner is dan 5% dat mutaties met een allelfrequentie >3% zijn gemist voor de onderstaande genen. Uitgaande van het ingeschatte percentage neoplastische cellen, kunnen er in dit materiaal amplificaties aangetoond worden van >12 kopieen. Datasheet Seq analyse panel: https:\/\/www.palga.nl\/datasheet\/Radboudumc\/PATHv3D.pdf Sequentie Panel-(hotspot) mutaties in genen: AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ARAF, B2M, BRAF, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, H3F3B, HIST1H3B, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MTOR, NRAS, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, POLE, PTEN, RAC1, RAF1, RET, ROS1, SMO, STK11, TP53, 57 microsatelliet markers, verlies van genen: CDKN2A, PTEN, amplificaties van genen: BRAF, CCND1, CCND3, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KIT, KRAS, MDM2, MET, MYC, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA MOLECULAIR RESULTAAT (2e bep) KEAP1 [NM_203500]: >95% van coderende sequenties en splice sites (-5\/+5): exon 2: c.556G>A (p.Gly186Ser)-frequentie 35% KRAS [NM_004985]: codon 12, 13, 59, 61, 117 en 146: exon 2: c.34G>T (p.(Gly12Cys) alias p.G12C)-frequentie 21% STK11 [NM_000455]: >95% van coderende sequenties en splice sites (-5\/+5): exon 1: c.152_153insC (p.(Met51fs))-frequentie 34% BRAF [NM_004333]: codon 455-488, 566-580, 594-605: geen mutatie aangetoond EGFR [NM_005228]: codon 434-499, 688-875: geen mutatie aangetoond ERBB2 [NM_004448]: codon 310, 650-883: geen mutatie aangetoond MET [NM_001127500]: codon 168, 375, 982-1027, 1230-1284, 1304, inclusief exon 14 (-90, +20bp): geen mutatie aangetoond NRAS [NM_002524]: codon 12, 13, 59, 61, 117 en 146: geen mutatie aangetoond PIK3CA [[NM_006218]: codon 76-118, 345, 420, 539-554, 1043-1050: geen mutatie aangetoond TP53 [NM_000546.5]: >95% van coderende sequenties en splice sites (-5\/+5): geen mutatie aangetoond Overige genen geen aanwijzingen voor een mutatie Er zijn geen aanwijzingen voor amplificaties. MSI: stabiel o.b.v. 57 markers Mediane coverage: 904 MOLECULAIRE INTERPRETATIE (2e bep)-Er is een pathogene mutatie aangetoond in KRAS (p.G12C) en STK11. Daarnaast is er nog een variant aangetoond in KEAP1 waarvan de pathogeniciteit nog onduidelijk is.-Er zijn geen mutaties aangetoond in BRAF, EGFR, ERBB2 (HER2), MET (exon 14), NRAS, PIK3CA of TP53.-Er zijn geen aanwijzingen voor amplificaties.-Er is geen MSI aangetoond. Clonaal vergelijk:-De tumoren in Textern46-572415 II-3 (LBK long kleine tumor) en T 08-869878 II-4 (LBK long grote tumor) hebben verschillende mutaties in KEAP1 en STK11.-Er is een KRAS (p.G12C) mutatie aangetoond in T 80-085770 II-4 (LBK long grote tumor) die niet aanwezig is in T 28-871008 II-3 (LBK long kleine tumor).-T99-38081 II-3 (LBK long kleine tumor) bevat een amplificatie van MYC welke niet aanwezig is in T 28-04033 II-4 (LBK long grote tumor).-Ondanks dat er geen TP53 mutatie aanwezig is in beide weefsels, ondersteunen deze bevindingen dat beide tumoren waarschijnlijk niet clonaal verwant zijn. Moleculair verslag geautoriseerd door: RtD, KMBP 24-08-2022 Aanvulling d.d. 18 sept (oeA): II3 (papillair predominant niet-mucineus adenocarcinoom): CK7 positief; CK20 negatief; CDx2 negatief; APAS verspreid intracytoplasmatisch slijm (niet diffuus); TTF1 positief; p53 wildtype. ALK rearrangement immuunhistochemisch deels mogelijk positief; ROS1 rearrangement immuunhistochemisch negatief; TRK rearrangement immuunhistochemisch negatief; PD-L1 (DAKO 22C3) toont immuunhistochemisch met name membraneuze aankleuring van in de laesie gelegen mononucleaire cellen en op enkele plaatsen ook aankleurende tumorcellen. Onderscheid tussen tumorcellen en mononucleaire cellen deels ook lastig te maken. Percentage positieve tumorcellen lastig te bepalen, mogelijk net >1%. II4 (mucineus adenocarcinoom): CK7 positief; CK20 negatief; CDx2 focaal positief; TTF1 positief; APAS merendeels intracytoplasmatisch apicaal slijm; p53 wildtype. ALK rearrangement immuunhistochemisch niet overtuigend positief (geduid als aspecifieke achtergrondaankleuring); ROS1 rearrangement immuunhistochemisch negatief; TRK rearrangement immuunhistochemisch negatief; PD-L1 (DAKO 22C3) toont immuunhistochemisch membraneuze aankleuring in 25-50% van de tumorcellen bij adequate interne en externe positieve controle. Mede gezien clonaal vergelijk beeld van 2 primaire tumoren: invasief mucineus adenocarcinoom pT2N2PL0; papillair predominant adenocarcinoom pT1bN0PL0. 31-08 RESULTAAT FISH Uitgevoerd op 4 um paraffinecoupes van Textern 33-79591 II3. Split probe ALK (Y5417, Dako): In <15% van de kernen zijn breukpunten gedetecteerd. CONCLUSIE: Het beeld ondersteunt NIET de aanwezigheid van breuk in het ALK (chr2p23) gen. Bij afwezigheid van een breuk kan niet worden uitgesloten dat een andere genomische ALK, verandering aanwezig is, welke niet gedetecteerd kunnen worden met de gebruikte probes. Bij twijfel kan daarom een op NGS-gebaseerde analyse worden aangevraagd ter uitsluiting van de aanwezigheid van een ALK fusiegen. RJtf\/bSO 13\/02 RESULTAAT FISH Uitgevoerd op 4 um paraffinecoupes van T81-822097 II3. Split probe RET (Z-2148, ZytoVision): In <15% van de kernen zijn breukpunten gedetecteerd. CONCLUSIE: Het beeld ondersteunt niet de aanwezigheid van een breuk in het RET (chr10q11) gen. Bij afwezigheid van een detecteerbare breuk kan niet worden uitgesloten dat een andere genomische RET, verandering aanwezig is, welke niet gedetecteerd kan worden met de gebruikte probes. Zoals fusiegenen die het resultaat zijn van een inversie en daardoor niet (NCOA4-RET) of lastig (CCDC6-RET) met FISH te detecteren zijn. Indien relevant voor de vraagstelling, kan daarom een op NGS-gebaseerde analyse worden aangevraagd ter uitsluiting van de aanwezigheid van een RET fusiegen. KgD\/AoNo "
+  }
+]

