MedSegDB Data Structure
When using the data for pre-training and ID evaluation, please organize them in the following structure:
playground/
└── MedSegDB/
└── ID/
├── dataset1/
│ ├── modality_task1/
│ │ ├── npy_imgs/ # preprocessed images in .npy format
│ │ └── npy_gts/ # corresponding ground truth labels
│ ├── modality_task2/
│ │ ├── npy_imgs/
│ │ └── npy_gts/
│ └── ... # other modality-task pairs
├── dataset2/
│ ├── modality_task1/
│ │ ├── sequence1/ # if multiple sequences exist
│ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ └── npy_gts/
│ │ ├── sequence2/
│ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ └── npy_gts/
│ │ └── ... # other sequences if available
│ └── ... # other modality-task pairs
└── ... # other datasets
For example,
playground/
└── MedSegDB/
└── ID/
├── ACDC/
│ ├── MRI_LeftVentricle/
│ │ ├── npy_imgs/
│ │ └── npy_gts/
│ ├── MRI_MitralValve/
│ │ ├── npy_imgs/
│ │ └── npy_gts/
│ └── ... # other modality-task pairs
├── BraTS2020/
│ ├── MRI_BrainCoreTumor/
│ │ ├── FLAIR/
│ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ └── npy_gts/
│ │ ├── T1/
│ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ └── npy_gts/
│ │ └── ... # other sequences
│ └── ... # other modality-task pairs
└── ... # other datasets
When using the data for OOD (or real-world) evaluation, please organize them in the following structure:
playground/
└── MedSegDB/
└── OOD/
├── cross_site/ # cross-site shift
│ ├── modality_task1/
│ │ ├── dataset1/
│ │ │ ├── finetune/ # fine-tune data
│ │ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ │ └── npy_gts/
│ │ │ └── inference/ # inference data
│ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ └── npy_gts/
│ │ ├── dataset2/
│ │ └── ... # other datasets
│ ├── modality_task2/
│ │ ├── dataset1/
│ │ │ ├── sequence1/ # if multiple sequences exist
│ │ │ │ ├── finetune/
│ │ │ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ │ │ └── npy_gts/
│ │ │ │ └── inference/
│ │ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ │ └── npy_gts/
│ │ │ ├── sequence2/
│ │ │ └── ... # other sequences if available
│ │ ├── dataset2/
│ │ └── ... # other datasets
│ └── ... # other modality-task pairs
└── cross_task/ # cross-task shift
For example,
playground/
└── MedSegDB/
└── OOD/
├── cross_site/
│ ├── CT_Liver/
│ │ ├── SLIVER07/
│ │ │ ├── finetune/
│ │ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ │ └── npy_gts/
│ │ │ └── inference/
│ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ └── npy_gts/
│ │ └── ... # other datasets
│ ├── MRI_Spleen/
│ │ ├── CHAOS/
│ │ │ ├── T2W/
│ │ │ │ ├── finetune/
│ │ │ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ │ │ └── npy_gts/
│ │ │ │ └── inference/
│ │ │ │ ├── npy_imgs/
│ │ │ │ └── npy_gts/
│ │ │ └── ... # other sequences
│ │ └── ... # other datasets
│ └── ... # other modality-task pairs
└── cross_task/