| # MedSegDB Data Structure |
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| When using the data for pre-training and ID evaluation, please organize them in the following structure: |
| ``` |
| playground/ |
| └── MedSegDB/ |
| └── ID/ |
| ├── dataset1/ |
| │ ├── modality_task1/ |
| │ │ ├── npy_imgs/ # preprocessed images in .npy format |
| │ │ └── npy_gts/ # corresponding ground truth labels |
| │ ├── modality_task2/ |
| │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ └── npy_gts/ |
| │ └── ... # other modality-task pairs |
| ├── dataset2/ |
| │ ├── modality_task1/ |
| │ │ ├── sequence1/ # if multiple sequences exist |
| │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ ├── sequence2/ |
| │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ └── ... # other sequences if available |
| │ └── ... # other modality-task pairs |
| └── ... # other datasets |
| ``` |
|
|
| For example, |
| ``` |
| playground/ |
| └── MedSegDB/ |
| └── ID/ |
| ├── ACDC/ |
| │ ├── MRI_LeftVentricle/ |
| │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ └── npy_gts/ |
| │ ├── MRI_MitralValve/ |
| │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ └── npy_gts/ |
| │ └── ... # other modality-task pairs |
| ├── BraTS2020/ |
| │ ├── MRI_BrainCoreTumor/ |
| │ │ ├── FLAIR/ |
| │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ ├── T1/ |
| │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ └── ... # other sequences |
| │ └── ... # other modality-task pairs |
| └── ... # other datasets |
| ``` |
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| When using the data for OOD (or real-world) evaluation, please organize them in the following structure: |
| ``` |
| playground/ |
| └── MedSegDB/ |
| └── OOD/ |
| ├── cross_site/ # cross-site shift |
| │ ├── modality_task1/ |
| │ │ ├── dataset1/ |
| │ │ │ ├── finetune/ # fine-tune data |
| │ │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ │ └── inference/ # inference data |
| │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ ├── dataset2/ |
| │ │ └── ... # other datasets |
| │ ├── modality_task2/ |
| │ │ ├── dataset1/ |
| │ │ │ ├── sequence1/ # if multiple sequences exist |
| │ │ │ │ ├── finetune/ |
| │ │ │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ │ │ └── inference/ |
| │ │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ │ ├── sequence2/ |
| │ │ │ └── ... # other sequences if available |
| │ │ ├── dataset2/ |
| │ │ └── ... # other datasets |
| │ └── ... # other modality-task pairs |
| └── cross_task/ # cross-task shift |
| ``` |
|
|
| For example, |
| ``` |
| playground/ |
| └── MedSegDB/ |
| └── OOD/ |
| ├── cross_site/ |
| │ ├── CT_Liver/ |
| │ │ ├── SLIVER07/ |
| │ │ │ ├── finetune/ |
| │ │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ │ └── inference/ |
| │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ └── ... # other datasets |
| │ ├── MRI_Spleen/ |
| │ │ ├── CHAOS/ |
| │ │ │ ├── T2W/ |
| │ │ │ │ ├── finetune/ |
| │ │ │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ │ │ └── inference/ |
| │ │ │ │ ├── npy_imgs/ |
| │ │ │ │ └── npy_gts/ |
| │ │ │ └── ... # other sequences |
| │ │ └── ... # other datasets |
| │ └── ... # other modality-task pairs |
| └── cross_task/ |
| ``` |
