| { | |
| "codex_markers": [ | |
| "HOECHST", | |
| "CD44", | |
| "FOXP3", | |
| "CDX2", | |
| "CD8", | |
| "p53", | |
| "GATA3", | |
| "CD45", | |
| "T-bet", | |
| "beta-catenin", | |
| "HLA-DR", | |
| "PD-L1", | |
| "Ki67", | |
| "CD45RA", | |
| "CD4", | |
| "CD21", | |
| "MUC-1", | |
| "CD30", | |
| "CD2", | |
| "Vimentin", | |
| "CD20", | |
| "LAG-3", | |
| "Na-K-ATPase", | |
| "CD5", | |
| "IDO-1", | |
| "Cytokeratin", | |
| "CD11b", | |
| "CD56", | |
| "aSMA", | |
| "BCL-2", | |
| "CD25", | |
| "Collagen IV", | |
| "CD11c", | |
| "PD-1", | |
| "Granzyme B", | |
| "EGFR", | |
| "VISTA", | |
| "CD15", | |
| "CD194", | |
| "ICOS", | |
| "MMP9", | |
| "Synaptophysin", | |
| "CD71", | |
| "GFAP", | |
| "CD7", | |
| "CD3", | |
| "Chromogranin A", | |
| "CD163", | |
| "CD57", | |
| "CD45RO", | |
| "CD68", | |
| "CD31", | |
| "Podoplanin", | |
| "CD34", | |
| "CD38", | |
| "CD138", | |
| "MMP12" | |
| ], | |
| "orion_markers": [ | |
| "HOECHST", | |
| "AF1", | |
| "CD31", | |
| "CD45", | |
| "CD68", | |
| "Argo550", | |
| "CD4", | |
| "FOXP3", | |
| "CD8", | |
| "CD45RO", | |
| "CD20", | |
| "PD-L1", | |
| "CD3", | |
| "CD163", | |
| "E-cadherin", | |
| "PD-1", | |
| "Ki67", | |
| "Cytokeratin", | |
| "aSMA" | |
| ], | |
| "shared_markers": [ | |
| "HOECHST", | |
| "FOXP3", | |
| "CD8", | |
| "CD45", | |
| "PD-L1", | |
| "Ki67", | |
| "CD4", | |
| "CD20", | |
| "Cytokeratin", | |
| "aSMA", | |
| "PD-1", | |
| "CD3", | |
| "CD163", | |
| "CD45RO", | |
| "CD68", | |
| "CD31" | |
| ], | |
| "codex_shared_indices": [ | |
| 0, | |
| 2, | |
| 4, | |
| 7, | |
| 11, | |
| 12, | |
| 14, | |
| 20, | |
| 25, | |
| 28, | |
| 33, | |
| 45, | |
| 47, | |
| 49, | |
| 50, | |
| 51 | |
| ], | |
| "orion_shared_indices": [ | |
| 0, | |
| 7, | |
| 8, | |
| 3, | |
| 11, | |
| 16, | |
| 6, | |
| 10, | |
| 17, | |
| 18, | |
| 15, | |
| 12, | |
| 13, | |
| 9, | |
| 4, | |
| 2 | |
| ], | |
| "aliases": { | |
| "cd3e": "CD3", | |
| "panck": "Cytokeratin", | |
| "ecadherin": "E-cadherin", | |
| "betacatenin": "beta-catenin", | |
| "hoechst": "HOECHST" | |
| } | |
| } |