second_dataset/15680730_folder/data/Task19_anonymizing_report/shots-public/nlp-training-dataset.json

@@ -0,0 +1,7 @@
+[
+  {
+    "uid": "Task025_anonymisation_ner_anon_case_DRAGON_manuscript",
+    "text": "############################## DISCLAIMER: THIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES. ANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL. ############################## Medische gegevens: status na hemihepatectomie rechts in verband met metastasen coloncarcinoom. CT-thorax en abdomen gescand volgens routine protocol na intraveneuze contrasttoediening van 50 ml Xenetix 300 en orale contrastvoorbereiding. Vergeleken wordt met de CT van 23 nov. Axillair en mediastinaal: geen pathologisch grote klieren. Ongewijzigde kliergrootte ventrale mediastinum. Intra pulmonaal: bekende ongewijzigde pleurale verdikking en verkalkingen. Atelectase basale bovenkwab links. Intra-abdominaal: Status na hemihepatectomie rechts en low anteriorresectie. Kleine bekende ongewijzigde (sinds 23.11.2014) intrahepatisch hypodensiteiten IMA 75 en 90. Geen nieuwe lesies verdacht voor recidief. Ongewijzigd aspect milt, vergrote bijnier rechts, bekende niercysten, uitgebreide vaatcalcificaties, wandstandige plaque vorming, pancreas. Retroperitoneaal geen pathologisch vergrote klieren. Ossaal: uitgebreide degeneratieve veranderingen. Vlekkige tekening van de ossale structuren, ongewijzigd beeld. Conclusie: Ongewijzigd beeld lever en linker vergrote bijnier bij status na hemihepatectomie rechts en low anteriorresectie bij coloncarcinoom.",
+    "tagged_text_target": "############################## DISCLAIMER: THIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES. ANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL. ############################## Medische gegevens: status na hemihepatectomie rechts in verband met metastasen coloncarcinoom. CT-thorax en abdomen gescand volgens routine protocol na intraveneuze contrasttoediening van 50 ml Xenetix 300 en orale contrastvoorbereiding. Vergeleken wordt met de CT van <DATUM>. Axillair en mediastinaal: geen pathologisch grote klieren. Ongewijzigde kliergrootte ventrale mediastinum. Intra pulmonaal: bekende ongewijzigde pleurale verdikking en verkalkingen. Atelectase basale bovenkwab links. Intra-abdominaal: Status na hemihepatectomie rechts en low anteriorresectie. Kleine bekende ongewijzigde (sinds <DATUM>) intrahepatisch hypodensiteiten IMA 75 en 90. Geen nieuwe lesies verdacht voor recidief. Ongewijzigd aspect milt, vergrote bijnier rechts, bekende niercysten, uitgebreide vaatcalcificaties, wandstandige plaque vorming, pancreas. Retroperitoneaal geen pathologisch vergrote klieren. Ossaal: uitgebreide degeneratieve veranderingen. Vlekkige tekening van de ossale structuren, ongewijzigd beeld. Conclusie: Ongewijzigd beeld lever en linker vergrote bijnier bij status na hemihepatectomie rechts en low anteriorresectie bij coloncarcinoom."
+  }
+]

second_dataset/15680730_folder/data/Task20_generating_caption_from_wsi/shots-public-labels/TCGA-CI-6622/nlp-predictions-dataset.json

@@ -0,0 +1,6 @@
+[
+    {
+        "uid": "TCGA-CI-6622",
+        "text": "rectum biopsie, invasief adenocarcinoom, goed tot matig gedifferentieerd."
+    }
+]